Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Khảo sát sự kháng kháng sinh của các vi khuẩn gram âm đường ruột thường gặp trong bệnh viện sinh ESBL

Chia sẻ: Lavie Lavie | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:104

Thêm vào BST

Báo xấu

230
lượt xem 38
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Khảo sát sự kháng kháng sinh của các vi khuẩn gram âm đường ruột thường gặp trong bệnh viện sinh ESBL nghiên cứu tỉ lệ vi khuẩn đường ruột sinh ESBL, tỷ lệ các chủng vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL, tỉ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Khảo sát sự kháng kháng sinh của các vi khuẩn gram âm đường ruột thường gặp trong bệnh viện sinh ESBL

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP. HỒ CHÍ MINH Nguyễn Thị Yến Chi KHẢO SÁT SỰ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA CÁC VI KHUẨN GRAM ÂM ĐƯỜNG RUỘT THƯỜNG GẶP TRONG BỆNH VIỆN SINH ESBL LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh – năm 2011
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP. HỒ CHÍ MINH Nguyễn Thị Yến Chi KHẢO SÁT SỰ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA CÁC VI KHUẨN GRAM ÂM ĐƯỜNG RUỘT THƯỜNG GẶP TRONG BỆNH VIỆN SINH ESBL Chuyên ngành: Vi Sinh học Mã số: 60 42 40 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS – TS CAO MINH NGA ` Thành phố Hồ Chí Minh – năm 2011
LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu và kết quả nghiên cứu trong luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong bất kì công trình nào khác Tác giả
LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cám ơn sự hướng dẫn tận tình của cô PGS - TS Cao Minh Nga trong suốt quá trình làm luận văn này. Đồng thời, tôi cũng xin chân thành cám ơn Ban chủ nhiệm Bộ môn, các cán bộ phòng thí nghiệm bộ môn Vi sinh trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh đã hỗ trợ tích cực cho tôi trong việc thực nghiệm đề tài.
MỤC LỤC Chú thích các chữ viết tắt Danh mục các bảng Danh mục các hình, biểu đồ MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1 T 3 3T Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................... 4 T 3 T 3 1.1. Tổng quan về vi khuẩn ................................................................................... 4 T 3 3T 1.1.1. Vi khuẩn .................................................................................................... 4 T 3 3T 1.1.2. Trực khuẩn Gram âm ................................................................................. 4 T 3 3T 1.2. Các kháng sinh thuộc nhóm β-lactam............................................................ 9 T 3 T 3 1.2.1. Phân loại các kháng sinh thuộc nhóm β-lactam ........................................ 10 T 3 T 3 1.2.2. Cơ chế tác dụng........................................................................................ 12 T 3 3T 1.3. Hiện tượng kháng kháng sinh ...................................................................... 13 T 3 T 3 1.3.1. Tổng quan ................................................................................................ 13 T 3 3T 1.3.2. Bản Chất di truyền và phương thức truyền tải gen .................................... 14 T 3 T 3 1.3.3. Cơ chế kháng kháng sinh của vi khuẩn ..................................................... 15 T 3 T 3 1. 4. Tổng quan về ESBL ..................................................................................... 17 T 3 3T 1.4.1. Sơ lược về β-lactamase............................................................................. 17 T 3 T 3 1.4.2. ESBL ....................................................................................................... 20 T 3 3T Chương 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...................... 33 T 3 T 3 2.1. Đối tượng nghiên cứu ................................................................................... 