Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub

Chia sẻ: Nguyen Phu Hon | Ngày: | Loại File: DOC | Số trang:4

Thêm vào BST

Báo xấu

306
lượt xem 18
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Tài liệu Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub sau đây sẽ giúp các bạn biết cách sử dụng cơ bản đối với một số phần mềm như chương trình DNAclub, phần mềm NTSYSpc 2.1, phần mềm Winboot, phần mềm Mega 6.0, vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81, chương trình chuyển đổi định dạng SeqVerter, chương trình Pymol.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM DNAclub 1. Chương trinh DNA club ̀ Cach chuyên trinh t ́ ̉ ̀ ự DNA thanh trinh t ̀ ̀ ự ngược Mở chương trinh DNAclub ̀ ̀ ́ ̀ ự dang FASTA vao  copy va dan trinh t ̣ ̀  vao convert ̀ ̣  chon Reverse Cach chuyên trinh t ́ ̉ ̀ ự DNA thanh trinh t ̀ ̀ ự bô sung ̉ Mở chương trinh DNAclub ̀ ̀ ́ ̀ ự dang FASTA vao  copy va dan trinh t ̣ ̀  vao convert ̀ ̣  chon ̣ ̣ Reverse + Complement  Chon lai Reverse Cach chuyên trinh t ́ ̉ ̀ ự DNA thanh trinh t ̀ ̀ ự aa Mở chương trinh DNAclub ̀ ̀ ́ ̀ ự dang FASTA vao  copy va dan trinh t ̣ ̀  vao convert ̀ ̣  chon ̣ Translate one frame hoăc translate three trame Tim vi tri căt enzyme gi ̀ ̣ ́ ́ ới han băng ch ̣ ̀ ương trinh DNA Club ̀ Mở chương trinh DNAclub ̀  đưa trinh t ̀ ự DNA cân phân tich vao ̀ ́ ̀  RestrictionMap 2. Phần mềm NTSYSpc 2.1 a. So sánh tương đồng Mở phần mềm NTSYSpc 2.1  chọn Similarity  chọn Qualitative data  Input file (Data1.xls)  Output file (đặt tên file Data1.NTS)  Compute b. Vẽ sơ đồ nhánh Chọn Clustering  chọn SAHN  Input file (Data1.NTS)  Output file (đặt tên Data1b.NTS)  Compute Có 2 cách: Chọn biểu tượng Plot tree ở góc dưới bên trái để hiển thị hình vẽ
Chọn Graphics  Chọn Tree plot  Input file (Data1b.NTS)  Compute 3. Phần mềm Winboot a. Tạo file dạng .dat Mở file Data2.xls  chọn Save as  lưu file dưới dạng Text (Tab delimited) Đến thư mục đã lưu file, chuyển Data2.txt thành Data2.dat b. Chỉ số bootstrap Mở phần mềm Winboot  Input file format chọn Tab  Browse  File name chọn Data2.dat  Ok  Coefficient chọn Dice  Samples chọn 2000  Compute 4. Phần mềm Mega 6.0 a. So sánh trình tự Align  Edit/Build Alignment  Ok  DNA  Edit  Insert Sequence From File  chọn file text chứa các trình tự định dạng FASTA  Đánh dấu các trình tự muốn so sánh (hoặc Ctrl A để chọn tất cả trình tự)  Alignment  Align by ClustalW  Ok  Save file  thoát b. Xây dựng cây phả hệ File  Open A File/Session...  