Giải mã trình tự gen rbcL, rpoB của sâm lai châu (Panax vietnamensis var. fuscidiscus K. Komatsu, S. Zhu & S.Q. Cai) và sâm ngọc linh (Panax vietnamensis Ha & Grushv.) làm cơ sở so sánh khoảng cách di truyền

Giải mãTAP<br /> trìnhCHI SINH<br /> tự gen HOC<br /> rbcL, rpoI2016, 39(1):<br /> của Sâm lai 80-85<br /> châu<br /> DOI: 10.15625/0866-7160/v39n1.7870<br /> <br /> <br /> <br /> GIẢI MÃ TRÌNH TỰ GEN RBCL, RPOB CỦA SÂM LAI CHÂU<br /> (Panax vietnamensis var. fuscidiscus K. Komatsu, S. Zhu & S. Q. Cai)<br /> VÀ SÂM NGỌC LINH (Panax vietnamensis Ha & Grushv.)<br /> LÀM CƠ SỞ SO SÁNH KHOẢNG CÁCH DI TRUYỀN<br /> <br /> Nguyễn Thị Phương Trang1*, Nguyễn Thị Hồng Mai1, Zhuravlev Yury N2, Reunova Galina D2<br /> 1<br /> Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam<br /> 2<br /> Viện Sinh học Thổ nhưỡng Viễn đông, Viện Hàn lâm khoa học Liên bang Nga<br /> <br /> TÓM TẮT: Mẫu sâm, Panax vietnamensis var. fuscidiscus, được thu tại huyện Phong Thổ, tỉnh<br /> Lai Châu, có đặc điểm hình thái rất giống với Sâm ngọc linh, Panax vietnamensis. Để so sánh<br /> khoảng cách di truyền của hai loài sâm này với nhau, chúng tôi tiến hành phân tích trình tự<br /> nucleotide vùng gen rbcL và rpoB. Các kết quả phân tích trình tự cho thấy, vùng gen rbcL của hai<br /> mẫu sâm với kích thước khoảng 700 bp có 9 vị trí nucleotide sai khác và có độ tương đồng là<br /> 98,8%, trình tự gen rpoB với kích thước khoảng 500 bp có 2 vị trí sai khác và có khoảng cách di<br /> truyền là 0,4%. Trình tự các đoạn gen rbcL và rpoB của P. vietnamensis var. fuscidiscus và<br /> P. vietnamensis đã được đăng ký trên Ngân hàng gen quốc tế với mã số lần lượt là KT194325.1,<br /> KT194324.1 và KT154685.1, KT154686.1.<br /> Từ khóa: Panax, DNA lục lạp, gen rbcL, gen rpoB, sâm lai châu, sâm ngọc linh.<br /> <br /> MỞ ĐẦU so với P. vietnamensis, thân rễ P. vietnamensis<br /> Chi Panax L. thuộc họ Ngũ gia bì var. fuscidiscus thường dài, có khi đến 20 cm<br /> (Araliaceae) gồm 15 loài và dưới loài (Lê Thanh hoặc hơn trong khi P. v. thân rễ nhỏ hơn và<br /> Sơn & Nguyễn Tập, 2006), tất cả đều có giá trị thường có xu hướng co cụm lại. Lát cắt củ P. v.<br /> làm thuốc. Ở Việt Nam, những loài mọc tự nhiên thường chỉ có 1 màu vàng trong khi củ P. v. var.<br /> đã biết gồm Sâm vũ diệp (P. bipinnatifidus), fuscidiscus thường có vòng tròn tím nhạt bên<br /> Tam thất hoang (P. stipuleanatus) và Sâm ngọc trong và có vị đắng hơn so với P. vietnamensis.<br /> linh (Panax vietnamensis) (Nguyễn Tập, 2005). Tuy nhiên, nếu chỉ dựa vào hình thái ngoài rất<br /> Sâm lai châu, một cây thuốc mới, ít được biết khó phân biệt. Để làm rõ hơn sự sai khác giữa<br /> đến ở Việt Nam đã được Phan Kế Long và nnk. hai loài này cũng như bổ sung thêm cơ sở dữ liệu<br /> (2013) xác định là P. vietnamensis var. về di truyền cho 2 giống cây quý của Việt Nam,<br /> fuscidiscus K. Komatsu, S. Zhu & S.Q. Cai. chúng tôi đã tiến hành giải mã trình tự gen rbcL<br /> Theo IUCN (2015), Sâm lai châu hiện được liệt và rpoB là 2 trong 7 chỉ thị về mã vạch DNA<br /> kê ở thứ hạng rất nguy cấp (CR) vì đáp ứng các thường được sử dụng trong nghiên cứu phân loại<br /> tiêu chí A2a,c,d; B2b(ii, iii, v); C2a(i); E. Theo ở thực vật (CBOL, 2009).