zunia.vn

Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z

zunia.vn

» Y Tế - Sức Khoẻ

» Y khoa - Dược

Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:8

Báo xấu

31
lượt xem 2
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếu được phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểm được chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạn III và 5-15% ở giai đoạn IV

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học KHẢO SÁT PHỔ ĐỘT BIẾN Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG GIAI ĐOẠN SỚM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI Lê Gia Hoàng Linh1, Lương Bắc An1, Hồ Quốc Chương1, Ngô Quốc Đạt2, Nguyễn Hữu Thịnh2, Nguyễn Thị Quỳnh Thơ2, Nguyễn Hoài Nghĩa1, Giang Hoa3, Trần Diệp Tuấn2, Đỗ Thị Thanh Thủy3 TÓM TẮT Mục tiêu: Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếu được phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểm được chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạn III và 5-15% ở giai đoạn IV. Chính vì vậy việc chẩn đoán sớm rất quan trọng giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thời gian sống còn cũng như chất lượng sống của bệnh nhân. Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới, nhiều bảng gen khác nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen của UTĐTT. Trong nghiên cứu này chúng tôi sử dụng bảng 20 gen, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có khả năng biểu hiện kiểu hình cao (high penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng với điều trị nhắm trúng đích phân tử. Đối tượng và phương pháp: 20 đối tượng được chẩn đoán UTĐTT ở giai đoạn I, II, III được thu mẫu FFPE và giải trình tự bảng 20 gen bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới. Kết quả: Chúng tôi phát hiện 12/20 bệnh nhân mang đột biến trên các gen thuộc panel gen đã thiết kế. Trong đó đột biến phát hiện ở gen TP53, APC chiếm tần suất >25%; các gen KRAS, PIK3CA chiếm 11,5%; BRAF, FBXW7, KMT2D chiếm 3,8%. Kết luận: Chuẩn bị thành công thư viện giải trình tự và lai-bắt giữ được trình tự 20 gen mục tiêu đã thiết kế, bước đầu khảo sát được các đột biến gen trên bệnh nhân ung thư trực tràng giai đoạn sớm. Từ khóa: ung thư đại trực tràng, giải trình tự thế hệ mới, đột biến sinh ung, phổ đột biến ABSTRACT INVESTIGATION OF MUTATION IN EARLY STAGE COLORECTAL CANCER WITH NEXT- GENERATION SEQUENCING Le Gia Hoàng Linh, Luong Bac An, Ho Quoc Chuong, Ngo Quoc Dat, Nguyen Huu Thinh, Nguyen Thi Quynh Tho, Nguyen Hoai Nghia, Giang Hoa, Tran Diep Tuan, Do Thi Thanh Thuy * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol. 25 - No 1 - 2021: 118-125 Objectives: Colorectal cancer is one of the few malignancies that has a fairly good prognosis if detected and treated early. The patient's life time depends mainly on the stage of the disease at the time of diagnosis. In stage I and II, patients can live for 5 years. This rate is only 60% in stage III and 5-15% in stage IV. Therefore, early diagnosis is very important to help improve the cure rate, survival time as well as the patient's quality of life. Currently, applying next-generation sequencing technology, many different gene panel are used in the survey of genetic mutations of colorectal cancer. In this study, we use a panel of 20 genes, based on the goal of examining genes with high penetrance expression susceptibility to colorectal cancer and genes related to prognosis or predictive response with molecular targeting therapy. Trung tâm Y Sinh Học Phân Tử, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh 1 Khoa Y, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh 2 3Viện Di truyền Y học TP. Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: BS. Đỗ Thị Thanh Thủy ĐT: 0908 487 425 Email: thuydo@gmail.com 118 Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Methods: 20 patients diagnosed with colorectal cancer in stage I, II and III were collected FFPE samples and panel of 20 genes using next-generation sequencing method. Results: From 20 FFPE samples, we detected mutations in 12 samples (60%). The frequency of mutation in APC was 26.9%; in TP53 was 38.5%; in KRAS and PIK3CA was 11.5%; in BRAF, FBXW7, KMT2D was 3.8% Conclusion: We successful preparation of sequencing library and hybrid-capture sequence of 20 designed target genes, initially investigating genetic mutations in early stage colorectal cancer patients Keywords: colorectal cancer, next-generation sequencing, carcinoma, mutation ĐẶT VẤN ĐỀ sinh ung và nhóm gen sửa chữa DNA. Nhóm gen ức chế khối u tạo thành nhóm gen quan Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là loại ung trọng nhất chịu trách nhiệm cho các hội chứng thư được chẩn đoán phổ biến thứ ba ở nam giới ung thư di truyền và là đại diện cho nhóm gen và thứ hai ở nữ giới, với ước tính 1,4 triệu trường gây ra bệnh đa polyp tuyến gia đình (FAP - hợp bệnh mới phát hiện và 0,7 triệu bệnh nhân familial adenomatous polyposis), hội chứng đa tử vong trong năm 2018(1). Tỷ lệ này ở nam giới polyp vị thành niên (JPS - juvenile polyposis cao hơn nữ giới trong hầu hết các nghiên cứu syndrome) và nhiều hội chứng khác. Các đột trên toàn cầu. Khoảng 5% đến 10% những người biến dòng mầm gây bệnh trên gen sinh ung bị UTĐTT có mang đột biến gen di truyền gây ra không phải là nguyên nhân di truyền quan trọng các hội chứng ung thư gia đình. Các hội chứng trong UTĐTT, mặc dù một số đột biến sinh di truyền phổ biến nhất có liên quan đến UTĐTT dưỡng của chúng có mặt trong hầu hết các dạng là hội chứng đa polyp tuyến gia đình (FAP) và của ung thư đường tiêu hoá. Các gen ổn định, hội chứng Lynch; nhưng các hội chứng hiếm gặp đặc biệt là các gen sửa chữa lỗi bắt cặp sai (MMR khác cũng có thể làm tăng nguy cơ UTĐTT. – mismatch repair genes) khi bị đột biến sẽ gây Phần lớn UTĐTT là thể bệnh ngẫu nhiên đơn lẻ ra hội chứng Lynch (còn được gọi là UTĐTT (sporadic), không có bằng chứng rõ ràng về rối không đa polyp gia đình: HNPCC - hereditary loạn có tính di truyền. Khoảng 25% bệnh nhân nonpolyposis colorectal cancer), chiếm một phần còn lại có bệnh sử UTĐTT trong gia đình, cho đáng kể của UTĐTT di truyền(3). MUTYH là một thấy có sự đóng góp của nguyên nhân di truyền, ví dụ quan trọng khác của gen ổn định dẫn đến của sự phơi nhiễm với yếu tố nguy cơ chung của nguy cơ UTĐTT dựa vào sự sai sót trong khả các thành viên trong gia đình, hoặc kết hợp cả năng sửa chữa lỗi sai(4). hai. Các đột biến gen di truyền đã được xác định là nguyên nhân gây ra nguy cơ ung thư di Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS: Next truyền ở một số gia đình UTĐTT; các đột biến generation sequencing) là công nghệ giải trình tự gây bệnh này chiếm khoảng 5% đến 6% tổng số gen tiên tiến, cho phép giải trình tự đồng thời trường hợp UTĐTT. Các trường hợp còn lại rất hàng triệu phân mảnh DNA trong một phản có thể các gen chưa được phát hiện khác, kết hợp ứng, vì vậy giúp giảm giá thành giải trình tự với các yếu tố nguy cơ không di truyền, đóng xuống đáng kể, có thể đạt đến $0,1 cho mỗi 1 góp vào sự phát sinh UTĐTT gia đình. triệu nucleotide so với mức giá $2.400 của phương pháp giải trình tự Sanger truyền thống. Các gen được xem là gen liên quan UTĐTT Việc giải trình tự đồng thời hàng triệu phân khi chúng là các yếu tố cần và đủ để gây bệnh, mảnh DNA cho phép hàng trăm gen có thể được trên những gen này có mang những đột biến gây giải trình tự chỉ trong một phản ứng. Đây chính bệnh quan trọng(2). Chức năng của các gen liên là tiền đề cho sự phát triển của y học cá thể hóa quan UTĐTT chính đã được mô tả chi tiết trong (personalized medicine) trong điều trị và chẩn thập niên vừa qua. Ba nhóm gen ung thư được đoán ung thư. Hiện nay phương pháp giải trình đề xuất là nhóm gen ức chế khối u, nhóm gen tự trúng đích (targeted sequencing) thay vì giải Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 119
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học trình tự cả bộ gen (whole genome sequencing: khả năng biểu hiện kiểu hình cao (high WGS) được sử dụng phổ biến trong giải trình tự penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen các gen mục tiêu(5). Trong phương pháp giải liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng trình tự trúng đích, các phân mảnh DNA từ gen với điều trị nhắm trúng đích phân tử. mục tiêu sẽ được làm giàu thông qua bước nhân ĐỐITƯỢNG- PHƯƠNG PHÁPNGHIÊNCỨU bản bằng PCR hoặc bằng các mẫu dò đặc hiệu Đối tượng nghiên cứu gắn biotin trước khi giải trình tự. Ưu điểm của phương pháp này là giảm lượng gen giải trình Mẫu được sử dụng trong nghiên cứu là mẫu tự do chỉ giải trình tự những vùng gen mục tiêu mô u của 20 bệnh nhân UTĐTT giai đoạn I, II và được làm giàu. Giải trình tự toàn thể bộ gen III tại bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí (WGS) và giải trình tự toàn bộ exon (WES) hiện Minh trong thời gian từ tháng 09/2019 đến tháng đang được sử dụng để tìm các đột biến sinh 10/2020. dưỡng của khối u giúp tiên lượng và/hoặc tìm Tiêu chuẩn chọn mẫu kiếm các phương pháp điều trị trúng đích, cũng Được chẩn đoán xác định UTĐTT giai đoạn như xác định các đột biến dòng mầm gây nguy I, II, III (theo tiêu chuẩn của AJCC VII) cơ ung thư. Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải Có đầy đủ thông tin hành chính, tiền căn, trình tự gen thế hệ mới, nhiều bảng gen khác giai đoạn bệnh, kết quả giải phẫu bệnh. nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen Đồng ý tham gia nghiên cứu. của UTĐTT. Do đột biến ung thư đa dạng, nên Tiêu chuẩn loại trừ việc lựa chọn tổ hợp gen khảo sát (bao gồm số UTĐTT giai đoạn IV hoặc đã di căn. lượng gen và gen nào) để nhận dạng được đột biến trên mẫu mô u là một trong những yếu tố Không đồng ý tham gia nghiên cứu. quan trọng quyết định độ nhạy của phương Phương pháp nghiên cứu pháp phát hiện ung thư giai đoạn sớm(6). Để