Phân tích trình tự nucleotide đoạn gen FGFBP 2 ở giống Gà ri vàng của đồng bào Trại xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:8

Thêm vào BST

Báo xấu

5
lượt xem 1
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Trong nghiên cứu này, gen FGFBP 2 được sử dụng để phân tích đa hình về trình tự nucleotide ở giống Gà ri vàng tại xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên. Đoạn gen FGFBP 2 dài 656 bp được nhân bản và giải trình tự nucleotide thành công ở tất cả 30 cá thể Gà ri vàng nghiên cứu.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Phân tích trình tự nucleotide đoạn gen FGFBP 2 ở giống Gà ri vàng của đồng bào Trại xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên

Công nghệ sinh học & Giống cây trồng Phân tı́ch trınh tự nucleotide đoa ̣n gen FGFBP 2 ở giố ng Gà ri vàng ̀ của đồ ng bào Tra ̣i xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên Hà Bı́ch Hồ ng1, Nguyễn Thi Thu Trang1, Pha ̣m Thi Trang2, ̣ ̣ Nguyễn Thu Quyên2, Trầ n Viế t Vinh2, Trầ n Thảo Vân2, La Văn Công2 1 Trường Đại học Lâm nghiệp 2 Công ty TNHH Phát triển Nông nghiê ̣p Thảo Vân Nucleotide analysis of the FGFBP 2 gene fragment in yellow chicken of the people of Tan Cuong commune, Thai Nguyen city Ha Bich Hong1, Nguyen Thi Thu Trang1, Pham Thi Trang2, Nguyen Thu Quyen2, Tran Viet Vinh2, Tran Thao Van2, La Van Cong2 1 Vietnam National University of Forestry 2 Thao Van Agriculture Development Limited Liability Company https://doi.org/10.55250/jo.vnuf.12.4.2023.020-027 TÓM TẮT Gà ri vàng là giố ng gà bản đi ̣a có đặc tı́nh quý như chấ t lượng thi ̣t, trưng thơm ngon ́ nhưng năng suấ t trưng thấ p là do giố ng có tı́nh ấ p bóng cao, thành thục sinh dục ́ muộn và không được chọn lọc. Đến nay, giống gà này đã được chọn lọc và nhân giống nhưng với số lượng không nhiều. Các đàn gà ở các hộ dân thì số lượng rất ít, Thông tin chung: sau mỗi năm mức độ đồng huyết lại tăng. Công tác giố ng gia cầ m đã ưng dụng chọn ́ Ngày nhận bài: 04/05/2023 lọc dựa vào các gen liên quan đế n trọng lượng thân thi ̣t và chấ t lượng thi ̣t như gen Ngày phản biện: 06/06/2023 Ngày quyết định đăng: 27/06/2023 PIT1, GHSR, FGFBP 1 và FGFBP 2. Trong nghiên cưu này, gen FGFBP 2 được sử ́ dụng để phân tı́ch đa hı̀nh về trı̀nh tự nucleotide ở giố ng Gà ri vàng tại xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên. Đoạn gen FGFBP 2 dài 656 bp được nhân bản và giải trı̀nh tự nucleotide thành công ở tấ t cả 30 cá thể Gà ri vàng nghiên cưu. Kế t quả phân tı́ch ́ trı̀nh tự nucleotide cho thấ y giữa các cá thể Gà ri vàng tại xã Tân Cương không có sự đa hı̀nh, tấ t cả 30 trı̀nh tự tư 30 cá thể gà đề u có trı̀nh tự nucleotide tương đồ ng ̀ 100% và trı̀nh tự này được đăng ký thành công trên GenBank với mã số OL800559. Từ khóa: So sánh trı̀nh tự đoạn gen FGFBP 2 của giố ng Gà ri vàng Tân Cương với 5 giố ng đa hı̀nh di truyề n, FGFBP 2, gà khác hiện có trên GenBank cho thấ y mưc độ tương đồ ng rấ t cao (100%) và tương ́ Gà ri vàng, Tân Cương. đồ ng 93,49% với giố ng Gà tây tại Hà Lan. Kế t quả này cho thấ y trı̀nh tự đoạn gen FGFBP 2 của gà rấ t bảo thủ mặc dù các giố ng gà khác nhau được thuầ n hóa ở các khu vực đi ̣a lý rấ t xa và điề u kiện sinh thái khác biệt. ABSTRACT Yellow chicken is an indigenous chicken breed with valuable characteristics such as good quality of meat and eggs, but low egg productivity due to the breed's high Keywords: hatchability, late sexual maturity, and lack of selection. Up to now, this chicken breed genetic polymorphism, has been selected and