Nghiên cứu giải mã genome một số giống lúa địa phương của Việt Nam

Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ nhất<br /> <br /> NGHIÊN CỨU GIẢI MÃ GENOME MỘT SỐ GIỐNG LÚA ĐỊA PHƯƠNG<br /> CỦA VIỆT NAM<br /> Khuất Hữu Trung, Lê Huy Hàm và cộng sự<br /> Viện Di truyền Nông nghiệp<br /> SUMMARY<br /> Sequencing the genomes of a number of native Vietnamese rice lines<br /> Eight hundred and thirty seven rice varieties/lines have been investigated and collected following 6<br /> groups of good quality, salinity tolerance, drought tolerance, planthopper resistance, rice blast resistance<br /> and bacteria blight resistance. Thirty-six varieties with typical samples and high diversity have been<br /> selected for for genome sequencing. The databases of phenotype and genotype of those varieties have<br /> been supplied precious informations for screening of functional genes; building SNPs map; and designing<br /> CAPS, dCAPS and SSLP marker supporting precise selection of individuals that contain target genes. The<br /> results of the studies will effectively support rice breeding programs to produce new rice varieties with<br /> good quality, high productivity, abiotic and biotic resistance capability.<br /> Keywords: Cleaved Amplified Polymorphic sequence (CAPs), Derived Cleaved Amplified<br /> Polymorphic sequence (dCAPS), Single Nucleotide Polymorphism (SNPs), Simple Sequence Length<br /> Polymorphism (SSLP)<br /> <br /> I. ĐẶT VẤN ĐỀ *<br /> Tập đoàn giống lúa bản địa của Việt Nam vô<br /> cùng phong phú. Nhằm xây dựng được cơ sở dữ<br /> liệu genome bên cạnh cơ sở dữ liệu hình thái và<br /> ngân hàng gen hạt, nhóm tác giả Viện Di truyền<br /> Nông nghiệp đã thực hiện đề tài “Nghiên cứu<br /> giải mã genome một số giống lúa địa phương của<br /> Việt Nam” nhằm ứng dụng khai thác nguồn gen<br /> lúa hiệu quả phục vụ cho công tác nghiên cứu<br /> chọn tạo ra những giống lúa mới đáp ứng yêu cầu<br /> sản xuất.<br /> II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU<br /> 2.1. Vật liệu<br /> - Các tập đoàn giống lúa bản địa (chất lượng,<br /> chịu hạn, chịu mặn, kháng rầy nâu, kháng đạo ôn,<br /> kháng bạc lá) được cung cấp bởi Ngân hàng gen<br /> hạt của Trung tâm Tài nguyên Thực vật, Viện<br /> Lúa đồng bằng sông Cửu Long và được thu thập<br /> từ các địa phương của Việt Nam.<br /> - Các hóa chất thông dụng, các mồi SSR,<br /> ORF100 dùng trong nghiên cứu sinh học phân tử<br /> được cung cấp từ các hãng Sigma, Merck…<br /> - Các thiết bị máy móc, máy tính và các phần<br /> mềm chuyên dụng (RTA version 1.7 và<br /> <br /> Người phản biện: GS.TSKH. Trần Duy Quý.<br /> <br /> CASAVA version 1.7, NextGene, MEGA5,<br /> dCAPS Finder 2.0, VectorNTI v11...)