Luận văn : KHẢO SÁT HỆ VI KHUẨN Methylobacterium sp. TRÊN LÚA (Oryza sativa L.) Ở TÂY NINH part 3

Chia sẻ: Sadfaf Asfsggs | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:27

Thêm vào BST

Báo xấu

132
lượt xem 22
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Hình 4.2: Tế bào vi khuẩn trong thử nghiệm Gram vật kính 100X. 4.2.2. Mối quan hệ với oxy: Trong thí nghiệm khảo sát mối quan hệ với oxy của các chủng phân lập được. Trong tổng số 26 khuẩn lạc (chủng) vi khuẩn đều cho phản ứng catalase dương tính. Từ đó, có thể kết luận rằng các chủng vi khuẩn đã phân lập được là vi khuẩn hiếu khí. Ngoài ra, trong bốn chủng đại diện cho nhóm đều cho phản ứng oxydase dương tính cũng cho phép chúng tôi xác nhận một lần nữa các chủng này...

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Luận văn : KHẢO SÁT HỆ VI KHUẨN Methylobacterium sp. TRÊN LÚA (Oryza sativa L.) Ở TÂY NINH part 3

43 Hình 4.2: Tế bào vi khuẩn trong thử nghiệm Gram vật kính 100X. 4.2.2. Mối quan hệ với oxy: Trong thí nghiệm khảo sát mối quan hệ với oxy của các chủng phân lập được. Trong tổng số 26 khuẩn lạc (chủng) vi khuẩn đều cho phản ứng catalase dương tính. Từ đó, có thể kết luận rằng các chủng vi khuẩn đã phân lập được là vi khuẩn hiếu khí. Ngoài ra, trong bốn chủng đại diện cho nhóm đều cho phản ứng oxydase dương tính cũng cho phép chúng tôi xác nhận một lần nữa các chủng này là vi khuẩn hiếu khí. Kết quả này phù hợp với các công trình nghiên cứu của Green (1992), trước đây [34]. 4.2.3. Khả năng đi động Kết quả thử nghiệm khả năng di động trong bốn chủng kiểm tra đều có khả năng di động (mọc lan ra khỏi đường cấy). Từ đó chúng tôi cũng có thể kết luận răng bốn chủng có roi (hay tiêm mao). 4.2.4. Kết quả khả năng sử dụng các chất cung cấp nguồn cacbon Kết quả thử nghiệm khả năng sử dụng các nguồn cung cấp carbon và năng lượng các khuẩn lạc thuần được tóm tắt trên bảng 4.2. Bảng 4.2: Kết quả thử nghiệm khả năng sử dụng nguồn cacbon của vi khuẩn. Arabinose Fructose ethanol methylamine trimethylamine Betaine serbacate Glutamate Acetate nutrient agar Catalase Citrate Mannitol Maltose Sucrose – – – – – LM1 + + + + + + + + + + – – – – – LM2 + + + + + + + + + +
44 – – – – – LM3 + + + + + + + + + + – – – – – BS16 + + + + + + + + + + – – – – – BS17 + + + + + + + + + + – – – – – BS18 + + + + + + + + + + – – – – – BN21 + + + + + + + + + + – – – – – – – – TS9 + + + + + + + – – – – – – – BD11 + + + + + + + + – – – – – – – TN12 + + + + + + + + – – – – – – – TN13 + + + + + + + + – – – – – – – TD15 + + + + + + + + – – – – – – – GN19 + + + + + + + + – – – – – – – GS22 + + + + + + + + – – – – – GS23 + + + + + + + + + + – – – – – GD26 + + + + + + + + + + – – – – TN10 + + + + + + + + + + + – – – – GD14 + + + + + + + + + + + – – – – – – – LM4 + + + + + + + + – – – – – – – LB5 + + + + + + + + – – – – – – – TS6 + + + + + + + + – – – – – – – TS7 + + + + + + + + – – – – – – – TS8 + + + + + + + + – – – – – – – GS24 + + + + + + + + – – – – – – – GN25 + + + + + + + + – – – – – – – BN20 + + + + + + + + Từ các thử nghiệm sinh hóa này chúng tôi tiến hành phân nhóm các khuẩn lạc có đặc điểm sinh hóa giống nhau. Các khuẩn lạc có đặc điểm sinh hóa giống nhau được xếp vào cùng một nhóm và từ mỗi nhóm này chỉ dùng một đại diện để tiến hành tính hệ số tương đồng Jaccard so với đặc điểm sinh hóa của các chủng đã được công bố. Có tất cả 4 nhóm và bốn đại diện cho bốn nhóm được sử dụng trong tính toán hệ số tương đồng là: LM2, TS7, TN10, TD15.
