Luận án Tiến sĩ Sinh học: Nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của một số loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae ký sinh gây bệnh trên người và động vật tại Việt Nam

Chia sẻ: Dopamine Grabbi | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:187

Thêm vào BST

Báo xấu

19
lượt xem 5
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Mục tiêu của đề tài nghiên cứu nhằm nghiên cứu giải trình tự hệ gen ty thể loài sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui, phân tích đặc điểm gen và xây dựng phả hệ; nghiên cứu giải trình tự đơn vị mã hóa ribosome của một số loài sản là ruột nhỏ (Haplorchis taichui, Haplorchis pumilio), phân tích đặc điểm gen và xây dựng phả hệ. Mời các bạn tham khảo nội dung đề tài!

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Luận án Tiến sĩ Sinh học: Nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của một số loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae ký sinh gây bệnh trên người và động vật tại Việt Nam

ViÖN HµN L¢M khoa häc vµ c«ng nghÖ viÖt nam ViÖn c«ng nghÖ sinh häc L£ THÞ VIÖT Hµ NGHIÊN CỨU C I M HỆ GEN TY TH V NV M H I O OME CỦ MỘT LOÀI ÁN LÁ UỘT THUỘC H HETEROPHYIDAE KÝ INH GÂY ỆNH T ÊN NGƯỜI V ỘNG VẬT TẠI VIỆT N M LuËn ¸n tiÕn sÜ sinh häc Hµ néi - 2021
VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LÊ THỊ VIỆT HÀ NGHIÊN CỨU C I M HỆ GEN TY TH VÀ N VỊ M H RI OSOME CỦ MỘT S LOÀI SÁN LÁ RUỘT THUỘC HỌ HETEROPHYIDAE KÝ SINH GÂY ỆNH TRÊN NGƯỜI VÀ ỘNG VẬT TẠI VIỆT N M Chuyên ngành: Hóa sinh học Mã số: 9 42 01 16 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. GS.TS. Lê Thanh Hòa Viện Công nghệ sinh học 2. PGS.TS. ồng Văn Quyền Viện Công nghệ sinh học Hà Nội, 2021
i M ƠN t t s us hất đ GS.TS. Lê Thanh Hoà, nguyên rưở Ph M ễ dị h, V ệ C hệ s h họ , V ệ H m Khoa họ v C hệ V ệt Nam, th o th s t m hu t đ t t h tr t p hư d , dành h u th a tru đ t th , t o mọ đ u ệ thu ợ , trao đ , đị h hư ,đ v v pđ t tro qu tr h h u, họ t p v ho th h u t t s us đ PGS.TS Đồ Vă Qu , Phó V ệ V ệ trưở Vệ C hệ s h họ , V ệ H m Khoa họ v C hệ V ệt Nam, th đồ hư d hoa họ đ t t h hỉ ảo t tro th a họ t p v h u ảm h th h hất t t p thể h u Phòng M ễ dị h họ - V ệ C hệ s h họ - V ệ H m Khoa họ v C hệ V ệt Nam đ h ệt t h pđ t ho th h u ủa m h đượ ảm : - Ba hđ oVệ C hệ s h họ , V ệ H m Khoa họ v C hệ V ệt Nam đ t o đ u ệ ho t đượ họ t p v h u - Ba G m đố Họ v ệ Y–Dượ họ tru V ệt Nam, PGS S Ph m Quố B h, Chủ tị h H đồ rư v , đồ h ệp ủa B m , Phòng, Khoa ủa Họ v ệ đ t o đ u ệ pđ t tro suốt qu tr h họ t p -C m s hỗ trợ h phí ủa Quỹ Ph t tr ể Khoa họ v hệ Quố a (NAFOS ED) tro đ t m số 1 - 1 v 108.02-2017.09 do GS S ha h H a hủ h ệm. - S Đỗ ru Dũ , rưở Khoa K s h tr , V ệ Sốt r t-Ký sinh trùng-C tr ru ư v đồ h ệp trong Khoa đ pđ t h th hệ v ệ thu m u, thí h ệm h u h h th họ cho nghiên u
ii Cuố t t t s us đ ư th , ađ hđ u u hu hí h, đ v , pđ ũ hư h a s h h hă v tru h ệt hu t pt ho th h qu tr h họ t p v h u ủa m h ê hị V ệt Hà
