Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Đánh giá bộ kit ForenSeq trên hệ thống MiSeq FGx ứng dụng trong định danh cá thể người Việt Nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN<br /> ----------------<br /> <br /> Nguyễn Thị Hồng Nhung<br /> <br /> ĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNG<br /> MiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂ<br /> NGƢỜI VIỆT NAM<br /> <br /> dẫNLUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC<br /> <br /> Hà Nội - 2016<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN<br /> ----------------<br /> <br /> Nguyễn Thị Hồng Nhung<br /> <br /> ĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNG<br /> MiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂ<br /> NGƢỜI VIỆT NAM<br /> <br /> Chuyên ngành : Di truyền học<br /> Mã số: 60420121<br /> <br /> dẫNLUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC<br /> <br /> Cán bộ hƣớng dẫn: TS. Nguyễn Văn Sáng<br /> dẫn:<br /> TS. Võhị Thươn Lan<br /> <br /> Hà Nội - 2016<br /> <br /> Lời cảm ơn<br /> <br /> Để thực hiện thành công khóa luận tốt nghiệp này, em xin gửi lời cảm ơn sâu<br /> sắc đến Đại tá Hà Quốc Khanh nguyên Viện phó Viện Khoa học Hình sự cùng với<br /> thầy Nguyễn Văn Sáng, người đã hướng dẫn, chỉ bảo tận tình trong suốt thời gian<br /> em thực hiện đề tài.<br /> Em xin gửi lời cảm ơn đến Thạc sĩ – Trung tá Trịnh Tuấn Toàn và Thạc sĩ<br /> Nguyễn Quang Vinh, và các cán bộ giám định viên tại Phòng giám định Sinh học<br /> Pháp lý, các nhân viên tại công ty Cổ phần và dịch vụ phân tích di truyền GENTIS,<br /> các nhân viên tại công ty Cổ phẩn Khoa học Vật tư BIOMEDIC đã cung cấp các<br /> mẫu hiện trường, mẫu trong quần thể người Việt và những thông tin cần thiết tạo<br /> điều kiện thuận lợi cho em thực hiện tốt đề tài.<br /> Trong thời gian hoàn thành khóa luận, em đã nhận được sự quan tâm, giúp<br /> đỡ và động viên của Đại tá Hà Quốc Khanh và các anh chị cùng các bạn trong<br /> Phòng Kỹ thuật Ứng dụng, thuộc công ty BIOMEDIC. Em xin chân thành cảm ơn!<br /> Cuối cùng em xin gửi lòng biết ơn tới gia đình, bạn bè thân thiết đã động<br /> viên, bên cạnh em trong thời gian em thực hiện khóa luận này.<br /> <br /> Hà Nội, ngày 20 tháng 12 năm 2016<br /> Sinh viên<br /> <br /> Nguyễn Thị Hồng Nhung<br /> <br /> Luận văn cao học - 2016<br /> <br /> Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH<br /> <br /> KÝ HIỆU VÀ CHỮ CÁI VIẾT TẮT<br /> bp<br /> <br /> :<br /> <br /> base pair<br /> <br /> Cluster<br /> <br /> :<br /> <br /> Cụm khuếch đại của ADN khuôn được gắn trên bề mặt flowcell.<br /> Mỗi cụm được khuếch đại từ một sợi ADN khuôn ban đầu cho<br /> đến khi có khoảng 1000 bản sao. Mỗi cluster sẽ tạo ra một trình<br /> tự đọc duy nhất.<br /> <br /> CODIS<br /> <br /> :<br /> <br /> Combined DNA Index System<br /> <br /> cs.<br /> <br /> :<br /> <br /> cộng sự<br /> <br /> DNA<br /> <br /> :<br /> <br /> Deoxyribonucleic acid<br /> <br /> H2O<br /> <br /> :<br /> <br /> Nước<br /> <br /> kb<br /> <br /> :<br /> <br /> kilobase = 1000 bp<br /> <br /> Index<br /> <br /> :<br /> <br /> Là trình tự ADN tag được gắn vào các trình tự đích, cho phép<br /> kết hợp nhiều mẫu trong một bể thư viện và phân tách dữ liệu<br /> sau khi đã hoàn thành lần chạy<br /> <br /> NGS<br /> <br /> :<br /> <br /> Next – Generation Sequencing<br /> <br /> PCR<br /> <br /> :<br /> <br /> Polymerase Chain Reaction<br /> <br /> STR<br /> <br /> :<br /> <br /> Short Tandem Repeats<br /> <br /> SNP<br /> <br /> :<br /> <br /> Single Nucleotide Polymorphism<br /> <br /> SBS<br /> <br /> :<br /> <br /> Sequencing by Synthesis<br /> <br /> stutter<br /> <br /> :<br /> <br /> Hiện tượng polymerase bị trượt có thể xuất hiện trong quá trình<br /> khuếch đại các trình tự lặp lại, quy trình chuẩn bị thư viện, tạo<br /> cluster. Có thể tạo ra các đoạn ADN đích có kích thước bé đi<br /> hoặc là lớn hơn kích thước trình tự đích<br /> <br /> RFLP<br /> <br /> :<br /> <br /> Restriction Fragment Length Polymorphism<br /> <br /> Luận văn cao học - 2016<br /> <br /> Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH<br /> DANH MỤC CÁC BẢNG<br /> Trang<br /> <br /> Bảng 1.1:<br /> <br /> Các bộ kit STRs thương mại phổ biến trên thị trường<br /> <br /> 6<br /> <br /> Bảng 1.2:<br /> <br /> So sánh chỉ thị STRs và SNPs<br /> <br /> 8<br /> <br /> Bảng 3.1:<br /> <br /> Số alen quan sát được trên STR và SNP trong dải pha loãng của<br /> đối chứng dương 2800M<br /> <br /> 28<br /> <br /> Bảng 3.2:<br /> <br /> Kết quả thí nghiệm trên bộ kit Identifiler Plus<br /> <br /> 29<br /> <br /> Bảng 3.3:<br /> <br /> Kết quả thí nghiệm trên bộ kit ForenSeq<br /> <br /> 30<br /> <br /> Bảng 3.4:<br /> <br /> Nồng độ mẫu đo bằng phương pháp qPCR<br /> <br /> 32<br /> <br /> Bảng 3.5:<br /> <br /> Độ độ bao phủ của từng alen trong từng locus khác nhau<br /> <br /> 38<br /> <br /> Bảng 3.6:<br /> <br /> Bảng khảo sát tần số SNPs trong quần thể người Việt Nam<br /> <br /> 38<br /> <br /> Bảng 3.7:<br /> <br /> Tần suất xuất hiện các alen trên 5 locus mới của hệ ForenSeq<br /> <br /> 40<br /> <br /> Bảng 3.8:<br /> <br /> Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D4S2408<br /> <br /> 41<br /> <br /> Bảng 3.9:<br /> <br /> Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D6S1043<br /> <br /> 42<br /> <br /> Bảng 3.10:<br /> <br /> Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D9S1122<br /> <br /> 43<br /> <br /> Bảng 3.11:<br /> <br /> Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D17S1301<br /> <br /> 44<br /> <br /> Bảng 3.12:<br /> <br /> Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D20S482<br /> <br /> 44<br /> <br />