<br /> 2.2. Phương pháp nghiên cứu<br /> - Phương pháp đánh giá mô tả đặc điểm hình<br /> thái; đặc tính nông học... theo phương pháp của<br /> IRRI, 1997.<br /> - Phương pháp tách chiết ADN tổng số (với<br /> lượng mẫu lớn, chất lượng cao).<br /> - Phương pháp phân loại loài phụ Indica và<br /> Japonica dựa trên ADN lục lạp (Theo phương<br /> pháp của Kanno, 1993 và Chen, 1994).<br /> - Phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền<br /> bằng chỉ thị phân tử SSR: Tách chiết và tinh sạch<br /> ADN theo phương pháp CTAB của Obara và<br /> Kako (1998) có cải tiến; kiểm tra nồng độ tinh<br /> sạch của ADN; sử dụng các mồi SSR thích hợp<br /> (30-50 mồi cho mỗi tập đoàn), thiết kế các điều<br /> kiện tối ưu cho các phản ứng PCR để nhân những<br /> đoạn ADN của genome; điện di sản phẩm PCR<br /> trên gel polyacrylamide và nhuộm gel bằng<br /> Ethidium bromide; phân tích, xử lí kết quả bằng<br /> các chương trình phần mềm NTSYSpc 2.1<br /> (Rohlf, 2000).<br /> - Phương pháp giải trình tự genome bằng hệ<br /> thống Illumina: Các mẫu ADN sẽ bị cắt thành<br /> các phân mảnh có kích thước thích hợp (trung<br /> bình ~ 800bp) bằng cách sử dụng một thiết bị<br /> khí nén được gọi là máy phun sương. Tạo một<br /> 195<br /> <br /> VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM<br /> <br /> thư viện các phân mảnh đại diện cho mẫu<br /> genome cần giải trình tự. Các đầu tận cùng của<br /> các phân mảnh ADN được làm bằng và hai trình<br /> tự adapter đặc hiệu được gắn vào các phân mảnh<br /> theo quy trình của hãng (Genomic DNA Sample<br /> Prep Kit). Trình tự genome của các giống lúa<br /> được giải mã theo phương pháp ngẫu nhiên<br /> (Shortgun). Các đoạn trình tự riêng biệt được<br /> sắp xếp và lắp ráp thành một trình tự thống nhất<br /> của hệ gen bằng phần mềm RTA version 1.7 và<br /> CASAVA version 1.7.<br /> - Lập bản đồ SNPs và thiết kế các cặp mồi<br /> dCAPS, SSLP bằng các phần mềm: Bam seek<br /> 2011, CLC Genomic Workbench V6.0, MEGA<br /> V5.0, NextGENe®software V2.3.3, Vector NTI<br /> v.11 và dCAPs Finder 2.0<br /> III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN<br /> 3.1. Điều tra, thu thập và xây dựng các tập<br /> đoàn giống lúa bản địa của Việt Nam (tập<br /> trung các giống chất lượng tốt, có khả năng<br /> chống chịu với các điều kiện bất lợi sinh học<br /> và phi sinh học)<br /> Tổng số 837 mẫu giống lúa ở các vùng sinh<br /> thái khác nhau đã được điều tra (chất lượng tốt 233 mẫu; chịu hạn - 134 mẫu; chịu mặn - 63<br /> mẫu, kháng rầy nâu - 113 mẫu, kháng đạo ôn 161 mẫu, kháng bạc lá - 133 mẫu để chọn lọc và<br /> xây dựng thành 6 tập đoàn với các mẫu giống lúa<br /> điển hình có độ đa dạng cao phục vụ công tác<br /> giải mã genome. Cụ thể: Tập đoàn giống lúa chất<br /> lượng (50 mẫu); tập đoàn giống lúa có khả năng<br /> chịu hạn (40 mẫu); tập đoàn giống lúa có khả<br /> năng chịu mặn (38 mẫu); tập đoàn giống lúa có<br /> <br /> khả năng kháng rầy nâu (35 mẫu); tập đoàn giống<br /> lúa có khả năng kháng đạo ôn (34 mẫu); tập đoàn<br /> giống lúa có khả năng kháng bạc lá (38 mẫu).