iii LỜI CAM KẾT Tôi xin cam đoan: Đây là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả cùng cộng tác với các cộng sự khác; Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một phần đã được công bố trên các tạp chí khoa học chuyên ngành với sự đồng ý và cho phép của các đồng tác giả; Phần còn lại chưa được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Hà Nội, ngày tháng năm 2021 Tác giả
iv MỤC LỤC Trang Lời cảm ơn ....................................................................................................... i Lời cam kết ....................................................................................................... iii Mục lục ............................................................................................................. iv Danh mục các chữ viết tắt ................................................................................ ix Danh mục các bảng .......................................................................................... xii Danh mục các hình ........................................................................................... xiv MỞ ĐẦU ......................................................................................................... 1 CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ....................................................... 3 1. 1. Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ h Heterophyidae thuộc lớp Sán lá Trematoda ................................................................... 3 1.1.1. Phân loại sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae ................................... 3 1.1.2. Đặc điểm sinh học và phân b c a sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae ................................................................................. 6 1.1.3. Tình hình nghiên cứu sán lá ruột nhỏ họ Heterophyidae trên thế gi i v ở Việt Nam .......................................................................... 11 1.2. T th , ribosome t th v c i m h gen t th ................... 17 1.2.1. Gi i thiệu ty thể c a động vật ......................................................... 17 1.2.2. ibosome c a ty thể .................................................................. 21 1.2.3. Cấu trúc v sắp xếp gen ở hệ gen ty thể .......................................... 21 1.2.4. Đặc điểm gen v v ng kh ng m h a ở hệ gen ty thể .................... 23 1.2.5. Nghiên cứu ứng dụng gen v hệ gen ty thể ..................................... 29 1.3. Giới thi u Ribosome c a t ov n v m h a ri osome .... 31 1.3.1. Gi i thiệu ribosome c a tế b o ....................................................... 31 1.3.2. Đơn v m h a ribosome ............................................................ 33 1.3.3. Nghiên cứu ứng dụng ch th phân t c a đơn v m h a ribosome ................................................................................. 37
