Phân tích mối quan hệ di truyền của một số giống tỏi (Allium sativum L., Alliaceae) ở Việt Nam bằng kĩ thuật đa hình ADN khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD)

Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7 9<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Phân tích mối quan hệ di truyền của một số giống tỏi (Allium sativum<br /> L., Alliaceae) ở Việt Nam bằng kĩ thuật đa hình ADN khuếch đại<br /> ngẫu nhiên (RAPD)<br /> Nguyễn Thanh Tố Nhi<br /> Khoa Dược, ại học Nguyễn Tất Thành<br /> nttnhi@ntt.edu.vn, nandc04@gmail.com<br /> <br /> Tóm tắt Nhận 14.05.2019<br /> ể đánh giá mức độ khác biệt kiểu gen giữa 8 mẫu tỏi tại Việt Nam, tác giả sử dụngkĩ thuật ược duyệt 12.07.2019<br /> đa hình ADN khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD) với 27 mồi, phân nhóm di truyền các mẫu khảo Công bố 20.09.2019<br /> sát bằng phân mềm NTSYS pc2.1. Kết quả cho thấy tổng số băng thu được l 296 băng, số<br /> băng đa hình l 215 băng, tỉ lệ băng đa hình từ 50 – 100%, hệ số tương đồng di truyền của các<br /> mẫu khá cao, dao động từ 53,4% đến 93,6%. Các kết quả nghiên cứu này sẽ cung cấp cơ sở Từ khóa<br /> khoa học cho việc chọn giống, lai tạo giống và bảo tồn nguồn quĩ gen cây tỏi tại Việt Nam. tỏi, quan hệ di truyền,<br /> kĩ thuật đa hình khuếch<br /> ® 2019 Journal of Science and Technology - NTTU<br /> đại ngẫu nhiên<br /> <br /> 1 ặt vấn đề Trên cơ sở các nghiên cứu về tính đa dạng di truyền của tỏi ở<br /> một số nơi trên thế giới, đề t i “Phân tích mối quan hệ di truyền<br /> Tỏi là một loài thực vật lưỡng bội (2n=16), sinh sản sinh của một số giống tỏi (Allium sativum L.) ở Việt Nam bằng kĩ<br /> dưỡng bằng thân hành (nhánh tỏi). Tuy nhiên, loài tỏi đa thuật đa hình khuếch đại ADN ngẫu nhiên (RAPD)” được thực<br /> dạng đáng kể về kiểu dáng, kích thước và màu sắc, chiều hiện, nhằm đánh giá mức độ khác biệt kiểu gen của một số<br /> d i lá, đặc tính sinh trưởng v các đặc điểm nông học như giống tỏi ở Việt Nam, đồng thời định hướng cho việc xác định<br /> stress và chịu hạn[1]. Hiện nay, tại Việt Nam có một số mối tương quan giữa sự khác biệt kiểu gen v th nh phần hóa<br /> giống tỏi nổi tiếng được gọi tên theo vùng địa lí – nơi trồng học, hoạt tính sinh học của một số giống tỏi ở Việt Nam.<br /> tỏi, trong đó có huyện đảo Lí Sơn, Phan Rang, Hải Dương,<br /> ắc Giang, Phù Yên - Sơn La, Lạt, Khánh Hòa. ác 2 ối tượng v phương pháp nghiên cứu<br /> giống tỏi n y có sự khác biệt về hình thái củ tỏi, được b y<br /> 2.1 ối tượng nghiên cứu<br /> bán rất nhiều trong các chợ, siêu thị… Tuy nhiên, mối<br /> Tám loại củ tỏi tươi được thu thập tại các hệ thống siêu thị<br /> tương quan di truyền giữa các giống tỏi n y chưa được biết<br /> ở TPHCM, bao gồm các mẫu HN, HD, BG, LS, PR, KH,<br /> đến, có thể chúng đa dạng về kiểu gen, cũng có thể trong số<br /> DL, ST, được sử dụng cho phân tích mối quan hệ di truyền.