33 T 3 3T 2.2. Phương pháp chọn mẫu................................................................................ 33 T 3 3T 2.3. Phương pháp tiến hành ................................................................................ 33 T 3 3T 2.3.1. Vật liệu .................................................................................................... 33 T 3 3T 2.3.2. Thiết bị và dụng cụ ................................................................................... 34 T 3 3T 2.3.3. Quy trình thực hiện .................................................................................. 34 T 3 3T 2.4. Xử lý số liệu ................................................................................................... 37 T 3 3T Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ................................. 38 T 3 T 3
3.1. Tỉ lệ vi khuẩn đường ruột sinh ESBL .......................................................... 38 T 3 T 3 3.2. Tỷ lệ các chủng vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL ... 39 T 3 T 3 3.3. Tỉ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp T 3 sinh ESBL ............................................................................................................ 42 3T 3.4. Tỷ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn Gram âm đường ruột không sinh T 3 ESBL .................................................................................................................... 54 3T Chương 4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ........................................................... 72 T 3 T 3 TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................... 75 T 3 3T PHỤ LỤC T 3 3T
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT AN Amikacin AMC Amox - acid clavulanic AM Ampicillin ASTS Antibiotic Susceptibility Test Surveillance (Chương trình theo dõi sự nhạy cảm kháng sinh) ATM Aztreonam BHI Brain - Heart Infusion Agar (Thạch tim - óc hầm) CZ Cefazolin FEP Cefepime CFP Cefoperazone CCTX Cefotaxime-acid clavulanic FOX Cefoxitin CAZ Ceftazidime CCAZ Ceftazidime – acid clavulanic CTX Ceftotaxime CRO Ceftriaxone CXM Cefuroxime CIP Ciprofloxacin CTI Citrate CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute (Viện các chuẩn mực lâm sàng và xét nghiệm) C Cloramphenicol EMB Eosin Methylene Blue Agar ESBL Extended – Spectrum Beta Lactamase GM Getamicin G Glucose
IPM Imipenem IND Indol LVX Levofloxacin LYS Lysine MC Mac Conkey Agar (Thạch Mac Conkey) MEM Meropenem MR Methyl Red MIC Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu) MOT Motility (Di động) MHA Mueller Hinton Agar (Thạch Mueller Hinton) NCCLS National Committee for Clinical Laboratory Standards NET Neltimicin FT Nitrofurantoin NOR Norffloxacin NA Nutrien Agar (Môi trường dinh dưỡng) PAD Phenylalanine Deaminase TZP Piperacillin-tazobactam Tg Tác giả TE Tetracyline Tp. Thành phố TCC Ticarcilin acid clavuanic TM Tobramycin SXT Trimethoprim –sulfamethoxazole TSI Triple Suger Iron VKDR Vi khuẩn đường ruột VP Voges Proskauer
DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1. Tính chất sinh hóa của một số loại vi khuẩn đường ruột thường gặp ........ 5 U T 3 T 3 U Bảng 1.2. Các nhân cơ bản của kháng sinh thuộc nhóm β-lactam .......................... 10 U T 3 T 3 U Bảng 1.3. Cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn .......................................................... 17 U T 3 T 3 U Bảng 1.4. Xếp loại β-lactamase theo chức năng .................................................... 18 U T 3 T 3 U Bảng 1.5. Các lớp ESBL chính .............................................................................. 22 U T 3 T 3 U Bảng 1.6. Các type ESBLs CTX-M ...................................................................... 24 U T 3 T 3 U Bảng 1.7. Các type ESBL- OXA .......................................................................... 25 U T 3 T 3 U Bảng 1.8. Các loại ESBL khác ............................................................................... 