Tần suất mang gen sinh β‐lactamase và AMPC của enterobacteriacae trong cộng đồng tại Thành phố Hồ Chí Minh năm 2013

Nghiên cứu Y học <br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014<br /> <br />  <br /> <br /> TẦN SUẤT MANG GEN SINH β‐LACTAMASE VÀ AMPC <br /> CỦA ENTEROBACTERIACAE TRONG CỘNG ĐỒNG TẠI THÀNH PHỐ <br /> HỒ CHÍ MINH NĂM 2013 <br /> Nguyễn Đỗ Phúc*, Nguyễn Lý Hoàng Ngân* <br /> <br /> TÓM TẮT <br /> Đặt vấn đề: Lý do chính đề kháng kháng sinh của Enterobacteriaceae đối với nhóm kháng sinh β‐lactama là <br /> việc sinh ra men Extended spectrum β‐lactamase (ESBLs) và AmpC β‐lactamas. Tiếp theo nghiên cứu trước về <br /> tần suất vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh ESBL trong cộng đồng Tp. Hồ Chí Minh. Nghiên cứu tiếp tục thực <br /> hiện phân tích kiểu gen của vi khuẩn sinh β‐lactamase và sự tương quan giữa kiểu hình ‐ kiểu gen ESBL và <br /> AmpC của các chủng phân lập được.  <br /> Mục  tiêu:  Xác định tần suất mang gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriaceae phân lập được trong <br /> cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh năm 2013. <br /> Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu tiền cứu, thực hiện từ tháng 6 đến tháng 12 năm 2013 tại Tp. Hồ <br /> Chí Minh. 148 chủng sinh men β‐lactamas đưa vào nghiên cứu, E.coli là 85 chủng; Klebsiella spp. là 61 chủng và <br /> Citrobacter  là  2  chủng.  Các  chủng  được  phân  tích  xác  định  kiểu  gen  sinh  ESBL  và  AmpC  bằng  kỹ  thuật <br /> multiplex‐PCR. <br /> Kết quả: Trong số 148 chủng Enterobacteriaceae sinh men β‐lactamase thì tỷ lệ chủng có kiểu hình ESBL là <br /> 113 (76,4%) và AmpC là 35 (23,6%). Tỷ lệ kiểu gen so với kiểu hình của ESBL là 85/113 (85%) và kiểu gen của <br /> AmpC 7/35 (20%). Đối với E. coli, có 62/73 (85%) chủng có mang gen sinh ESBL, trong đó chủng mang 1 gen <br /> phổ biến CTX‐M là 26 (35,6%), TEM là 1 (1,4%); mang 2 gen TEM+CTX‐M là 34 (46,5%) và SHV+CTX‐M là <br /> 1 (1,4%). Chủng mang gen AmpC là 2/12 (33%), trong đó tần suất mang 1 gen DHA là 2 (16,7%), mang 2 gen <br /> FOX+CYM  là  2  (16,7%).Đối  với  Klebsiella  spp.,  có  22/39  (56,4%)  có  mang  gen  sinh  ESBL,  trong  đó  chủng <br /> mang 1 gen CTX‐M là 6 (15,4%), TEM là 2 (5,1%), mang 2 gen SHV+CTX‐M 6 (15,4%) và TEM+CTX‐M là <br /> 4 (10,3%) và mang 3 gen SHV+TEM+CTX‐M là 3 (7,7%). Chủngmang gen sinh AmpC có 2/20 (9%), trong đó <br /> số chủng mang 1 gen DHA là 2 (4,5%) và mang 2 gen FOX+CYM là 2 (4,5%). Đối với Citrobacter, thì 1 chủng <br /> có kiểu hình sinh ESBL và kiểu gen là TEM ; 1 chủng có kiểu hình sinh AmpC và kiểu gen CYM. <br /> Kết luận: Tần suất mang gen ESBL của Enterobacteriaceae: mang 1 gen CTX‐M là 28,3%, TEM là 3,5%, <br /> SHV  là  1%;  mang  2  gen  TEM+CTX‐M  là  33,6%,  SHV+  CTX‐M  là  6,2%  và  3  gen  SHV+TEM+CTX‐M  là <br /> 2,7%. Tần suất mang gen AmpC của Enterobacteriaceae: mang 1 gen DHA là 8,6%, CYM là 2,9% và mang 2 <br /> gen FOX+CYM là 8,6%. <br /> Từ khóa: gen sinh ESBL, Ampc, cộng đồng khỏe mạnh. <br /> <br /> ABSTRACT <br /> PREVALENCE OF GENES EXTENDED SPECTRUM LACTAMASE (ESBL) AND AMPC PRODUCING <br /> ENTEROBACTERIACAE <br /> IN HEALTHY POPULATION, HO CHI MINH, 2013. <br /> Nguyen Do Phuc, Nguyen Ly Hoang Ngan <br /> * Y Hoc Tp. Ho Chi Minh * Vol. 18 ‐ Supplement of No 6‐ 2014: 388 – 392 <br /> Background: A major reason for