<br /> chúng có chung kiểu gen.<br /> Bảng 1 Nguồn gốc tỏi sử dụng trong nghiên cứu<br /> Kí hiệu mẫu Nguồn gốc<br /> HN Hà Nội ( ông ty TNHH TM DV XNK Trường An)<br /> BG Bắc Giang (thôn ao Thượng, xã Tân Hưng, huyện Lạng Giang, tỉnh Bắc Giang)<br /> HD Hải Dương ( ông ty TNHH TM DV Huy Vũ)<br /> LS Lí Sơn ( ông ty ổ phần Thương mại Dịch vụ Du lịch Lí Sơn)<br /> PR Phan Rang ( ông ty ỉnh Lợi – Trang trại Quang Ninh)<br /> KH Khánh Hòa<br /> L Lạt (Công ty TNHH SXTM Nông sản Phong Thúy)<br /> ST Tổ 20,<br /> Sóc Trăng (HợpLiên<br /> tácNghĩa,<br /> xã H nh ức Vĩnh Lâm<br /> tímTrọng, hâu – ồng.<br /> Sóc Trăng)<br /> <br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br /> 10 Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7<br /> <br /> 2.2 Phương pháp nghiên cứu trong sàng lọc mồi l HN, G, ST. Sau bước sàng lọc này,<br /> 2.2.1 Chiết tách DNA những mồi có băng đa hình cao, phân biệt rõ ràng, được<br /> DNA được trích li từ củ tỏi tươi theo qui trình của Doyle & chọn để tiến h nh phân tích đa hình RAPD-PCR của 8 mẫu<br /> Doyle[2] có cải biên, xử lí 2 lần chloroform - isoamyl khảo sát. Thành phần phản ứng PCR, chu trình nhiệt cho<br /> alcohol, tủa 2 lần bằng isopropanol và cồn tuyệt đối. Sau phản ứng P R như ảng 3, 4. Kết quả P R được phân tích<br /> đó, nồng độ v độ tinh sạch của DNA được xác định bằng bằng phương pháp điện di trên gel agarose 2,5%. Quá trình<br /> máy đo quang phổ (Gene Quant) ở các bước sóng 260nm, điện di được thực hiện trong 20 phút đầu với hiệu điện thế<br /> 280nm và 230nm. DNA tinh sạch được bảo quản ở -20oC 120V và 60 phút sau với hiệu điện thế 90V, sử dụng dung<br /> cho đến khi sử dụng. dịch đệm điện di TAE 1X, dung dịch nhuộm gel diamond<br /> 2.2.2 Thực hiện phản ứng RAPD-PCR nucleic acid dye, và thang chuẩn 1kb của hãng Promega.<br /> Thực hiện phản ứng RAPD-PCR theo Williams và cộng Kết quả điện di được hiển thị dưới đèn UV v được chụp lại<br /> sự[3] với 40 mồi (Bảng 2), mỗi mồi được dùng để khuếch bằng máy chụp thông thường.<br /> đại 3 mẫu tỏi ngẫu nhiên. Các mẫu tỏi ngẫu nhiên dùng<br /> <br /> Bảng 2 Các mồi được sử dụng trong phản ứng RAPD-PCR [4]<br /> STT Tên mồi Trình tự (5'-3') Nhà cung cấp STT Tên mồi Trình tự (5'-3')<br /> 1 A1 CAGGCCCTTC 21 J13 CCACACTACC<br /> 2 B16 TTTGCCCGGA 22 K5 TCTGTCGAGG<br /> 3 B17 AGGGAACGAG 23 K15 CTCCTGCCAA<br /> 4 C5 GATGACCGCC 24 K20 GTGTCGCGAG<br /> 5 C7 GTCCCGACGA 25 N1 CTCACGTTGG<br /> 6 C9 CTCACCGTCC 26 N3 GGTACTCCCC<br /> 7 C13 AAGCCTCGTC 27 N8 ACCTCAGCTC<br /> 8 D3 GTCGCCGTCA 28 N13 AGCGTCACTC<br /> 9 D5 TGAGCGGACA 29 N14 TCGTGCGGGT<br /> 10 F5 CCGAATTCCC 30 N16 AAGCGACCTG<br /> PHUSA BIOCHEM<br /> 11 G2 GGCACTGAGG 31 N17 CATTGGGGAG<br /> 12 G11 TGCCCGTCGT 32 N19 GTCCGTACTG<br /> 13 G12 CAGCTCACGA 33 O1 GGCACGTAAG<br /> 14 G14 GGATGAGACC 34 O4 AAGTCCGCTC<br /> 15 G19 GTCAGGGCAA 35 O9 TCCCACGCAA<br /> 16 G20 TCTCCCTCAG 36 O10 TCAGAGCGCC<br /> 17 H3 