v 1.4. ngh a v s c n thi t nghiên cứu c i m mtDNA v n v m h a ri osome c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis c a t i 40 CHƯƠNG 2. Đ I TƯ NG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ……………………………………………………………… 43 2.1. Đ it ng v t li u a i m nghiên cứu ……………………… 43 2.1.1. Đ it ng v vật liệu nghiên cứu ………………………………… 43 2.1.2. M u nghiên cứu c a các lo i thuộc họ Heterophyidae …………... 43 2.1.3. Đ a điểm v thời gian nghiên cứu ................................................... 45 2.2. Ph ng pháp ti p c n v tr nghiên cứu …………………… 45 2.3. Ph ng pháp nghiên cứu h gen t th ………………………... 47 2.3.1. Ph ơng pháp xác đ nh cấu trúc v sắp xếp hệ gen ty thể c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui ……………………………………… 47 2.3.2. Ph ơng pháp phân t ch đặc điểm gen N ribosome (MRG) ty thể ………………………………………………………………… 48 2.3.3. Ph ơng pháp phân t ch đặc điểm gen N vận chuyển t N ty thể ………………………………………………………………… 48 2.3.4. Ph ơng pháp phân t ch v ng kh ng m h a ở hệ gen ty thể …….. 49 2.3.5. Phân t ch ph ơng thức s dụng nucleotide v t nh toán giá tr độ lệch skew skewness trong hệ gen ty thể ………..………………. 49 2.3.6. Phân tích đặc điểm gen m h a protein v s thiên v s dụng bộ m ……………………………………………………………... 50 2.3.7. Ph ơng pháp t nh toán khoảng cách di truy n c a các lo i sán lá ruột nhỏ d a trên cộng h p 3 gen cob+nad1+cox1 ……………… 50 2.3.8. Ph ơng pháp t nh toán khoảng cách di truy n c a các lo i sán lá ruột nhỏ d a trên cộng h p 12 PCG c a ty thể …………………... 51 2.3.9. Ph ơng pháp phân t ch phả hệ d a trên ch th cộng h p ba gen PCG c a ty thể (cob+nad1+cox1) ………………………………... 51 2.3.10. Ph ơng pháp phân t ch phả hệ d a trên ch th cộng h p to n bộ 12 PCG c a ty thể ………………………………………………... 52 2.4. Ph ng pháp nghiên cứu n v mã hóa ribosome (rTU) ........ 53
vi 2.4.1. Ph ơng pháp xác đ nh cấu trúc v sắp xếp gen v ng giao gen c a đơn v m h a ribosome ………………………………………….. 53 2.4.2. Ph ơng pháp xác đ nh độ d i v đặc điểm gen r N v v ng giao gen ở đơn v m h a ribosome ................................................ 53 2.4.3. Ph ơng pháp phân t ch ph ơng thức s dụng nucleotide và tính toán giá tr độ lệch skew trong đơn v m h a ribosome …….. 54 2.4.4. Ph ơng pháp phân tích t ơng đ ng nucleotide c a các gen r N v ph n m h a ribosome c a sán lá ruột nhỏ họ eterophyidae ... 54 2.4.5. Ph ơng pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai gen r N ribosome (5.8S, 18S, 28S rRNA) ………………………………… 55 2.4.6. Ph ơng pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai v ng giao gen ITS (ITS-1, ITS-2) ……………………………………………….. 56 2.4.7. Ph ơng pháp phân tích phả hệ c a H. taichui v H. pumilio d a trên chu i gen 28S rRNA to n ph n …………………………… 56 2.4.8. Ph ơng pháp phân tích phả hệ c a H. taichui v H. pumilio d a trên cộng h p gen (18S+28S rRNA) to n ph n 57 CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU …………………………………. 58 3.1 K t qu nghiên cứu h gen t th loài Haplorchis taichui m u Vi t Nam …………………............................................................ 58 3.1.1. Cấu trúc v sắp xếp hệ gen ty thể c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui ............................................................................................. 58 3.1.2. Phân t ch đặc điểm gen N ribosome c a ty thể ………………. 62 3.1.3. Đặc điểm gen N vận chuyển t N c a ty thể ……………… 63 3.1.4. Đặc điểm v ng kh ng m h a ở mtDNA c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui ……………………………………………….. 65 3.1.5. Ph ơng thức s dụng nucleotide v giá tr độ lệch skew trong hệ gen ty thể ……………………………………………………… 65 3.1.6. Phân t ch đặc điểm gen m h a protein v thiên v s dụng bộ m (codon usage) ………………………………………………… 66