<br /> 3.2. Đánh giá đa dạng di truyền của 6 tập đoàn<br /> giống lúa có khả năng chịu hạn, chịu mặn,<br /> chất lượng, kháng rầy nâu, kháng bạc lá,<br /> kháng đạo ôn bằng chỉ thị phân tử SSR<br /> Kết quả phân tích đa dạng di truyền của các<br /> tập đoàn giống lúa dựa trên các cặp mồi SSR<br /> được tổng hợp ở bảng 1.<br /> Từ kết quả số liệu đánh giá đa dạng di<br /> truyền 6 tập đoàn giống lúa bản địa của Việt<br /> Nam, chúng tôi tuyển chọn được 36 giống lúa<br /> điển hình phân bố ở các vùng miền khác nhau,<br /> có độ đa dạng cao, phục vụ cho quá trình giải<br /> mã genome:<br /> - Nhóm lúa chất lượng: Tám xoan Bắc Ninh,<br /> Tám xoan Hải Hậu, Nàng thơm Chợ Đào, Tẻ<br /> nương, Thơm lài, Nếp ông táo và OM3536.<br /> - Nhóm lúa chịu hạn: Nếp bồ hóng Hải<br /> dương, Tan ngần, Ba chơ K’tê, Blào sinh sái,<br /> Nàng quớt biển và Lúa gốc đỏ.<br /> - Nhóm lúa chịu mặn: Nếp mặn, Chiêm đỏ,<br /> Lúa ngoi, Một bụi đỏ, Nàng cờ đỏ 2 và Chiêm đá.<br /> - Nhóm lúa kháng rầy nâu: Chấn thơm, Khâu<br /> giáng, Xương gà, Coi ba đất, OM5629, Khẩu liến<br /> và IS1.2.<br /> - Nhóm lúa kháng đạo ôn: Ble te lo, Chiêm<br /> nhỡ Bắc Ninh 2, Nếp lùn, Kháu mặc buộc và<br /> OM6377.<br /> - Nhóm lúa kháng bạc lá: Tép Thái Bình, Kháu<br /> điển lư, Nếp mèo nương, Tốc lùn và Hom râu.<br /> <br /> Bảng 1. Kết quả đánh giá đa dạng di truyền của 6 tập đoàn giống lúa của Việt Nam<br /> Nhóm lúa<br /> <br /> Chất lượng<br /> <br /> Chịu hạn<br /> <br /> Chịu mặn<br /> <br /> Kháng<br /> rầy nâu<br /> <br /> Kháng<br /> đạo ôn<br /> <br /> Kháng<br /> bạc lá<br /> <br /> 31<br /> <br /> 23<br /> <br /> 30<br /> <br /> 31<br /> <br /> 29<br /> <br /> 31<br /> <br /> Số alen (TB)<br /> <br /> 3,87<br /> <br /> 3,57<br /> <br /> 5,2<br /> <br /> 3,84<br /> <br /> 5,58<br /> <br /> 3,43<br /> <br /> Hệ số PIC (TB)<br /> <br /> 0,52<br /> <br /> 0,56<br /> <br /> 0,66<br /> <br /> 0,59<br /> <br /> 0,71<br /> <br /> 0,68<br /> <br /> Tỷ lệ khuyết số liệu (TB)<br /> <br /> 1,94<br /> <br /> 1,85<br /> <br /> 1,05<br /> <br /> 2,12<br /> <br /> 3,24<br /> <br /> 2,00<br /> <br /> Tỷ lệ dị hợp tử (TB)<br /> <br /> 2,32<br /> <br /> 3,45<br /> <br /> 1,50<br /> <br /> 0,47<br /> <br /> 1,57<br /> <br /> 1,43<br /> <br /> 0,11 - 0,87<br /> <br /> 0,02 - 0,91<br /> <br /> 0,02 - 0,83<br /> <br /> 0,05 - 0,82<br /> <br /> 0 - 0,69<br /> <br /> 0,07 - 0,87<br /> <br /> 6<br /> <br /> 4<br /> <br /> 3<br /> <br /> 5<br /> <br /> 6<br /> <br /> 7<br /> <br /> Các thông số<br /> Số lượng cặp mồi<br /> <br /> Hệ số tương đồng<br /> Phân nhóm<br /> <br /> Ghi chú: TB - Trung bình; PIC - Polymorphic Information Content.