resistance of Enterobacteriacae to β‐lactamase is the production of ESBLs <br /> Viện Y tế công cộng Tp. Hồ Chí Minh <br /> Tác giả liên lạc: TS. Nguyễn Đỗ Phúc  <br /> *<br /> <br /> 388<br /> <br /> ĐT: 0907669008  <br /> <br /> Email: nguyendophucihph@gmail.com <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng <br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014 <br /> <br /> Nghiên cứu Y học<br /> <br />  <br /> and AmpC β‐lactamase. Continuing the previous study on prevalence of ESBL producing Enterobacteriacae in a <br /> healthy population in Ho Chi Minh City, a study on genotypes of ESBLs and AmpC are analysed according to <br /> collected Enterobacteriacae isolates. <br /> Objectives: to determine the prevalence of genotypes of ESBLs and AmpC of Enterobacteriacae in a healthy <br /> population in Ho Chi Minh City. <br /> Methods: A prospective cohort study was conducted in Ho Chi Minh City from July to December, in 2013. <br /> Of  studied  148  isolates  of  β‐lactamase  producing  Enterobacteriacae,  there  were  85  E.coli  isolates;  61  Klebsiella <br /> spp.  isolates  and  2  Citrobacter  isolates.  The  isolates  were  examined  genotypes  of  ESBL  and  AmpC  by  using <br /> multiplex‐PCR technique. <br /> Result:  148  β‐lactamase  producing  Enterobacteriaceae  iolates,  phenotypes  of  ESBL  is  113  (76.4%)  and <br /> AmpC is 35 (23.6%). The rate of genotypes compare with phenotypes of ESBL is 85/113 (85%) and of AmpC <br /> 7/35 (20%). 62/73 (85%) E. Coli isolates carry genes producing ESBL; among them, number of isolates carrying <br /> one gene CTX‐M is 26 (35.6%), TEM is 1 (1.4%); carrying TEM+CTX‐M genes is 34 (46.5%) and SHV+CTX‐<br /> M  is  1  (1.4%).  Number  of  isolates  carrying  genes  producing  AmpC  is  2/12  (33%);  among  them,  number  of <br /> isolates carrying one gene DHA is 2 (16.7%), carrying two genes FOX+CYM is 2 (16.7%).Klebsiella spp., 22/39 <br /> (56.4%) isolates carry genes producing ESBL; among them, number of isolates carrying one gene CTX‐M is 6 <br /> (15.4%), TEM is 2 (5.1%), carrying two genes SHV+CTX‐M 6 (15.4%) and TEM+CTX‐M is 4 (10.3%), and <br /> carrying three genes SHV+TEM+CTX‐M is 3 (7.7%).Number of isolates carry genes producing AmpC is 2/20 <br /> (9%); among them, number of isolates carrying one gene DHA is (4.5%) carrying two genes FOX+CYM is 2 <br /> (4.5%).Citrobacter,  one  phenotype  and  genotype  of  ESBL  is  TEM  ;  one  phenotype  and  genotype  of  AmpC  is <br /> CYM. <br /> Conclusion:  Prevalence  of  ESBL  Enterobacteriacae  genes:  carrying  one  CTX‐M  gene,  TEM,  SHV, <br /> TEM+CTX‐M,  SHV+CTX‐M  and  SHV+TEM+CTX‐M  are  28.3%,  3.5%,  1%;  33.6%,  6.2%  and  2.7% <br /> respectively. Prevalence of AmpC Enterobacteriacae genes: carrying one DHA gene, CYM and FOX+CYM are <br /> respectively 8.6%, 2.9% and 8.6%.  <br /> Key words: GenotypesESBL; AmpC; healthy population. <br /> <br /> ĐẶT VẤNĐỀ <br /> Nhiều nghiên cứu về tần suất mang gen sinh <br /> β‐lactam  được  nghiên  cứu  tại  nhiều  nước  trên <br /> thế giới như Đức(5), Cộng hóa Séc(1), Thái Lan(2), <br /> Nhật  Bản(3),…  trong  cộng  đồng  người  khỏe <br /> mạnh. Tại Việt Nam, tần suất vi khuẩn sinh men <br /> β‐lactamase của Enterobacteriacae đã được nghiên <br /> cứu chủ yếu tại các bệnh viện tại Việt nam. Gần <br /> đây một số nghiên cứu về tần suất người trên 18 <br /> tuổi  mang  vi  khuẩn  sinh  ESBL  tại  Tp.  