ASAP: Amplification, sequencing and Annonation of Plastome

Chia sẻ: Nguyen Phuonganh | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:6

Thêm vào BST

Báo xấu

80
lượt xem 8
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Thông tin trình tự DNA được đánh giá là điều kiện tiên quyết trong các nghiên cứu so sánh, cấu trúc và chức năng bộ gene, đặc biệt là các plastids. Thông thường, bước đầu tiên trong việc khai thác thông tin giá trị bên trong bộ gene lục lạp (plastid có màu xanh chịu trách nhiệm quanh hợp ở thực vật) đó là phải đọc toàn bộ trình tự bộ gene lục lạp từ các dòng BAC hoặc plasmid.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: ASAP: Amplification, sequencing and Annonation of Plastome

ASAP: Amplification, sequencing and Annonation of Plastome Thông tin trình tự DNA được đánh giá là điều kiện tiên quyết trong các nghiên cứu so sánh, cấu trúc và chức năng bộ gene, đặc biệt là các plastids. Thông thường, bước đầu tiên trong việc khai thác thông tin giá trị bên trong bộ gene lục lạp (plastid có màu xanh chịu trách nhiệm quanh hợp ở thực vật)
đó là phải đọc toàn bộ trình tự bộ gene lục lạp từ các dòng BAC hoặc plasmid. Các công việc này liên quan đến các quy trình chuẩn bị khá phức tạp như tách DNA của lục lạp hoặc nhận diện các dòng BAC đặc hiệu chứa bộ gene lục lạp để đọc trình tự. Gần đâyngười ta có khuynh hướng sử dụng kỹ thuật khuếch đại vòng lăn tròn (RCA- rolling circle amplification) nhằm để khuyếch đại toàn bộ bộ gene lục lạp từ các mẫu DNA lục lạp tinh sạch, sau đó sản phẩm PCR sẽ được cắt ngắn ngẫu nhiên, dòng hóa và đọc trình tự. Trên tờ BMC Genomics số 2005,
6:176; Amit Dhingra và Kevin M. Folta Đại học Florida đã báo cáo một kỹ thuật dựa trên PCR, hiệu xuất cao nhằm để khuyếch đại, đọc trình tự và tích hợp thông tin trình tự bộ gene từ DNA tổng số. Kết quả nghiên cứu tiến hành cho thấy kỹ thuật này có ưu điểm cả về thời gian lẫn giá thành thực hiện. Phương pháp này tập trung khái thác các vùng mã hóa có độ bảo tồn cao hoặc các cùng chèn nằm trên bộ gene plastid. Theo đó, trình tự plastid của 5 loài hai lá mầm được sắp xếp thẳng hành nhằm dò tìm vùng bảo tồn. Sau đó các cặp mồi anh em được thiết kế sao cho tạo ra các sản phẩm khuyếch đại dài 1- 1.2 kb chồng lấp lên nhau từ vùng
lặp lại nghịch đảo của 14 loài quan hệ xa. Kết quả, tác giả đã thu được 100% độ bao phủ của vùng lặp lại nghịch đảo từ các loài Arabidopsis, thuốc lá, cam, dâu, đào, rau diếp, cà chua và Amaranthus. Ở các loài quan hệ xa như thông, Ginkgo, Equisetum thì kết quả kém hơn, chỉ 80% độ bao phủ được thu nhận. Sau đó các tác giả đã đọc trình tự vùng lặp lại nghịch đảo trong bộ gene plastid của dâu tây và đào, từ đó tiến hành ghi chú và phân tích. Hơn nữa, các tác giả còn nhận thấy khi chạy điện di các sản phẩm PCR từ cà chua và Amaranthus, nhiều vùng đa hình
xuất hiện và vì thế các tác giả cũng tiến hành đọc trình tự cho các vùng đa hình này. Các phân tích trình tự sau đó cho thấy ở các loài có quan hệ với cà chua đã có xảy ra hiện tượng loại bỏ một đoạn trình tự DNA khá lớn trong bộ gene do đó cho thấy khả năng ứng dụng phương pháp này trong việc nghiêu cứu so sánh và cấu trúc bộ gene. Các tác giả nhận định đây là phương pháp không quá tốn kém, đơn giản, dễ áp dụng vào việc đọc trình tự bộ gene plastid, cho phép tăng hiệu xuất và có thể đáp ứng như một quy chuẩn tổng quát trong việc xác định đặc tính bộ gene.