lựa Thiết kế nghiên cứu chọn các gen khảo sát, chúng tôi dựa trên các Nghiên cứu mô tả cắt ngang. gen có tần suất đột biến cao nhất trong UTĐTT Phương pháp thực hiện và tổng 20 gen được lựa chọn sẽ chiếm ít nhất 80% tổng tần suất đột biến xuất hiện trong Tách chiết DNA từ mô u (FFPE) và kiểm tra nồng độ UTĐTT. Do hiện nay các cơ sở dữ liệu di truyền dsDNA về phổ đột biến ung thư của người Việt chưa DNA từ mô u (FFPE) được tách chiết bằng đầy đủ, các gen được lựa chọn để khảo sát trong bộ kit QiaAmp DNA FFPE kit (Qiagen). Quy nghiên cứu này sẽ dựa trên các công bố trước trình tách chiết được tiến hành theo hướng dẫn đây và cơ sở dữ liệu COSMIC (Catalogue of của bộ kit. Các mẫu DNA được tiến hành kiểm Somatic Mutation in Cancer). Trong nghiên cứu tra nồng độ và lưu trữ tại -30oC. này chúng tôi sử dụng bảng 20 gen chia làm 5 Hệ thống QFX Fluorometer (Denovix, USA) phân nhóm chính: nhóm các gen kháng ung thư dựa trên nguyên lí định lượng các phân tử DNA (APC, TP53, FAT4, LRP1B, TGFBR, FAT1); được gắn chèn chất nhuộm huỳnh quang. Nồng nhóm gen gây ung thư (BRAF); nhóm quy định độ DNA được phản ánh thông qua chỉ số mật độ cấu trúc NST (KMT2C, KMT2D, ARID1A, huỳnh quang đo được. Bộ kít Denovix dsDNA TRRAP); nhóm nhân tố phiên mã (ZFHX3, HS (High Sensitivity) assay có độ chọn lọc cao TCF7L2); nhóm gen liên quan đến con đường tín đối với mạch đôi DNA (dsDNA) và định lượng hiệu nội bào (KRAS, PIK3CA, ACVR2A, chính xác mẫu DNA có nồng độ ban đầu từ FBXW7, RNF43, SMAD4, PREX2). Theo bảng 5pg/µl đến 25 ng/µl. gen này, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có Kết quả nồng độ DNA thu được sau tách 120 Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 chiết được ghi nhận lại. Quy trình thực hiện theo chất lượng giải trình tự tối ưu khi cluster passing hướng dẫn của nhà sản xuất. filter đạt >90%. Tạo thư viện giải trình tự - Estimated Yield: Khối lượng dữ liệu dự DNA tách chiết từ mẫu FFPE được phân kiến thu được. mảnh bằng enzyme fragmentase (NEBNext Phân tích dữ liệu giải trình tự dsDNA Fragmentase). Dữ liệu giải trình tự được xuất dưới định Phản ứng phân cắt được thực hiện tại 370C dạng base call file (bcl), các cặp trình tự (pair-end trong 24 phút. reads - PE) của các mẫu khác nhau được phân Sản phẩm sau phân cắt được kiểm tra bằng nhóm (demultiplex) thông qua trình tự nhận điện di trên gel Agarose, kích thước sản phẩm diện 8-bp (barcode) có trên trình tự index P7 và tập trung 150bp-300bp. P5 dưới định dạng fastq bằng công cụ bcl2fastq Sản phẩm DNA sau phân mảnh được tiến (Illumina). Các cặp trình tự (PE reads) được sắp hành sửa đuôi (NEBNext FFPE DNA Repair xếp (align/map) lên trình tự bộ gen của người Mix) và chuẩn bị thư viện (NEBNext Ultra II phiên bản số 19 (human genome version hg19) DNA Library Prep Kit for Illumina). bằng thuật toán BWA 0.7.1 (Burrows Wheeler Các bước tiến hành theo hướng dẫn của nhà Aligner). Những cặp trình tự sắp xếp duy nhất sản xuất. lên một vị trí trên bộ gen (uniquely mapped pair-end reads) sẽ được sử dụng để xác định đột Giải trình tự trên hệ thống giải trình tự NextSeq 550 biến di truyền. Các mẫu thư viện được gộp chung (pooling) Đột biến điểm và đột biến mất/thêm đoạn và được biến tính (denatured) với dung dịch ngắn được xác định bằng quy trình tính