bred but in small numbers. The number of chickens in households FGFBP 2, Tan Cuong, is very small, after each year the level of inbreeding increases. Poultry breeding has yellow chicken. applied selection based on genes related to carcass weight and meat quality such as PIT1, GHSR, FGFBP 1 and FGFBP 2. In this study, the FGFBP 2 gene was used to analyze nucleotide sequence polymorphisms in the yellow chicken variety in Tan Cuong commune, Thai Nguyen city. The 656 bp long FGFBP 2 gene fragment was cloned and nucleotide sequenced successfully in all 30 studied individuals. The results of nucleotide sequence analysis showed that there was no polymorphism among the yellow chickens in Tan Cuong commune, all 30 sequences from 30 chickens had 100% similar nucleotide sequences and this sequence was successfully deposited on GenBank with accession number OL800559. Comparison of the FGFBP 2 gene sequence of Tan Cuong yellow chicken with 5 other chicken breeds available on GenBank showed a very high degree of similarity (100%) and 93.49% similarity with the Turkey breed in the Netherlands. This result shows that the Chicken FGFBP 2 gene sequence is very conservative even though different chicken breeds are domesticated in very remote geographical areas and different ecological conditions. 20 TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023)
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng 1. ĐẶT VÂN ĐỀ ́ phát triển của công nghệ sinh học hiện đại, kỹ Những năm gần đây việc khai thác nguồn thuật di truyền phân tử đã được sử dụng để xác gen vật nuôi bản địa từng bước được thực hiện, định cấu trúc quần thể, mối quan hệ về di truyền các giống vật nuôi hiếm hoi của cộng đồng giữa các giống. Kỹ thuật này ngày nay đã được người dân tộc thiểu số đã được chú ý đầu tư phát FAO khuyến cáo dùng để đánh giá đa dạng di triển. Lý do chính là thị hiếu của người tiêu truyền quần thể và mức độ cận huyết của quần dùng vì vậy các giống vật nuôi bản địa đã mang thể, xác định khoảng cách di truyền, giải trình lại lợi ích kinh tế cho người chăn nuôi cao hơn tự gen và xây dựng cây phân loài di truyền giữa so với giống vật nuôi nhập khẩu. các giống [1]. Đây là hướng nghiên cứu mới có Gà ri vàng (Gallus gallus domesticus) có hiệu quả và độ chính xác cao. Nhiề u nghiên cứu màu lông vàng rơm hoă ̣c vàng mơ. Thân hình sử du ̣ng chı̉ thi ̣ SSR để đánh giá đa da ̣ng di nhỏ bé, chân ngắn. Phần lớn gà mái có lông màu truyề n các giố ng Gà nô ̣i như Gà H’mông [2]; Gà vàng rơm, vàng đất hoặc nâu nhạt, có đốm đen tre, Gà ác, Gà H’mông, Gà cho ̣i, Gà Hồ [3]; Gà ở cổ, đuôi và đầu cánh. Gà trống có màu lông ́ Hà Giang và Gà rừng châu A [4]; Gà nô ̣i và Gà đỏ thẫm, đầu lông cánh và lông đuôi có lông đen Trung Quố c [5]; Gà ri, Gà tàu vàng, Gà Đông ánh xanh; lông bụng có màu đỏ nhạt, vàng đất. Tảo, Gà nhiề u ngón [6]; Gà ri hoa mơ và Gà ri Màu da vàng hoặc trắng, da chân vàng. Mào cờ vàng mơ [7]; Gà La ̣c Sơn [8]. Mô ̣t số nghiên cứu có răng cưa, màu đỏ và phát triển ở con trống. tâ ̣p trung vào các gen mu ̣c tiêu cu ̣ thể như gen Tích và dái tai màu đỏ, có khi xen lẫn ánh bạc. PIT1 (pituitary-specific transcriptional factor 1) Chân có hai hàng vẩy màu vàng, đôi khi xen lẫn [9], gen GHSR (Growth hormone secretagogue màu vàng đỏ tươi. Gà mái một năm tuổi nặng receptor) [10] của giố ng Gà tàu vàng; gen GH 1,2 - 1,5 kg, 4 - 5 tháng tuổi bắt đầu đẻ. Sức đẻ (Growth hormone) của giố ng Gà mıa và Gà ri ́ năm đầu 100 - 120 trứng, trứng nặng 40 - 45 g, [11]. Ngoài ra, có mô ̣t số nghiên cứu