Tần suất một số gen độc lực đường ruột và tính kháng colistin của các chủng Escherichia Coli sinh β-lactamase phổ rộng (ESBL) phân lập từ thực phẩm, người khỏe mạnh và bệnh nhân tiêu chảy tại tp. Hồ Chí Minh

Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019<br /> <br /> <br /> TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN ĐỘC LỰC ĐƯỜNG RUỘT<br /> VÀ TÍNH KHÁNG COLISTIN CỦA CÁC CHỦNG ESCHERICHIA COLI<br /> SINH -LACTAMASE PHỔ RỘNG (ESBL) PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM,<br /> NGƯỜI KHỎE MẠNH VÀ BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY TẠI TP. HỒ CHÍ MINH<br /> Hoàng Hoài Phương*, Lê Thị Hiên*, Trần Nguyễn Minh Đoan*, Nguyễn Thị Anh Đào*, Nguyễn Đỗ Phúc*<br /> TÓM TẮT<br /> Đặt vấn đề: Một số nhóm Escherichia coli (E. coli) có khả năng gây bệnh trong và ngoài đường ruột do<br /> chúng mang các gen độc lực khác nhau. Hiện nay, E. coli có thể đề kháng với nhiều loại kháng sinh - đặc biệt là<br /> cephalosporin thế hệ thứ ba và colistin dẫn đến nguy cơ thất bại trong điều trị và làm tăng tỷ lệ tử vong.<br /> Mục tiêu: Khảo sát tần suất một số gen độc lực đường ruột và khả năng đề kháng colistin của 210 chủng E.<br /> coli sinh ESBL đã phân lập từ thực phẩm, người khỏe mạnh và bệnh nhân tiêu chảy tại thành phố Hồ Chí Minh.<br /> Phương pháp nghiên cứu: Xác định kiểu gen ESBL, khảo sát sự hiện diện của một số gen độc lực đường<br /> ruột và phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli sinh ESBL bằng phương pháp PCR. Xác định giá trị MIC<br /> đối với colistin của các chủng E. coli sinh ESBL và kiểm tra sự hiện diện của gen mcr-1.<br /> Kết quả: Kiểu gen ESBL chiếm ưu thế thuộc nhóm CTX-M (82,9%) – chủ yếu là blaCTX-M-1 (52,9%), blaCTX-<br /> M-9 (30,5%). Tỷ lệ chủng E. coli sinh ESBL mang gen độc lực đường ruột khá thấp: 7 chủng (3,4%) mang gen<br /> daaD, 1 chủng (0,5%) mang gen eagg đều được phân lập từ người khỏe mạnh và bệnh nhân tiêu chảy. Nhóm<br /> phát sinh loài A và B1 chiếm ưu thế trong tổng số 210 chủng vi khuẩn E. coli sinh ESBL với tỷ lệ lần lượt là<br /> 31,9% và 30%, trong khi nhóm B2, C, D, E, F và U chiếm tỷ lệ thấp hơn, lần lượt là 8,1%, 2,3%, 5,7%, 13,8%,<br /> 6,2% và 1,4%. Có 7,1% chủng E. coli sinh ESBL phân lập từ thực phẩm và 4,9% chủng vi khuẩn từ bệnh nhân<br /> tiêu chảy có khả năng đề kháng colistin do mang gen mcr-1.<br /> Kết luận: Vi khuẩn E. coli sinh ESBL mang gen độc lực đường ruột với tỷ lệ thấp. Một số chủng E. coli sinh<br /> ESBL cũng đồng thời mang gen mcr-1 quy định khả năng đề kháng colistin. Vì colistin được xem là giải pháp<br /> cuối cùng trong điều trị bệnh do vi khuẩn đa kháng, việc cấp thiết là phải tiến hành theo dõi và thực hiện các giải<br /> pháp can thiệp để ngăn chặn sự lan rộng của vi khuẩn mang gen kháng mcr.<br /> Từ khóa: gen độc lực, tính kháng colistin<br /> ABSTRACT<br /> INTESTINAL VIRULENCE GENES AND COLISTIN RESISTANCE OF<br /> EXTENDED-SPECTRUM -LACTAMASE (ESBL) – PRODUCING ECHERICHIA COLI<br /> ISOLATED FROM FOOD, HEALTHY PEOPLE AND DIARRHEA PATIENTS IN HO CHI MINH CITY<br /> Hoang Hoai Phuong, Le Thi Hien, Tran Nguyen Minh Doan, Nguyen Thi Anh Dao, Nguyen Do Phuc,<br /> * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol. 23 – No. 5 - 2019: 388 - 395<br /> Background: Some groups of Escherichia coli (E. coli) can cause intra- and extraintestinal disease because<br /> they carry different virulence genes. Nowadays, E. coli can be resistant to many antibiotics - especially third-<br /> generation cephalosporins and colistin, leading to a risk of treatment failure and increased mortality.