<br /> Phan Kế Long et al., (2013), Sâm lai châu và sâm<br /> ngọc linh đều có nhiều đặc điểm về hình thái cây, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU<br /> lá, hoa và rễ giống nhau như đều là cây thân Mẫu lá và củ P. vietnamensis var.<br /> thảo, lá mọc vòng, thường có 4 lá, đôi khi là 5 fuscidiscus thu tại huyện Phong thổ, tỉnh Lai<br /> hoặc 6, dài khoảng 7-12 cm, lá hình trái xoan, Châu, tọa độ: 22o20N, 102o32E, độ cao 1.500m.<br /> mũi nhọn, mép lá có răng cưa đều. Cụm hoa mọc Mẫu lá và củ P. vietnamensis thu tại huyện<br /> từ giữa thân, hình cầu, bán kính 3-4 cm, hoa 5 Nam Trà My, Quảng Nam, tọa độ: 15o08N-<br /> cánh màu vàng nhạt. Quả khi chín màu đỏ, có 1<br /> 108o09E, độ cao 1.400 m.<br /> chấm đen ở đỉnh. Điểm khác nhau nhỏ về hình<br /> thái giữa hai loài này là đĩa mật của hoa sâm lai Tách chiết DNA tổng số<br /> châu có màu tím trong khi đĩa mật của hoa sâm Mẫu được nghiền trong nitrogen lỏng<br /> ngọc linh có màu nhạt hơn. Chiều cao trung bình (-196°C) thành dạng bột mịn, lấy 100 mg bột để<br /> của cây P. vietnamensis var. fuscidiscus cao hơn tách DNA, sử dụng kit tách Dneasy plant mini<br /> <br /> 80<br />  Nguyen Thi Phuong Trang et al.<br /> <br /> kit (Qiagen, CHLB Đức). trình nhiệt: 94oC trong 5 phút; 30 chu kỳ (94oC<br /> Nhân bản DNA trong 1 phút; 54oC trong 1 phút; 72oC trong 1<br /> phút), 72oC trong 7 phút; bảo quản mẫu ở 4oC<br /> Vùng gen rbcL dài 700 bp và vùng gen (Nguyễn Đức Thành và nnk., 2014).<br /> rpoB dài 500bp được khuếch đại bằng cặp mồi<br /> Universal. Trình tự mồi dùng khuếch đại gen Sản phẩm PCR được điện di kiểm tra trên<br /> rbcL như sau: mồi xuôi F: 5’-ATGTCACCA gel agarose 1,5% và tinh sạch bằng Kit tinh<br /> CAAACAGAGACTAA-3’, mồi ngược R: 5’- sạch Qiaquick gel extraction (Qiagen, Đức);<br /> TTCGGCACAAAATACGAAACGATCTCTC Giải trình tự 2 chiều bằng kit BigDye<br /> CA-3’). Trình tự mồi cho khuếch đại gen rpoB: terminator v3.1, đọc trình tự bằng máy ABI<br /> mồi xuôi F: 5’-GCC ACC ATC GAA TAT 3100 Avant genetic analyzer (Applied<br /> CTG GT-3’, mồi ngược R: 5’-ACA CGA TCT Biosystems).<br /> CGT CGC TAA CC-3’) (CBOL, 2009). Phân tích số liệu<br /> Thành phần mỗi phản ứng PCR 25 µl gồm: Các trình tự thu được sau khi đọc được xử<br /> 12,5 µl PCR Master Mix 2X Promega, Hoa lý bằng phần mềm Bioedit version 7.0.5.3. So<br /> Kỳ); 1 µl mồi xuôi (10 pmol); 1 µl mồi ngược sánh với các trình tự trên Ngân hàng gen Thế<br /> (10 pmol); 1 µl DNA (50 ng/ µl); 9,5 µl H2O giới (Genbank) bằng phần mềm MEGA 5.0<br /> khử ion. Phản ứng PCR được thực hiện theo chu (Tamura et al., 2011).<br /> <br /> Bảng 1. Danh sách và mã số Genbank các loài trong chi Panax lấy trên Ngân hàng Gen thế giới<br /> được dùng để so sánh<br /> Mã số GB<br /> STT Tên loài/thứ<br /> rbcL rpoB<br /> 1 Panax ginseng KM210143.1 KF412449.1<br /> 2 Panax quinquefolius GQ436709.1 HQ112593.1<br /> 3 Panax japonicus KF208380.1 HQ112579.1<br /> 4 Panax japonicus var. bipinnatifidus KM210141.1 HQ112595.1<br /> 5 Panax trifolius HQ112614.1 HQ112591.1<br /> 6 Panax stipuleanatus KM210157.1 HQ112578.1<br /> 7 Panax pseudoginseng KJ667625.1 HQ112592.1<br /> 8 Panax notoginseng GQ436706.1 HQ112577.1<br /> <br /> KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN (Kimura, 1980) cũng đã chỉ ra mức độ sai khác<br /> di truyền giữa loài P. vietnamensis và P.