tâ ̣p trung vỏ màu trắng. Gà đẻ theo từng đợt 15 - 20 trứng, phân tı́ch vùng D-loop trong ty thể để đánh giá nghỉ đẻ và đòi ấp, nuôi con khéo. Gà trống ba sự đa da ̣ng di truyề n của các giố ng Gà nô ̣i [12] tháng đã biết gáy. Gà trống 1 năm tuổi có cân như Gà ri, Gà tre, Gà cho ̣i, Gà tàu vàng [13]; và nặng 1,5 - 2 kg. Thịt Gà ri thơm, ngon, có màu Gà Liên minh, Gà Đông tảo, Gà Nha ̣n, Gà chın ́ trắng, sợi cơ nhỏ, mịn. Gà ri vàng là một giống cựa [14]. gà mang nguồn gen hiếm, tài nguyên sinh học Gen FGFBP (Fibroblast Growth Factor quý, gắn liền với sinh kế và văn hóa của người Binding Protein) mã hóa cho protein liên kế t dân các tỉnh phía Bắc. Giống gà này có tầm vóc yế u tố t tăng trưởng nguyên bào sơ ̣i nằ m trên nhỏ nhưng khả năng thích nghi và sức đề kháng nhiễm sắ c thể số 4 ở Gà, bao gồ m hai gen là cao. Đặc biệt, chất lượng thịt thơm, ngon, bổ ̉ FGFBP 1 và FGFBP 2. Ơ gà, gen FGFBP 1 dài dưỡng được người tiêu dùng ưa chuộng. Tuy 1182 bp bao gồ m 2 exon và mã hóa cho chuỗi nhiên, do đặc điểm sinh trưởng chậm, thời gian polypeptit gồ m 208 axit amin, gen FGFBP 2 dài nuôi dài, năng suất thấp nên số lượng người 980 bp cũng bao gồ m 2 exon và mã hóa chuỗi nuôi giống gà này ngày càng giảm. Qua điều tra, polypeptit dài 307 axit amin. FGF rất quan trọng hiện nay Gà ri vàng được nuôi với số lượng khá đối với sự phát triển cơ xương, tạo ra sự tăng ít ở xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên, tỉnh sinh nguyên bào và biệt hóa của các tế bào cơ. Thái Nguyên. Giống gà này chủ yếu đang được Các protein được mã hóa bởi gen FGFBP1 và nuôi nhỏ lẻ, theo hình thức quảng canh. Các hộ FGFBP2 cảm ứng phiên mã FGFs và được gọi chăn nuôi chưa chú trọng nhiều đến việc áp là chất hoạt hóa. Các protein này nhận ra các dụng kỹ thuật chăn nuôi và chưa quan tâm đến vùng thúc đẩy ADN và ảnh hưởng đến quá trình công tác giống. Hệ quả là giống gà này đang có phiên mã đồng thời của một số gen khác [15]. nguy cơ mất dần những gen quy định các đặc Các nghiên cứu trước đây đã chỉ ra rằng những điểm di truyền quý và suy giảm về số lượng gà gen này đóng góp quan trọng trong các giai đoạn thuần. Do đó, yêu cầu cấp thiết hiện nay là cần hình thành phôi, biệt hóa tế bào và tăng sinh ở có nghiên cứu bảo tồn và phát triển bền vững gà [16, 17]. giống gà này. Ankra-Badu và cộng sự (2010), nghiên cứu Trong những năm gần đây, nhờ có kỹ thuật một quần thể gà F2, xác định QTL cho trọng TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023) 21
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng lượng cơ thể, chiều dài chân (LL) và đường kính FGFBP 1 và FGFBP 2 trong vùng này có thể chân (LD) trong GGA2, 4 và 26. Bản đồ QTL ảnh hưởng đến chất lượng thân thịt và sự phát cho trọng lượng cơ thể ở 5-9 tuần tuổi, LL và triển cơ bắp [19]. LD, nằm trên nhiễm sắc thể số 4 giữa các điểm Felicio và cô ̣ng sự (2013) đã xác định SNP đánh dấu MCW0240-LEI0073 (198-220 cM) và trong các gen FGFBP 1 và FGFBP 2 nằm trong có liên quan đến sự phát triển cơ và tăng trưởng vùng QTL cho BW35 và BW41 giữa các điểm xương. Các gen ứng cử viên vị trí FGFBP 1 và đánh dấu MCW0240-LEI0063 có liên quan đến FGFB 2 nằm trong vùng GGA4 này [18]. Trong các đặc điểm tăng trưởng và phát triển cơ (BRT, một nghiên cứu gần đây hơn, Nassar và cộng sự TCL, L * và a *), chứng thực cho các phát hiện (2012) đã xác định được QTL ở vùng GGA4 từ của Ankra-Badu và cộng sự (2010); Nassar và 151,5 đến 160,5 cM trong quần thể gà F2 (New cộng sự (2012). Những đặc điểm này có tầm Hampshire x White Leghorn) có liên quan