<br /> <br /> 196<br /> <br /> Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ nhất<br /> <br /> 3.3. Phối hợp giải mã genome, xây dựng cơ sở dữ liệu genotype của 36 giống lúa bản địa ưu tú<br /> được tuyển chọn<br /> <br /> Hình 1. Sản phẩm ADN của các mẫu giống lúa<br /> (M: Marker DNA 50 g/µl; giếng 1-36: 36 mẫu giống lúa)<br /> Sau khi tách chiết, ADN được hòa tan bằng<br /> nước cất vô trùng khử Ion và kiểm tra nồng độ,<br /> độ tinh sạch trên gel agarose 1% (hình 1). Kết<br /> quả điện di cho thấy, các băng ADN tổng số của<br /> các giống lúa thu được sáng đồng đều, không đứt<br /> gẫy hay lẫn tạp. Nồng độ DNA cao hơn so với<br /> Marker (50 g/µl).<br /> Tổng số 36 mẫu ADN của các giống lúa<br /> <br /> nghiên cứu sau quá trình tách chiết được thiết<br /> lập thư viện hệ gen và tiến hành giải trình tự tự<br /> động trên máy Illumina. Sau đó, số liệu được<br /> tập hợp và xử lý bằng các phần mềm:<br /> NextGENe®software V2.3.3; CLC Genomic<br /> Workbench V6.0; MEGA V5.0 (Molecular<br /> Evolutionary Genetics Analysis). Cơ sở dữ liệu<br /> trình tự genome của 36 mẫu giống lúa nghiên<br /> cứu đã giải mã được tổng hợp ở bảng 2.<br /> <br /> Bảng 2. Thống kê số lượng file đọc, contigs và độ dài các contigs của 36 giống lúa<br /> TT<br /> <br /> Tên giống lúa<br /> <br /> 1<br /> <br /> Tám xoan Bắc Ninh<br /> <br /> 2<br /> <br /> Tám xoan Hải Hậu<br /> <br /> 3<br /> <br /> Tẻ nương<br /> <br /> 4<br /> <br /> Nàng thơm Chợ Đào<br /> <br /> 5<br /> <br /> Thơm lài<br /> <br /> 6<br /> <br /> Nếp mặn<br /> <br /> 7<br /> <br /> Chiêm đỏ<br /> <br /> 8<br /> <br /> Lúa ngoi<br /> <br /> 9<br /> <br /> Một bụi đỏ<br /> <br /> 10<br /> <br /> Nàng cờ đỏ 2<br /> <br /> 11<br /> <br /> Ble te lo<br /> <br /> 12<br /> <br /> Chiêm nhỡ Bắc Ninh 2<br /> <br /> 13<br /> <br /> Nếp lùn<br /> <br /> (file đọc)<br /> <br /> Chiều<br /> dài<br /> (bp)<br /> <br /> Số contigs sau<br /> lắp ráp (đoạn)<br /> <br /> Chiều dài<br /> TB (bp)<br /> <br /> Contigs<br /> dài nhất<br /> (bp)<br /> <br /> Contigs<br /> ngắn nhất<br /> (bp)<br /> <br /> CSDL<br /> <br /> 66 764 181<br /> <br /> 100<br /> <br /> 168 345<br /> <br /> 1 462<br /> <br /> 39 403<br /> <br /> 99<br /> <br /> 1_1<br /> <br /> 66 764 181<br /> <br /> 100<br /> <br /> 170 097<br /> <br /> 1 446<br /> <br /> 38 223<br /> <br /> 112<br /> <br /> 1_2<br /> <br /> 77 282 587<br /> <br /> 100<br /> <br /> 168 912<br /> <br /> 1 467<br /> <br /> 33 453<br /> <br /> 119<br /> <br /> 2_1<br /> <br /> Số file Read<br /> <br /> Tên<br /> <br /> 77 282 587<br /> <br /> 100<br /> <br /> 158 500<br /> <br /> 1 592<br /> <br /> 34 981<br /> <br /> 111<br /> <br /> 2_2<br /> <br /> 60 665 371<br /> <br /> 