<br /> Phân tích trình tự nucleotide vùng gen rbcL vietnamensis var. fuscidiscus là 1,2% (bảng 3).<br /> Sau khi chỉnh sửa và loại bỏ tất cả các vị trí Mối quan hệ di truyền của mẫu sâm thu tại<br /> trống, một đoạn gen rbcL dài 700bp của mẫu Lai Châu (P. vietnamensis var. fuscidiscus) và<br /> sâm thu tại Lai Châu (Panax vietnamensis var. Sâm ngọc linh (P. vietnamensis Ha & Grushv.)<br /> fuscidiscus) và Sâm ngọc linh (P. vietnamensis với 8 loài khác thuộc chi Panax trên cơ sở tiến<br /> Ha & Grushv.) được so sánh với nhau và so sánh hóa của vùng gen rbcL được xây dựng bằng<br /> với 8 loài khác trong chi Panax lấy từ Ngân hàng phương pháp Neighbor Joining chỉ ra mối quan<br /> gen thế giới. Kết quả so sánh trên Mega 5.0 cho hệ di truyền của các loài (hình 1). Kết quả cho<br /> thấy mẫu sâm thu tại Lai Châu có 9 vị trí sai thấy mẫu sâm thu ở Lai Châu (P. vietnamensis<br /> khác với mẫu Sâm ngọc linh ở vị trí số 18, 47; var. fuscidiscus) nằm cùng một nhóm và có<br /> 105; 151; 241; 343; 467; 599; 64 (bảng 2). quan hệ di truyền gần gũi nhất với loài Sâm<br /> Sự khác nhau giữa các cặp loài trên cơ sở ngọc linh (P. vietnamensis) với mức độ tương<br /> phân tích theo mô hình Kimura 2 thông số đồng di truyền lên tới 98,2%.<br /> <br /> <br /> <br /> 81<br />  Giải mã trình tự gen rbcL, rpoI của Sâm lai châu<br /> <br /> Bảng 2. Kết quả so sánh các Nucleic sai khác trên vùng gen rbcL giữa các mẫu sâm thu ở Lai Châu<br /> với P. v. và các loài/thứ có quan hệ gần gũi<br /> 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 3 3<br /> 2 3 3 4 4 7 7 0 0 2 5 5 8 4 4 6 7 8 9 9 0 1<br /> 1 3 1 9 8 9 1 3 6 8 0 2 5 3 1 2 1 4 4 7 8 6 0<br /> P. vietnamensis<br /> (KT154685.1) T G T G C C C G A T G G A C G G T G G A T G T<br /> P. vietnamensis<br /> var. fuscidiscus<br /> (KT194325.1) C . . A . . . T . . A . . . A . . A A . . . C<br /> P. japonicas<br /> var. bipinnatifidus<br /> (KM210141.1) . . . A . . . T . . A . . . A . . A A . . . .<br /> P. japonicus<br /> (KF208380.1) . . . A . . . T . . A . . . A . . A A . . . .<br /> P. notoginseng<br /> (GQ436706.1) . . . A . . . T . . A . . . A . . A A . . . .<br /> P. pseudoginseng<br /> (KJ667625.1) C . A A . . A T . . A . . . A . . A A . . . C<br /> P. quinquefolius<br /> (GQ436709.1) . . . A . . . T . . A . . T A . . A A . . . .<br /> P. ginseng<br /> (KM210143.1) . . . A . T . T . . A . . T A . . A A . . . .<br /> P. stipuleanatus<br /> (KM210157.1) . . . A . . . T . C A . . T C . . A A . . . .<br /> P. trifolius<br /> (HQ112614.1) . . . A . . . T . . A . . . C . . A A . . . .<br /> Polyscias javanica<br /> (AY753252.1) . A A A T G G C G . T T T A A T C T . C C T .<br /> <br /> 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6<br /> 1 3 4 5 5 5 1 1 6 6 0 2 4 6 6 0 0 1 3 3 3<br /> 3 6 4 0 6 7 1 5 7 8 9 4 4 4 8 1 6 7 1 4 7<br /> P. vietnamensis (KT154685.1) T G A A G G A A G T T A T G G A G T T G T T<br /> P. vietnamensis<br /> var. fuscidiscus<br /> (KT194325.1) . A . . . . . . A . . . . . A . . . . . G .