toán NaOH 0,2N để thư viện tách mạch tạo chuỗi VarScan 2 qua nhiều bước kiểm tra để tăng độ đơn. Thư viện sau đó được pha loãng về nồng tin cậy của mỗi đột biến được tìm thấy. độ 1,5pM (đối với kít giải trình tự NextSeq550 Đột biến chuyển đoạn và dung hợp đoạn Mid Output 150 Cycles) trước khi nạp vào được xác định bằng quy trình FACTERA qua các cartridge. Quá trình giải trình tự trải qua 2 bước bước: 1) xác định những cặp trình tự sắp xếp bất chính: tạo cụm (clustering) và giải trình tự hợp lý trên trình tự bộ gen người (discordant (sequencing). reads) - đây là những trình tự bao phủ vùng Trong nghiên cứu này, để đảm bảo được khả chuyển đoạn và dung hợp đoạn nên sẽ có chiều năng phát hiện được các đột biến có tần suất dài chèn bất thường, hay được sắp xếp trên 2 thấp rất thấp, chúng tôi sử dụng bộ hóa chất nhiễm sắc thể khác nhau, những cặp trình tự này NextSeq Mid output kit (150 cycles) tại độ sâu được dùng xác lập những vùng gen có nhiều ~1.000X. Thông tin giải trình tự được hiển thị khả năng chuyển đoạn hay dung hợp đoạn; 2) qua các thông số: xác định vị trí chuyển đoạn/dung hợp đoạn ở - Quality Scores: Tiêu chuẩn Q30 (nghĩa là độ mức độ từng nucleotide - những vùng gen có chính xác của giải trình tự cho mỗi nucleotide là nhiều khả năng chuyển đoạn hay dung hợp 99,9%) phải lớn hơn 90%. đoạn sẽ được xếp hạng dựa trên độ sâu tại vị trí - Cluster Density: Mật độ cụm được tạo trên chuyển đoạn hay dung hợp đoạn (tối thiểu là mm2 (tối ưu với kít Mid Output 150 cycles: 170- 2X), sau đó những cặp trình tự sắp xếp đúng ở 220K/mm2). gần những vùng này sẽ được sử dụng để xác - Clusters Passing Filter (%): Thể hiện phần định chính xác vị trí nucleotide mà hiện tượng trăm số cụm vượt qua được các yêu cầu về chất chuyển đoạn/dung hợp đoạn đã xảy ra; 3) kiểm lượng base giải trình tự (Q30) và tín hiệu ở các tra đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn bằng cụm không bị chồng lên nhau. Thông thường, phương pháp giả lập trên máy tính - tạo ra Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đoán Hình Ảnh-Xét Nghiệm 121
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học những trình tự giả lập ở từng đột biến chuyển Đặc điểm lâm sàng n=20 % đoạn/dung hợp đoạn và tái sắp xếp những cặp III 8 40% Không thỏa tiêu chuẩn trình tự lên trình tự giả lập này để kiểm tra mức IV 1 chọn mẫu nên loại khỏi độ định vị của những cặp trình tự. Tỉ lệ định vị nghiên cứu cao (quality alignment) thể hiện độ chính xác của Không thỏa tiêu chuẩn Chưa phân loại 3 chọn mẫu nên loại khỏi việc xác định đột biến chuyển đoạn/dung hợp nghiên cứu đoạn. Tần suất của từng đột biến điểm và đột Carcinôm tuyến 19 95% biến mất/thêm đoạn được tính toán dựa trên tỉ lệ Mô học Carcinôm tế bào 1 5% từng loại nucleotide tại vị trí đột biến bằng phần thần kinh nội tiết Đại tràng 14 70% mềm SAMtools. Vị trí Trực tràng 5 25% khối u Xử lý số liệu Ống hậu môn 1 5% Số liệu được chúng tôi nhập vào lưu trữ Dựa vào kết quả mô học, phần lớn các bệnh bằng phần mềm Microsorf Excel (phiên bản nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu tập trung vào 15.30). Về phân tích số liệu, chúng tôi sử dụng giai đoạn I và II. Trong đó, giai đoạn 0 là 1 (5%) phần mềm R (phiên bản 4.0.0). Giá trị p 40 20 100% Tuổi APC(S439*) 25,6% ≤ 40 0 0% APC (S143fs) 24,1% Giai 0 1 5% CRCB03 II APC(R1432*); 30,5% đoạn I 1 5% TP53(R213*). 