100<br /> <br /> 177 777<br /> <br /> 1 374<br /> <br /> 34 925<br /> <br /> 114<br /> <br /> 3_1<br /> <br /> 60 665 371<br /> <br /> 100<br /> <br /> 195 484<br /> <br /> 1 244<br /> <br /> 24 754<br /> <br /> 110<br /> <br /> 3_2<br /> <br /> 58 565 580<br /> <br /> 100<br /> <br /> 189 992<br /> <br /> 1 374<br /> <br /> 27 442<br /> <br /> 141<br /> <br /> 4_1<br /> <br /> 58 565 580<br /> <br /> 100<br /> <br /> 192 893<br /> <br /> 1 253<br /> <br /> 32 926<br /> <br /> 108<br /> <br /> 4_2<br /> <br /> 130 034 563<br /> <br /> 100<br /> <br /> 158 431<br /> <br /> 1 619<br /> <br /> 35 748<br /> <br /> 96<br /> <br /> 5_1<br /> <br /> 130 034 563<br /> <br /> 100<br /> <br /> 148 838<br /> <br /> 1 747<br /> <br /> 34 832<br /> <br /> 100<br /> <br /> 5_2<br /> <br /> 64 207 073<br /> <br /> 100<br /> <br /> 174 251<br /> <br /> 1 402<br /> <br /> 32 807<br /> <br /> 125<br /> <br /> 6_1<br /> <br /> 63 829 573<br /> <br /> 100<br /> <br /> 173 560<br /> <br /> 1 417<br /> <br /> 33 380<br /> <br /> 112<br /> <br /> 6_2<br /> <br /> 149 221 060<br /> <br /> 100<br /> <br /> 193 353<br /> <br /> 1 344<br /> <br /> 31 551<br /> <br /> 102<br /> <br /> 7_1<br /> <br /> 23 570 568<br /> <br /> 100<br /> <br /> 305 651<br /> <br /> 570<br /> <br /> 20 047<br /> <br /> 117<br /> <br /> 8_1<br /> <br /> 21 458 890<br /> <br /> 100<br /> <br /> 338 605<br /> <br /> 459<br /> <br /> 8 880<br /> <br /> 122<br /> <br /> 8_2<br /> <br /> 93 386 596<br /> <br /> 100<br /> <br /> 139 405<br /> <br /> 1 900<br /> <br /> 45 657<br /> <br /> 93<br /> <br /> 9_1<br /> <br /> 93 386 596<br /> <br /> 100<br /> <br /> 138 852<br /> <br /> 1 910<br /> <br /> 46 370<br /> <br /> 99<br /> <br /> 9_2<br /> <br /> 25 356 215<br /> <br /> 100<br /> <br /> 264 870<br /> <br /> 706<br /> <br /> 36 961<br /> <br /> 112<br /> <br /> 10_1<br /> <br /> 25 397 926<br /> <br /> 100<br /> <br /> 270 457<br /> <br /> 704<br /> <br /> 36 961<br /> <br /> 100<br /> <br /> 10_2<br /> <br /> 62 318 086<br /> <br /> 100<br /> <br /> 182 312<br /> <br /> 1 336<br /> <br /> 32 542<br /> <br /> 111<br /> <br /> 11_1<br /> <br /> 62 885 136<br /> <br /> 100<br /> <br /> 172 164<br /> <br /> 1 443<br /> <br /> 32 542<br /> <br /> 125<br /> <br /> 11_2<br /> <br /> 60 034 872<br /> <br /> 100<br /> <br /> 180 582<br /> <br /> 1 336<br /> <br /> 28 120<br /> <br /> 116<br /> <br /> 12_1<br /> <br /> 60 327 169<br /> <br /> 100<br /> <br /> 170 439<br /> <br /> 1 440<br /> <br /> 32 452<br /> <br /> 100<br /> <br /> 12_2<br /> <br /> 112 867 848<br /> <br /> 100<br /> <br /> 167 972<br /> <br /> 1 474<br /> <br /> 31 471<br /> <br /> 105<br /> <br /> 13_1<br /> <br /> 197<br /> <br /> VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM<br /> <br /> TT<br /> <br /> Tên