<br /> Objectives: To evaluate of intestinal virulence and colistin resistance of 210 ESBL - E. coli isolates from<br /> food, healthy people and diarrhea patients in Ho Chi Minh City.<br /> <br /> *Viện Y Tế Công Cộng TP. Hồ Chí Minh<br /> Tác giả liên lạc: ThS. Lê Thị Hiên ĐT: 0938640803 Email: lethihien@iph.org.vn<br /> <br /> <br /> 388 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng<br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học<br /> <br /> Methods: ESBL genotypes, some intestinal virulence genes and phylogenetic group of 210 ESBL - E. coli<br /> strains were identified by PCR method. To determine the MIC value for colistin and check the presence of mcr-1<br /> gene in these strains.<br /> Results: The dominant ESBL genotype belongs to CTX-M group (82.9%) - including blaCTX-M-1 (52.9%),<br /> blaCTX-M-9 (30.5%). eagg and daaD were detected in 1 (0.5%) and 7 (3.4%) strains. The dominant phylogroups<br /> were A (31.9%) and B1 (30%); phylogroup B2, C, D, E, F and U rates are lower, 8.1%, 2.3%, 5.7%, 13.8%,<br /> 6.2% and 1.4%, respectively. 7.1% of ESBL - E. coli isolates from food and 4.9% from diarrhea patients had<br /> colistin MIC values of higher 2 µg/ml and were positive with mcr-1 gene.<br /> Conclusions: The frequency of intestinal virulence genes of ESBL - E. coli is low. Some ESBL - E. coli<br /> isolates also carry mcr-1 gene that encodes mobilized colistin resistance. As colistin is the last option against<br /> multidrug-resistant E. coli infection, careful monitoring of the evolution of colistin resistance and the spread of<br /> mcr-1 gene in isolates is urgently needed.<br /> Keywords: virulence gene, colistin resistance<br /> ĐẶT VẤN ĐỀ số lượng các công bố trên đối tượng vi khuẩn E.<br /> coli sinh ESBL còn hạn chế và chưa đầy đủ về<br /> Escherichia coli là loài vi khuẩn tồn tại thường<br /> khả năng mang gen độc lực đường ruột cũng<br /> trú trong cơ thể con người và động vật. Bên cạnh<br /> như tính kháng với kháng sinh colistin. Do đó,<br /> các vi khuẩn E. coli lành tính, còn có nhiều vi<br /> chúng tôi thực hiện đề tài này nhằm khảo sát tần<br /> khuẩn E. coli có khả năng gây bệnh trong và<br /> suất một số gen độc lực đường ruột và khả năng<br /> ngoài đường ruột do chúng mang các yếu tố gây<br /> đề kháng colistin của các chủng E. coli sinh ESBL<br /> bệnh khác nhau. Nhóm E. coli gây tiêu chảy<br /> đã phân lập tại thành phố Hồ Chí Minh.<br /> (DEC) được phân thành 6 loại dựa trên cơ chế<br /> gây bệnh khác nhau, bao gồm: EHEC, EPEC, Mục tiêu nghiên cứu<br /> ETEC, EIEC, EAEC và DAEC(7). Xác định kiểu gen ESBL của các chủng E. coli<br /> Để điều trị các bệnh nhiễm khuẩn E. coli, sinh ESBL đã phân lập<br /> kháng sinh là loại thuốc không thể thiếu. Hiện Khảo sát sự hiện diện của một số gen độc lực<br /> nay, E. coli có khả năng đề kháng với nhiều loại đường ruột của các chủng E.coli sinh ESBL<br /> kháng sinh sử dụng phổ biến trong điều trị - đặc Xác định phân nhóm phát sinh loài của các<br /> biệt là kháng sinh họ cephalosporin thế hệ thứ chủng E. coli sinh ESBL<br /> ba, dẫn đến nguy cơ thất bại trong điều trị và Xác định khả năng đề kháng colistin của các<br /> làm tăng tỷ lệ tử vong, và nguyên nhân của điều chủng E. coli sinh ESBL<br /> này là vi khuẩn có khả năng sinh các men β-<br /> ĐỐITƯỢNG- PHƯƠNG PHÁPNGHIÊNCỨU<br /> lactamase phổ rộng (ESBL). Trong những năm<br /> Đối tượng nghiên cứu<br /> gần đây, một số nghiên cứu trên nhiều quốc gia<br /> đã ghi nhận vi khuẩn E. coli còn mang gen kháng 210 chủng E. coli có kiểu hình sinh ESBL<br /> với colistin- kháng sinh được xem là giải pháp được phân lập từ 3 nguồn mẫu khác