Hồ  Chí <br /> Minh,  nhưng  chỉ  tập  trung  ở  Quận  3(6).  Việc <br /> nghiên cứu về sự tần suất phân bố các gen sinh <br /> ESBL  và  AmpC  của  Enterobacteriacae chưa  được <br /> nghiên cứu tại cộng đồng khỏe mạnh tại Tp. Hồ <br /> Chí Minh. Đề tài này với mục đích xác định tần <br /> suất  các  gen  sinh  ESBL  và  AmpC  của <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng <br /> <br /> Enterobacteriacae ở người khỏe mạnh trong cộng <br /> đồng tại Tp. Hồ Chí Minh với các mục tiêu sau. <br /> <br /> Mục tiêu nghiên cứu <br /> Tỷ lệ chủng Enterobacteriaceae mang gen sinh <br /> ESBL và AmpC.<br /> Tỷ lệ các gen sinh β‐lactam (ESBL và AmpC) <br /> phân bố trong các chủng Enterobacteriaceae. <br /> <br /> ĐỐI TƯỢNG ‐ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU <br /> Đối tượng nghiên cứu <br /> Chủng  có  kiểu  hình  của  Enterobacteriacae <br /> phân lập trên mẫu phân trong cộng đồng tại Tp. <br /> Hồ  Chí  Minh:  148  chủng:  E.  coli:  85  chủng, <br /> Klebsiella spp.: 61 chủngvà Citrobacter: 2 chủng. <br /> <br /> 389<br /> <br /> Nghiên cứu Y học <br /> <br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014<br /> <br />  <br /> Phương pháp nghiên cứu <br /> Chuẩn bị DNA <br /> +  Chuẩn  bị  DNA  để  chạy  phản  ứng <br /> multiplex  PCR  phát  hiện  gen  sinh  ESBL  và <br /> AmpC của Enterobacteriacae:  <br /> Từ  khuẩn  lạc  thuần  khiết  trên  môi  trường <br /> BHI.  Hút  0,1ml  dịch  canh  khuẩn  cho  vào 100μl <br /> đệm TE (pH 8.0). Đun sôi 100°C trong 10 phút. <br /> Ly tâm 14.000 vòng, thu dịch nổi và sử dụng cho <br /> phản ứng multiplex‐PCR. Mẫu dịch chiết còn lại <br /> lưu giữ ‐20°C. <br /> + Trình tự mồi phát hiện các gen sinh AmpC <br /> bằng kỹ thuật Multiplex PCR: gen đích MOX‐1, <br /> MOX‐2, CMY‐1, CMY‐8 đến CMY‐11: sản phẩm <br /> PCR 520 bp, LAT‐1 to LAT‐4, CMY‐2 đến CMY‐<br /> 7, BIL‐1: sản phẩm PCR 462 bp, DHA‐1, DHA‐2: <br /> sản phẩm PCR 405 bp, ACC: sản phẩm PCR 346 <br /> bp,  MIR‐1T ACT‐1:  sản  phẩm  PCR  302  bp  và <br /> FOX‐1 đến FOX‐5b: sản phẩm PCR 190 bp(1, 4). <br /> ‐  Trình  tự  mồi  phát  hiện  các  gen sinh  ESBL <br /> bằng kỹ thuật Multiplex PCR: gen đích SHV: sản <br /> phẩm  PCR  1018  bp,  TEM:  sản  phẩm  PCR  1080 <br /> bp và CTX: sản phẩm PCR 544 bp(1, 5).  <br /> <br /> Chu kỳ nhiệt phản ứng multiplex‐PCR <br /> Sử dụng 2 μl dịch chiết DNA cho vào master <br /> mix  và  chạy  PCR  theo  chu  kỳ  nhiệt:  1  chu  kỳ: <br /> 95oC/15  phút;  30  chu  kỳ:  95oC/30  giây,  60oC/30 <br /> giây và 72oC/60 giây và 1 chu kỳ: 72oC/10 phút. <br /> Sản phẩm PCR được điện di trong agarose 2% có <br /> bổ sung Gel Red.  <br /> <br /> Điện di  <br /> Trộn đều sản phẩm PCR và hút 5μl cho vào <br /> 1μl thuốc nhuộm màu. <br /> Cho vào giếng agarose 2% bổ sung Gel Red <br /> 10.000X. <br /> Điện di 100V trong 40 phút tại nhiệt độ phòng. <br /> Chụp band sản phẩm PCR trên máy điện di <br /> BioRad. <br /> <br /> Phân tích thống kê <br /> Nhập dữ liệu bằng phần mềm Epidata 3.0 và <br /> phân  tích  dữ  liệu  bằng  phần  mềm  Stata  10.0. <br /> <br /> 390<br /> <br /> Thống  kê  mô  tả  tính  tần  số  và  tỷ  lệ  phần  trăm <br /> được  dùng  để  mô  tả  đặc  tính  của  mẫu.  Dùng <br /> phép kiểm χ2 để kiểm định sự khác biệt của các <br /> biến số. Giá trị p