giống lúa<br /> <br /> (file đọc)<br /> <br /> Chiều<br /> dài<br /> (bp)<br /> <br /> Số contigs sau<br /> lắp ráp (đoạn)<br /> <br /> Chiều dài<br /> TB (bp)<br /> <br /> Contigs<br /> dài nhất<br /> (bp)<br /> <br /> Contigs<br /> ngắn nhất<br /> (bp)<br /> <br /> CSDL<br /> <br /> Số file Read<br /> <br /> Tên<br /> <br /> 14<br /> <br /> Kháu mặc buộc<br /> <br /> 161 141 506<br /> <br /> 100<br /> <br /> 163 108<br /> <br /> 1 602<br /> <br /> 36 477<br /> <br /> 93<br /> <br /> 14_1<br /> <br /> 15<br /> <br /> OM6377<br /> <br /> 151 576 950<br /> <br /> 100<br /> <br /> 160 618<br /> <br /> 1 618<br /> <br /> 36 911<br /> <br /> 118<br /> <br /> 15_1<br /> <br /> 16<br /> <br /> Chấn thơm<br /> <br /> 124 807 138<br /> <br /> 100<br /> <br /> 133 728<br /> <br /> 1 982<br /> <br /> 55 255<br /> <br /> 98<br /> <br /> 16_1<br /> <br /> 17<br /> <br /> Xương gà<br /> <br /> 54 917 406<br /> <br /> 100<br /> <br /> 165 903<br /> <br /> 1 518<br /> <br /> 35 123<br /> <br /> 100<br /> <br /> 17_1<br /> <br /> 54 917 406<br /> <br /> 100<br /> <br /> 165 691<br /> <br /> 1 522<br /> <br /> 32 961<br /> <br /> 119<br /> <br /> 17_2<br /> <br /> 18<br /> <br /> Khâu giáng<br /> <br /> 144 984 058<br /> <br /> 100<br /> <br /> 160 100<br /> <br /> 1 588<br /> <br /> 34 709<br /> <br /> 107<br /> <br /> 18_1<br /> <br /> 50 386 232<br /> <br /> 100<br /> <br /> 312 711<br /> <br /> 650<br /> <br /> 42 742<br /> <br /> 100<br /> <br /> 19_1<br /> <br /> 20 526 283<br /> <br /> 100<br /> <br /> 327 307<br /> <br /> 415<br /> <br /> 32 337<br /> <br /> 108<br /> <br /> 19_2<br /> <br /> 110 278 876<br /> <br /> 100<br /> <br /> 145 196<br /> <br /> 1819<br /> <br /> 44 379<br /> <br /> 101<br /> <br /> 20_1<br /> <br /> 87 082 333<br /> <br /> 100<br /> <br /> 145 017<br /> <br /> 1822<br /> <br /> 45 145<br /> <br /> 114<br /> <br /> 21_1<br /> <br /> 87 082 333<br /> <br /> 100<br /> <br /> 143 972<br /> <br /> 1 836<br /> <br /> 41 495<br /> <br /> 118<br /> <br /> 21_2<br /> <br /> 124 251 178<br /> <br /> 100<br /> <br /> 166 005<br /> <br /> 1 509<br /> <br /> 37 314<br /> <br /> 102<br /> <br /> 22_1<br /> <br /> 19<br /> <br /> Coi ba đất<br /> <br /> 20<br /> <br /> OM5629<br /> <br /> 21<br /> <br /> Nếp bồ hóng HD<br /> <br /> 22<br /> <br /> Tan ngần<br /> <br /> 23<br /> <br /> Ba chơ K’te<br /> <br /> 86 675 902<br /> <br /> 100<br /> <br /> 278 396<br /> <br /> 799<br /> <br /> 18 323<br /> <br /> 108<br /> <br /> 23_1<br /> <br /> 24<br /> <br /> Blào sinh sái<br /> <br /> 143 027 028<br /> <br /> 100<br /> <br /> 172 738<br /> <br /> 1 488<br /> <br /> 34 078<br /> <br /> 90<br /> <br /> 24_1<br /> <br /> 25<br /> <br /> Nàng quớt biển<br /> <br /> 90 575 290<br /> <br /> 100<br /> <br /> 202 060<br /> <br /> 