AGACGTCCAC 37 O18 CTCGCTATCC<br /> 18 I5 TGTTCCACGG 38 P13 GGAGTGCCTC<br /> 19 I7 CAGCGACAAG 39 AB18 CTGGCGTGTC<br /> 20 J12 GTCCCGTGGT 40 AC2 GTCGTCGTCT<br /> <br /> Bảng 3 Th nh phần phản ứng RAPD-PCR [2]<br /> Thành phần phản ứng Nồng độ đầu Nồng độ cuối / phản ứng<br /> PCR buffer 10X 1X<br /> MgCl2 50mM 2,5mM<br /> dNTPs 10mM 0,2mM<br /> Mồi 100µM 0,4µM<br /> Taq polymerase 5U/µl 1U<br /> ADN khuôn 25ng<br /> H2O Vừa đủ 25µl<br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br /> Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7 11<br /> <br /> Bảng 4 hu trình nhiệt trong phản ứng RAPD-PCR [2]<br /> Bước Nhiệt độ (oC) Thời gian Số chu kì<br /> 1 94 2 phút 1<br /> 94 45 giây<br /> 2 36 1 phút 45<br /> 72 2 phút<br /> 3 72 2 phút 1<br /> <br /> 2.2.3 Phân tích kết quả đa hình từ RAPD-PCR 3 Kết quả và thảo luận<br /> Thiết lập ma trận nhị phân từ kết quả RAPD – PCR với<br /> nguyên tắc “1” nghĩa l có sự xuất hiện vạch khuếch đại, 3.1 Chiết tách DNA<br /> “0” l không có vạch khuếch đại. Chỉ các băng rõ, ổn định, ác mẫu khảo sát đã được tách chiết DNA tổng số bằng<br /> và lặp lại có kích thước 150-2500bp, được dùng trong phân phương pháp Doyle & Doyle có cải tiến , đồng thời được xác<br /> tích dữ liệu. Các vạch quá mờ được loại bỏ. ể hiển thị mối định nồng độ v độ tinh sạch bằng phương pháp đo quang phổ.<br /> quan hệ di truyền giữa các mẫu khảo sát, một sơ đồ hình Kết quả thu được ở ảng 5 cho thấy DNA tổng số thu được có<br /> cây được xây dựng dựa trên chỉ số tương ứng đơn giản SM nồng độ DNA khá cao, dao động từ 315ng/µl đến 1405ng/µl,<br /> (Simple matching coefficient) và xếp nhóm các mẫu theo đạt độ tinh sạch (tỉ số A260/280 từ 1,8 – 2). DNA tổng số được<br /> phương pháp UPGMA (unweighted pair-group method pha loãng với TE0,1 tới một nồng độ nhất định v được sử dụng<br /> with arithmetic mean) sử dụng phần mềm NTSYS-pc 2.1. cho phản ứng phân tích RAPD<br /> Bảng 5 Nồng độ v độ tinh sạch của các mẫu khảo sát<br /> Mẫu A230 A260 A280 A260/280 A260/230 Nồng độ (ng/µl)<br /> HN 0,153 0,246 0,127 1,937 1,608 1230<br /> BG 0,155 0,254 0,136 1,868 1,639 1270<br /> HD 0,05 0,076 0,042 1,809 1,542 380<br /> LS 0,152 0,281 0,149 1,886 1,849 1405<br /> PR 0,035 0,083 0,046 1,804 2,371 415<br /> KH 0,067 0,111 0,058 1,914 1,657 555<br /> DL 0,046 0,101 0,056 1,804 2,196 505<br /> ST 0,041 0,063 0,035 1,8 1,537 315<br /> <br /> 3.2 S ng lọc mồi Hình 1. Kết quả phân tích đa hình kiểu gen dựa trên cơ<br /> Trong 40 mồi 10-mer oligonucleotit được sử dụng với 3 sở điện di được trình b y trong ảng 6 v ảng 7. Kết<br /> mẫu ngẫu nhiên để s ng lọc mồi cho phản ứng RAPD-PCR, quả cho thấy số băng khuếch đại được từ mỗi mồi dao<br /> chọn ra 27 mồi (ngoại trừ các mồi OP 5, OPD5,OPG2, động trong khoảng 6 – 16 băng; tỉ lệ băng đa hình của<br /> OPG19, OPH3, OPI5, OPI7, OPJ13, OPK15, OPK20, từng mồi dao động trong khoảng 50% - 100%. Theo<br /> OPN14, OPN16, OPO18) cho kết quả các băng đa hình ảng 7, tổng số băng thu được sau phản ứng P R l 296<br /> phân biệt rõ, chúng được sử dụng cho phản ứng RAPD- băng, trung bình mỗi mồi khuếch đại được khoảng 11<br /> P R trên to n bộ 8 mẫu khảo sát. băng, trong đó số băng đa hình l 215, chiếm 72,6%<br /> 3.3 Kết quả khuếch đại DNA với mồi ngẫu nhiên trong tổng số băng l 296.