nhau: 113<br /> điều trị cuối cùng cho vi khuẩn đa kháng chủng từ thực phẩm, 36 chủng từ người khỏe<br /> thuốc(6). Đây được xem là mối đe dọa đặc biệt mạnh và 61 chủng từ bệnh nhân tiêu chảy tại<br /> nghiêm trọng đối với sức khỏe con người. thành phố Hồ Chí Minh trong năm 2016 – 2018,<br /> tiến hành tại phòng thí nghiệm Vi sinh vật –<br /> Việc vi khuẩn E. coli vừa mang yếu tố gây<br /> Trung tâm Kiểm nghiệm An toàn thực phẩm<br /> bệnh, vừa mang các gen kháng kháng sinh làm<br /> khu vực phía Nam, Viện Y tế công cộng TP. Hồ<br /> tăng mối nguy hiểm của vi khuẩn này lên nhiều<br /> Chí Minh.<br /> lần. Các nghiên cứu tại nhiều quốc gia cũng đã<br /> đánh giá vấn đề này. Trong khi đó, ở Việt Nam, Chủng chứng dương từ Viện Y tế công cộng<br /> <br /> <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 389<br /> Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019<br /> <br /> Phủ Osaka, giáo sư Yamasaki Shinji (Trường đại Xác định phân nhóm phát sinh loài<br /> học phủ Osaka – Nhật Bản) và Viện Y tế Công 210 chủng E. coli sinh ESBL được tiến hành<br /> cộng TP. Hồ Chí Minh. xác định nhóm phát sinh loài A, B1, B2, C, D, E<br /> Phương pháp nghiên cứu và F theo phương pháp của tác giả Clermont O<br /> Tách chiết DNA vi khuẩn và cộng sự(2).<br /> Vi khuẩn được nuôi cấy thuần trên môi Xác định kiểu hình đề kháng colistin<br /> trường Tryptic Soy agar (Merck) ở 37oC trong 18- Các chủng E. coli sinh ESBL được xác định<br /> 24 giờ. Lấy một khuẩn lạc thuần và tạo huyền nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của colistin bằng<br /> phù vi khuẩn trong 100 µL dung dịch TE 1X, tiến phương pháp vi pha loãng kháng sinh trong<br /> hành đun sôi 95oC trong 10 phút để tách DNA. dung dịch theo tiêu chuẩn CLSI(3). Chủng được<br /> Dịch DNA vi khuẩn được sử dụng làm khuôn sử dụng làm chủng kiểm soát cho quy trình thử<br /> cho các phản ứng PCR. nghiệm kháng sinh bao gồm E. coli ATCC 25922<br /> Xác định kiểu gen ESBL (MIC = 0,25 - 2 µg/mL) và Pseudomonas aeruginosa<br /> ATCC 27853 (MIC = 0,5 - 4 µg/mL). Nước cất<br /> Các chủng E. coli có kiểu hình ESBL bằng<br /> được sử dụng làm chứng âm.<br /> phương pháp multiplex PCR tham khảo từ tác<br /> giả Le QP và cộng sự(8) sử dụng mồi đặc hiệu cho Phát hiện gen kháng colistin mcr-1<br /> các nhóm TEM, SHV, CTX-M-1, CTX-M-2, CTX- Gen quy định tính kháng colistin di động<br /> M-8, CTX-M-9 và CTX-M-25. mcr-1 được tiến hành kiểm tra trên chủng E. coli<br /> Xác định sự hiện diện của một số gen độc lực sinh ESBL bằng quy trình PCR của nhóm tác giả<br /> đường ruột Covaco L và cộng sự(1).<br /> Các phản ứng PCR và multiplex PCR tham KẾT QUẢ<br /> khảo từ các nghiên cứu trước đây được thực Phân tích kiểu gen ESBL<br /> hiện để phát hiện 10 gen độc lực đường ruột Bảng 1 thể hiện tần suất và tỷ lệ của các gen<br /> đặc trưng cho 6 nhóm vi khuẩn gây bệnh DEC ESBL phát hiện được trong 210 chủng E. coli sinh<br /> trên 210 chủng E. coli sinh ESBL, bao gồm các ESBL trong nghiên cứu này.<br /> gen astA, eaeA, bfpA, ial, stx1, stx2, eagg, elt(10),<br /> est(5) và daaD(11).<br /> Bảng 1: Tần suất và tỷ lệ các kiểu gen ESBL của 210 chủng E. coli sinh ESBL<br /> Kiểu gen ESBL Tần suất (Tỷ lệ) Tổng cộng<br /> Thực phẩm Người khỏe mạnh Bệnh nhân tiêu chảy<br /> blaTEM 14 (12,4%) 8 (22,2%) 13 (21,3%) 35 (16,7%)<br /> blaCTX-M-1 19 (16,8%) 7 (19,4%) 19 (31,1%) 45 (21,4%)<br /> blaCTX-M-9 16 (14,2%) 6 (16,7%) 4 (6,6%) 26 (12,4%)<br /> blaCTX-M-8/25 0 (0%) 0 (0%) 1 (1,6%) 1 (0,5%)<br /> Chủng mang 1 gen 107 (51%)<br /> blaSHV + blaTEM 1 (0,9%) 0 (0%) 0 (0%) 1 (0,5%)<br /> blaTEM + blaCTX-M-1 43 (38,1%) 8 (22,2%) 13 (21,3%) 