1 231<br /> <br /> 32 461<br /> <br /> 118<br /> <br /> 25_1<br /> <br /> 90 575 290<br /> <br /> 100<br /> <br /> 196 455<br /> <br /> 1 288<br /> <br /> 32 432<br /> <br /> 103<br /> <br /> 25_2<br /> <br /> 26<br /> <br /> Tép Thái Bình<br /> <br /> 57 444 605<br /> <br /> 100<br /> <br /> 220 236<br /> <br /> 1 011<br /> <br /> 20 612<br /> <br /> 113<br /> <br /> 26_1<br /> <br /> 57 444 605<br /> <br /> 100<br /> <br /> 246 254<br /> <br /> 895<br /> <br /> 23 072<br /> <br /> 131<br /> <br /> 26_2<br /> <br /> 27<br /> <br /> Kháu điển lư<br /> <br /> 73 065 806<br /> <br /> 100<br /> <br /> 170 507<br /> <br /> 1 452<br /> <br /> 39 702<br /> <br /> 116<br /> <br /> 27_1<br /> <br /> 73 065 806<br /> <br /> 100<br /> <br /> 159 413<br /> <br /> 1 579<br /> <br /> 42 744<br /> <br /> 122<br /> <br /> 27_2<br /> <br /> 64 484 391<br /> <br /> 100<br /> <br /> 152 517<br /> <br /> 1 693<br /> <br /> 44 872<br /> <br /> 100<br /> <br /> 28_1<br /> <br /> 64 484 391<br /> <br /> 100<br /> <br /> 153 725<br /> <br /> 1 680<br /> <br /> 48 203<br /> <br /> 102<br /> <br /> 28_2<br /> <br /> 77 210 566<br /> <br /> 100<br /> <br /> 320 152<br /> <br /> 677<br /> <br /> 33 403<br /> <br /> 103<br /> <br /> 29_1<br /> <br /> 78 841 921<br /> <br /> 100<br /> <br /> 173 968<br /> <br /> 1 437<br /> <br /> 32 864<br /> <br /> 101<br /> <br /> 30_1<br /> <br /> 78 841 921<br /> <br /> 100<br /> <br /> 163 869<br /> <br /> 1 551<br /> <br /> 34 312<br /> <br /> 90<br /> <br /> 30_2<br /> <br /> 106200872<br /> <br /> 100<br /> <br /> 174764<br /> <br /> 1485<br /> <br /> 34689<br /> <br /> 97<br /> <br /> 31-1<br /> <br /> 46 589 297<br /> <br /> 100<br /> <br /> 193 628<br /> <br /> 1 241<br /> <br /> 33 640<br /> <br /> 119<br /> <br /> 33_1<br /> <br /> 46 589 297<br /> <br /> 100<br /> <br /> 197 033<br /> <br /> 1 216<br /> <br /> 31 842<br /> <br /> 120<br /> <br /> 33_2<br /> <br /> 163389194<br /> <br /> 100<br /> <br /> 150517<br /> <br /> 1748<br /> <br /> 40389<br /> <br /> 159<br /> <br /> 34-1<br /> <br /> 75 462 036<br /> <br /> 100<br /> <br /> 193 739<br /> <br /> 1 220<br /> <br /> 32 694<br /> <br /> 115<br /> <br /> 36_1<br /> <br /> 75 462 036<br /> <br /> 100<br /> <br /> 180 682<br /> <br /> 1 348<br /> <br /> 32 458<br /> <br /> 112<br /> <br /> 36_2<br /> <br /> 28<br /> <br /> Nếp mèo nương<br /> <br /> 29<br /> <br /> Tốc lùn<br /> <br /> 30<br /> <br /> Hom râu<br /> <br /> 31<br /> <br /> Nếp ông táo<br /> <br /> 32<br /> <br /> OM3536<br /> <br /> 33<br /> <br /> Khẩu liến<br /> <br /> 34<br /> <br /> Lúa gốc đỏ<br /> <br /> 35<br /> <br /> Chiêm đá<br /> <br /> 131 230 830<br /> <br /> 100<br /> <br /> 188 511<br /> <br /> 1 392<br /> <br /> 42 513<br /> <br /> 95<br /> <br /> 37_1<br /> <br /> 36<br /> <br /> IS1.2<br /> <br /> 112 318 078<br /> <br /> 100<br /> <br /> 149 578<br /> <br /> 1 738<br /> <br /> 36 496<br /> <br /> 99<br /> <br /> 39_1<br /> <br /> Số liệu ở bảng 2 cho thấy: Giống Thơm<br /> lài có số file đọc lớn nhất là 260 069 126.