45 Hình 4.3: Kết quả khảo sát khả năng sử dụng nguồn cacbon của vi khuẩn. Chú thích: 1: arabinose, 2: betaine, 3: citrate, 4: glucose, 5: ethanol, 6: fructose, 7: glutamate, 8: acetate, 9: methylamine, 10: serbacate, 11: trimethylamine, 12: lactose, DC: đối chứng âm. 4.2.5. Bộ thử nghiệm IDS 14GRN Từ các chủng vi khuẩn đại diện cho nhóm theo các đặc điểm sinh lý, sinh hóa để có thể khảo sát đầy đủ hơn một số đặc điểm sinh lý, sinh hóa của bốn chủng vi khuẩn chúng tôi tiến hành dùng bộ thử nghiệm sinh hóa định danh vi khuẩn gram âm để khảo sát một số đặc điểm sinh lý, sinh hóa khác. Kết quả bộ thử nghiệm định danh IDS 14GNR được tóm tắt trên bảng 4.4 Bảng 4.4: Kết quả bộ thử nghiệm sinh hóa IDS14GNR. LM2 DS7 DS15 DN10 Oxydase + + + + – – – ONPG + – – – – Nitrate – Citrate + + + Indole + + + + – – – – PAD – – – – Malonate LDC + + + + Di động + + + + – – – Glucose +
46 – – – – Esculin – Urease + + + – – – – H2 S – – – VP + 4.2.6. Kết quả khảo sát ảnh hƣởng của nhiệt độ và pH đến sự phát triển của vi khuẩn 8 y = 1.2566x + 7.165 7.9 R2 = 0.9814 7.8 log (N/ml) 7.7 7.6 7.5 7.4 7.3 7.2 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 OD Hình 4.4: Đường tương quan tuyến tính giữa OD và mật độ tế bào. Các chủng trong thí nghiệm đều có khả năng tăng trưởng tốt trên môi trường trong khoảng nhiệt độ biến thiên từ 20 – 300C. Trong đó, nhiệt độ tối ưu cho ba chủng LM2, TS7, TD15 là 250C và chủng TN10 là 300C. kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Green và ctv (1992), [34]. Ảnh hưởng của nhiệt độ lên sự phát triển của các dòng vi khuẩn được biểu diễn trên hình Hình 4.5: Ảnh hưởng của nhiệt độ lên sự phát triển của vi khuẩn.
47 Hình 4.6: Ảnh hưởng của pH lên sự phát triển của vi khuẩn. Trong khi đó, từ biểu đồ (hình 4.6) chúng tôi nhận thấy rằng các chủng đều có thể tăng trưởng tốt trong khoảng pH 5,0 – 7.5, tối ưu trong khoảng 6,5 – 7. Chủng TS7 có thể tăng trưởng trong khoảng pH từ aicd đến trung tính. Ngược lai, chủng TD15 lại có thể tăng trưởng trong khoảng pH từ acid đến pH hơi kiềm. 4.2.7. Đƣờng cong tăng trƣởng Dựa vào đường cong tăng trưởng (Hình 4.7)chúng tôi nhận thấy rằng các chủng tăng trưởng chậm trên môi trường nuôi cấy. Và theo Green và ctv (1992), thì vi khuẩn thuộc chi Methylobacterium tăng trưởng chậm. Thời gian để vi khuẩn tăng trưởng tới pha ổn định có thay đổi giữa các dòng vi khuẩn. Dòng LM2 là 32 giờ, dòng TS7 là 40 giờ, dòng TN10 là 44 giờ và dòng TD15 là 36 giờ. Từ những dữ liệu này chúng tôi cho rằng thời gian tốt nhất để thu hoạch tế bào là sau 24 giờ.