<br /> 27 mồi sau s ng lọc lần lượt được tiến h nh phản ứng Tuy tỉ lệ băng đa hình cao, nhưng không mồi n o có thể<br /> RAPD-P R với các mẫu tỏi khảo sát v chạy điện di trên được sử dụng như l marker để nhận diện 8 mẫu tỏi khảo<br /> gel agarose nhằm đánh giá sự đa dạng giữa chúng. Sản sát. Tuy nhiên, đối với một số mồi, có sự phân biệt giữa<br /> phẩm P R của 2 mồi điển hình được trình b y trong một hoặc một số mẫu so với 8 mẫu tỏi nghiên cứu.<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br /> 12 Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7<br /> <br /> K5 A1<br /> HN BG HD LS PR KH DL ST L1kb L1kb HN BG HD LS PR KH DL ST<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Hình 1 Sản phẩm RAPD-P R mồi K5, A1<br /> HN–Hà Nội, G– ắc Giang, HD–Hải Dương, LS–Lí Sơn, PR–Phan Rang, KH–Khánh Hòa, DL– Lạt, ST–Sóc Trăng, L1kb-thang 1kb<br /> <br /> Bảng 6 Số sản phẩm khuếch đại, số băng đa hình v tỉ lệ băng đa hình của mỗi mồi<br /> Mẫu Băng % băng<br /> HN BG HD LS PR KH DL ST Σ băng<br /> Mồi đa hình đa hình<br /> A1 7 6 8 6 6 4 7 5 10 7 70<br /> B16 6 6 6 6 6 4 6 1 8 8 100<br /> B17 6 4 6 6 7 5 6 6 8 6 75<br /> C7 9 9 9 12 12 11 9 7 14 8 57<br /> C9 9 9 9 10 11 11 9 7 13 7 54<br /> C13 8 7 8 7 7 6 7 7 10 6 60<br /> D3 11 9 11 13 11 13 8 6 16 12 75<br /> F5 3 3 3 3 3 3 5 5 7 4 57<br /> G11 7 6 6 9 7 9 8 3 12 10 83<br /> G12 8 7 8 8 9 8 9 6 10 4 40<br /> G14 4 2 4 4 4 4 4 5 6 5 83<br /> G20 4 2 3 6 6 5 3 6 7 6 86<br /> J12 9 7 9 7 7 7 10 7 10 6 60<br /> K5 8 2 7 5 6 7 6 6 10 8 80<br /> N1 9 8 9 8 8 7 9 9 11 6 55<br /> N3 11 8 11 11 11 9 9 5 16 13 81<br /> N8 6 4 9 9 9 5 7 4 11 10 91<br /> N13 10 10 10 9 10 9 8 7 13 9 69<br /> N17 10 6 8 8 8 8 10 7 12 8 67<br /> N19 7 3 4 10 11 5 7 10 12 10 83<br /> O1 8 5 9 6 6 5 6 5 10 9 90<br /> O4 7 5 7 10 11 9 11 8 14 11 79<br /> O9 8 4 6 7 8 8 7 2 10 8 80<br /> O10 7 9 8 9 7 7 6 10 10 6 60<br /> P13 4 4 4 3 3 3 3 5 9 8 89<br /> AB18 9 7 7 11 11 8 9 9 12 6 50<br /> AC2 8 7 8 9 10 8 8 2 14 13 93<br /> <br /> 3.4 Phân tích mối quan hệ di truyền bên trong lo i tỏi nhất (53,4%) trong khi cặp mẫu LS v PR l cặp có hệ số<br /> Tương quan di truyền giữa các mẫu được tính toán bằng tương quan di truyền cao nhất (93,6%). Trung vị (median)<br /> phần mềm NTSYS-pc 2.1 dựa trên hệ số tương ứng đơn tính được l 68,4%, trong đó 18/28 cặp có hệ số tương quan<br /> giản SM (Simple matching coefficient). Kết quả có 28 cặp thấp hơn 68,4% v 10/28 cặp có hệ số tương quan từ 68,4%<br /> được tạo nên từ 8 mẫu khảo sát, với hệ số tương quan di trở lên.