Tóm tắt Luận án tiến sĩ Nông nghiệp: Đặc điểm ngoại hình, đa hình gen và ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn lọc cải thiện năng suất sinh sản của gà Nòi

Chia sẻ: Co Ti Thanh | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:27

Thêm vào BST

Báo xấu

61
lượt xem 4
download

Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Mục tiêu của luận án là xác định đặc điểm ngoại hình và đánh giá đa dạng di truyền giữa các nhóm gà Nòi tại ĐBSCL. Xác định sự ảnh hưởng của một số gen ứng viên liên quan đến năng suất sinh sản ở gà Nòi. Chọn tạo để cải thiện năng suất sinh sản gà Nòi.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Tóm tắt Luận án tiến sĩ Nông nghiệp: Đặc điểm ngoại hình, đa hình gen và ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn lọc cải thiện năng suất sinh sản của gà Nòi

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: Chăn nuôi Mã ngành: 62.62.01.05 CHÂU THANH VŨ ĐẶC ĐIỂM NGOẠI HÌNH, ĐA HÌNH GEN VÀ ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN LỌC CẢI THIỆN NĂNG SUẤT SINH SẢN CỦA GÀ NÒI Cần Thơ- 2018
CÔNG TRÌNH ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS. NGUYỄN TRỌNG NGỮ TS. NGUYỄN THỊ HỒNG NHÂN Luận án được bảo vệ trước hội đồng chấm luận án tiến sĩ cấp trường Họp tại: phòng khu II, Trường Đại học Cần Thơ Vào lúc giờ ngày tháng năm Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Xác nhận đã xem lại của Chủ tịch Hội đồng Có thể tìm hiểu luận án tại thư viện: 1. Trung tâm Học liệu, Trường Đại học Cần Thơ. 2. Thư viện Quốc gia Việt Nam.
DANH MỤC LIỆT KÊ CÁC BÀI BÁO ĐÃ CÔNG BỐ Các bài báo đăng trên tạp chí: 1. Chau Thanh Vu and Nguyen Trong Ngu, 2016. Single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with egg production traits in native Noi chicken of Vietnam. International Journal of Plant, Animal and Environmental Sciences, Volume-6, Issue-1, 162-169. 2. Châu Thanh Vũ, Nguyễn Thị Hồng Nhân và Nguyễn Trọng Ngữ, 2017. Đa hình GH/MSPI liên kết với các tính trạng sản xuất trứng của gà Nòi. Tạp chí KHKT Chăn nuôi số 220.
Chương I. GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của luận án Trong chăn nuôi gia cầm, năng suất sinh sản là một chỉ tiêu kinh tế quan trọng và bị chi phối bởi các yếu tố môi trường, thành phần dinh dưỡng trong thức ăn (Liu et al., 2004; Lewis and Gous, 2006) và nội tiết (Kim et al., 2004. Nhiều nghiên cứu cho thấy các yếu nội tiết liên quan đến năng suất sinh sản đươ ̣c điều khiển bởi nhiều gen khác nhau (Emsley, 1997; Luo et al., 2007): gen Prolactin (Cui et al., 2006), Vasoactive Intestinal Poly-peptide (Li et al. 2009; Caldwellet al., 1999; Zhou et al., 2010), Gen Bone Morphogenntic Poteins (Zhang et al., 