48 Hình 4.7: Đường cong tăng trưởng của các chủng vi khuẩn. Các đặc điểm sinh lý, sinh hóa của các chủng được tóm tắt trong bảng 4.4 Bảng 4.4: Tổng hợp các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa của vi khuẩn. LM2 TS7 TN10 TD15 Acetate + - - + Arabinose - - + + Betaine + + - - Catalase + + + + Citrate + - + + Di dộng + + + + Esculine - - - - Ethanol + - + - Fructose - + + - Glucose - - + - Glutamate - + + - H2 S - - - - Indole + + + + Lactose - - - +
49 LDC + + + + Malonate + + + + Maltose + + + + Manitol + + + + Methylamine + - - - Nitrate - - - - Oxidase + + + + PAD - - - - Serbacate - - + - Sucrose + + + + Trimethylamine - - + - Urea + + - + Kích thước khuẩn 1 – 3mm 1 – 3mm 2 – 5mm 1 - 3mm lạc Kích thước tế bào 0,99-1,45µm 0,99-1,98µm 0,99-2,19µm 1,32-2,64µm Màu sắc khuẩn lạc Pl Pl Pr P Hình dạng khuẩn lạc Tròn, lồi Tròn, lồi Tròn, lồi Tròn, lồi Nhiệt độ tối ưu (t0C) 25 25 30 25 pH tối ưu 6,5 6,5 6,5 6,5 biến đổi Âm biến đổi Âm Gram Chú thích: +: có sử dụng hay dương tính, -: không sử dụng hoặc âm tính, Pl: hồng nhạt, P: hồng, Pr: hồng đỏ. 4.3. Định danh vi khuẩn 4.3.1. Hệ số tƣơng đồng di truyền-Jaccard. Bảng 4.5: Hệ số tương đồng Jaccard từ 0 – 1 của các loài. Thứ tự Loài LM2 TS7 TN10 TD15 01 M. aminovorans 0,600 0,600 0,400 0,400 02 M. aquaticum 0,333 0,167 0,667 0,667 03 M. chloromethanicum 0,556 0,222 0,889 0,667 04 M. dichloromethanicum 0,545 0,273 0,364 0,778 05 M. extorquens 0,583 0,167 0,500 0,750
50 06 M. fujisawaense 0,333 0,333 0,583 0,667 07 M. hispanicum 0,667 0,333 0,667 0,667 08 M. isbiliense 0,500 0,500 0,833 0,667 09 M. lusitanum 0,727 0,545 0,273 0,727 10 M. mesophilicum 0,333 0,333 0,417 0,667 11 M. nodulans 0,667 0,333 0,500 0,667 12 M. organophilum 0,455 0,545 0,455 0,455 13 M. populi 0,667 0,333 0,500 0,667 14 M. radiotolerans 0,500 0,333 0,583 0,500 15 M. rhodesianum 0,727 0,636 0,273 0,545 16 M. rhodinum 0,545 0,455 0,636 0,545 17 M. suomiense 0,727 0,545 0,273 0,545 18 M. thiocynatum 0,400 0,333 0,500 0,500 19 M. variabile 0,333 0,167 0,667 0,667 20 M. zatmanii 0,667 0,583 0,333 0,667 21 1019 0,462 0,385 0,385 0,769 22 LM2 1,000 0,615 0,615 0,615 23 TS7 0,615 1,000 0,462 0,462 24 TN10 0,615 0,642 1,000 0,385 25 TD15 0,615 0,642 0,385 1,000 Từ hệ số tương đồng Jaccard chúng tôi có thể kết luận rằng chủng TS7 có quan hệ gần với bốn loài: M. variabile, M. populi, M. hispanicum và M. aquaticum. Chủng TD15 có quan hệ gần với loài M. hispanicum. Chủng LM2 rất có thể thuộc loài M. chloromethanicum. Chủng TN10 có quan hệ gần với chủng 1019, loài M. variabile, M. fujisawaense, M. aquaticum, M. hispanicum. M. mesophilicum. Tuy nhiên, kết quả định danh dựa vào các đặc điểm sinh lý, sinh hóa chưa thể định danh chính xác các chủng có thuộc chi Methylobacterium hay không và phương pháp định danh bằng sinh lý, sinh hóa cũng không thể định danh các dòng vi khuẩn đã phân lập thuộc loài nào. Nên việc định danh vi khuẩn đã phân lập bằng các kỹ thuật sinh học phân tử là rất cần thiết.