18,6% bệnh II 6 30% FBXW7 (R479L) 22,9% 122 Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Tên mẫu Giai đoạn Đột biến Tần suất đường tiêu hoá và là vấn đề lớn đối với sức khoẻ CRCB04 0 KRAS(G12V) 37,8% cộng đồng. Theo báo cáo của tổ chức Y tế Thế APC (E1228*) 33,3% CRCB06 II giới thực hiện năm 2018 tại Việt Nam thì tỉ lệ TP53 (R213*) 21,7% BRAF (V600E) 8,3% UTĐTT là 11,47/100.000 dân đối với nam, đứng CRCB09 III thứ tư sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư KRAS (G12V) 30% APC (I1557*fs) 32,2% dạ dày; tỉ lệ này ở nữ là 6,11/100.000 dân, đứng CRCB14 III TP53 (R342*) 25% thứ năm sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư CRCB15 II PIK3CA (Q546R) 22,9% vú và ung thư dạ dày(8). Có rất nhiều số liệu khác APC (R564*) 23,2% nhau về phân bố ung thư biểu mô tuyến trên CRCB16 III TP53 (R210*) 32,4% khung đại tràng theo từng quốc qua và chủng TP53 (R342*) 9,6% CRCB17 III TP53(R213*) 60,7% tộc. Nhìn chung các số liệu đều thống nhất là CRCB18 II (-) UTĐTT xảy ra ở bên trái nhiều hơn bên phải, và CRCB19 III TP53 (R248Q) 15,4% nhiều nhất là ở trực tràng. Một nghiên cứu tại APC(R1432*) 4% bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh cho CRCB20 II TP53 (R282G) 8,6% tỉ lệ ung thư trực tràng 39,2%, đại tràng chậu CRCB22 II (-) hông 18,75%, đại tràng xuống 14,77%, đại tràng CRCB23 III (-) CRCB25 III (-) ngang 5,11%, đại tràng lên 12,5% và manh tràng PIK3CA (R88Q) 26,6% 9,65%(9). Đặc điểm này tương đồng với lâm sàng CRCB28 III KRAS (G12V) 29,6% của nghiên cứu, tỷ lệ vị trí khối u ở đại tràng là TP53 (c.993+1G>C) 34,3% 70%, trực tràng là 25%. CRCB29 II (-) UTĐTT nguyên phát phần lớn là ung thư Phần lớn các đột biến xuất hiện trên 2 gen là biểu mô tuyến (adenocarcinôm), chiếm khoảng TP53 và APC lần lượt chiếm tỉ lệ 38,5% và 26,9%. 90-95%. Ngoài ra các loại sarcôm ít gặp: phát Phần còn lại là các đột biến trên gen PIK3CA, sinh từ mô cơ trơn (leiomyosarcoma), mô mỡ KRAS và FBXW7, BRAF, KMT2D. Thống kê phổ (liposarcoma), mạch máu (hemangiosarcoma), đột biến được thể hiện bằng Hình 1. bạch mạch (lymphangio-sarcoma), mô lưới (reticulosarcoma), mô lymphô (lymphosarcoma). Về mặt đại thể có các dạng chồi sùi, thể loét, thể thâm nhiễm và dạng vòng nhẫn. Tuy nhiên, kết hợp của các thể này với nhau cũng rất thường gặp. Trong đó, thể chồi sùi là dạng thường gặp nhất(10). Theo Hình 1, phần lớn các đột biến xuất hiện trên 2 gen là TP53 và APC, chiếm tỉ lệ 38,5% và 26,9%. Do đối tượng nghiên cứu của chúng tôi là bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm nên giải thích được phổ đột biến xuất hiện nhiều đối với gen APC và TP53. Vai trò của APC và TP53 đã được Hình 1: Phổ đột biến từ 12 mẫu FFPE của bệnh nhân ghi nhận nhiều trong các nghiên cứu trước đây UTĐTT giai đoạn sớm về UTĐTT. UTĐTT là một bệnh không đồng nhất, tiên lượng được gắn liền với việc phân chia BÀN LUẬN giai đoạn lâm sàng trong nhiều thập niên đã Việt Nam là nước có tỉ lệ UTĐTT tương đối qua. Gần đây, trong một nghiên cứu giải trình tự cao, đứng hàng thứ hai trong các bệnh lý ác tính exon đích của 1.321 gen liên quan đến ung thư Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đoán Hình Ảnh-Xét Nghiệm 123