<br /> truyền từng cặp nằm trong khoảng 53,4% – 93,6%. ặp Ma trận hệ số tương quan di truyền tức ảng 8, được dùng<br /> mẫu G v PR l cặp có hệ số tương quan di truyền thấp làm cơ sở dữ liệu để xây dựng một sơ đồ hình cây, nhằm<br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br /> Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7 13<br /> <br /> phân nhóm di truyền cho 8 mẫu khảo sát. Sơ đồ n y xếp (LS v PR có mức độ tương quan di truyền cao nhất,<br /> nhóm dựa trên thuật toán UPGMA, theo phương pháp khoảng 94%) khi xét ở mức độ 88,6% tương quan di<br /> SAHN. Kết quả ở Hình 2 cho thấy có 3 nhóm lớn được truyền, nhóm III gồm 4 mẫu còn lại, v được chia thành hai<br /> hình th nh nếu xét ở mức độ 69% tương quan di truyền, phân nhóm A (mẫu G), (mẫu DL) v (mẫu HN, HD<br /> trong đó nhóm I chỉ gồm mẫu ST, nhóm II chứa mẫu KH, với mức độ tương quan di truyền của chúng l 92,2%) khi<br /> LS, PR v được chia th nh hai phân nhóm A (mẫu KH) v xét ở mức độ 85% tương quan di truyền.<br /> Bảng 7 Số sản phẩm khuếch đại, số băng đa hình v tỉ lệ băng đa hình trên tổng số 8 mồi sử dụng<br /> Mồi Trình tự (5’ – 3’) ∑ băng Băng đa hình % băng đa hình<br /> A1 CAGGCCCTTC 10 7 70<br /> B16 TTTGCCCGGA 8 8 100<br /> B17 AGGGAACGAG 8 6 75<br /> C7 GTCCCGACGA 14 8 57<br /> C9 CTCACCGTCC 13 7 54<br /> C13 AAGCCTCGTC 10 6 60<br /> D3 GTCGCCGTCA 16 12 75<br /> F5 CCGAATTCCC 7 4 57<br /> G11 TGCCCGTCGT 12 10 83<br /> G12 CAGCTCACGA 10 4 40<br /> G14 GGATGAGACC 6 5 83<br /> G20 TCTCCCTCAG 7 6 86<br /> J12 GTCCCGTGGT 10 6 60<br /> K5 TCTGTCGAGG 10 8 80<br /> N1 CTCACGTTGG 11 6 55<br /> N3 GGTACTCCCC 16 13 81<br /> N8 ACCTCAGCTC 11 10 91<br /> N13 AGCGTCACTC 13 9 69<br /> N17 CATTGGGGAG 12 8 67<br /> N19 GTCCGTACTG 12 10 83<br /> O1 GGCACGTAAG 10 9 90<br /> O4 AAGTCCGCTC 14 11 79<br /> O9 TCCCACGCAA 10 8 80<br /> O10 TCAGAGCGCC 10 6 60<br /> P13 GGAGTGCCTC 9 8 89<br /> AB18 CTGGCGTGTC 12 6 50<br /> AC2 GTCGTCGTCT 14 13 93<br /> Tổng cộng 296 215<br /> Số băng trung bình 11 8<br /> <br /> Qua kết quả trên có thể thấy, tuy 8 mẫu tỏi khảo sát có giữa một số mẫu tỏi đại diện thuộc Miền ắc, Miền<br /> tương quan di truyền cao, nhưng vẫn có sự phân nhóm Trung, Tây Nguyên và Miền Nam.<br /> giữa chúng, chứng tỏ có sự khác biệt di truyền đáng kể<br /> Bảng 8 Tỉ lệ tương đồng giữa 24 mẫu tỏi dựa trên hệ số tương ứng đơn giản (SM coefficient)<br /> Địa phương HN BG HD LS PR KH DL ST<br /> HN 1<br /> BG 0.79 1<br /> HD 0.92 0.8 1<br /> LS 0.64 0.55 0.66 1<br /> PR 0.64 0.53 0.65 0.94 1<br /> KH 0.62 0.56 0.63 0.88 0.86 1<br /> DL 0.85 0.7 0.84 0.69 0.68 0.66 1<br /> ST 0.54 0.58 0.55 0.66 0.65 0.61 0.55 1<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br /> 14 Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> C<br /> <br /> II B<br /> A<br /> <br /> B<br /> II<br /> A<br /> I<br /> <br /> <br /> Hình 2 Sơ đồ hình cây thể hiện mối tương quan di truyền giữa 