25 U T 3 T 3 U Bảng 1.9. Một số phương pháp phân tử xác định ESBL ......................................... 29 U T 3 T 3 U Bảng 3.1. Tỉ lệ các loại vi khuẩn đường ruột phân lập được .................................. 38 U T 3 T 3 U Bảng 3.2. Tỉ lệ các vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL ............ 39 U T 3 T 3 U Bảng 3.3. Tỉ lệ kháng kháng sinh của các vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp U T 3 T 3 U .............................................................................................................................. 42 Bảng 3.4. Tỉ lệ kháng kháng sinh của từng loài vi khuẩn đường ruột thường gặp U T 3 sinh ESBL ............................................................................................................. 46 3T U Bảng 3. 5. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL với một số tác giả U T 3 nghiên cứu trước đây ............................................................................................ 48 3T U Bảng 3. 6. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh của Klebsiella spp. sinh ESBL với một số U T 3 tác giả nghiên cứu trước đây ................................................................................. 53 3T U Bảng 3.7. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn Gram âm đường ruột thường U T 3 gặp không sinh ESBL với các tác giả nghiên cứu trước đây .................................. 55 T 3 U Bảng 3. 8. Tỉ lệ kháng kháng sinh của từng loài vi khuẩn Gram âm đường ruột U T 3 thường gặp không sinh ESBL ................................................................................ 59 3T U Bảng 3.9. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh của E. coli không sinh ESBL với các tác U T 3 giả nghiên cứu trước đây ....................................................................................... 62 3T U Bảng 3.10. Tỉ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn E. coli sinh ESBL và không sinh U T 3 ESBL..................................................................................................................... 63 3T U
Bảng 3. 11. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn Klebsiella spp. với các tác U T 3 giả nghiên cứu trước đó ......................................................................................... 68 3T U Bảng 3.12. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh của vi khuẩn Klebsiella spp. sinh ESBL U T 3 và không sinh ESBL .............................................................................................. 69 3T U
DANH MỤC CÁC HÌNH, BIỂU ĐỒ Hình 1.1. Cơ chế tác động của các kháng sinh nhóm β - lactam ............................. 13 U T 3 T 3 U Hình 1.2 : Hoạt động phân giải penicillin của penicillinase ................................... 15 U T 3 T 3 U Hình 1.3: Cơ chế làm thay đổi thụ thể đối với thuốc .............................................. 16 U T 3 T 3 U Hình 1.4: Cơ chế thay thế con đường trao đổi chất ................................................ 16 U T 3 T 3 U Hình 1.5 : Cơ chế bơm thuốc ra khỏi tế bào ........................................................... 16 U T 3 T 3 U Hình 1.6. Phương pháp đĩa đôi phát hiện ESBLs ................................................... 27 U T 3 T 3 U Hình 1.7. Phương pháp đĩa kết hợp phát hiện ESBLs ............................................ 28 U T 3 T 3 U Hình 1.8. Phương pháp E – test phát hiện ESBLs .................................................. 29 U T 3 T 3 U Biểu đồ 1.1. Tỉ lệ vi khuẩn tiết ESBLs tại vùng Châu Á Thái Bình Dương ............ 31 U T 3 T 3 U Biểu đồ 3.1. Tỉ lệ vi khuẩn đường ruột sinh ESBL................................................. 38 U T 3 T 3 U Biểu đồ 3.2. Tỉ lệ các chủng vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp sinh ESBL U T 3 T 3 U .............................................................................................................................. 