đến quan trọng hàng đầu đối với ngành chăn nuôi trọng lượng cơ thể, trọng lượng thân thịt, trọng gia cầm, vì việc lựa chọn để gia cầm tăng trưởng lượng vú, trọng lượng chân và trọng lượng cánh. nhanh có liên quan đến chất lượng thịt [20]. Các tác giả này cũng báo cáo rằng các gen Hınh 1. Giố ng Gà ri vàng ta ̣i xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên ̀ ́ 2. PHƯƠNG PHAP NGHIÊN CƯU ́ ADN tổ ng số (Bảng 1). Tấ t cả các mẫu máu 2.1. Vâ ̣t liêu nghiên cưu ̣ ́ đươ ̣c bảo quản trong ố ng 2 ml, có chứa EDTA Mẫu máu của 30 cá thể Gà ri vàng Tân 0,5 M chố ng đông máu và đươ ̣c bảo quản ở Cương đươ ̣c thu thâ ̣p làm vâ ̣t liê ̣u tách chiế t nhiê ̣t đô ̣ 4oC trong quá trı̀nh vâ ̣n chuyể n. Bảng 1. Danh sách mẫu Gà ri vàng Tân Cương thu thâ ̣p ta ̣i 8 xóm của xã Tân Cương, thành phố Thái Nguyên STT Kí hiệu mẫu Ngày thu mẫu Địa điểm thu mẫu Số lượng mẫu 1 GRV01-04 27/05/2021 Xóm Đô ̣i Cấ n 04 2 GRV05-08 27/05/2021 Xóm Soi Vàng 04 3 GRV09-12 27/05/2021 Xóm Hồ ng Thái 1 04 4 GRV13-16 27/05/2021 Xóm Hồ ng Thái 2 04 5 GRV17-20 27/05/2021 Xóm Y Na 04 6 GRV21-24 27/05/2021 Xóm Lam Sơn 04 7 GRV25-27 27/05/2021 Xóm Guô ̣c 03 8 GRV28-30 27/05/2021 Xóm Gò Pháo 03 Tổng cộng 30 22 TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023)
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng 2.2. Phương pháp nghiên cưu ́ Sau khi tinh sạch, sản phẩm PCR được gửi 2.2.1. Phương pháp tách chiế t ADN tổ ng số cho phòng thí nghiệm 1st Base ở Malaysia để ADN tổ ng số đươ ̣c tách chiế t theo quy trı̀nh giải trình tự theo cả hai chiề u. Trình tự của bô ̣ kit DNeasy blood and tissue kit, Qiagen nucleotide của đoạn ADN được xác định bằng (Đức). Sản phẩ m tách ADN tổ ng số đươ ̣c kiể m máy giải trình tự tự đô ̣ng theo nguyên lý Sanger, tra nồ ng đô ̣ và đô ̣ tinh sa ̣ch dựa trên phương sử dụng bộ Kit BigDye® Terinator v3.1 Cycle pháp đo mâ ̣t đô ̣ quang (ScanDrop – Annalytik Sequencing. Jena, Đức) và phương pháp điê ̣n di trên gel 2.2.3. Phương pháp phân tı́ch số liê ̣u agarose 1,0%. Các trınh tự nucleotide đươ ̣c phân tıch và xử ̀ ́ 2.2.2. Phương pháp khuế ch đại PCR và xác lý bằ ng phầ n mề m tin sinh BioEdit v.7.2.5 (Hall, đinh trı̀nh tự nucleotide ̣ 1999), Mega7 (Kumar et al., 2015) và các công Phản ứng PCR được thực hiện trên máy PCR cu ̣ trên NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Biomera Tadvance 96S (Analytik Jena, Đức) ́ ̉ 3. KÊT QUA VÀ THAO LUẬN ̉ với thể tı́ch mỗi phản ứng là 25 l, trong đó chứa 3.1. Kế t quả tách chiế t ADN tổ ng số các thành phầ n và nồ ng đô ̣ các chấ t tham gia Trong nghiên cứu này vâ ̣t liê ̣u dùng để tách phản ứng như sau: 12,5 l PCR Master mix 2X, chiế t ADN là các 00 mẫu máu đươ ̣c thu từ 30 cá 10 M mồ i xuôi và 10 M mồ i ngươ ̣c, 50 ng thể Gà ri vàng Tân Cương tınh Thái Nguyên. ̉ ADN khuôn, bổ sung H2O deion tới 25 l. Kết quả tách chiết ADN tổng số từ 30 mẫu máu Chương trı̀nh nhiê ̣t đô ̣ của phản ứng PCR như Gà ri vàng Tân Cương tı̉nh Thái Nguyên được sau: biế n tınh ở 95oC trong 5 phút; 35 chu kì lă ̣p ́ thể hiện ở Bảng 2. Trong đó, các mẫu có chất la ̣i của ba bước 95oC – 30 giây, 58oC – 30 giây, lượng và hàm lượng ADN tương đố i tố t để thực 72oC – 45 giây; kế t thúc tổ ng hơ ̣p ở 72oC trong hiê ̣n đươ ̣c phản ứng PCR. Cụ thể, hàm lươ ̣ng 7 phút; bảo quản sản phẩ m PCR ở 4oC. Trınh tự ̀ ADN dao đô ̣ng từ 10,09 đế n 42,03 ng/µl và đô ̣ că ̣p mồ i sử du ̣ng để nhân bản đoa ̣n gen FGFBP2 tinh sa ̣ch tương đố i tố t, dao đô ̣ng từ 1,58 đế n có kích thước 656 bp: Mồ i xuôi: 5’– 2,17. Nhın chung thı̀ các mẫu AND tách