2008), Neuropeptide Y (Fatemi et al., 2012), Melatonin Receptor (Li et al., 2013). Việc đánh giá sự tác động của đa hình trên các gen này đến năng suất sinh sản gà có thể đẩy nhanh tốc độ và nâng cao sự đồng đều của quá trình chọn giống nhằm nâng cao năng suất sinh sản của chúng. Thêm vào đó, ở gà Nòi rất ít các nghiên cứu về di truyền ở mức độ phân tử và hầu như chưa có một công bố nào về tính đa dạng di truyền cũng như vai trò của một số gen ứng viên liên quan đến tiềm năng sinh sản của dòng gà địa phương này. Vì vậy việc nghiên cứu đa hình di truyền và sử dụng chỉ thị phân tử trong chọn lọc để nâng cao các tính trạng năng suất sinh sản là cần thiết. Chính vì những lý do trên đề tài “Đặc điểm ngoại hình, đa hình gen và ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn lọc cải thiện năng suất sinh sản của gà Nòi” được thực hiện. 1.2 Mục tiêu của luận án -Xác định đặc điểm ngoại hình và đánh giá đa dạng di truyền giữa các nhóm gà Nòi tại ĐBSCL - Xác định sự ảnh hưởng của một số gen ứng viên liên quan đến năng suất sinh sản ở gà Nòi. - Chọn tạo để cải thiện năng suất sinh sản gà Nòi. 1.3 Những đóng góp mới của luận án (i) Đề tài đã xác định được một số đặc điểm ngoại hình của các nhóm gà Nòi được nuôi tại 6 tỉnh Cần Thơ, Sóc Trăng, Kiên Giang, Bến Tre, Trà Vinh, Đồng Tháp thuộc Đồng bằng sông Cửu Long. Bên cạnh đó, đề tài cũng đã xác định được tính đa dạng di truyền giữa các nhóm
gà Nòi tại ĐBSCL góp phần trong việc nhận biết mối quan hệ về mặt di truyền của các nhóm gà khảo sát. (ii) Sử dụng phương pháp phân tử để xác định các đột biến trên các gen ứng viên và ảnh hưởng của chúng đến khả năng sinh sản gà Nòi. Qua đó đã tìm được mối liên quan giữa một số đa hình gen đến năng suất sinh sản của gà Nòi. (iii) Dựa vào mối liên kết của các đốt biến với các tính trạng kiểu hình chọn lọc được các cá thể gà Nòi mang kiểu gen cho năng suất sinh sản cao. 1.4 Ý nghĩa thực tiễn và khả năng ứng dụng của luận án Xác định được tính đa dạng di truyền và chọn lọc được các nhóm gà Nòi có khả năng sinh sản cao bằng chỉ thị phân tử nhằm phục vụ cho ngành chăn nuôi gà tại ĐBSCL. Chương 3. PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đề tài được thực hiện trên 3 nội dung: 3.1 Nội dung 1: Điều tra đặc điểm ngoại hình và phân tích đa dạng di truyền giữa các nhóm gà Nòi tại ĐBSCL 3.1.1 Ghi nhận đặc điểm ngoại hình gà Nòi * Địa điểm điều tra: Đồng Tháp; Bến Tre; Trà Vinh; Kiên Giang; Sóc Trăng, Cần Thơ * Phương pháp chọn hộ điều tra: Cho ̣n ngẫu nhiên 20 hô ̣/tin̉ h với 2 tiêu chí kinh nghiê ̣m chăn nuôi hơn 5 năm và qui mô chăn nuôi từ 100 con/hộ * Chọn gà: xác định đặc điểm ngoại hình của 60 cá thể gà Nòi/tỉnh (3 cá thể/hộ) từ 1 đến 2 năm tuổi * Chỉ tiêu ghi nhận: đặc điểm ngoại hình được xác định theo Bùi Hữu Đoàn và ctv. (2011). 3.1.2 Đánh giá đa dạng di truyền giữa các nhóm gà Chọn ngẫu nhiên 60 cá thể gà Nòi (10 cá thể/tỉnh * 6 tỉnh) để xác định đa dạng di truyền bằng cách sử dụng 10 primer microsatellite. *Tách chiết ADN từ lông: mẫu lông được tách chiết bằng proteinase K, sử dụng nồng độ muối cao để loại bỏ protein. 2