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học từ 468 mẫu khối u, Schell MJ xác định được một BRAF không đáp ứng với thuốc kháng thể đơn nhóm gồm 17 gen giúp phân loại UTĐTT tốt dòng chống EGFR như cetuximab hoặc nhất, trong đó APC đóng vai trò trung tâm trong panitumumab. Đột biến BRAF được báo cáo dự đoán sống còn toàn bộ(11). Gen APC có thể nhiều nhất là đột biến V600E. Đột biến các gen mang 0, 1 hoặc 2 đột biến cắt cụt protein BRAF, KMT2D, FBXW7 chiếm tỷ lệ 3,8% trong (truncating mutation), mỗi dạng có một tác động nghiên cứu. rất khác nhau đến sự sống còn. Các khối u KẾT LUẬN không có đột biến nào của APC có tiên lượng Bước đầu khảo sát được phổ đột biến của xấu hơn so với các khối u chỉ mang một đột biến bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm trên mẫu APC; tuy nhiên, những khối u mang hai đột biến FFPE. Ở các giai đoạn tiếp theo của nghiên cứu, APC kèm với đột biến KRAS và TP53 lại có tiên chúng tôi sẽ thu thập cỡ mẫu lớn hơn để có thể lượng xấu nhất. Sự tăng sinh tế bào quá mức do thống kê được các vị trí đột biến “nóng” (hot- những đột biến trên gen APC tạo ra các polyp spot mutation). Trong tương lai, chúng tôi sẽ có đại tràng. Mặc dù hầu hết những người mang đủ thông tin để đưa ra cái nhìn tổng quát hơn về đột biến trên gen APC sẽ phát sinh UTĐTT, các vị trí “hot-spot” của các trên các gen được nhưng số lượng những polyp và khoảng thời khảo sát. gian chúng trở nên ác tính phụ thuộc vào vị trí đột biến trên gen. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Delman K A (2020). Introducing the "Virtual Tumor Board" Đột biến gen KRAS gặp trong khoảng 36 - series in CA: A Cancer Journal for Clinicians. CA Cancer J Clin, 40% UTĐTT, ở nghiên cứu này đột biến KRAS 70(2):77. chiếm 11,5%. Phần lớn đột biến xảy ra ở các 2. Markowitz SD, Bertagnolli MM (2009). Molecular origins of cancer: Molecular basis of colorectal cancer. New England Journal codon 12, 13 và 61 của gen KRAS. Các đột biến of Medicine, 361(25):2449-2460. này tạo nên tình trạng kích hoạt liên tục của 3. Win AK, Jenkins MA, Buchanan DD, Clendenning M, Young JP, Giles GG, et al (2011). Determining the frequency of de novo đường dẫn truyền tín hiệu KRAS. Đột biến germline mutations in DNA mismatch repair genes. Journal of KRAS làm cho tế bào kháng với điều trị bằng Medical Genetics, 48(8):530-534. kháng thể đơn dòng chống EGFR(12,13). Bệnh 4. Wang L, Baudhuin LM, Boardman LA, Steenblock KJ, Petersen GM, Halling KC, et al (2004). MYH mutations in patients with nhân UTĐTT mang đột biến gen KRAS có tiên attenuated and classic polyposis and with young-onset lượng kém hơn vì các thuốc điều trị nhắm trúng colorectal cancer without polyps. Gastroenterology, 127(1):9-16. đích sẽ không hoạt động trên khối u. Các đột 5. Johnson B, Cooke L, Mahadevan D (2017). Next generation sequencing identifies 'interactome' signatures in relapsed and biến của gen RAS và PI3K cũng làm tăng khả refractory metastatic colorectal cancer. Journal of Gastrointestinal năng di căn của các tế bào ung thư(14). Trong Oncology, 8(1):20-31. nghiên cứu này đột biến gen PIK3CA chiếm 6. Zhang J, Zhang S (2017). Discovery of cancer common and specific driver gene sets. Nucleic Acids Research, 45(10):e86. 