chiế t ̀ GGATGAAGAGATGAAAGCGAGA–3’, Mồ i đươ ̣c đề u có đô ̣ tinh sa ̣ch tố t (chủ yế u các mẫu ngươ ̣c: 5’–AAACCCCCAGAAGCCACA–3’ đề u có tỷ số A260/A280 từ 1,8-2,0, là chı̉ số thể (Felicio et al., 2013). hiê ̣n đô ̣ tinh sa ̣ch cao của mẫu ADN), chı̉ có mô ̣t Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose vài mẫu có đô ̣ tinh sa ̣ch thấ p hơn 1,8 hoă ̣c cao 1,2% có bổ sung thuố c nhuô ̣m axit nucleic hơn 2,0 nhưng không đáng kể . Hàm lươ ̣ng ADN (Redsafe). Sau khi điện di, bản gel agarose được của 30 mẫu cũng tương đố i thấ p nhưng với sự soi dưới đèn UV và chụp ảnh bằng Máy chụp nha ̣y của enzyme ADN polymerase thı̀ hàm gel Quantum CX5 (Vilber, Pháp). lươ ̣ng ADN từ 10ng/ µl là đảm bảo cho phản Những sản phẩm PCR sau khi khuếch đại ứng PCR thành công. Với hàm lươ ̣ng ADN thành công sẽ được tinh sạch sử du ̣ng bô ̣ kit tương đố i thấ p của 30 mẫu ADN này, nghiên innuPREP PCR pure Kit (Analytik Jena, Đức). cứu sử du ̣ng 1 µl cho phản ứng PCR với tổ ng thể tı́ch 25 µl. Bảng 2. Hàm lươ ̣ng và chấ t lươ ̣ng ADN tổ ng số tách chiế t từ mẫu máu Gà ri vàng Tân Cương Đô ̣ tinh sa ̣ch Đia điể m ̣ Hàm lươ ̣ng ADN STT Mẫu của ADN lấ y mẫu (ng/µl) (OD260nm/280nm) 1 GRV 01 1,82 17,75 2 GRV 02 1,75 24,54 Xóm Đô ̣i Cấ n 3 GRV 03 2,07 11,05 4 GRV 04 1,89 27,48 5 GRV 05 1,78 42,03 6 GRV 06 1,93 28,18 Xóm Soi Vàng 7 GRV 07 1,87 32,05 8 GRV 08 1,58 35,47 TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023) 23
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng Đô ̣ tinh sa ̣ch Đia điể m ̣ Hàm lươ ̣ng ADN STT Mẫu của ADN lấ y mẫu (ng/µl) (OD260nm/280nm) 9 GRV 09 1,72 28,71 10 Xóm GRV 10 1,68 37,00 11 Hồ ng Thái 1 GRV 11 1,90 23,54 12 GRV 12 1,97 19,94 13 GRV 13 1,87 26,17 14 Xóm GRV 14 1,69 17,02 15 Hồ ng Thái 2 GRV 15 1,72 19,07 16 GRV 16 1,83 21,25 17 GRV 17 1,85 35,04 18 GRV 18 1,78 29,76 Xóm Y Na 19 GRV 19 1,92 25,55 20 GRV 20 1,77 35,72 21 GRV 21 2,03 15,60 22 GRV 22 1,96 22,70 Xóm Lam Sơn 23 GRV 23 1,76 27,02 24 GRV 24 2,17 10,09 25 GRV 25 1,85 18,64 26 Xóm Guô ̣c GRV 26 1,72 21,67 27 GRV 27 1,93 27,80 28 GRV 28 1,70 22,45 29 Xóm Gò Pháo GRV 29 1,82 25,17 30 GRV 30 1,63 11,15 Hình 2. Kết quả nhân bản đoạn gen FGFBP 2 ở các cá thể Gà ri vàng Tân Cương (M: ADN marker 100 bp, (-): mẫu đối chứng âm trong đó ADN được thay thế bằng H2O, giếng 1 – 30 tương ứng với mẫu ADN của 30 cá thể Gà ri vàng Tân Cương như ở Bảng 2) 3.2. Nhân bản đoa ̣n gen FGFBP2 đoa ̣n gen FGFBP 2 từ 30 mẫu ADN của Gà ri Tấ t cả 30 mẫu ADN của 30 các thể Gà ri vàng Tân Cương đươ ̣c thể hiê ̣n trên Hı̀nh 2. vàng Tân Cương đươ ̣c sử du ̣ng làm khuôn để Toàn bô ̣ 30 mẫu Gà ri vàng Tân Cương đề u nhân bản đoa ̣n gen FGFBP 2 với kı́ch thước lý đươ ̣c nhân bản thành công đoa ̣n gen FGFBP 2 thuyế t 656 bp. Kế t quả nhân bản thành công với kıch thước trên 600 bp như dự kiế n, tấ t cả ́ 24 TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023)
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng 30 mẫu đề u xuấ t hiê ̣n mô ̣t băng ADN duy nhấ t, (dbSNP, 2012) thı̀ gen FGFBP 1 có 34 và sáng rõ chứng tỏ sản phẩ m PCR rấ t đă ̣c hiê ̣u và FGFBP 2 có 21 đa hınh nucleotide (SNP). Tuy ̀ không có sự xuấ t hiê ̣n của sản phẩ m phu ̣. Toàn nhiên, không có nghiên cứu nào liên quan đế n bô ̣ 30 mẫu sản phẩ m PCR này sẽ đươ ̣c sử du ̣ng viê ̣c xác đinh và đánh giá sự liên kế t của các ̣ bô ̣ kit tinh sa ̣ch sản phẩ m PCR của hang ̃ SNPs trong các gen FGFBP 1 và FGFBP 2 đố i Analytik Jena, Đức và gửi đi giải trı̀nh tự với các đă ̣c điể m kinh tế ở gia cầ m. Các nghiên nucleotide ta ̣i Công ty 