*Phương pháp PCR: Trình tự các primer microsallite trong nghiên cứu sử dụng theo khuyế n cáo của ISAG/FAO dùng cho phân tić h đa da ̣ng di truyề n trên gà (Bảng 3.1). Bảng 3.1: Thông tin của các chỉ thị microsatellite được sử dụng theo khuyến cáo của ISAG/FAO Tm Vùng Tên NST Trình tự mồi(5’->3’) (°c)* alen(bp) ADL 0268 1 F: CTCCACCCCTCTCAGAACTA 60 102-116 R: CAACTTCCCATCTACCTACT MCW0081 5 F: GTTGCTGAGAGCCTGGTGCAG 60 112-135 R: CCTGTATGTGGAATTACTTCTC MCW0183 7 F: ATCCCAGTGTCGAGTATCCGA 58 296-326 R: TGAGATTTACTGGAGCCTGCC MCW0067 10 F: GCACTACTGTGTGCTGCAGTTT 60 176-186 R: GAGATGTAGTTGCCACATTCCGAC MCW0330 17 F: TGGACCTCATCAGTCTGACAG 60 256-300 R: AATGTTCTCATAGAGTTCCTGC MCW0069 23 F: GCACTCGAGAAAACTTCCTGCG 60 158-176 R: ATTGCTTCAGCAAGCATGGGAGGA MCW0034 2 F: TGCACGCACTTACATACTTAGAGA 60 212-246 R: TGTCCTTCCAATTACATTCATGGG MCW0016 3 F: ATGGCGCAGAAGGCAAAGCGATAT 60 162-206 R: TGGCTTCTGAAGCAGTTGCTATGG ADL 112 10 F: GGCTTAAGCTGACCCATTAT 58 120-134 R: ATCTCAAATGTAATGCGTGC MCW 216 13 F: GGGTTTTACAGGATGGGACG 58 139-149 R: AGTTTCACTCCCAGGGCTCG F: mồi xuôi; R: Mồi ngược; *: Nhiệt độ bắt cặp Thành phần cho một phản ứng PCR bao gồm: 1X PCR buffer, 2,5 mM MgCl2, 0,25 mM dNTP, 0,25 pmol mỗi mồi, 0,5 U Taq ADN polymerase, 100 ng ADN mẫu và thêm nước vừa đủ 10 µl. Chu trình nhiệt cho một phản ứng PCR: biến tính ban đầu ở 95oC trong 3 phút, 35 chu kỳ bao gồm 95oC cho 45 giây, nhiệt độ tối ưu cho từng primer trong 45 giây, kéo dài ở 72oC trong 45 giây và kéo dài cuối cùng ở 72oC trong 10 phút. Điên di trên gel polyacrylamide: Sản phẩm PCR được điện di trên gel polyacrylamide 10%, kết quả được đọc dựa vào kích thước các đoạn ADN trên gel. 3
3.2 Nội dung 2: Xác định đa hình gen ứng viên và đánh giá năng suất sinh sản ở gà Nòi thế hệ xuất phát 3.2.1 Đánh giá năng suất sinh sản của gà Nòi *Gà thí nghiệm: 2.000 gà Nòi 1 ngày tuổi (thu thập từ 4 cơ sở ấp trứng gà Nòi, mỗi điểm 500 con) được nuôi dưỡng ở cùng một chế độ chăm sóc. Giai đoạn 1-15 tuần tuổi: nuôi nhốt tập trung, mật độ 8 con/m2. Chọn lọc 240 gà Nòi (200 mái và 40 trống) dựa vào đặc điểm kiểu hình về tiêu chuẩn giống lúc 16 tuần tuổi. Giai đoạn 16-21 tuần tuổi: gà được nuôi nhốt tập trung với mật độ 4 con/m2. Giai đoạn 22-75 tuần tuổi: Gà thí nghiệm được nuôi trên chuồng lồng dành cho gà mái đẻ công