chọn file đã save  Analysis  Phylogeny  Construct/Test Maximum Likelihood Tree  Yes  Compute 5. Ve gian đô pha hê băng ClustalX 1.81 ̃ ̉ ̀ ̉ ̣ ̀ Mở phân mêm ClustalX ̀ ̀ ̀ ̀ ̣ ̀ ̀  chen trinh đâu tiên vao thi chon Load sequences, khi chen nhiêu trinh ̀ ̀ ̀ ̀ tự vao ch ̀ ương trinh thi băt đâu t ̀ ̀ ́ ̀ ừ trinh t ̀ ự thứ 2 phai chon Append Sequence ̉ ̣ Tab Alignment  Do Complete Alignment  Align 6. Chương trinh chuyên đôi đinh dang SeqVerter ̀ ̉ ̉ ̣ ̣ ̉ ̉ ̣ ̣ Chuyên đôi sang đinh dang FASTA
Mở chương trinh SeqVerter ̀ ̣  chon Use SeqVerter  Import sequences  đưa trinh t ̀ ự cân ̀ ̉ ̉ ươi dang text chuyên đôi d ́ ̣ ̣ ̀ ự cân chuyên đôi  Ok  click chon trinh t ̀ ̉ ̉  chon kiêu đinh dang ̣ ̉ ̣ ̣ ̉ ̉  Ok. cân chuyên đôi ̀ 7. Chương trinh Pymol ̀ Đưa dư liêu vao ch ̃ ̣ ̀ ương trinh ̀ Co 2 cach: ́ ́ Cach 1: M ́ ở chương trinh Pymol ̀ ̣  Plugin  chon PDB Loader Service ̣ ̃ ́ ̉  nhâp ma sô cua protein  Ok Cach 2: M ́ ở chương trinh Pymol ̀ ̣  File  open  chon thư muc ch ̣ ưa tâp tin pdb cân quan sat ́ ̣ ̀ ́ Cach lây ma sô cua protein va tai tâp tin pdb ́ ́ ̃ ́ ̉ ̀ ̉ ̣ Vao trang web protein data bank ̀ ̣ ư khoa  nhâp t ̣ ́ ự ma sô protein hoăc tai ̀ ́  go  ghi lai 4 ki t ̃ ́ ̣ ̉ ̣ tâp tin pdb. Cho biêt cach loai phân t ́ ́ ̣ ử nươc Hb: ́ Vao trang web protein data bank ̀ ̣ ́ ự ma sô.  Hb  go  ghi lai 4 ki t ̃ ́ Mở chương trinh Pymol ̀ ̣  Plugin  Plugin  chon PDB Loader Service ̣  nhâp ma sô ̃ ́ Ok ́ ̣  nut lênh A (action)  remove H2O. ̉ ́ ̀ ̀ ́ ́ ̣ ̉ ̣ ̉ ̀ ược thiêt lâp. Chi sô bootstrap: la tân sô xuât hiên cua môt nhom (cluster) trên sô lân gian đô đ ́ ̀ ́ ̣ Đơn vi tinh la % (phân trăm). Theo Felsenstein (1985) bootstrap la môt công cu hô tr ̣ ́ ̀ ̀ ̀ ̣ ̣ ̃ ợ cho viêc ̣ xây dựng cây phat sinh loai. Chi sô bootstrap noi lên đô tin cây cua s ́ ̀ ̉ ́ ́ ̣ ̣ ̉ ự gân gui cac thanh viên cua ̀ ̃ ́ ̀ ̉ ̉ ̉ ̣ ̉ ́ ̉ ̣ ́ ̣ ̀ ̉ ̣ nhom cua cây pha hê. Chi sô bootstrap không thê hiên môi quan hê di truyên. Chăng han 90% co ́ ́ nghia xây d ̃ ựng 100x co 90x xuât hiên ́ ́ ̣ ̣ ́ ̣ Nhâp sô côt (Samples) va sô hang (Species) t ̀ ́ ̀ ương ưng v ́ ơi sô mâu va sô mâu band trong thi ́ ́ ̃ ̀ ́ ̃ ́ ̣  Dan bang hê nhi phân vao vi tri nay nghiêm ́ ̉ ̣ ̣ ̀ ̣ ́ ̀ ̣ Menu Tools  chon Options  Cluster analysis
Show Distance va Show Similarities ̀  Show Distance  Distance Equation theo Jacard  Ok Trở lai ̣  menu Multivariate  Cluster Analysis