1st BASE (Malaysia) theo cứu trước đây đã chı̉ ra rằ ng hai gen này đóng cả chiề u xuôi và chiề u ngươ ̣c. góp quan tro ̣ng trong các giai đoa ̣n hı̀nh thành 3.3. Trınh tự nucleotide của đoa ̣n gen ̀ phôi, phân hóa tế bào và tăng sinh ở gà [16, 17]. FGFBP2 của giố ng Gà ri vàng tân Cương và Filecio và cô ̣ng sự (2013) nghiên cứu gen xây dưng cây quan hê ̣ di truyề n với mô ̣t số ̣ FGFBP 2 ở giố ng gà lai thế hê ̣ F2 của gà trố ng giố ng Gà trên ngân hàng gen quố c tế từ dòng gà thiṭ (TT) bắ t nguồ n từ giố ng White 3.3.1. Trı̀nh tự nucleotide của đoạn gen Plymouth Rock và gà mái từ dòng đẻ trứng (CC) FGFBP 2 của Gà ri vàng Tân Cương bắ t nguồ n từ giố ng White Leghorn cho thấ y gen Sản phẩm PCR của 30 mẫu Gà ri vàng được FGFBP 2 có mô ̣t đa hınh nucleotide ta ̣i vi trı́ 651 ̀ ̣ tinh sạch và gửi đi giải trình tự nucleotide. Kết nên tồ n ta ̣i hai da ̣ng haplotype (G>A), do đó có quả giải trình tự đoạn gen FGFBP 2 cho thấ y thể ta ̣o thành 3 da ̣ng diplotype là H1H1, H1H2, toàn bô ̣ 30 mẫu đề u có trınh tự nucleotide giố ng ̀ và H2H2. Trong trường hơ ̣p này, alen bấ t lơ ̣i có nhau 100%. Chấ t lươ ̣ng giải trı̀nh tự nucleotide tầ n số thấ p hơn, hiê ̣u quả thay thế alen ước tı́nh của 30 mẫu rấ t tố t, các đı̉nh trên giản đồ trınh tự ̀ trung bınh là lươ ̣ng nước trong cơ ngực nhiề u ̀ rấ t rõ ràng, tách biê ̣t nhau và không bi ̣ nhiễu hơn 0,5%. Do đó, tác đô ̣ng của vi trı́ đa hı̀nh này ̣ (Hı̀nh 3). Mục đích của việc giải trình tự đố i với chương trı̀nh nhân giố ng cho quầ n thể nucleotide đoạn gen FGFBP 2 là để xác định sự này là rấ t nhỏ [20]. đa da ̣ng về trı̀nh tự nucleotide của gen này giữa Tác giả Đỗ Võ Anh Khoa (2012) đã nghiên các cá thể Gà ri vàng Tân Cương và từ đó xây cứu đa hı̀nh đô ̣t biế n điể m A639G trên gen dựng cây quan hệ di truyền của giống Gà ri vàng IGFBP 2 ở Gà tàu vàng và kế t luâ ̣n rằ ng đa Tân Cương với các giống Gà khác đã được công hı̀nh gen không ảnh hưởng có ý nghıa thố ng kê ̃ bố trên Ngân hàng gen quốc tế. Trınh tự của ̀ đế n các tı́nh tra ̣ng về năng suấ t thit. Tuy nhiên, ̣ đoa ̣n gen FGFBP 2 đươc cắ t bỏ đoa ̣n đầ u và ̣ qua phân tı́ch về ảnh hưởng của tương tác kiể u đoa ̣n cuố i do ở hai vi trı́ này chấ t lươ ̣ng giải trı̀nh ̣ gen và dòng trố ng có nhâ ̣n thấ y sự khác biê ̣t có tự không đươ ̣c tố t, còn la ̣i đoa ̣n gen dài 538 bp ý nghıa về các chı̉ tiêu dài ức, khố i lươ ̣ng đùi, ̃ với trı̀nh tự giố ng nhau ở cả 30 mẫu Gà ri vàng cao chân và khố i lươ ̣ng thiṭ ức. Qua đó cho Tân Cương như trên Hınh 4 và đươ ̣c đăng ký ̀ thấ y sự ảnh hưởng không nhiề u của đa hınh ̀ thành công trên Ngân hàng gen quố c tế với mã gen IGFBP 2 trên các tı́nh tra ̣ng về năng suấ t ở số OL800559. Gà tàu vàng [10]. Theo cơ sở dữ liê ̣u đã đươ ̣c công bố của Gà Hınh 3. Giản đồ (peak) trınh tư ̣ nucleotide theo chiề u xuôi (hınh trên) và chiề u ngươ ̣c (hınh dưới) ̀ ̀ ̀ ̀ của gen FGFBP 2 ở giố ng Gà ri vàng Tân Cương TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023) 25
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng Hình 4. Trình tự nucleotide của đoạn gen FGFBP 2 có mã số GenBank OL800559 của giố ng Gà ri vàng Tân Cương 3.3.2. Kết quả xây dựng cây quan hệ di truyền tự tương đồng. Kết quả cho thấy có 6 trình tự dựa trên trình tự đoạn gen FGFBP 2 tương đồng với đoạn gen FGFBP 2 của mẫu Gà Trình tự đoạn gen FGFBP 2 được BLAST trên ri vàng Tân Cương và loài Anas platyrhynchos ngân hàng gen quốc tế NCBI để xác định các trình được sử du ̣ng như loài ngoài nhóm (Bảng 3). Bảng 3. Kết quả so sánh trình tự đoạn gen FGFBP 2 của Gà