51 4.3.2. Kết quả PCR 4.3.2.1. Kết quả định tính vi khuẩn chi Methylobacterium Khi khuếch đại DNA bộ gen bằng cặp mồi 2R và 2F các chủng điều tạo ra đoạn DNA đăc trưng khoảng 234base. Trong khi đó, theo nghiên cứu của Nishio và ctv (1997), [68] cho rằng cặp mồi 2F và 2R cho kết quả dương tính với 7 chủng vi khuẩn Methylobacterium sp. Ngoài ra, ở chủng E.coli đối chứng âm không có đoạn DNA đặc trưng. Từ đó, chúng tôi có thể kết luận rằng các chủng đã phân lập thuộc chi Methylobacterium. 300 base 234 base Hình 4.8: Kết quả điện di trên gel sản phẩm PCR với cặp mồi 2F và 2R Chú thích: 1: E.coli, 2: LM2, 3: TS7, 4: TN10, 5: TD15, M: thang chuẩn (Ladder). 4.3.2.2. Kết quả khuếch đại trình tự 16S rDNA nguyên vẹn Do kết quả đoạn DNA đặc trưng chỉ có thể định danh các dòng vi khuẩn có thuộc chi Methylobacterium hay không, mà không cho kết quả định danh đến mức độ loài. Vì vậy, chúng tôi tiếp tục khuếch đại trình tự 16S rDNA nguyên vẹn của vi khuẩn bằng cặp mồi FPGS6 và FPGS1509 [9]. Tuy nhiên, cặp mồi này tạo ra trình tự tương đối lớn gây khó khăn cho quá trình giải trình tự, nên chúng tôi sử dụng phối hợp với cặp mồi 2F và 2R sản phẩm tạo ra là hai đoạn khoảng 500base và 1200base (hình 4.9).
52 1200 base 500 base Chú thích: 1: LM2, 2: TS7, 3: TN10, 4: TD15, M: Ladder (Thang DNA chuẩn). Hình 4.9: Sản phẩm điện di trên gel với cặp mồi FPGS6 với 2R và FPGS1509 với 2F. 4.3.3. Kết quả giải trình tự và so sánh độ tƣơng đồng của các chủng với các loài Methylobacterium đã công bố. Kết quả giải trình tự được xác định độ chính xác bằng phần mềm fastPCR. Kết quả cho thấy rằng trong các mẫu giải trình tự chỉ có hai mẫu chính xác ở mức tinh cậy được là đoạn DNA 500base của mẫu LM2 và TN10, còn các mẫu còn lại có sự sai sót đáng kểtrong quá trình giải trình tự do mẫu chưa được tinh sạch. Do đó, chúng tôi chỉ tiến hành lấy hai trình tự đúng để so sánh với trình tự trên ngân hàng gen của BCBI. Kết quả so sánh trình tự với dữ lệu trên ngân hàng gene của NCBI (Mỹ). Bảng 4.6: Hệ số tương đòng Sj của chủng TN10 so với các chủng công bố Tên loài Độ tương đồng DNA (%) Độ tương đồng sinh hóa (Sj) M. aminovorans 96 0,400 M. chloromethanicum 96 0,222 M. dichlorometanicum 96 0,273 M. extorquens 96 0,167 M. jeotgali 96 N M. organophilum 96 0,455 M. podarium 96 N
53 M. rhodesianum 96 0,273 M. rhodinum 96 0,636 M. soumiense 96 0,273 M. thiocyanatum 96 0,500 M. zatmanii 96 0,333 1019 0,769 chú thích: Hệ số Sj được tính trong khoảng 0 – 1(0% - 100%), N: không xác định. Bảng 4.7: Hệ số tương đồng của chủng LM2 với các chủng đã công bố. Tên loài Mức độ tương đồng DNA (%) Độ tương đồng sinh hóa (Sj) M. aminovorans 99 0,600 M. chloromethanicum 99 0,889 M. dichlorometanicum 99 0,778 M. extorquens 99 0,750 M. fujisawaense 99 0,333 M. jeotgali 99 N M. lusitanum 99 0,727 M. organophilum 88 0,455 M. podarium 99 N M. populi 99 0,667 M. radiotolerans 88 0,500 M. rhodesianum 99 0,727 M. rhodinum 99 0,545 M. zatmanii 99 0,667 1019 0,462 Chú thích: hệ số Sj được tính trong khoảng 0 – 1(0% - 100%).