40 Biểu đồ 3.3. Tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β - lactam của các vi khuẩn Gram âm U T 3 đường ruột thường gặp sinh ESBL ........................................................................ 43 T 3 U Biểu đồ 3.4. Tỉ lệ kháng kháng sinh khác của các vi khuẩn Gram âm đường ruột U T 3 thường gặp sinh ESBL........................................................................................... 46 3T U Biểu đồ 3. 5. Tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của E. coli sinh ESBL........ 47 U T 3 T 3 U Biểu đồ 3.6. Tỉ lệ kháng kháng sinh khác của vi khuẩn E. coli sinh ESBL ............. 50 U T 3 T 3 U Biểu đồ 3.7. Tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của Klebsiella spp. sinh ESBL U T 3 T 3 U .............................................................................................................................. 51 Biểu đồ 3.8. Tỉ lệ kháng các kháng sinh khác của vi khuẩn Klebsiella spp. sinh U T 3 ESBL..................................................................................................................... 52 3T U Biểu đồ 3.9. Tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của các vi khuẩn Gram âm U T 3 đường ruột thường gặp không sinh ESBL .............................................................. 55 T 3 U Biểu đồ 3.10. Tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của vi khuẩn Gram âm U T 3 đường ruột thường gặp sinh ESBL và không sinh ESBL ....................................... 57 T 3 U
Biểu đồ 3.11. Tỉ lệ kháng kháng sinh khác của vi khuẩn Gram âm đường ruột U T 3 thường gặp không sinh ESBL ................................................................................ 58 3T U Biểu đồ 3.12. Tỉ lệ kháng kháng sinh khác của vi khuẩn Gram âm đường ruột U T 3 thường gặp sinh và không sinh ESBL .................................................................... 59 T 3 U Biểu đồ 3.13. Tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của vi khuẩn E. coli không U T 3 sinh ESBL ............................................................................................................. 61 3T U Biểu đồ 3. 14. Tỉ lệ kháng các kháng sinh khác của vi khuẩn E. coli không sinh U T 3 ESBL..................................................................................................................... 62 3T U Biểu đồ 3.15. So sánh tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của vi khuẩn E. coli U T 3 sinh ESBL và không sinh ESBL ............................................................................ 65 T 3 U Biểu đồ 3.16 . So sánh tỉ lệ kháng các kháng sinh khác của vi khuẩn E. coli sinh U T 3 ESBL và không sinh ESBL ................................................................................... 66 3T U Biểu đồ 3.17. Tỉ kệ kháng kháng sinh nhóm β – lactam của vi khuẩn Klebsiella spp. U T 3 không sinh ESBL .................................................................................................. 66 3T U Biểu đồ 3.18. Tỉ lệ kháng kháng sinh khác của Klebsiella spp. không sinh ESBL.. 67 U T 3 T 3 U Biểu đồ 3.19 . So sánh tỉ lệ kháng các kháng sinh nhóm β – lactam của vi khuẩn U T 3 Klebsiella spp. Sinh ESBL và không sinh ESBL ................................................... 70 T 3 U Biểu đồ 3.20 . So sánh tỉ lệ kháng các kháng sinh khác của vi khuẩn Klebsiella spp. U T 3 sinh ESBL và không sinh ESBL ............................................................................ 71 T 3 U