ri vàng Tân Cương với các trình tự tương đồng trên ngân hàng gen quốc tế NCBI Tỷ lệ Mã số trên STT Tên loài tương đồng GenBank (%) 1 Gallus gallus GHM_11_TN_2021 (Gà H’mong, Viê ̣t Nam) ON552559.1 100 2 Gallus gallus breed Huxu (Trung Quố c) CP100558.1 100 3 Gallus gallus White Leghor (Anh) BX930841.2 100 4 Gallus gallus (My)̃ AY164487.1 100 5 Gallus gallus GNC_29_TN_2021 (Viê ̣t Nam) ON773624.1 100 6 Meleagris gallopavo (Hà Lan) OW982295.1 93,49 7 Anas platyrhynchos (out group) LS423614.1 85,26 Hình 5. Kết quả cây quan hệ di truyền giữa Gà ri vàng Tân Cương và các giố ng Gà trên Ngân hàng gen quốc tế NCBI dư ̣a trên trınh tư ̣ đoa ̣n gen FGFBP 2 ̀ Bảng 3 cho thấy trình tự nucleotide đoạn gen FGFBP 2 của hai giố ng gà ta ̣i Viê ̣t Nam (mã số FGFBP 2 của giống Gà ri vàng Tân Cương có tỷ ON552559.1 và ON773624.1), giố ng gà Trung lệ tương đồng 100% với trình tự đoạn gen Quố c (CP100558.1), gà Anh (BX930841.2) và 26 TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023)
Công nghệ sinh học & Giống cây trồng gà Mỹ (AY164487.1). Tương đồ ng 93,49% với [7]. Ngô Thi ̣ Kim Cúc & Nguyễn Thanh Sơn (2018). giố ng gà tây ta ̣i Hà Lan (OW982295.1). Qua đó Đánh giá đa da ̣ng di truyề n và sự sai khác di truyề n của hai dòng gà ri với mô ̣t số giố ng gà khác. Khoa ho ̣c nông nghiê ̣p Viê ̣t cho thấ y trınh tự đoa ̣n gen FGFBP 2 của gà rấ t ̀ Nam. (5): 473-480. bảo thủ, mă ̣c dù các giố ng gà khác nhau đươ ̣c [8]. Ngô Thi Kim Cúc & Nguyễn Văn Ba (2019). Đánh giá ̣ thuầ n hóa ở các khu vực điạ lý rấ t xa nhau nhưng đa da ̣ng di truyề n quầ n thể Gà La ̣c Sơn bằ ng chı̉ thi Microsatellite. ̣ trı̀nh tự nucleotide của đoa ̣n gen không có sự Ta ̣p chı́ Khoa học Nông nghiê ̣p Viê ̣t Nam. (17): 117-125. thay đổ i. Do phân bố điạ lý, các giố ng gà nô ̣i của [9]. Lê Thị Thu Hà, Nguyễn Thị Lệ Hằng, Nguyễn Thị Diệu Thúy, Lê Thị Thanh Tâm & Nguyễn Thị Thu (2015). Anh ̉ Viê ̣t Nam có thể có quan hê ̣ nguồ n gố c gầ n với hưởng của đa hı̀nh gen PIT1 đế n tı́nh tra ̣ng năng suấ t của giố ng các giố ng gà của Trung Quố c hay Thái Lan, nên gà Tàu vàng. Ta ̣p chı́ Khoa ho ̣c và Công nghê Nông nghiê ̣p Viê ̣t ̣ khả năng cấ u trúc di truyề n giữa các giố ng gà này Nam. (2): 114-120. có mức tương đồ ng nhấ t đinh. Mố i quan hê ̣ di ̣ [10]. Đỗ Võ Anh Khoa (2012). Đa hı̀nh gen IGFBP2 truyề n gầ n gũi giữa giố ng Gà ri vàng Tân Cương không ảnh hưởng đế n các tı́nh tra ̣ng về năng suấ t thiṭ ở gà Tàu vàng. Ta ̣p chı́ Khoa ho ̣c và Phát triể n. (10): 925-932. với các giố ng gà khác được thể hiê ̣n trên Hı̀nh 5. [11]. Nguyễn Hoàng Thinh & Đỗ Thi Phương (2019). Đa ̣ ̣ ́ 4. KÊT LUẬN hı̀nh intron 1 gen Growth hormone và đa hı̀nh exon 5 gen thụ Nghiên cứu đã phân lâ ̣p và giải trı̀nh tự thể Prolactin ở hai quầ n thể gà đẻ trưng bản đia Viê ̣t Nam Ri và ́ ̣ nucleotide thành công đoa ̣n gen FGFBP 2 của Mı́a. Ta ̣p chı́ Khoa ho ̣c kỹ thuâ ̣t chăn nuôi. (241): 15-19. giố ng Gà ri vàng Tân Cương, tı̉nh Thái Nguyên. [12]. Ngo Thi Kim Cuc, Simianer H., Groeneveld L. F. & Weigend S. (2011). Multiple maternal lineages of vietnamese Nghiên cứu đã đăng ký thành công trınh tự ̀ local chickens inferred by mitochondrial D-loop sequences. nucleotide của FGFBP 2 lên Ngân hàng gen Asian-australasian journal of animal sciences. 