54 Mối quan hệ của trình tự hai chủng so với các chủng trên ngân hàng gen NCBI và của phòng thí nghiệm được biểu diển trên cây sinh loài được vẽ bằng phần mềm CluxtalX và Treeview. Hình 4.10: Cây sinh loài của các chủng trong chi Methylobacterium. Từ những số liệu so sánh này có thể thấy rằng mức độ tương đồng trình tự giữa chủng thí nghiệm với chủng đã công bố tương đối lớn. Nên chúng tôi có thể kết luận chính xác hơn là hai chủng đã giải trình tự đúng thuộc chi Methylobacterium. Chủng LM2 có quan hệ gần với chủng 1019 và TN10 cả ba chủng này cùng xếp trong cùng một nhánh lớn với M. thiocyanatum. Kết hợp với độ tương đồng sinh hóa thì chủng LM2 và chủng 1019 (0,462), chủng TN10 với chủng 1019 (0,769) là tương đối nhỏ. Nên chúng tôi cho rằng hai chủng LM2 và TN10 khác biệt lớn với chủng 1019 và các loài Methylobacterium sp. đã công bố nên chúng tôi cho rằng có thể hai chủng LM2 và TN10 là hai chủng mới Tuy nhiên, những kết luận này chưa chính xác 100% bởi vì trình tự 500 base chỉ có thể định danh vi khuẩn Methylobacterium tới mức độ chi và các đặc điểm sinh hóa cũng không thể định danh chính xác đến mức độ loài.
55 4.4. Kết quả khảo sát khả năng tổng hợp các hoạt chất thứ cấp 4.4.1. Kết quả định tính auxin Kết quả định tính auxin bằng thuốc thử Salkowski cải tiến. Trong bốn chủng thí nghiệm chỉ có hai chủng TS7 và TN10 có phản ứng dương tính với thuốc thử Salkowski cải tiến. Bên cạnh đó, trong nghiên cứu của Omer và ctv (2004), Ivanova và ctv (2001), một số chủng thuộc chi Methylobacterium có thể tổng hợp auxin. Từ đó có thể khẳng định rằng hai chủng này có khả năng tổng hợp auxin ở nồng độ đủ phát hiện, còn hai chủng LM2 và TD15 có thể chúng không thể tổng hợp auxin hoặc nồng độ auxin tạo ra của hai chủng này không đủ lớn để có thể phản ứng với thuốc thử Salkowski cải tiến. Chú thích: DC1: Đối chứng âm chủng E.coli DC2: Đối chứng dương IAA chuẩn Hình 4.11: Kết quả định tính auxin
56 4.4.2. Kết quả định tính PHB. Trong bốn chủng đã thử nghiệm đều cho kết quả dương tính với thuốc thử Nile Blue A. Trong khi đó, theo Trâm (2006) [8], thì các chủng thuộc chi Methylobacterium có khả năng tổng hợp PHB. Từ kết quả này chúng tôi có thể kết luận rằng, tất cả các chủng đã thử nghiệm có khả năng tổng hợp PHB. Với các hạt sáng khác nhau chúng tôi cũng có thể khẳng định rằng các chủng có thể tổng hợp PHB ở nồng độ khác nhau. Chú thích: DC: Mẫu đối chứng chủng E.coli. Hình 4.12: Sự phát sáng của các hạt PHB dưới kính hiển vi huỳnh quang.