nghiệp. Ghi nhận các chỉ tiêu năng suất sinh sản trong 12 tháng đẻ. Các chỉ tiêu được tính theo Bùi Hữu Đoàn và ctv. (2011) 3.2.2 Xác định đa hình gen ứng viên Gà trong nghiên cứu (200 gà mái và 40 gà trống) được thu mẫu, ly trích và kiểm tra chất lượng ADN tương tự như nội dung 1. Bảng 3.2. Trình tự mồi của các gen nghiên cứu Kích Trình tự mồi Gen thước Enzyme TK (5’ – 3’) (bp) PRL F:AGAGGCAGCCCAGGCATTTTAC 439 AluI Cui et al., 2006 R:CCTGGGTCTGGTTTGGAA ATTG F:AGAGGCAGCCCAGGCATTTTAC 439 Csp6I R:CCTGGGTCTGGTTTGGAA ATTG VIP F: GCTTGGACTGATGCGTACTT 520 ApoI Xu et al., 2011b R: GTATCACTGCAAATGCTCTGC BMPR- F: CCATAGCAAAACAGATTCAG 581 Hind III Zhang et al. 2008 IB R: TCAGGA CAGTTTGGTAGATT MTRN1C F: GGTGTATCCGTATCCTCTAA 373 MboI Liet al., 2013 R: GACAGTGGGACAATGAAGT GH F: CTAAAGGACCTGGAAGAAGGG 1164 SacI Makhsous et al., R: AACTTGTCGTAGGTGGGTCTG 2013 F: CTAAAGGACCTGGAAGAAGGG 1164 MspI Makhsous et al., R: AACTTGTCGTAGGTGGGTCTG 2013 NPY F: TCTCAGAGCTCCAACGTATGA 240 DraI Xu et al., 2011b R:ATATTTCTGTGCCTGAACAACA F: mồi xuôi; R: mồi ngược; TK: tài liệu tham khảo 4
Gà thí nghiệm được phân tích kiểu gen bằng phương pháp PCR- RFLP. Phương pháp PCR thực hiện tương tự như nội dung 1 nhưng khác ở trình tự các primer (Bảng 3.2) và chu trình nhiệt (Bảng 3.3). Sản phẩm PCR được ủ với enzyme chuyên biệt cho từng cặp mổi. Sau đó, sản phẩm được kiểm tra trên gel agarose 2%. Bảng 3.3: Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR tối ưu cho từng đa hình Giai Đa hình Chu đoạn PRL VIP và MTRN1C GH NPY kỳ BMPR-IB 1 94oC –5’ 94oC – 4’ 94oC –5’ 94oC –5’ 94oC – 4’ 1 94oC – 30’’ 94oC – 60’’ 94oC – 30’’ 94oC – 30’’ 94oC – 45’’ 2 58oC – 60’’ 57oC – 45’’ 57oC – 45’’ 58oC – 30’’ 56oC – 45’’ 35 72oC – 30’’ 72oC – 60’’ 72oC – 50’’ 72oC – 2’ 72oC – 45’’ 3 72oC – 5’ 72oC – 10’ 72oC – 5’ 72oC – 10’ 72oC – 5’ 1 3.3 Nội dung 3: Chọn tạo để cải thiện năng suất sinh sản và đánh giá năng suất sinh sản của gà Nòi ở thế hệ 1 Chọn tạo gà Nòi mang các kiểu gen cho năng suất trứng cao Quần thể gà Nòi trong nghiên cứu (nội dung 2) được chọn lọc định hướng nhằm nâng cao năng suất trứng và số lượng gà con sinh ra/gà mái. Dựa vào kết quả từ nội dung 2 chọn những cá thể gà trống và mái Nòi ở thế hệ xuất phát để chọn tạo thu thế hệ 1. - Đối với gà mái: Sau khi kết thúc nội dung 2 tiến hành chọn 24 gà mái với tỷ lệ chọn lọc là 12% (chọn 24 con mái/200 con mái), các gà mái được chọn phải thỏa 2 điều kiện sau: 1. Mang kiểu gen cho năng suất trứng và số lượng gà con sinh ra cao (gà mang kiểu gen đồng hợp DD ở đa hình NPY/DraI ). 2. Từ 67 gà mái mang kiểu gen DD ở đa hình NPY/DraI chọn 24 gà mái cho năng suất trứng cao nhất. - Đối với gà trống: chọn 3 gà trống mang kiểu gen giống với gà mái được chọn để tạo ra dòng gà mái có kiểu gen thuần. Sơ đồ bố trí thí nghiệm: Ghép các cá thể gà được chọn thành 3 gia đình (1 trống và 8 mái/gia đình, Bảng 3.4). Mỗi gia đình tạo 22 gà mái và theo dõi năng suất sinh sản đến tháng đẻ thứ 6. 5