MỞ ĐẦU “ Kháng sinh – kho vũ khí thần kì chống lại nhiễm khuẩn”. Ở những năm đầu thế kỉ trước (thế kỉ 19 – 20) thì tuổi thọ bình quân của con người rất thấp. Ngay cả ở những nước tiên tiến nhất thì tuổi thọ trung bình của con người cũng chỉ 40. Có những trận dịch hầu như xóa sổ cả một vùng dân cư. Các vết thương dù nhẹ cũng bị nhiễm trùng máu vô phương cứu chữa. Cho đến những năm 1920, Alexander Fleming (1881 – 1955) đã nghiên cứu và phát hiện ra Penicillin từ nấm mốc Penicilium potatum, một chất kháng sinh đầu tiên mở ra kỷ nguyên sử dụng chất kháng sinh trong y học. Sau đó Howard Walter Florey và Ernst Boris Chain là những nhà khoa học đầu tiên thành công trong việc tinh chế penicillin trong phòng thí nghiệm. Mở ra một kỉ nguyên mới cho ngành công nghiệp sản suất chất kháng sinh. Năm 1945, cả 3 nhà khoa học trên được trao giải Nobel "Vì sự khám phá ra T 0 penicillin và tác động chữa bệnh của nó đối với các bệnh nhiễm khuẩn". Từ đó trở về sau, rất nhiều loại kháng sinh được nghiên cứu từ phòng thí nghiệm dẫn ra đến công xưởng đã giúp con người có một vũ khí thần kì chống lại các bệnh nhiễm khuẩn.0T Alexander Fleming (1881 – 1955)
“Chúng ta đang chết dần chết mòn vì kháng sinh!”. Thật vậy, lượng kháng sinh mới tuy rất hiệu quả nhưng vẫn không đáp ứng kịp với tốc độ đề kháng ngày càng tăng của vi khuẩn. Đặc biệt, tại các nước đang phát triển, các chủng vi khuẩn kháng thuốc xuất hiện ngày càng nhiều. Sự phát triển khả năng kháng thuốc ở vi khuẩn là một quá trình tự nhiên sớm muộn gì cũng xảy ra. Tuy nhiên, chính con người đã làm cho tốc độ của quá trình đó diễn ra nhanh hơn chính do sự lạm dụng thuốc một cách bừa bãi của mình. Tại Việt Nam, tình hình này dường như nghiêm trọng hơn.. Bị hắt hơi, sổ mũi, ho, ...người bệnh đều có thể dễ dàng mua thuốc ở các tiệm thuốc kể cả các thuốc kháng sinh mà không cần đơn thuốc của bác sĩ. Tình trạng người dân tự “kê” đơn thuốc cho mình và người thân khá phổ biến ở Việt Nam. Ngay cả bác sĩ cũng kê đơn sai, nắm bắt tâm lý mong muốn khỏi bệnh nhanh của người bệnh, các bác sĩ, nhất là ở những phòng khám tư, đã kê các kháng sinh liều cao, đắt tiền. Bệnh sẽ khỏi nhanh nhưng nếu sử dụng một cách bừa bãi thì sẽ làm gia tăng tốc độ kháng thuốc . Điều đó cũng thật dễ hiểu vì sao tổ chức Y tế Thế giới đã xếp Việt Nam vào những nước có tỉ lệ kháng thuốc kháng sinh cao nhất thế giới. Trong các vi khuẩn kháng thuốc hiện nay, đáng lưu ý nhất là các vi khuẩn họ đường ruột. Phổ biến nhất là Klebsiella pneumoniae và E. coli với sự gia tăng đề kháng qua các năm[82 ] . R RR R K. pneumoniae (%) E. coli (%) ASTS program -MOH (2004) 23,7 (n = 485) 7,7(n = 548) Bệnh viện Chợ Rẫy (2005) 61,7 (87/141) 51,6 (145/281) Bệnh viện Việt Đức (2005) 39,3 (55/140) 34,2(66/193) Bệnh viện Bình Định (2005) 19,6 (29/148) 36,2(51/141) Bệnh viện Việt Tiệp (2005) 25,7 (09/35) 36,1(22/61) Bệnh viện Bạch Mai (2005) 20,1 (37/184) 18,5(28/151) Bệnh viện Bạch Mai (2006) 28,7 (99/347) 21,5(77/359) Bệnh viện Bạch Mai (2007) 32,5 (105/323) 41,2(136/330) Bệnh viện Bạch Mai (2008) 33,6 (85/253) 42,2(97/231)
Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra sự đề kháng kháng sinh nhóm Cephalosporins là do vi khuẩn sinh ra enzim β – lactamase. Đặc biệt, việc sinh enzim β – lactamase phổ rộng (Extended – Spectrum - β – lactamase : ESBL) là một cơ chế quan trọng trong việc giúp vi khuẩn chống lại các Penicilin, Cephalosporin thế hệ 3, 4 và monobactam. Vì vậy, sự lựa chọn kháng sinh ban đầu hiện nay là lựa chọn các kháng sinh phổ rộng đủ mạnh, bao phủ phần lớn các tác nhân gây bệnh. Sau khi có kết quả kháng sinh đồ sẽ điều chỉnh lại cho phù hợp, đảm bảo tính hiệu quả, ít tốn kém và giảm sự phơi nhiễm của các kháng sinh. Hiện nay, tại bệnh viện 175 vẫn chưa có một nghiên cứu nào thật đầy đủ về sự kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện, từ đó đưa ra phác đồ điều trị kháng sinh thích hợp, giúp kiểm soát và làm giảm tỉ lệ kháng thuốc của các vi khuẩn này. Đặc biệc là các vi khuẩn sinh ESBL Vì thế , đề tài “Khảo sát sự kháng kháng sinh của các vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp trong bệnh viện sinh ESBL “ được nghiên cứu với mục tiêu: - Khảo sát tỉ lệ các chủng vi khuẩn Gram âm đường ruột thường gặp trong bệnh viện 175. - Khảo sát tỉ lệ vi khuẩn Gram âm đường ruột sinh ESBL - Khảo sát tình hình kháng kháng sinh của các vi khuẩn trên.
Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Tổng quan về vi khuẩn 1.1.1. Vi khuẩn Vi khuẩn (Bacteria) theo tiếng Hy Lạp có nghĩa là cái gậy. Được hiểu theo nghĩa rộng bao gồm các vi sinh vật thuộc ngành Bacteria. Theo nghĩa hẹp thì không bao gồm các vi khuẩn nhầy, xạ khuẩn, xoắn thể, Ricketxi, Mycoplasma. R [7] R Vi khuẩn là nhóm các sinh vật đơn bào, kích thước nhỏ, cấu tạo tế bào nhân sơ (Procaryote), có hình cầu (cầu khuẩn), hình que (trực khuẩn), hình xoắn (xoắn khuẩn). [9] R 1.1.2. Trực khuẩn Gram âm - Trực khuẩn Gram âm là nhóm vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae (Họ vi khuẩn đường ruột) có hình que, dài khoảng 1-5µm, thường có flagella, không sinh bào tử, oxidase âm tính. Hầu hết các loài trong Enterobacteriaceae có peritrichous type I fimbriae tham gia vào việc bám dính của tế bào vi khuẩn vào ký chủ. [45 ] R * Vị trí phân loại: U - Giới : Bacteria - Ngành: Proteobacteria - Lớp: Gramma Proteobacteria - Bộ: Enterobacteriales - Họ: Enterobacteriaceae Trong số các loài trực khuẩn Gram âm gây bệnh ở người thì phổ biến nhất là Escherichia coli, Klebsiella spp., Enterobacteria spp., Proteus spp. * Tính chất nuôi cấy U U [18] : R R Hầu hết có thể mọc trên môi trường nuôi cấy thông thường. Trong môi trường lỏng có thể lắng cặn hoặc làm đục môi trường, có thể vừa làm đục môi trường vừa có cặn ở đáy ống; cũng có thể tạo váng trên bề mặt. Trên môi trường đặc có ba dạng khuẩn lạc: + Dạng S: Khuẩn lạc tròn, bờ đều, nhẵn bóng + Dạng R: Mặt khô, xù xì, thường gặp khi nuôi cấy giữ chủng
+ Dạng M: Khuẩn lạc nhày. Kích thước lớn hơn khuẩn lạc dạng S, các khuẩn lạc thường có xu hướng hòa vào nhau. Hình thức phát triển này thường gặp ở những vi khuẩn có khả năng tạo thành vỏ. * Tính chất sinh hóa: [18] U R U - Di động hoặc không di động R - Lên men hoặc không lên men một số loại đường. Hai loại đường hay được xác định nhất là glucose và lactose. Nếu vi khuẩn không lên men đường glucose thì không thuộc họ vi khuẩn đường ruột. - Sinh hơi hay không sinh hơi khi lên men đường - Có hay không có một số enzym. Ba loại enzym thường được xác định nhất là: oxidase, urease, tryptophanease (sinh indole). Trong đó nếu oxidase dương tính thì không thuộc họ vi khuẩn đường ruột. - Khả năng sinh sulfua hidro (H 2 S) khi dị hóa protein, acid amin hoặc các R R chất dẫn có lưu huỳnh. - Phát triển được hay không phát triển được trên một số môi trường tổng hợp tối thiểu, trong đó, khả năng sử dụng citrate là nguồn cung cấp carbon duy nhất có trong môi trường Simmon thường được thử nghiệm nhất. Bảng 1.1. Tính chất sinh hóa của một số loại vi khuẩn đường ruột thường gặp G GAS H 2 S MR VP IND CIT URE LYS MOT PAD R R Escherichia coli + + - + - + - - + + - Klebsiella + + - - + - + + + - - pneumoniae K. oxytoca + + - - + + + + + - - Enterobacter + + - - + - + - + + - aerogenes Proteus vulgaris + +/- + + - + -/+ + - + + P. mirabilis + + + + +/- - +/- + + + + Samonella + + + + - - + - + + -