57 Phần V: Kết luận và đề nghị Sau thời gian nghiên cứu mặc dù có nhiều cố gắng. Tuy nhiên, do thời gian tiến hành có giới hạn nên chúng tôi chỉ đạt được một số kết quả nhất định và những kết quả này chỉ là kết quả bước đầu. Các kết quả đạt được: Phân lập và làm thuần và khảo sát được các đặc điểm sinh lý, sinh h óa tổng số - 26 khuẩn lạc, trong đó chia thành bốn nhóm theo các đặc điểm sinh lý,sinh hoá. Đã định danh được các chủng thuộc chi Methylobacterium bằng các phương - pháp Sinh học Phân tử. Trong đó, có hai chủng TS7 và TD15 chỉ định danh được ở mức độ có đoạn DNA đặc trưng và hai chủng LM2 và TN10 định danh được tới mức độ so sánh trình tự đoạn DNA 500base trong vùng 16S rDNA. Khảo sát được khả năng sinh tổng hợp các hợp chất thứ cấp của vi khuẩn. - Trong đó, bốn chủng đều có khả năng tổng hợp PHB và có hai chủng LM2 và TN10 có khả năng tổng hợp auxin là TS7 và TN10. Từ những kết quả đó chúng tôi có những đề nghị sau: Cần tiến hành giải trình tự lại đoạn 1200 base của hai chủng trên cũng như các chủng đã giải sai để có thể định danh chính xác hơn đến mức độ loài. Định lượng lượng PHB tạo ra là bao nhiêu để có thể ứng dụng trong thực tế. Kiểm tra khả năng tổng hợp auxin, cytokinins, khả năng kích thích sự nẩy mầm của hạt, khả năng kích thích sinh trưởng của thực vật ở điều kiện in vivo cũng như trong điều kiện in vitro của các loài thuộc chi Methylobacterium trên để có thể ứng dụng tạo chế phẩm vi sinh dùng trong nông nghiệp, sử dụng làm nguyên liệu trong nuôi cấy mô tế bào và trong các lĩnh vực khác.
58 Phần V: Tài liệu tham khảo Tài liệu tiếng việt Bùi Huy Đáp. Một số vấn đề về cây lúa, NXB Nông Nghiệp, 1999. [1] Trƣơng Đức. Kỹ thuật trồng các giống lúa mới, NXB Nông Nghiệp, 2000 [2] Nguyễn Lân Dũng, Nguyễn Đình Quyến, Phạm Văn Ty. Vi sinh vật [3] học, NXB giáo dục 1998 Nguyễn Đức Hùng, Lê Đình Hùng, Huỳnh Lê Tâm. Sổ tay kiểm [4] nghiệm vi sinh thực phẩm thủy sản, NXB nông nghiệp Hà Nội 2005. Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu. Sinh học phân tử giới thiệu phương [5] pháp và ứng dụng. NXB Nông Nghiệp thành phố Hồ Chí Minh 2005. Trần Linh Thƣớc, Nguyễn Đức Hoàng, Phan Thị Phƣợng Trang, [6] Phạm Thị Hồng Tƣơi. Thực tập vi sinh vật học. NXB Đại Học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh, 2001. Lê Duy Linh, Trần Thị Hƣờng, Trịnh Thị Hồng, Lê Duy Thắng. [7] Thực tập vi sinh cơ sở. NXB Đại Học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh. 2001. Lê Thị Thuỳ Trâm. 2006. Nghiên cứu thu nhận nhựa phân huỹ sinh học [8] poly- -hydroxybutyrate (PHB) từ vi khuẩn Methylobacterium sp. phân lập tại Việt Nam luận văn thạc sĩ sinh hóa, Đại Học Khoa Hoc Tự Nhiên. Tài liệu tiếng nước ngoài. [9] Abdoulaye Sy, Giraud E., Jourand P., Garcia N., Willems A., De Lajudie P., Prin Y., Neyra M., Gillis M., Boivin-Masson C., Dreyfus B. (2001). “Methylotrophic Methylobacterium bacteria nodulate and fix nitrogen in symbiosis with legumes”, Journal of Bacteriology, Vol. 183, No. 1, pp. 214–220. Ackermann J.-U., Müller S., Lösche A., Bley T., Babel W. (1995). [10] “Methylobacterium rhodesianum cells tend to double the DNA content under growth limitations and accumulate PHB”, Journal of Biotechnology, Vol. 39, pp. 9-20. [11] Anesti V., McDonald I. R., Ramaswamy M., Wade W. G., Kelly D. P., Wood A. P. (2005). “Isolation and molecular detction of Methylotrophic