24: 155–161. quố c tế với mã số là OL800559.1. [13]. Lê Thi Thúy, Trầ n Thi Kim Anh, Nguyễn Đăng Tôn ̣ ̣ Phân tıch đa da ̣ng di truyề n của gen FGFBP ́ & Đich Thi Kim Hương (2009). Phân tı́ch sự đa da ̣ng di truyề n ̣ ̣ 2 ở 30 cá thể gà ri vàng Tân Cương cho thấ y vùng D-loop trong ty thể (mtDNA) của 4 giố ng gà nô ̣i Viê ̣t Nam: Gà ri, Gà tre, Gà cho ̣i và Gà Tàu vàng. Ta ̣p chı́ Khoa ho ̣c không có sự đa da ̣ng về trınh tự nucleotide giữa ̀ Công nghê ̣ Chăn nuôi. (18): 1-7. các cá thể , tấ t cả 30 cá thể nghiên cứu có trı̀nh [14]. Nguyễn Thi ̣ Diê ̣u Thúy (2019). Đánh giá mức tự nucleotide của gen FGFBP 2 giố ng nhau đô ̣ đa da ̣ng nguồ n gen và ứng du ̣ng chı̉ thi ̣ phân tử trong 100% và giố ng với các giố ng gà khác ta ̣i Viê ̣t hỗ trơ ̣ cho ̣n lo ̣c giố ng gà Liên Minh. Báo cáo đề tài cơ sở Nam, Trung Quố c, Anh, My. mã số VAST.NĐP 01/15-16. ̃ [15]. Kastner S., Elias M. C., Rivera A. J. & Yablonka- TÀ I LIỆU THAM KHAO ̉ Reuveni Z. (2000). Gene expression patterns of the fibroblast [1]. FAO (2007). Global Plan of Action for Animal growth factors and their receptors during myogenesis of rat Genetic Resources and the Interlaken Declaration. Rome. satellite cells. Journal of Histochemistry & Cytochemystry. 48: http://www.fao.org/ ag/againfo/ programmes/en/ 1079-1096. genetics/documents/ Interlaken/GPA_en.pdf. [16]. Gibby K. A., McDonnell K., Schmidt M. O. & [2]. Ngo Thi Kim Cuc, Muchadeyi F. C., Baulain U., Wellstein A. (2009). A distinct role for secreted fibroblast Eding H., Weigend S. & Wollny C. B. A. (2006). An growth factorbinding proteins in development. Proceedings of assessment of genetic diversity of Vietnamese H’mong the National Academy of Sciences of the United States of chickens. International Journal of Poultry Science. 5: 912–920. America. 106: 8585-8590. [3]. Lê Thị Thúy, Nguyễn Trọng Bình & Nguyễn Văn Ba [17]. Marie P. J., Debiais F. & Hay E. (2002). Regulation (2009). Phân tích sự đa dạng di truyền của 5 giống gà Việt Nam: of human cranial osteoblast phenotype by FGF-2, FGFR-2 and gà Ác, gà Chọi, gà H'mông, gà Hồ và gà Tre bằng chỉ thị phân BMP-2 signaling. Histology histopathology. 17: 877-885. tử microsatellite. Tạp chí Công nghệ Sinh học. (7): 443 - 453. [18]. Ankra-Badu G. A., Shriner D., Le Bihan-Duval E. & [4]. Berthouly C., Leroy G., Van T. N., Thanh H. H., Mignon-Grasteau S. (2010). Mapping main, epistatic and sexspecific Bed’Hom B., Nguyen B. T., Chi C. V., Monicat F., Tixier- QTL for body composition in a chicken population divergently Boichard M., Verrier E., Maillard J. C. & Rognon X. (2009). selected for low or high growth rate. BMC Genomics. 11: 107. Genetic analysis of local Vietnamese chickens provides [19]. Nassar M. K., Goraga Z. S. & Brockmann G. A. evidence of gene flow from wild to domestic populations. BMC (2012). Quantitative trait loci segregating in crosses between New Genetics Journal. 10: 1. DOI:10.1186/1471-2156-10-1. Hampshire and White Leghorn chicken lines: II. Muscle weight [5]. Ngo Thi Kim Cuc, Simianer H., Eding H., Tieu and carcass composition. Animal Genetics. 43(6): 739-745. H. V., Cuong V. C., Wollny C. B. A., Groeneveld L. F. & [20]. Felício A. M., Boschiero C., Balieiro J. C. C., Ledur Weigend S. (2010). An assessment of genetic diversity of M. C., Ferraz J. B. S., Moura A. S. A. M. T. & Coutinho L. L. Vietnamese local chicken breeds using microsattellites. (2013). Polymorphisms in FGFBP1 and FGFBP2 genes Animal Genetics. 41(5): 545-547. associated with carcass and meat quality traits in chickens. [6]. Nguyễn Văn Ba (2013). Đánh giá ADN/ khoảng cách Genetics and Molecular Research. 12(1): 208-222. di truyền của giống gà Ngón. Báo cáo kết quả bảo tồn và lưu giữ nguồn gen vật nuôi, Viện Chăn nuôi. TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP TẬP 12, SỐ 4 (2023) 27