<br /> Giống lúa ngoi có số file đọc nhỏ nhất là 44<br /> 029 458. Kết quả thống kê số lượng các<br /> contigs của 36 giống lúa sau khi lắp ráp chỉ ra<br /> rằng: Giống lúa ngoi có số lượng contigs lớn<br /> nhất là 644 256 contigs. Giống Chấn thơm có<br /> số contigs sau lắp ráp ít nhất là 133 728<br /> <br /> 198<br /> <br /> contigs. Contigs dài nhất là 48 203bp ở giống<br /> Nếp mèo nương, contigs ngắn nhất là 90bp ở<br /> giống Blào sinh sái. Chiều dài trung bình của<br /> các contigs dao động từ 415bp (giống Coi ba<br /> đất) đến 1910bp (giống Một bụi đỏ). Cơ sở dữ<br /> liệu genotype (ở mức trình tự genome) của 36<br /> giống lúa bản địa ưu tú lưu trên website:<br /> tgac/browser.tgac.ac.uk (hình 2).<br /> <br /> Hội thảo Quốc gia về Khoa học Cây trồng lần thứ nhất<br /> <br /> Hình 2. Giao diện đăng nhập vào CSDL tại website: tgac/browser.tgac.ac.uk<br /> 3.4. Đánh giá bổ sung các tính trạng hình thái<br /> nông học chính, xây dựng cơ sở dữ liệu<br /> phenotype của 36 giống lúa đã được giải mã<br /> <br /> Japonica) và Kasalath (lúa Indica). Kết quả phân<br /> loại dưới loài của 36 mẫu giống lúa được thể hiện<br /> ở hình 3 và bảng 3.<br /> <br /> Sử dụng cặp mồi đặc hiệu ORF100 và so<br /> sánh với hai giống đối chứng Nipponbare (lúa<br /> <br /> Hình 3. Sản phẩm PCR của 36 giống lúa với cặp mồi ORF100<br /> (K: Kasalath; N: Nipponbare; M: Marker 1kb; giếng 1 - 36: Các mẫu lúa)<br /> <br /> Số liệu ở bảng 3 cho thấy, trong số 36 mẫu<br /> giống nghiên cứu, có 15 mẫu giống lúa cho sản<br /> phẩm khuếch đại là băng ADN giống với đối<br /> chứng Kasalath (kiểu ADN lục lạp khuyết thiếu<br /> của lúa Indica). Có 20 mẫu giống lúa cho sản<br /> phẩm khuếch đại là băng ADN giống với đối<br /> chứng Nipponbare (kiểu ADN lục lạp không<br /> <br /> khuyết thiếu của Japonica). Duy nhất có giống<br /> lúa Nàng quớt biển thể hiện ở cả hai kiểu ADN<br /> lục lạp (với kiểu ADN lục lạp khuyết thiếu của<br /> lúa Indica và kiểu ADN lục lạp không khuyết<br /> thiếu của Japonica). Điều này cho thấy, mẫu<br /> giống này đã có sự lai tạo tự nhiên giữa lúa<br /> Indica và lúa Japonica.<br /> <br /> Bảng 3. Kết quả phân loại dưới loài của 36 giống lúa<br /> TT<br /> 1<br /> 2<br /> 3<br /> 4<br /> 5<br /> <br /> Tên giống lúa<br /> Tám xoan Bắc Ninh<br /> Tám xoan Hải Hậu<br /> Tẻ nương<br /> Nàng thơm Chợ Đào<br /> Thơm lài<br /> <br /> ORF 100 (  1000bp)<br /> Japonica<br /> Japonica<br /> Japonica<br /> Japonica<br /> Japonica<br /> <br /> Indica<br /> <br /> Indica<br /> <br /> 199<br /> <br />