8 mẫu tỏi trên cơ sở kiểu gen<br /> <br /> Theo kết quả xếp nhóm 8 mẫu tỏi khảo sát, có thể thấy có Sử dụng kĩ thuật RAPD để xây dựng sơ đồ hình cây nhằm<br /> sự phân nhóm di truyền theo từng khu vực địa lí, các mẫu thể hiện mức độ tương đồng về di truyền giữa các cá thể<br /> cùng khu vực thì có mối quan hệ di truyền gần v ngược thuộc lo i tỏi cũng đã được thực hiện ở nhiều nghiên cứu<br /> lại các mẫu ở khác khu vực thì có mối quan hệ di truyền trước đây: năm 2003, Meryem Ipek v cộng sự đã cho thấy<br /> xa. Trong đó, mẫu ST l đại diện duy nhất của tỏi ở miền rằng sự đa hình của tỏi ở ngân h ng giống tỏi bằng chỉ thị<br /> Nam được xếp độc lập th nh một nhóm, các mẫu đại diện AFLP rất đa dạng m phương pháp RAPD hay isozyme<br /> cho tỏi ở miền ắc như HN, HD, G được xếp th nh một không phân biệt được[6] hay nghiên cứu của Mario Paredes<br /> nhóm v một nhóm gồm các mẫu đại diện cho tỏi miền v cộng sự (2008) khi phân tích mối quan hệ di truyền của<br /> Trung là LS, PR, KH. Tuy nhiên, mẫu DL thuộc khu vực các loại tỏi ở hile, cho thấy 65 giống tỏi được chia th nh 2<br /> Tây Nguyên lại được xếp chung một nhóm với các mẫu nhóm, trong đó 46 giống tỏi đều nằm trong một nhóm với<br /> tỏi ở miền ắc, điều n y lại phù hợp với nghiên cứu của hệ số tương quan di truyền trong khoảng 94 – 98%. iều<br /> aghalian v cộng sự (2005) cho rằng việc phân loại các n y cho thấy các giống tỏi ở hile có tính đa dạng di truyền<br /> kiểu gen theo các đặc điểm hình thái v tế b o học không thấp khi sử dụng chỉ thị RAPD – PCR[7].<br /> tương ứng với việc phân nhóm địa lí của các kiểu gen tỏi<br /> Iran[5]. Nguyên nhân có thể do sự trao đổi giống tỏi giữa 4 Kết luận v đề xuất<br /> những người nông dân ở các vùng khác nhau, bởi nếu xét Nghiên cứu đã phân nhóm di truyền 8 mẫu tỏi khảo sát<br /> theo mối quan hệ di truyền thì mẫu DL có tương quan thành công, nhờ phần mềm NTSYS pc2.1. Hệ số tương<br /> kiểu gen khá cao với mẫu HN v HD với hệ số tương quan quan di truyền của các mẫu khá cao, dao động từ 53,4% đến<br /> di truyền lần lượt l 85% v 84%, mặc dù khu vực địa lí, 93,6%. iều này cho thấy tính đa dạng di truyền của 8 mẫu<br /> khí hậu v điều kiện môi trường, thổ nhưỡng của Lạt tỏi này khá thấp. Mặt khác, có mối liên hệ giữa phân nhóm<br /> khác xa so với H Nội v Hải Dương. Trong tổng số 28 di truyền với khu vực địa lí của 8 mẫu tỏi. Với kết quả đạt<br /> cặp mẫu khảo sát, cặp mẫu LS v PR có quan hệ di truyền được như trên, một số định hướng nghiên cứu tiếp theo<br /> gần nhất với hệ số tương quan di truyền khoảng 94%, việc được đề xuất là nghiên cứu mối quan hệ di truyền của tỏi<br /> n y có thể do các nh vườn mua giống về trồng ở 2 nơi bằng phương pháp RAPD với số lượng mẫu lớn và nguồn<br /> khác nhau, bởi sự du nhập các nguyên liệu thực vật cũng thu thập đa dạng trong cả nước, kết hợp RAPD và phân tích<br /> góp phần l m các cá thể có khoảng cách địa lí xa lại có giải trình tự ADN các vùng nhân hay lục lạp để đánh giá<br /> mức độ tương đồng cao về kiểu gen. tương quan di truyền của tỏi thêm phần chính xác hơn.