11,5%, các đột biến sinh dưỡng của gen PIK3CA 7. Phipps AI, Lindor NM, Jenkins MA, Baron JA, Win AK, đã được phát hiện trong 10 - 30% UTĐTT, Gallinger S, et al (2013). Colon and rectal cancer survival by tumor location and microsatellite instability: the Colon Cancer những đột biến này thường xảy ra ở exon 9 và Family Registry. Diseases of the Colon and Rectum, 56(8):937-944. exon 20, gây kháng với điều trị bằng kháng thể 8. Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo đơn dòng chống EGFR(15). M, et al (2015). Cancer incidence and mortality worldwide: sources, methods and major patterns in GLOBOCAN 2012. Các đột biến gen BRAF làm cho tế bào ung International Journal of Cancer, 136(5):E359-E386. thư ác tính hơn. Vì thế những người có tế bào 9. Nguyễn Thúy Oanh, Lê Quang Nghĩa (2003). Kết quả chẩn đoán 176 trường hợp ung thư qua nội soi đại tràng bằng ống soi ung thư mang đột biến gen BRAF có tiên lượng mềm. Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 7(1):148-154. xấu hơn. Khoảng 8 - 15% UTĐTT có mang đột 10. Quách Trọng Đức, Nguyễn Trường Kỳ (2015). Đặc điểm nội soi biến BRAF(16,17). Đột biến BRAF có liên quan với và mô bệnh học của ung thư đại trực tràng: nghiên cứu loạt ca trên 1.033 trường hợp. Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 19(1):114- UTĐTT ở bên phải và làm giảm tỷ lệ sống còn 119. toàn bộ. Bệnh nhân UTĐTT mang các đột biến 124 Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 11. Schell MJ, Yang M, Teer JK, Lo FY, Madan A, Coppola D, et al potential effects on therapy in the CAPRI GOIM trial. Annals of (2016). A multigene mutation classification of 468 colorectal Oncology, 26(8):1710-1714. cancers reveals a prognostic role for APC. Nature 16. Bamford S, Dawson E, Forbes S, Clements J, Pettett R, Dogan A, Communications, doi: 10.1038/ncomms11743. et al (2004). The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in 12. Amado RG, Wolf M, Peeters M, Van Cutsem E, Siena S, Cancer) database and website. British Journal of Cancer, 91(2):355- Freeman DJ, et al (2008). Wild-type KRAS is required for 358. panitumumab efficacy in patients with metastatic colorectal 17. Iacopetta B, Li W, Grieu F, Ruszkiewicz A, Kawakami K (2006). cancer. Journal of Clinical Oncology, 26(10):1626-1634. BRAF mutation and gene methylation frequencies of colorectal 13. Tan C, Du X (2012). KRAS mutation testing in metastatic tumours with microsatellite instability increase markedly with colorectal cancer. WJG, 18(37):5171-5180. patient age. Gut, 55(8):1213-1214. 14. Lan YT, Jen-Kou L, Lin CH, Yang SH, Lin CC, Wang HS, et al (2015). Mutations in the RAS and PI3K pathways are associated Ngày nhận bài báo: 10/12/2020 with metastatic location in colorectal cancers. Journal of Surgical Oncology, 111(7):905-910. Ngày nhận phản biện nhận xét bài báo: 20/02/2021 15. Normanno N, Rachiglio A, Lambiase M, Martinelli E, Fenizia F, Ngày bài báo được đăng: 10/03/2021 Esposito C, et al (2015). Heterogeneity of KRAS, NRAS, BRAF and PIK3CA mutations in metastatic colorectal cancer and Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đoán Hình Ảnh-Xét Nghiệm 125

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN

TRỢ GIÚP

HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG

Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.