Yersinia + - - + - +/- - +/- - - - enterocolitica * Kháng nguyên: U U Thường có 3 loại kháng nguyên: O (thân), H (roi- flagellar) và K (vỏ capsular). R [18] - Kháng nguyên O: là kháng nguyên thân của vi khuẩn. Đây là thành phần kháng nguyên của thành tế bào. Thành phần gồm: lipopolysaccarie (LPS), lipoprotein và peptidoglycan. LPS là kháng nguyên vách chủ yếu của vi khuẩn đường ruột chính là nội độc tố [18] . R R Kháng thể chủ yếu của kháng nguyên O là IgM [45] R - Kháng nguyên H: là kháng nguyên lông của tế bào vi khuẩn nên chỉ có ở các loài vi khuẩn có lông. Kháng nguyên H có bản chất là protein [18] R . Kháng thể R chủ yếu của kháng nguyên H là IgG. Yếu tố quyết định trong kháng nguyên H là chức năng của trình tự chuỗi acid amin trong protein flagellar (flagellin) [45] R - Kháng nguyên K: Là kháng nguyên vỏ hoặc màng bọc nằm bên ngoài kháng nguyên thân. Bản chất hóa học là protein hoặc polisaccharide. Nó có thể dưới dạng một lớp vỏ dày, quan sát được dưới kính hiển vi quang học thông thường (như ở Klebsiella) hoặc một lớp rất mỏng chỉ có thể quan sát được dưới kính hiển vi điện tử (như ở S.typhi). 1.1.2.1. Escherichia coli * Vị trí phân loại: Thuộc Họ: Enterobacteriaceae, Chi Escherichia, Loài: E. coli U U * Đặc điểm sinh học U E. coli có kích thước trung bình 2- 3µm x 0,5 µm; trong những điều kiện không thích hợp (ví dụ: môi trường có kháng sinh) vi khuẩn có thể rất dài như sợi chỉ. Rất ít chủng E. coli có vỏ, nhưng hầu hết có lông và có khả năng di động [18]. R * Đặc tính sinh hóa: Lên men nhiều loại đường (glucose, lactose, mantose), U U sinh gas, không sinh H 2 S, khử nitrat thành nitrit, phản ứng indole dương, MR R R dương, VP âm, Citrat âm, PAD âm. [10] R
* Kháng nguyên: Có các loại kháng nguyên: kháng nguyên O, kháng nguyên U U K, kháng nguyên H. * Khả năng gây bệnh U U [45] : R R Trong số vi khuẩn hiếu khí đường tiêu hóa, E. coli chiếm tỷ lệ cao nhất (khoảng 80%) và sống nhiều nhất trong ruột già, nó đứng hàng đầu trong các vi khuẩn gây tiêu chảy, viêm đường tiết niệu, viêm đường mật, nhiễm khuẩn huyết. E. coli có thể gây nhiều bệnh khác như viêm phổi, viêm màng não, nhiễm khuẩn vết thương. * Mức độ kháng thuốc: E.coli thường sản xuất enzim β-lactamase thông U U thường và một số chủng sinh enzim β-lactamase phổ rộng (ESBL). 1.1.2.2. Klebsiella * Vị trí phân loại U Thuộc họ Enterobacteriaceae, Chi Klebsiella. Gồm các loài : Klebsiella pneumoniae, Klebsiella gramanulomatis, Klebsiella ozaenae, Klebsilla rhinoscleromatis, Klebsiella oxytoca, Klebsiella ornitholytica, Klebsiella planticola, Klebsiella terrigena. Trong số các loài của chi Klebsiella thì Klebsiella pneumoniae có tầm quan trọng nhất và được chọn làm đại diện điển hình của chi này. * Đặc điểm sinh học U U [18] : R R Các vi khuẩn thuộc giống Klebsiella được phát hiện đầu tiên vào thế kỉ 19 bởi nhà vi sinh vật học người Đức - Edwin Klebs. Chúng có hình que, kích thước trung bình 0,3 – 1 x 0,6 – 6 µ, không có lông nên thường không di động, có vỏ dày, kích thước có thể gấp 2 – 3 lần tế bào vi khuẩn. Vỏ của Klebsiella có bản chất là polysaccharide được cấu tạo bởi nhiều loại monosaccharide như: L – fructose, L – rhamnose, D – mannose, D – glucose, D – galactose, D – glucuromic acid hoặc D- galacturomic acid, một số chủng có thêm nhóm O – acetyl và pyruvate. Vỏ có tính ưa nước. * Đặc tính sinh hóa U U [10] : R R Lên men nhiều loại đường (glucose, lactose, mantose), sinh khí gas mạnh, không sinh H 2 S, MR âm, VP dương, phản ứng indol R R âm, Citrat dương, chuyển hóa nitrat thành nitrit, PAD âm.