<br /> P. japonicas<br /> var. bipinnatifidus<br /> (KM210141.1) . A . . . . . . A . . . . . A . . . . T . .<br /> P. japonicus<br /> (KF208380.1) . A . G . . . . A . . . . . A . . . . T . .<br /> P. notoginseng<br /> (GQ436706.1) . A . . . . . . A . . G . . A . . . . T . .<br /> P. pseudoginseng<br /> (KJ667625.1) . A . G . . . . A . . . . . A . . . . T . .<br /> P. quinquefolius<br /> (GQ436709.1) . A . . . . . . A . . . G . A . . . . T . .<br /> P. ginseng<br /> (KM210143.1) . A . . . . . . A . . . G . A . . . . T . .<br /> P. stipuleanatus<br /> (KM210157.1) . A . . . . . . A A . . . . A C . . . T . .<br /> P. trifolius<br /> (HQ112614.1) G A . . . . . . A . . . . . A C . . A T . G<br /> Polyscias javanica<br /> (AY753252.1) A T T C T A C T A A A . . T C . A C . T G A<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> 82<br />  Nguyen Thi Phuong Trang et al.<br /> <br /> Bảng 3. Bảng khoảng cách di truyền giữa loài Sâm ngọc linh và mẫu sâm thu tại Lai Châu, so sánh<br /> với 8 loài Panax khác<br /> 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10<br /> 1 P. vietnamensis<br /> P. vietnamensis var.<br /> 2 fuscidiscus 0,012<br /> 3 P. japonicus 0,012 0,004<br /> P. japonicus var.<br /> 4 bipinnatifidus 0,011 0,003 0,001<br /> 5 P. notoginseng 0,012 0,003 0,002 0,001<br /> 6 P. pseudoginseng 0,015 0,005 0,003 0,004 0,005<br /> 7 P. quinquefolius 0,013 0,005 0,003 0,002 0,003 0,006<br /> 8 P. ginseng 0,014 0,006 0,004 0,003 0,004 0,007 0,001<br /> 9 P. stipuleanatus 0,015 0,009 0,006 0,005 0,006 0,010 0,005 0,006<br /> 10 P. trifolius 0,016 0,010 0,007 0,006 0,007 0,011 0,009 0,010 0,007<br /> 11 Polyscias javanica 0,649 0,641 0,639 0,639 0,641 0,636 0,642 0,642 0,645 0,651<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Hình 1. Mối quan hệ di truyền của một số loài trong chi Panax (phương pháp Neighbor Joining)<br /> <br /> Phân tích trình tự nucleotide vùng gen rpoB Zhu et al. (2003) đã mô tả P. vietnamensis<br /> Với vùng gen rpoB, sau khi chỉnh sửa và var. fuscidiscus là một thứ của P. vietnamensis<br /> loại bỏ tất cả các vị trí trống, một đoạn gen có phân bố ở Vân Nam, Trung Quốc và thứ này<br /> rpoB dài 500 bp của mẫu sâm thu tại Lai Châu khác với P. vietnamensis ở 4 vị trí nucleotide<br /> (P. vietnamensis var. fuscidiscus) và mẫu Sâm trên gen trnK. Việc phát hiện P. vietnamensis<br /> ngọc linh đã được dùng để so sánh với nhau và var. fuscidiscus có phân bố tại Lai Châu, chính<br /> so sánh với 8 loài khác trong chi Panax lấy từ thức mở rộng vùng phần bố của thứ này ở Việt<br /> ngân hàng gen thế giới. Kết quả so sánh trên Nam. Kết quả phân tích trình tự 2 vùng gen<br /> Mega 5.0 cho thấy đã tìm thấy 2 vị trí sai khác rbcL và rpoB cho thấy P. vietnamensis var.<br /> nuclecotide giữa mẫu P. vietnamensis var. fuscidiscus có quan hệ gần gũi với loài P.<br /> fuscidiscus và P. vietnamensis ở vị trí số 11 và vietnamensis, thể hiện khả năng P. vietnamensis<br /> 13 (bảng 4). var. fuscidiscus sẽ có đầy đủ các thành phần về<br /> hợp chất hoá học như loài Sâm ngọc linh. Trình<br /> Kết quả so sánh sự khác nhau giữa các cặp tự các đoạn gen rbcL và rpoB của P.