59 bacteria occurring in the human mouth”, Enviromental Microbiology, Vil. 7, No. 8, pp. 1227-1238. [12] Anesti V., Vohra J., Goonetilleka S., McDonald I. R., Str bler B., Stackebrandt E., Kelly D. P., Wood Ann P. (2004). “Molecular detection and isolation of facutatively methylotrophic bacteria, including Methylobacterium podarium sp. nov., from the human foot microflora”, Environmental Microbiology, Vol. 6, Iss. 8, pp. 820-830. [13] Arauujo W. L., Maccheroni W. Jr., Aguilar-Vildoso C. I., Barroso P. A. V., Saridakis H. O., Azevedo J. L. (2001). “Variability and interractions between endophytic bacteria and fungi isolated from leaf tissues of citrus rootstocks”, Cannada Journal Microbiol, Vol. 47, pp. 220-236. [14] Arauujo W. L., Marcon J., Maccheroni W. Jr., Van Elsas J. D., Van Vuurde J. W. L., Azevedo J. L. (2002), “Diversity of endophytic bacterial populations and their interaction with Xyllella fastidiosa in citrus plants”, Applied and Enviromental Microbiology, Vol. 68, No. 10, pp. 4906-4914. Arthi K., Appalaraju B., Parvathi S. (2003). “Vancomycin sensitivity [15] and KOH string test as an alternative to gram staining of bacteria”, India Journal of Medical Microbiology, Vol. 21, pp. 121-123. Axel Ehmann (1977). “The van urk-salkowski reagent - a sensitive and [16] specific chromogenic reagent for silica gel thin-layer chromatographic detection and identification of indole derivatives”, Journal of Chromatography, Vol. 132, pp. 267-276. [17] Aziz. N.H, El-Fouly. M.Z, El-Essawy. A.A, and Khalaf. M.A. Influence of bean seadling root exudates on the rhizophere colonization by Trichoderma lignorum for the control of Rhizoctonia solani. Bot. Bull. Acad. Sin. 1997, 38: 33 – 39. [18] Benchimol R., Chu E., Yuimuto R., Dias-Filho M. B. (2000). “Fusariosis control in black perper plants with bacterial endophytes survival and morphophylogical responses”, Pesq. Agropec. Bras., Brasília, Vol. 35, No. 7, pp. 1343-1348.
60 [19] Bloemberg, G. V., and Lugtenberg, B. J. J. 2001. Molecular basis of plant growth promotion and biocontrol by rhizobacteria. Plant Biol. 4:343-350. [20] Chistoserdova L., Chen S.-W., Lapidus A., Lidstrom M. E., (2003). “Methylotrophy in Methylobacterium extorquens AM1from a genomic point of view”, Journal of Bacteriology, Vol. 185, No. 10, pp. 2980-2987. [21] Chistoserdova L., Jenkins C., Kalyuzhnaya M. G., Marx C. J., Lapidus A., Vorholt J. A., Staley J. T., Lidstrom M. E. (2004). “The enigmatic planctomycetes may hold a key to the origins of Methanogenesis and Methylotrophy”, Molecular Biology ang Evolution, Vol. 21, No. 7, pp. 1234-1241. [22] De Marco P., Pacheco C. C., Figueiredo A. R., Moradas-Ferreira P. (2004). “Novel pollutant-resistant methylotrophic bacteria for use in bioremediation”, FEMS Microbiology Letters, Vol. 234, pp. 75-80. [23] Department of health and ageing office of the gene technology regulator. 2005. The biology and ecology of rice (Oryza sativa L.) in Australia. Doronina N. V., Ivanova E. G., and Trotsenko Yu. A. (2002a). “New [24] evidence for the ability of Methylobacteria and Methanotrophs to synthesize auxin”, Microbiology, Vol. 71, No. 1, pp. 116–118. Translated from Mikrobiologiya, Vol. 71, No. 1, pp. 130–132. [25] Doronina N. V., Trotsenko Y. A., Kuzentsov B. B., Tourova T. P., Salkinoja-Salonen M. S. (2002b). “Methylobacterium suomiense sp. nov. and Methylobacterium lusitanum sp. nov., aerobic, pink-pigmented, facultatively methylotrophic bacteria”, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 52, pp. 773-776. [26] Farah Ahmad, Iqbal Ahmad, Mohd Saghir Khan. Indole Acetic Acid Production by the Indigenous Isolates of Azotobacter and Fluorescent Pseudomonasin the Presence and Absence of TryptophanFarah. Department of Agricultural Microbiology, Faculty of Agricultural Sciences, Aligarh Muslim University, 2002.