vii 3.1.7 . Khoảng cách di truy n giữa Haplorchis taichui v các lo i sán lá khác ở họ eterophyidae v Opisthorchiidae d a trên cộng h p amino acid c a ba gen (cob+nad1+cox1) ………………………... 68 3.1.8. Khoảng cách di truy n giữa Haplorchis taichui v các lo i sán lá khác ở họ eterophyidae v Opisthorchiidae d a trên cộng h p amino acid c a 12 PCG …………………………………………... 70 3.1.9. Phân t ch phả hệ sán lá ruột nhỏ d a trên chu i amino acid cộng h p c a ba gen m h a protein (cob+nad1+cox1) ……………….. 72 3.1.10. Phân t ch phả hệ sán lá ruột nhỏ d a trên chu i amino acid cộng h p c a to n bộ 12 gen m h a protein ………………………….. 74 3.2. K t qu nghiên cứu n v m h a ri osome loài Haplorchis taichui v lo i H. pumilio m u Vi t Nam ……………………… 77 3.2.1. Cấu trúc v sắp xếp gen c a đơn v mã hóa ribosome c a Haplorchis taichui ………………………………… 77 3.2.2. Độ d i gen r N v v ng giao gen ở đơn v m h a ribosome c a các lo i Haplorchis taichui v Haplorchis pumilio .................. 80 3.2.3. Đặc điểm cấu trúc bậc hai gen r N . 1 2 r N …... 81 3.2.4. Đặc điểm cấu trúc v ng giao gen T T -1, ITS-2) …………… 86 3.2.5. ết quả phân t ch ph ơng thức s dụng nucleotide trong đơn v m h a ribosome …………………………………………………. 88 3.2.6. ết quả phân t ch t ơng đ ng nucleotide c a các gen r N v ph n m h a ribosome c a sán lá ruột nhỏ họ eterophyidae …... 90 3.2.7. Phân t ch phả hệ c a H. taichui v H. pumilio d a trên chu i nucleotide gen 2 ribosome to n ph n …………………………. 91 3.2.8. Phân t ch phả hệ c a H. taichui v H. pumilio d a trên cộng h p to n ph n hai gen rRNA (18S+28S rRNA) ……………………… 94 CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN KẾT QUẢ …………………………………….. 97 4.1. V nghiên cứu h gen t th sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui 99
viii 4.1.1. V thu nhận dữ liệu gen học hệ gen ty thể ……………………….. 99 4.1.2. V đặc điểm hệ gen ty thể c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui 100 4.1.3. V một s ứng dụng mtDN trong nghiên cứu di truy n v phả hệ …………………………………………………………………. 104 4.1.4. V đ ng g p cung cấp cơ sở dữ liệu hệ gen ty thể ………………. 107 4.2. V nghiên cứu n v m h a ri osome H.taichui v H. pumilio …………………………………………………………… 109 4.2.1. V thu nhận dữ liệu gen học đơn v m h a ribosome …………… 109 4.2.2. V đặc điểm đơn v m h a ribosome c a sán lá ruột nhỏ Haplorchis taichui v H. pumilio ………………………………… 110 4.2.3. V một s ứng dụng rTU trong nghiên cứu di truy n v phả hệ … 113 4.2.4. V đ ng g p cung cấp cơ sở dữ liệu đơn v m h a ribosome …... 116 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ....................................................................... 119 NHỮNG CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG B LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI ..... 121 TÓM TẮT BẰNG TIẾNG ANH ................................................................... 122 TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................. 130 PHỤ LỤC ........................................................................................................ 1