* Kháng nguyên U RU U [18] : R U Các loài thuộc giống Klebsiella chỉ cớ 2 loại kháng nguyên đó là kháng nguyên O và kháng nguyên K * Khả năng gây bệnh: Klebsiella có trong hệ vi khuẩn bình thường ở ruột U U người trưởng thành, ngoài ra cũng tìm thấy trong hệ hô hấp [63] . R R Chủ yếu gây bệnh cơ hội ở cộng đồng hoặc trong bệnh viện – là một trong những nguyên nhân gây nhiễm trùng bệnh viện thường gặp. Trong đó, Klebsiella pneumoniae và Klebsiella oxytoca là hai giống thường gặp nhất trong các tác nhân gây nhiễm trùng bệnh viện [45] . R R Hầu hết các cơ quan đều có thể bị nhiễm trùng do Klebsiella. K. pneumoniae subsp. Pneumoniae là một căn nguyên gây viêm phổi đã được nói đến từ lâu; bệnh thường gặp ở trẻ sơ sinh; tỷ lệ tử vong rất cao nếu không được điều trị sớm. Ngoài ra nó còn có khả năng gây nhiễm khuẩn huyết, viêm màng não, viêm tai giữa, viêm xoang, viêm nhiễm khuẩn đường tiết niệu, áp xe gan, ...Thời gian nằm viện kéo dài, sử dụng kháng sinh phổ rộng và điều trị tại các khoa săn sóc đặc biệt là các yếu tố nguy cơ nhiễm Klebsiella. R [6] * Mức độ kháng thuốc : Cũng như các loài kháng trong họ đường ruột, U U Klebsiella kháng cao với ngoại cảnh và kháng sinh. Hiện nay Klebsiella spp. Là một trong những nguyên nhân quan trọng trong nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn mắc phải trong cộng đồng vì tính đa kháng thuốc do tiết enzim ESBL. 1.1.2.3. Enterobacter * Vị trí phân loại [18] : Thuộc họ Enterobacteriaceae, Chi Enterobacter. Gồm U R U R các loài : Enterobacter cloacae, E. aerogenes, E. agglomerans, E. gergoviae, E. sakazakii, E. cowanii, E. hormaechei, E. taylorae, E. asburiae, E. intermedius, E. amnigenus, E. dissolvens, E. kobei, E. pyrinus, E. nimipressuralis. * Đặc điểm sinh học: [4][10] : Kích thước trung bình 0,6 – 1 x 1,2 - 3µ. Có lông U R U R xung quanh thân và có khả năng di động. Có thể có vỏ nhưng kích thức mỏng hơn vỏ ở Klebsiella. Hiếu khí không bắt buộc. Nhiệt độ tối ưu cho phát triển là 30oC. P P * Khả năng gây bệnh: Enterobacter thường có mặt trong đất, nước và ngoài U U môi trường. E. cloacae và E. aerogenes có thể là thành viên trong hệ vi khuẩn bình thường ở ruột người và động vật. Một số loài Enterobacter có thể gây nhiễm trùng