61 Figueira M. M., Larameùe L., Murrell J. C., Groleau D., Miguez C. [27] B. (2000). “Production of green fluorescent protein by the methylotrophic bacterium Methylobacterium extorquens”, FEMS Microbiology Letters, Vol. 193, pp. 195-200. [28] Fournier D., Trott S., Hawari J. and Spain J. Metabolism of the Aliphatic Nitramine 4-Nitro-2,4-Diazabutanal by Methylobacterium sp. Strain JS179. Applied And Environmental Microbiology, Aug 2005, p. 4199 – 4202. Gallego V., García M.T., Ventosa A. (2005c). “Methylobacterium [29] isbiliense sp. nov., isolated from the drinking water system of Sevilla, Spain”, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 55, pp. 2333-2337. Gallego V., García T. M.,Ventosa A. (2005a). “Methylobacterium [30] hispanicum sp. nov. and Methylobacterium aquaticum sp. nov., isolated from drinking water”, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol.55, pp. 281-287. Gallego V., García T. M.,Ventosa A. (2005b). “Methylobacterium [31] variabile sp. nov., a methylotrophic bacterium isolated from an aquatic environment”, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 55, pp. 281-287. [32] Garcia de Salamone I. E., Hynes R. K., Nelson L. M. (2001). “Cytokinin production by plant growth promoting rhizobacteria and selected mutants” Canada Journal Microbiology, Vol 47, pp. 404-411. [33] Glick, B. R. 1995. The enhancement of plant growth by free-living bacteria. Can. J. Microbiol. 41:109-117. Green P. N. (1992). “The Genus Methylobacterium”, pp. 2342-2345. In [34] Balows A., Trüper H. G., Dworkin M., Harder V., Schleifer K. H. (ed.) The Prokaryote, 2nd ed., Springer-Verlag, Berlin. [35] Gromovykh. T, Tulpanova V, Shmarlovskaya. S, Gromovykh. V, Makhova H. Strains of Trichoderma Benefit for Biological Control Seedlings Pathogens.
62 Hanson R. S., Hanson T. E. (1996). “Methanotrophic Bacteria”, [36] Microbiological reviews, Vol. 60, No.2: pp: 439-471. [37] Hiraishi A., Furuhata K., Matsumoto A., Koike K. A., Fukuyama M. and Tabuchi K. (1995). “Phenotypic and genetic diversity of chrorine- resistant Methylobacterium strains isolated from various enviroment”, Applied and Enviromental Microbiobiology, Vol. 61, No. 6, pp. 2099- 2107. [38] Hirano. S.S., and C. D. Upper. 2000. Bacteria in the leaf cosystem with emphasis on Pseudomonas syringae: a pathogen, ice nucleus, and epiphyte. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 64:624–653. Holland M. A. (1997) “Are cylokinin produced by plant?”, Plant [39] Physiology, Vol. 115, pp. 865-868. Holland M. A., Polacco J. C. (1994). “PPFMs and other covert [40] contaminants: is there more to plant physiology than just plant?”, Plant Physiology, Vol. 45, pp. 197-209. [41] Holt J. G., Krieg N. R., Sneath P. H. A., Staley J. T., Williams S. T. (1994). Bergey’s manual of Determinative bacteriology, Ninth Edition, The Williams and Willins Company, pp. 88-145. Hornschuh M., Grotha R., Kutschera U. (2002). “Epiphytic [42] bacteria associated with the bryophyte Funaria hygrometrica: effects of strains on protonema Methylobacterium development”, Plant biol (Stuttg) Vol. 4, pp. 682-687. [43] Idris R., Trifonova R., Puschenreiter M., Wenzel W. W., Sessitsch A. (2004). “Bacterial communities associated with flowering plants of Ni hyperaccumulator Thlaspi goesingense”, Applied and Enviromental Microbiology , Vol. 70, No. 5, pp. 2667-2677. [44] Ilan Chet, Ada Viterbo, Yariv Brotman, Tamir Lousky. Enhancement of plant disease resistance by the biocontrol agent Trichoderma. Jaftha J. B., Strijdom B. W., Steyn P. L. (2002). “Characterization of [45] pigmented methylotrophic bacteria which nodulate Lotonosis bainesii”, Systematic and Applied Microbiology, Vol. 25, pp. 440-449.