ix DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nội dung i i ngh ATP Adenosine triphosphate Phân tử mang năng lượng bp Base pair Cặp bazơ Consensus Chu i chung l a sequence t căn ch nh nhi u chu i cs cộng sự DNA Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonucleic ĐVLSN Zoonosis/zoonoses Động vật lâ sang người et al. và những người khác ETS External Transcribed Spacer Vùng ngoại gen hai pin /stem Secondary structure C u t c nhánh HTH Morphology nh thái h c IGS Non-transcribed intergenic Vùng bản l spacer ITIS Integrated Taxonomic th ng th ng tin phân loại t ch Information System hợp ITS Internal Transcribed Spacer Vùng giao gen Kb (= Kbp) Kilo base pair Đơn vị đo (= 1.000 cặp bazơ) KCDT Genetic distance hoảng cách di t u n KST Parasite sinh t ùng LNR Long non-coding region Vùng không mã hóa dài loop Secondary structure C ut c LPCR Long- Polymerase Chain Phản ứng chu i t ùng hợp dài Reaction
x LRU Long repeat unit C u t c lặp dài MFE mimum free energy Năng lượng k t n i t i thi u MIF Minute intestinal fluke Sán lá uột nh MRG Mitoribosomal gene Gen RNA ibosome t th mRNA messenger RNA RNA thông tin mtDNA mitochondrial genome h gen t th mt-LSU large mitoribosomal unit ti u đơn vị lớn ibosome t th mtRP/MRP Mitoribosomal protein protein ribosome ty th mt-SSU small mitoribosomal unit ti u đơn vị nh ibosome t th NCBI National Center for Trung tâm Thông tin CNSH Biotechnology Information u c gia ( oa NCR/NR Non-coding region Vùng không mã hóa NCS Nghiên cứu sinh nDNA Nuclear genome gen nhân OXPHOS Oxidative phosphorylation uá t nh hoá-khử phospho l h a PCG Protein coding gene gen mã hóa protein PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chu i t ùng hợp SHPT Molecular biology sinh h c phân tử SLRN sán lá uột nh SNR Short non-coding region vùng kh ng mã h a ngắn rDNA Ribosomal DNA DNA ribosome RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic rRNA ribosomal RNA Gen RNA ribosome rTU ribosomal transcription unit Đơn vị mã h a ribosome
xi rTU* Coding ribosomal transcription Ph n mã h a TU unit SRU Short repeat unit C u t c lặp ngắn tRNA/trn transfer RNA Gen RNA vận chu n TRU/TR/RU Tandem repeat unit Đơn vị c u t c lặp li n k
xii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 ồ ……………………………………….. 8 Bảng 1.2 Các gen trong hệ e ể ậ ồ 3 e ã ó protein, 2 gen RNA e e ã ó RNA ậ ể …………………………………………………………... 23 Bảng 2.1 S RN Vệ N S T NA TU ó ệ …..……………….. 44 Bảng 3.1 V e ặ ể gen trong mtDNA H. taichui ( QT3 V ệ N 15.120 bp; GenBank: MG972809) và H. taichui (LA, Lào, 15.131 bp; GenBank: KF214770) ……………………………… 60 Bảng 3.2 T ệ e eA T ệ e e e e ã ó e e e ể R NA S RN ee e ………………………… 66 Bảng 3.3 T ệ ã e NA H. taichui V ệ N H. taichui M. yokogawai Q ee e………….. 67 Bảng 3.4 T e ệ 3 e cob+nad1+cox1 ữ Htai-QT3-VN và Sfal-QN2-VN Vệ N ee e Opisthorchiidae…………………………………………………. 69