64 (30,5%)<br /> blaTEM + blaCTX-M-9 18 (15,9%) 7 (19,4%) 11 (18,0%) 36 (17,1%)<br /> Chủng mang 2 gen 101 (48%)<br /> blaTEM + blaCTX-M-1 + blaCTX-M-9 2 (1,8%) 0 (0%) 0 (0%) 2 (1%)<br /> Kết quả từ Bảng 1 cho thấy có 107/210 chủng cùng mang 3 gen ESBL khác nhau: blaTEM cùng<br /> E. coli (chiếm tỷ lệ 51%) chỉ mang một gen ESBL với blaCTX-M-1 và blaCTX-M-9. Kiểu gen ESBL chiếm tỷ<br /> duy nhất; 101/210 chủng (48%) có mang 2 gen lệ cao nhất là blaTEM và blaCTX-M-1 (30,5%). Trong cả<br /> ESBL khác nhau: chủ yếu là blaTEM và blaCTX-M, đặc 3 nền mẫu đều ghi nhận kiểu gen ESBL chiếm<br /> biệt có 2 chủng (1%) nguồn gốc từ thực phẩm ưu thế thuộc nhóm CTX-M, trong đó hầu hết là<br /> <br /> <br /> 390 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng<br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học<br /> <br /> blaCTX-M-1 và blaCTX-M-9, chỉ phát hiện 1 chủng mang trưng cho 6 nhóm vi khuẩn DEC. Kết quả này<br /> gen blaCTX-M-8/25 phân lập từ bệnh nhân tiêu chảy, được thể hiện tóm tắt trong Bảng 2 dưới đây.<br /> không phát hiện gen blaCTX-M-2. Kiểu gen ESBL Chúng tôi phát hiện 146/210 chủng (69,5%)<br /> thuộc nhóm TEM vẫn chiếm tỷ lệ khá cao và không mang 10 gen độc lực liên quan với DEC<br /> thấp nhất là nhóm SHV (1/113 chủng phân lập được kiểm tra; 64 chủng (30,5%) có mang ít nhất<br /> từ thực phẩm). Trong nền mẫu thực phẩm, tỷ lệ 1 gen độc lực, bao gồm astA, eagg và daaD. astA<br /> kiểu gen blaTEM, blaCTX-M-1 và blaCTX-M-9 được phát là gen duy nhất phát hiện trong các chủng E. coli<br /> hiện với tỷ lệ lần lượt là 69%, 56,7% và 31,9%. sinh ESBL phân lập từ thực phẩm. Tuy nhiên, ở<br /> Trong nền mẫu người khỏe mạnh, tỷ lệ kiểu gen các chủng có nguồn gốc phân lập từ người khỏe<br /> blaTEM, blaCTX-M-1 và blaCTX-M-9 được phát hiện với tỷ mạnh và bệnh nhân thì xuất hiện thêm các yếu<br /> lệ lần lượt là 63,9%, 41,7% và 36,1%. Trong nền tố gây bệnh khác như eagg và daaD. Kết quả<br /> mẫu bệnh nhân tiêu chảy, các tỷ lệ này lần lượt cũng cho thấy có 7/210 chủng (3,4%) được xếp<br /> là 60,7%, 52,5% và 24,5%. vào loại DAEC do mang gen daaD và 1 chủng<br /> Khảo sát một số gen độc lực đường ruột được xếp vào loại EAEC do mang gen eagg.<br /> 210 chủng vi khuẩn E. coli sinh ESBL được<br /> kiểm tra sự hiện diện của 10 gen độc lực đặc<br /> Bảng 2: Kết quả kiểm tra gen độc lực của 210 chủng E. coli sinh ESBL<br /> Gen độc lực Thực phẩm Người khỏe mạnh Bệnh nhân tiêu chảy Tần suất (n) Tỷ lệ<br /> ND 70 30 46 146 69,5%<br /> astA 43 2 11 56 26,7%<br /> Eagg 0 0 1 1 0,5%<br /> Dad 0 4 1 5 2,4%<br /> astA, daaD 0 0 2 2 1,0%<br /> Tổng cộng 113 36 61 210<br /> ND: Không phát hiện<br /> 500bp<br /> Phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli các nền mẫu có sự khác nhau. Đối với nền mẫu<br /> sinh ESBL thực phẩm, nhóm phát sinh loài A và B1 chiếm<br /> Tỷ lệ các nhóm phát sinh loài khác nhau của ưu thế với tỷ lệ lần lượt là 41,6% và 35,4%, sau<br /> 210 chủng E. coli sinh ESBL được thể hiện trong đó là nhóm E (12,4%), không phát hiện nhóm B2.<br /> Bảng 3. Trong khi đó, các chủng E. coli sinh ESBL phân<br /> lập từ bệnh nhân tiêu chảy cũng có nhóm A và<br /> Từ Bảng 3 cho thấy nếu như không xét về<br /> B1 chiếm ưu thế với tỷ lệ lần lượt là 24% và 28%,<br /> nguồn gốc phân lập thì đa số các chủng thuộc<br /> nhóm B2, D, E và F chiếm tỷ lệ tương đương<br /> nhóm A (31,9%) và B1 (30%); tiếp theo là nhóm E<br /> nhau (10 - 13%), không phát hiện nhóm C. Trên<br /> (13,8%), nhóm B2, C, D và F chiếm tỷ lệ thấp<br /> đối tượng người khỏe mạnh, nhóm chiếm ưu thế<br /> hơn, lần lượt là 8,1%, 2,3%, 5,7% và 6,2% và<br /> lại là nhóm B2 (22,2%) và E (19,4%), sau đó là<br /> 1,4%; có 1,4% chủng không xác định được nhóm<br /> nhóm A, B1 (cùng tỷ lệ 16,7%) và nhóm D<br /> phát sinh loài. Tuy nhiên, tỷ lệ các nhóm phát<br /> (13,9%), không phát hiện nhóm C.