<br /> loài trên cơ sở phân tích theo mô hình Kimura 2 vietnamensis var. fuscidiscus và P. vietnamensis<br /> thông số (Kimura, 1980) đã chỉ ra mức độ khác đã được đăng ký trên Ngân hàng gen quốc tế<br /> nhau giữa loài P. vietnamensis và mẫu P. với mã số lần lượt là KT194325.1, KT194324.1<br /> vietnamensis var. fuscidiscus là 0,4%. và KT154685.1, KT154686.1.<br /> <br /> 83<br />  Giải mã trình tự gen rbcL, rpoI của Sâm lai châu<br /> <br /> Bảng 4. Kết quả so sánh các Nu sai khác trên vùng gen rpoB giữa mẫu P. vietnamensis var.<br /> fuscidiscusvới P. vietnamensis và các loài khác thuộc chi Panax<br /> 1 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4<br /> 1 1 1 5 6 5 5 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0<br /> 1 2 4 5 6 0 1 3 9 0 6 9 0 1 1 2 3 4 5 6 0 1 2 3 4 5<br /> <br /> P. vietnamensis<br /> var. fuscidiscus<br /> KT194324 C G T T G G G A C A A G G C C C A T G G A A G A C T<br /> P. vietnamensis<br /> KT154686 . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . .<br /> P. ginseng .<br /> KF412449 T . A . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .<br /> P. japonicus var.<br /> bipinnatifidus<br /> HQ112595 T . A . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .<br /> P. pseudoginseng<br /> HQ112592 T C A . T . . . T . C . . . . . G . . . C . . . . .<br /> P.trifolius<br /> HQ112591 T . A . T . . . T . . . . T . . G . . . C . . . . .<br /> P. quinquefolius<br /> HQ112593 T . A . T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . .<br /> P. japonicus<br /> HQ112579 T . A . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .<br /> P. stipuleanatus<br /> HQ112578 T . A . T . . . T . . . . . . . G . . . C . A . . C<br /> P. notoginseng<br /> HQ112577 T . A . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .<br /> Hedera hibernica<br /> JN995078 T T G G T G . T T . . . T T T A G A . A . . . G . .<br /> <br /> Lời cảm ơn: Nghiên cứu được hỗ trợ về kinh Phan Kế Long, Vũ Đình Duy, Phan Kế Lộc,<br /> phí từ đề tài hợp tác song phương Việt-Nga Nguyễn Giang Sơn, Nguyễn Thị Phương<br /> (VAST.HTQT.Nga.10/15-16). Trang, Lê Thị Mai Linh, Lê Thanh Sơn,<br /> 2014. Mối quan hệ di truyền của các mẫu<br /> TÀI LIỆU THAM KHẢO Sâm thu ở Lai Châu trên cơ sở phân tích<br /> trình tự nucleotide vùng matK và ITS –<br /> Bộ Khoa học và Công nghệ, Viện Khoa học và rDNA. Tạp chí Công nghệ Sinh học, 12(2):<br /> Công nghệ Việt Nam, 2007. Sách Đỏ Việt 327-337.<br /> Nam, phần II: Thực vật. Nxb. Khoa học tự<br /> Phan Ke Long, Le Thanh Son, Phan Ke Loc, Vu<br /> nhiên và Công nghệ, Hà Nội.<br /> Dinh Duy, Pham Van The, 2013. Lai chau<br /> CBOL Plant working group, 2009. A DNA ginseng Panax vietnamensis var. fuscidiscus<br /> barcode for land plants. Proc. Natl. Acad. K. Komatsu, S. Zhu & S.Q.Cai.I.<br /> Sci. USA, 106: 12794-12797. morphology, ecology distribution and<br /> Chính Phủ Nước CHXHCN Việt Nam, 2006. conservation status. Proceedings of the 2 nd<br /> Nghị Định 32/2006/NĐ-CP ngày VAST-KAST on Biodiversity and Bio-<br /> 31.03.2006 về quản lý thực vật rừng, động active Compounds: 65-73.<br /> vật rừng nguy cấp quí hiếm. Lê Thanh Sơn, Nguyễn Tập, 2006. Những đặc<br /> IUCN, 2015. IUCN Red List of Threatened điểm sinh thái cơ bản của Sâm ngọc linh.<br /> Species. Tạp chí Dược liệu, 11: 145-147. Hà Nội.