xiii Bảng 3.5 T e ệ e ã ó e ữ Htai-QT3-VN ee e Opisthorchiidae ………………………….. 71 Bảng 3.6 V e e ã ó e Vệ N Haplorchis taichui (Htai- QT3-VN, . H. pumilio (Hpum-HPU8-VN, 7.416 bp) 80 Bảng 3.7 T ệ e e A T ệ e e e e S RNA S RNA e S S RNA ã ó e ee e Haplorchis taichui, Haplorchis pumilio, Cryptocotyle lingua Euryhelmis costaricensis ……………………………………………………. 89 Bảng 3.8 ồ e e e S RNA S RNA e S S RNA ã ó ã ó e TU Heterophyidae, Haplorchis taichui, Haplorchis pumilio, Cryptocotyle lingua Euryhelmis costaricensis ……………… 90
xiv DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1 (ITIS).……………………………………..…………………… 5 Hình 1.2 Haplorchis Stellantchasmus ậ ừ b V ( ẫ ì ẽ ả).……………………………………………………………… 9 Hình 1.3 C ( ) SLRN …... 10 Hình 1.4 Phân b ầ Haplorchis spp. (H. taichui, H. pumilio và H. yokogawai) ự ê ự ú ả ……………………………………………... 14 Hình 1.5 M b ị ( D A) ơ ị mã hóa ribosome (rTU) b ……………….. 18 Hình 1.6 Mô hình m ì ………………. 19 Hình 1.7 M quá trình b ……. 20 Hình 1.8 M ì ú mtDNA ……………………………………………............... 22 Hình 1.9 C ú bậ A b ( A A) …………………………… 25 Hình 1.10 C ú bậ ì A ậ A …………………………………………………... 26 Hình 1.11 ì ê A b ú ơ ị b b ậ b ơ …………………………………………. 32
xv Hình 1.12 M b ễ ó ứ ơ ị ã ó b ( TU) ú ơ ị TU ……………... 34 Hình 1.13 C ú bậ A b b A b ……………….. 36 Hình 2.1 ơ b ê ứ b ự ) ê ứ ( D A) ) ê ứ ơ ị ã ó b ( TU)………………………………… 46 Hình 3.1 ì ả ả C ừ D A H. taichui ………………………… 58 Hình 3.2 ơ H. taichui …………… 61 Hình 3.3 M ì ú bậ ã ó b (M ) gen ty H. taichui …………………... 63 Hình 3.4 M ì ú ự t A y Haplorchis taichui ứ ự bả ữ các amino acid mà chúng ậ .………………………… 64 Hình 3.5 C ả ị q ề ự ê ỗ ễ ừ cob+nad1+cox1 ữ SLRN V ( ì ) 5 O Echinostomatidae, Fascio ( ).......................................................................................... 73 Hình 3.6 C ả ị q ả ự ê ỗ ễ ừ C 75 Hình 3.7 ì ả ả C C TU ừ H. taichui H. pumilio ……………………… 78
xvi Hình 3.8 Tậ ự ầ ã ó ơ ị ã ó ribosome Haplorchis taichui (V ) H. pumilio (V ) Cryptocotyle lingua ( ) Euryhelmis costaricensis ( ậ Bả ) ………... 79 Hình 3.9 M ì ú bậ 5. A b ……………………………………………. 82 Hình 3.10 M ì ú bậ ỗ A Haplorchis taichui Haplorchis pumilio ………….. 83 Hình 3.11 M ì ú bậ ỗ A Haplorchis taichui Haplorchis pumilio ……………………. 85 Hình 3.12 M ì ú bậ ỗ T - Haplorchis taichui Haplorchis pumilio ………… 86 Hình 3.13 M ì ú bậ ỗ T - Haplorchis taichui, Haplorchis pumilio, Cryptocotyle lingua Euryhelmis costaricensis ………... 87 Hình 3.14 C ả ị q ả ự ê ỗ A ầ (~3.8 – 3.9 kb) H. taichui H. pumilio V . 92 Hình 3.15 C ả ị q ả ự ê ỗ A ầ (5.846– 5.870 bp) H. taichui H. pumilio V ……………………………………………. 95
1 M U Bệnh ký sinh trùng ng v t l y s ng ng i KST VLSN do sán lá gây nên ng là mối qu n t m nhi u quố gi trên thế giới. Chỉ tính riêng sán lá truy n qu thứ ăn nh á, tôm u , ũng ã ó khoảng 50 triệu ng i bị nhiễm hàng năm và khoảng 750 triệu nguy ơ bị nhiễm. thứ d n trí, môi tr ng, nhu ầu sống, t p tụ ăn uống thiếu vệ sinh ã tạo i u kiện thu n lợi ho KST VLSN trong thứ ăn (food-borne), trong cá, tôm, cua (fish-borne , trong n ớ w ter-borne) và trong thự v t thủy sinh pl nt-borne truy n l y dễ dàng s ng ng i á n ớ ng phát triển, trong ó ó Việt N m. Sán lá