<br /> sinh loài của chủng E. coli sinh ESBL phân lập từ<br /> Bảng 3: Tần suất và tỷ lệ các nhóm phát sinh loài của chủng E. coli sinh ESBL<br /> TspE4.C2 (152bp)<br /> Nhóm phát sinh loài Thực phẩm Người khỏe mạnh Bệnh nhân tiêu chảy Tổng cộng<br /> A 47 (41,6%) 6 (16,7%) 14 (23,3%) 67 (31,9%)<br /> B1 40 (35,4%) 6 (16,7%) 17 (28,3%) 63 (30,0%)<br /> B2 0 8 (22,2%) 9 (15,0%) 17 (8,1%)<br /> C 5 (4,4%) 0 0 5 (2,3%)<br /> D 1 (0,9%) 5 (13,9%) 6 (10,0%) 12 (5,7%)<br /> <br /> <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 391<br /> Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019<br /> <br /> Nhóm phát sinh loài Thực phẩm Người khỏe mạnh Bệnh nhân tiêu chảy Tổng cộng<br /> E 14 (12,4%) 7 (19,4%) 8 (13,3%) 29 (13,8%)<br /> F 5 (4,4%) 2 (5,6%) 6 (10,0%) 13 (6,2%)<br /> U 1 (0,9%) 2 (5,6%) 0 3 (1,4%)<br /> U: Không xác định<br /> Khả năng đề kháng colistin của các chủng E. công bố của nhiều nhóm nghiên cứu trên các<br /> coli sinh ESBL quốc gia về sự gia tăng và chiếm ưu thế của<br /> nhóm gen ESBL họ CTX-M. Một vài nghiên cứu<br /> tại châu Âu cho thấy kiểu gen ESBL nổi bật<br /> thuộc nhóm CTX-M-1 như ở Anh(9). Ở Việt Nam,<br /> các nghiên cứu tiến hành trên chủng E. coli sinh<br /> ESBL đều cho thấy phần lớn kiểu gen kháng<br /> thuộc nhóm CTX-M với cả 2 nhóm CTX-M-1 và<br /> CTX-M-9, tuy nhiên một số nghiên cứu cho thấy<br /> tỷ lệ của kiểu gen nhóm CTX-M-1 chiếm tỷ lệ<br /> cao nhất(8) - tương tự với kết quả trong nghiên<br /> cứu của chúng tôi. Ngoài ra, chúng tôi cũng<br /> nhận thấy giữa 3 nền mẫu phân lập chủng trong<br /> nghiên cứu này dường như không có khác biệt<br /> về tỷ lệ gen chiếm ưu thế.<br /> Hình 1: Tỷ lệ phân bố chủng E. coli sinh ESBL phân<br /> Tiêu chảy cấp tính là nguyên nhân thứ hai<br /> lập từ 3 nền mẫu theo giá trị MIC của colistin<br /> gây tử vong ở trẻ em dưới 5 tuổi – đặc biệt ở các<br /> Hình 1 mô tả sự phân bố tỷ lệ các chủng E.<br /> nước đang phát triển. Theo WHO, cùng với<br /> coli sinh ESBL từ 3 nguồn phân lập theo giá trị<br /> Rotavirus, E. coli là nguyên nhân quan trọng<br /> MIC của colistin. Các chủng này có MIC phân bố<br /> hàng đầu gây ra tiêu chảy. Vi khuẩn E. coli vốn<br /> từ 0,25 đến 16 g/ mL. Tỷ lệ phát hiện các chủng<br /> là một thành viên bình thường của hệ vi sinh<br /> vi khuẩn E. coli sinh ESBL có giá trị MIC colistin<br /> đường ruột của động vật, lưu trú từ vùng dạ dày<br /> vượt hơn giá trị ngưỡng ECV (2 µg/mL) cao nhất<br /> tới ruột già. Tuy nhiên, trong quá trình phát triển<br /> ở nền mẫu thực phẩm (8/113 chủng; 7,1%), tiếp<br /> và biến đổi thích nghi, một số chủng E. coli đã<br /> theo là bệnh nhân tiêu chảy (3/61 chủng; 4,9%)<br /> thu nhận DNA của bacteriophage hoặc plasmid<br /> và không phát hiện trên nền mẫu người khỏe<br /> mã hóa các yếu tố độc lực đường ruột và trở<br /> mạnh. 11 chủng vi khuẩn E. coli sinh ESBL có giá<br /> thành chủng gây bệnh DEC. Các vi khuẩn này<br /> trị MIC lớn hơn 2 g/ mL đều được phát hiện<br /> có thể lưu hành và lây lan trong hệ thống phân<br /> mang gen kháng colistin mcr-1.