<br /> <br /> <br /> 84<br />  Nguyen Thi Phuong Trang et al.<br /> <br /> Nguyễn Đức Thành, 2014. Các kỹ thuật chỉ thị Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher<br /> DNA trong nghiên cứu và chọn lọc thực vật. G., Nei M., Kumar S., 2011. MEGA5:<br /> Tạp chí Sinh học, 36(3): 265-294. Molecular Evolutionary Genetics Analysis<br /> Using Maximum Likelihood, Evolutionary<br /> Nguyễn Thị Phương Trang, Lê Thanh Sơn,<br /> Distance, and Maximum Parsimony<br /> Nguyễn Giang Sơn, Phan Kế Long, 2011.<br /> Method. Mol. Biol. Evol., 28(10): 2731-<br /> Phát hiện về một loài sâm mới Panax sp.<br /> 2739.<br /> (Araliaceae) ở Việt Nam. Tạp chí Dược học,<br /> 10: 59-63. Zhu S., Fushimi H., Cai S., Komatsu K., 2003.<br /> Phylogenetic relationship in the Genus<br /> Nguyễn Tập, 2005. Các loài thuộc chi Panax L. Panax: inferred from Chloroplast trnK gene<br /> ở Việt Nam. Tạp chí Dược liệu (Hà Nội), and nuclear 18S rRNA gene sequences.<br /> 10: 71-76. Planta Med., 69(7): 647-653.<br /> <br /> <br /> rbcL AND rpoB GENE SEQUENCES OF Panax vietnamensis var. fuscidiscus<br /> AND Panax vietnamensis, THE BACKGROUND FOR IDENTIFICATION AND<br /> COMPARISON<br /> <br /> Nguyen Thi Phuong Trang1, Nguyen Thi Hong Mai1, Zhuravlev Yury N2, Reunova Galina D2<br /> 1<br /> Institute of Ecology and Biological Resources, VAST<br /> 2<br /> Institute of Biology and Soil Science, Far Eastern Branch Russian Academy of Sciences<br /> <br /> <br /> SUMMARY<br /> <br /> The Panax vietnamensis var. fuscidiscus samples collected at Phong Tho district, Lai Chau Province have<br /> morphological characteristics very similar with those of Panax vietnamensis distributed in Ngoc Linh<br /> mountain at Quang Nam and Kon Tum provinces that hinders the identification of these taxons. To supply the<br /> information to identify two species and know the genetic distance of these species with other Panax species,<br /> we sequenced rbcL and rpoB genes that are among DNA barcoding markers recommended for plant species<br /> identification. In the rbcL gene of 700 bp in length, we found 9 nucleotide differences between Panax<br /> vietnamensis var. fuscidiscus and Panax vietnamensis and the genetic similarity was 98,8%, while in the rpoB<br /> gene of 500 bp in length, only 2 nucleotide differences were discovered and the genetic distance was 0,4%.<br /> The sequences of rbcL and rpoB of Panax vietnamensis var. fuscidiscus and Panax vietnamensis were<br /> submitted to Genbank with the accession numbers KT194325.1, KT194324.1 and KT154685.1, KT154686.1<br /> respectively.<br /> Keywords: Panax vietnamensis var. fuscidiscus, Panax vietnamensis, rbcL, rpoB, chloroplast DNA.<br /> <br /> <br /> Citation: Nguyen Thi Phuong Trang, Nguyen Thi Hong Mai, Zhuravlev Yury N., Reunova Galina D., 2017.<br /> rbcL and rpoB gene sequences of Panax vietnamensis var. fuscidiscus and Panax vietnamensis, the<br /> background for identification and comparison. Tap chi Sinh hoc, 39(1): 80-85. DOI: 10.15625/0866-<br /> 7160/v39n1.7870<br /> *Corresponding author: ntptrang@yahoo.com.<br /> Received 11 March 2016, accepted 20 March 2017<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> 85<br />