<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br /> Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 7 15<br /> <br /> Tài liệu tham khảo<br /> 1. Pooler MR and Simon PW. Characterization and classification of isozyme and morphological variation in a diverse collection of garlic<br /> clones. Euphytica. 1993; 68 (1, 2): 121 - 30.<br /> 2. Doyle, J.J., J.L. Doyle(1987), "A rapid DNA isolation procedure for small quantities from fresh leaf tissue", Phytochemistry Bulletin,<br /> 19, p. 11-15.<br /> 3. Williams, J. G., A. R. Kubelik, K. J. Livak, et al.(1990), "DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic<br /> markers", Nucleic Acids Res, 18(22), p. 6531-5.<br /> 4. M. Al-Zahim, H.J. Newbury, B.V. Ford- Lloyd (1997), “ lassification of Genetic Variation in Garlic (Allium sativum L.) Revealed by<br /> RAPD”, Hort Science, 32(6): 1102-1104.<br /> 5. Abdoli M, agHalian K (2009), “ lassification of Iranian Garlic (Allium sativum L.) using RAPD marker”, Journal of Medicine Plants,<br /> 8(5): p. 45-51.<br /> 6. Meryem Ipek, Ahmet Ipek, Philipp W. Simon (2003), “ omparison of AFLPs, RAPD markers, and Isozymes for Diversity Assessment<br /> of Garlic and Detection of Putative Duplicates in Germplasm Collections”, Journal American Society for Horticultural Science,<br /> 128(2):246-252.<br /> 7. Mario Paredes , Viviana ecerra V., María I. González A. (2008), “Low genetic diversity among garlic (Allium sativum L.) accessions<br /> detected using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)”, Chilean Journal of Agricultural Research, 68(1): 3-12.<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Analysis on Genetic relations of some garlic varieties in Vietnam using random amplification<br /> polymorphism (RAPD)<br /> Nguyen Thanh To Nhi<br /> Faculty of Pharmacy, Nguyen Tat Thanh University<br /> nttnhi@ntt.edu.vn, nandc04@gmail.com<br /> <br /> Abstract In order to assess the level of genotype differences between 8 garlic samples in Vietnam, random amplification<br /> DNA polymorphism technique (RAPD) with 27 primers, genetic grouping of survey samples by NTSYS pc2.1 software was<br /> used in this study. The results showed that the total number of DNA fragments was 296 bands, that of polymorphic bands<br /> was 215, the rate of polymorphic bands was from 50 to 100%, and the genetic similarities of the samples were quite high,<br /> ranging from 53.4 % to 93.6%. The results of this study will provide a scientific basis for selecting breeds, hybriding,<br /> and for the conservation of garlic gene fund in Vietnam.<br /> Keywords garlic, Alliium sativum L., RAPD, genetic analysis<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Đại học Nguyễn Tất Thành<br />