<br /> phối thực phẩm, bệnh nhân cũng như người<br /> BÀN LUẬN khỏe mạnh. Để kiểm tra khả năng các vi khuẩn<br /> 210 chủng E. coli có kiểu hình ESBL đã được E. coli sinh ESBL, chúng tôi sử dụng các phản<br /> phân lập từ thực phẩm (n=113), người khỏe ứng multiplex-PCR và PCR có khả năng phát<br /> mạnh (n=36) và bệnh nhân tiêu chảy (n=61) tại hiện các gen mã hóa yếu tố gây bệnh đặc trưng<br /> thành phố Hồ Chí Minh trong năm 2016 – 2018 cho DEC. Kết quả nghiên cứu này cho thấy tỷ lệ<br /> được kiểm tra kiểu gen ESBL. Kiểu gen ESBL phát hiện yếu tố gây bệnh khác như eagg và daaD<br /> được chia thành 3 loại chính: SHV, TEM và CTX- đặc trưng cho DAEC và EAEC khá thấp. Trong<br /> M, trong đó CTX-M chia thành 5 nhóm: CTX-1, - khi, DAEC vẫn chưa thể hiện mối liên hệ với<br /> 2, -8, -9 và -25. Bảng 1 thể hiện tần suất và tỷ lệ tình trạng tiêu chảy do vi khuẩn E. coli của bệnh<br /> các chủng E.coli có kiểu gen ESBL khác nhau. nhân nhập viện và DAEC trên cả người khỏe<br /> Kết quả nghiên cứu này tương đồng với các mạnh và bệnh nhân tiêu chảy thì EAEC lại được<br /> <br /> <br /> 392 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng<br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học<br /> <br /> biết đến nhiều nhất là nguyên nhân gây bệnh ta còn xác định thêm các nhóm khác: E (trong đó<br /> tiêu chảy cấp tính ở các nước đang phát triển có E. coli O157: H7), C và F. Sự phân bố của<br /> cũng như ở khách du lịch và người bị suy giảm nhiều gen độc lực cũng được chứng tỏ có sự<br /> miễn dịch. EAEC từng gây ra nhiều vụ dịch trên khác nhau giữa các nhóm phát sinh loài khác<br /> toàn thế giới. Việc phát hiện chủng E. coli thuộc nhau. Bảng 3 mô tả kết quả phân nhóm phát sinh<br /> nhóm EAEC từ bệnh nhân tiêu chảy đồng thời loài của 210 chủng E. coli sinh ESBL từ 3 nguồn<br /> có khả năng sinh ESBL để phá hủy kháng sinh mẫu phân lập khác nhau. Chúng tôi nhận thấy<br /> điều trị cho thấy mức độ nguy hiểm của chủng sự gia tăng tỷ lệ cao phân nhóm phát sinh loài B2<br /> vi khuẩn này, theo đó, bệnh nhân cần phải điều và D trong nền mẫu người khỏe mạnh và bệnh<br /> trị với kháng sinh mạnh hơn. Trong khi đó, vai nhân tiêu chảy so với nền mẫu thực phẩm. Kết<br /> trò của gen astA – được phát hiện với tỷ lệ khá quả này có sự tương đồng với các nghiên cứu<br /> cao (27,7%) chưa thực sự rõ ràng. astA là gen duy trước đây. Một số nghiên cứu cho thấy chủng vi<br /> nhất được phát hiện trong các chủng phân lập từ khuẩn E. coli phân lập từ người chủ yếu thuộc<br /> mẫu thực phẩm (38%). Đối với chủng E. coli sinh nhóm A, sau đó là nhóm B1, nhóm B2 và D cũng<br /> ESBL phân lập từ bệnh nhân tiêu chảy thì astA chiếm tỷ lệ tương đối cao, trong khi những<br /> cũng là gen phổ biến (18%). Trên thực tế, đã có chủng E. coli phân lập từ thực phẩm chủ yếu<br /> những báo cáo về các vụ bùng phát bệnh dạ dày thuộc nhóm A và B1, nhóm B2 và D được phát<br /> – ruột liên quan tới các chủng E. coli có mang gen hiện với tỷ lệ thấp(8). Các chủng E. coli thuộc<br /> astA. Vì thế, từ kết quả của nghiên cứu này, nhóm B2 và D mang các gen độc lực ngoài<br /> chúng tôi đề xuất nên có những nghiên cứu sâu đường ruột, cho thấy người khỏe mạnh và bệnh<br /> hơn để chứng tỏ chức năng của astA trong quá nhân tiêu chảy được xem là vật chủ mang các vi<br /> trình gây bệnh của vi khuẩn E. coli. Ngoài ra, kết khuẩn có khả năng chứa độc lực.<br /> quả trong nghiên cứu này của chúng tôi cho thấy Colistin được xem là giải pháp cuối cùng<br /> số lượng các gen độc lực đường ruột của các điều trị các vi khuẩn siêu đa kháng. Khả năng<br /> chủng E. coli sinh ESBL được phát hiện là thấp. kháng colistin của vi khuẩn do đột biến trên gen<br /> Kết quả này tương đối phù hợp với các nghiên nằm trên nhiễm sắc thể đã được phát hiện từ<br /> cứu khác đã được công bố trên thế giới. sớm, tuy nhiên đến năm 2015, các nhà khoa học<br /> Khi đánh giá tổng thể về sự thay đổi của đã phát hiện gen kháng colistin nằm trên<br /> quần thể vi sinh vật, phân