ru t nh SLRN) h Heterophyid e lây s ng ng i qu á do ăn á h nấu hín ph n bố kh p thế giới, với khoảng 7 triệu ng i bị nhiễm, hầu hết á n ớ Ch u Á, gồm Hàn Quố , Trung Quố , ài Lo n, Việt N m, Lào, Thái L n, M l ysi , Indonesi , Philippin và Ấn . M dù á loài SLRN ơ bản ã ợ xếp vào á hi riêng biệt t ơng ứng trên ơ s ph n loại h nh thái h , nh ng việ h n oán, ph n biệt và th m ịnh loài i h i ó nh ng k thu t và ông nghệ hính xá hơn. Xá ịnh loài, ph n loại và á mối qu n hệ phả hệ, tiến hó h Heterophyid e và ph n b Opisthor hi t ần ó á hỉ thị ph n t áng tin y, trong ó hỉ thị t hệ gen ty thể (mitogenome, mtDNA là m t trong nh ng ông ụ tốt nhất. Nguồn ung ấp hỉ thị ph n t là tr nh tự nucleotide và mino id suy diễn nếu ó ủ mtDNA và hệ gen nhân (nuclear genome, nDNA). T hệ gen nh n, ơn vị mã hó ribosome (ribosomal transcription unit, rTU) ợ kh i thá s dụng ph biến nhất. Chỉ thị ph n t ợ s dụng ó thể là toàn b tr nh tự nu leotide và mino id, nếu ó ủ m t vùng DN , ủ m t số gen h y toàn b số gen mã hó protein (protein coding genes, PCG), á gen RN ty thể S rrnS và S rrnL) ủ mtDNA ho và á gen S rRN S rRN , á vùng gi o gen ITS- và ITS- ủ rTU. Nhu ầu ứng dụng SHPT làm sáng t i u kiện và vị trí ph n loại, khoảng á h di truy n gi á hủng loài, ph n biệt mối qu n hệ v loài hi h liên h và ph n Lớp Liên h Ph n b là rất lớn, biệt với á loài ― n n ‖, loài ‗
2 n ‖, loài ― m‖, loài ―lai‖ và á dạng phát triển ủ sinh v t ùng hiện diện trong ùng v t hủ. Sự ông nh n hính xá m i loài hi h là ơ s ho á h ơng tr nh ph ng hống và kiểm soát ối với á bệnh KST do cá truy n l y trên thế giới. Cho ến n y, toàn phần h y phần tr nh tự mtDN mới thu nh n ợ 80 ến 0 hủng ủ 0–70 loài) sán lá trem tode và ợ ăng ký trong ơ s d liệu GOBASE (http://gobase.bcm.umontreal.ca/) hay GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ . M t khá , số l ợng rTU ủ á loài n ít hơn rất nhi u, ả mtDN và rTU h b o phủ hết tất ả á hi và á h trong Lớp Sán lá, kể ả h Heterophyid e. Do v y, giải tr nh, ph n tí h và kh i thá d liệu mtDNA và rTU ủ sán lá nói hung và ủ SLRN nói riêng ng ợ y mạnh. Khi tài này tiến hành, hỉ mới ó tr nh tự mtDNA và m t rTU gần hoàn hỉnh ợ thu nh n và ph n tí h h Heterophyid e. Do v y, d liệu mtDN và rTU ủ Haplorchis taichui và m t số SLRN khá ủ h Heterophyidae do h ng tôi ung ấp rất ó giá trị ho á nghiên ứu và ứng dụng tiếp theo. Xuất phát t nhu ầu và yêu ầu thự tế diện nói trên, nhằm b sung d liệu mtDN và rTU ủ m t số loài SLRN l u hành tại Việt N m ho ứng dụng, chúng tôi tiến hành tài: “Nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể và đơn vị mã hóa ribosome của một số loài sán lá ruột thuộc họ Heterophyidae ký sinh gây bệnh trên ngƣời và động vật tại Việt Nam‖ với mụ tiêu hung là: ―T toàn bộ ệ n ty t ể à n m bo om một loài án lá ột n ỏ t op y tạ V ệt N m, ph n t ểm á n à ệ nn mp n ên ứ tễ p n tử à ứn n t on ẩn oán p n loạ ‖, trong ó 2 mụ tiêu hính ủ tài là: 1. Nghiên cứ t n t ệ n ty t ể loà án lá ột n ỏ plo taichui, ph n t ểm n à y n p ệ 2 N ên ứ t n t n m bo om một loà án lá ột n ỏ (Haplorchis taichui, Haplorchis p m l o p n t ểm n à y n p ệ