tích phân nhóm phát plasmid có khả năng lây truyền cao – gọi là gen<br /> sinh loài của các chủng vi khuẩn rất hữu ích, đặc mcr. Trong những năm gần đây, các vi khuẩn có<br /> biệt phân tích này có ý nghĩa quan trọng trong khả năng kháng colistin do mang gen kháng mcr<br /> nghiên cứu về dịch tễ học. Xác định phân nhóm được phát hiện trên nhiều nền mẫu khác nhau<br /> phát sinh loài bên cạnh việc phát hiện gen độc và được báo cáo trên nhiều quốc gia khắp thế<br /> lực có thể là công cụ hữu ích giúp đánh giá, dự giới. Kể từ sau khi phát hiện gen mcr-1, các gen<br /> đoán nguy cơ tiềm ẩn của vi khuẩn E. coli được kháng colistin mcr-2, -3, -4, -5 cũng đã được báo<br /> tìm thấy đối với sức khỏe con người. Sự phân bố cáo, trong đó phần lớn các báo cáo ghi nhận phát<br /> của nhiều gen độc lực cũng được chứng tỏ có sự hiện các gen mcr-1 với tỷ lệ cao nhất. 210 chủng<br /> khác nhau giữa các nhóm phát sinh loài khác E. coli sinh ESBL đã được xác định nồng độ ức<br /> nhau. Trước đây, các chủng E. coli được phân chế tối thiểu (MIC) của colistin và sự hiện diện<br /> thành 4 nhóm phát sinh loài chính: A, B1, B2, và gen mcr-1. Kết quả này cho thấy các chủng vi<br /> D. Các chủng vi khuẩn gây bệnh ngoài đường khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ thực phẩm<br /> ruột chủ yếu thuộc nhóm B2 và D; trong khi các có tỷ lệ mang gen kháng colistin mcr-1 cao hơn ở<br /> chủng thường trú đường ruột thường thuộc người khỏe mạnh và bệnh nhân tiêu chảy. Các<br /> nhóm A và B1. Sau đó, ngoài 4 nhóm này, người chủng vi khuẩn mang gen mcr-1 này được phân<br /> <br /> <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 393<br /> Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019<br /> <br /> lập từ các mẫu thịt tươi sống, được lấy từ trong cao. Tỷ lệ chủng E. coli sinh ESBL mang gen<br /> hệ thống phân phối: siêu thị, chợ đầu mối và chợ độc lực đường ruột khá thấp: 3,4% chủng<br /> bán lẻ. Tỷ lệ chủng vi khuẩn E. coli sinh ESBL DAEC, 0,5% chủng EAEC - được phân lập từ<br /> mang gen mcr-1 phân lập từ thực phẩm (7,1%) người khỏe mạnh và bệnh nhân tiêu chảy. astA<br /> phát hiện được trong nghiên cứu này thấp hơn là gen duy nhất được phát hiện trên các chủng<br /> so với công bố của một số nhóm tác giả khác ở vi khuẩn E. coli sinh ESBL từ thực phẩm – tuy<br /> Trung Quốc(6). Trong nghiên cứu này, chúng tôi nhiên, đây là gen chưa xác định rõ chức năng<br /> cũng đã phát hiện 3 chủng vi khuẩn mang gen trong quá trình gây bệnhđộc lực đường ruột<br /> kháng mcr-1 từ 61 chủng E. coli sinh ESBL phân với tỷ lệ thấp. Tuy được phát hiện với tỷ lệ<br /> lập từ bệnh nhân tiêu chảy tại thành phố Hồ Chí thấp nhưng một số chủng E. coli sinh ESBL<br /> Minh, chiếm tỷ lệ 4,9%. Tại Hà Nội, Tada và cũng đồng thời mang gen mcr-1 quy định khả<br /> cộng sự cũng đã báo cáo phát hiện 2 chủng E. năng đề kháng colistin. Đây thực sự là một<br /> coli mang gen kháng mcr-1 từ bệnh nhân nhập điều đáng báo động với sức khỏe cộng đồng.<br /> viện(12). TÀI LIỆU THAM KHẢO<br /> Colistin rất hạn chế sử dụng trong điều trị 1. Cavaco L, Mordhorst H, Hendriksen R (2016). Laboratory<br /> bệnh cho con người; tuy nhiên, loại kháng sinh protocol: PCR for plasmid-mediated colistin resistance genes,.<br /> này này đã và đang được sử dụng trên quy mô DTU Food Natl food Inst 2(October 2016):1–15.<br /> công nghiệp bởi rất nhiều nông dân không chỉ ở 2. Clermont O, Christenson JK, Denamur E, Gordon DM (2013).<br /> <br /> Việt Nam mà trên khắp thế giới, gây ra rủi ro The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited:<br /> Improvement of specificity and detection of new phylo-groups.<br /> cho sức khỏe con người. Colistin đang bị lạm<br /> Environ Microbiol Rep 5(1):58–65.<br /> dụng trong chăn nuôi, trên heo, gà và các động<br /> 3. CLSI (2017). M100- Performance Standards for Antimicrobial<br /> vật nuôi khác để làm cho chúng tăng cân nhanh Susceptibility Testing, 27th edition. Clin Lab Stand Inst, pp.18.<br /> hơn và bảo vệ chống lại bệnh tật. Một số nghiên 4. Delannoy S, et al (2017). Characterization of Colistin-Resistant<br /> cứu đã phát hiện vi khuẩn mang gen mcr-1 từ Escherichia coli Isolated from Diseased Pigs in France. Front<br /> nhiều năm trước đây chứng tỏ trong quần thể vi Microbiol, 8:1–12.<br /> khuẩn đã sớm hình thành và lan truyền khả 5. Hinenoya A, et al (2014). Molecular characterization of<br /> cytolethal distending toxin gene-positive Escherichia coli from<br /> năng đề kháng với colistin, như tại Pháp(4). Sự<br /> healthy cattle and swine in Nara, Japan. BMC Microbiol,<br /> lây truyền của vi khuẩn từ vật nuôi, thực phẩm<br /> 14(97):1–13.<br /> qua môi trường và con người làm lan rộng tính 6. Huang X, et al (2017). High Prevalence of Colistin Resistance<br /> kháng colistin qua nhiều quần thể vi khuẩn and mcr-1 Gene in Escherichia coli Isolated from Food Animals in<br /> khác, kể cả các loài vi khuẩn khác. Nếu không có China. Front Microbiol, 8:1–5.<br /> biện pháp can thiệp, loài người có thể sẽ mất đi 7. Kaper JB (2005). Pathogenic Escherichia coli. Int J Med Microbiol<br /> hàng phòng thủ cuối cùng này. Đây là hiểm họa 295(6–7):355–356.<br /> 8. Le Quoc Phong, et al (2015). Characteristics of Extended-<br /> toàn cầu gây ra nguy hiểm cho sức khỏe cộng<br /> Spectrum beta-Lactamase-Producing Escherichia coli in Retail<br /> đồng. Năm 2017, Tổ chức Y tế Thế giới (WHO)<br /> Meats and Shrimp at a Local Market in Vietnam. Foodborne<br /> khuyến cáo các quốc gia cần ngừng sử dụng các Pathog Dis, 12(8):719–725.<br /> kháng sinh quan trọng trên động vật nuôi khỏe 9. Munday CJ, Whitehead GM, Todd NJ, Campbell M, Hawkey<br /> mạnh(13). Trong bối cảnh này, các nhà quản lý PM (2004). Predominance and genetic diversity of community-<br /> Việt Nam cũng cần tiến hành các biện pháp can and hospital-acquired CTX-M extended-spectrum β-lactamases<br /> thiệp để ngăn chặn mối nguy này. in York, UK. J Antimicrob Chemother, 54(3):628–633.<br /> 10. Omar KB, Barnard TG (2014). Detection of diarrhoeagenic<br /> KẾT LUẬN Escherichia coli in clinical and environmental water sources in<br /> Vi khuẩn E. coli sinh ESBL có kiểu gen South Africa using single-step 11-gene m-PCR. World J Microbiol<br /> kháng ESBL chiếm ưu thế thuộc loại CTX-M, Biotechnol, 30(10):2663–2671.<br /> 11. Salmani H, Azarnezhad A, Fayazi MR, Hosseini A (2016).<br /> với tỷ lệ ở dạng kết hợp với các gen khác khá<br /> <br /> <br /> 394 Chuyên Đề Y Tế Công Cộng<br /> Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 5 * 2019 Nghiên cứu Y học<br /> <br /> Pathotypic and Phylogenetic Study of Diarrheagenic Escherichia 13. WHO (2017). WHO guidelines on use of medically important<br /> coli and Uropathogenic E. coli Using Multiplex Polymerase antimicrobials in food-producing animals. World Heal Organ,<br /> Chain Reaction. Jundishapur J Microbiol, 9(2):1–7. pp.13–22.<br /> 12. Tada T, et al (2017). Emergence of colistin-resistant Escherichia<br /> coli clinical isolates harboring mcr-1 in Vietnam. Int J Infect Dis, Ngày nhận bài báo: 15/08/2019<br /> doi:10.1016/j.ijid.2017.07.003. Ngày phản biện nhận xét bài báo: 31/08/2019<br /> Ngày bài báo được đăng: 15/10/2019<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Chuyên Đề Y Tế Công Cộng 395<br />