Bảng 3.4. Sơ đồ bố trí thí nghiệm Gà trống Tổng Chỉ tiêu A B C 3 Số gà mái/gà trống 8 8 8 24 Số gà con/gà trống 22 22 22 66 Theo dõi các chỉ tiêu sinh sản của gà Nòi ở thế hệ 1: chế độ nuôi dưỡng, các chỉ tiêu theo dõi năng suất sinh sản gà mái ở các gia đình tương tự như nội dung 2. 3.3 Xử lý số liệu Sử dụng phần mềm Minitab 16 để phân tích mối liên kết giữa kiểu gen và các chỉ tiêu ghi nhận được theo mô hình thống kê: Yij = µ + Ai+ij Trong đó: Yij: Tính trạng quan sát, µ là trung bình chung, Ai là tác động của kiểu gen, , ij là sai số ngẫu nhiên. Số liệu được xử lý sơ bộ bằng phần mềm Microsoft Excel; phân tích đa dạng di truyền bằng phần mềm Biodiversity Pro; tần số alen, tần số kiểu gen, kiểu gen dị hợp tử mong đợi (He), kiểu gen dị hợp tử quan sát (Ho), đánh giá mức khác biệt bên trong và giữa các quần thể, các giá trị thống kê F (FIS, FST); test cân bằng Hardy–Weinberg (HWE) được xác định bằng phần mềm Genpop V4.2 và phần mềm Fstat V2.9.3. Chương IV. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Đặc điểm ngoại hình và phân tích đa dạng di truyền giữa các nhóm gà Nòi tại ĐBSCL 4.1.1 Đặc điểm ngoại hình Nghiên cứu hiện tại tiến hành điều tra khảo sát đặc điểm ngoại hình của 815 cá thể gà (268 gà trống và 547 gà mái) tại các tỉnh ở ĐBSCL. Kết quả được ghi nhận được trình bày trong Bảng 4.1 và Hình 4.1. Đặc điểm ngoại hình của gà Nòi rất phong phú và đa dạng, tuy nhiên sự phân bố các tính trạng là không đồng đều do sự chi phối của quá trình lai tạo và chọn lọc nhân tạo. Có thể thấy các đặc điểm như màu lông và kiểu mào chịu sự chi phối rõ rệt của giới tính, điều này có ý nghĩa quan trọng đối với việc lai tạo các nhóm gà Nòi nhằm vào các mục đích khác nhau. 6
Hình 4.1. Một số kiểu hình đặc trưng về màu sắc lông, màu mắt, màu mỏ, màu da chân và kiểu mào của gà Nòi 7
Bảng 4.1: Phân bố đặc điểm ngoại hình của gà Nòi Chỉ tiêu Gà trống Gà mái Tổng cộng (n=268) (n=547) (n=815) Số Tỷ lệ Số Tỷ lệ Số Tỷ lệ lượng (%) lượng (%) lượng (%) Màu lông Đen đỏ (gà điều) 113 42,2 12 2,2 125 15,3 Đen (gà ô) 25 9,3 70 12,8 95 11,7 Đen trắng 17 6,3 10 1,8 27 3,3 Nâu 13 4,9 304 55,6 317 38,9 Trắng (gà nhạn) 27 10,1 18 3,3 45 5,5 Vàng 38 14,2 59 10,8 97 11,9 Xám tro 20 7,5 32 5,9 52 6,4 Màu khác 15 5,6 42 7,7 57 7,0 Màu mắt Vàng 82 30,6 306 55,9 388 47,6 Vàng đen 53 19,8 74 13,5 127 15,6 Vàng cam 114 42,5 127 23,2 241 29,6 Nâu đen 15 5,6 26 4,8 41 5,0 Màu khác 4 1,5 14 2,6 18 2,2 Màu mỏ Vàng 40 14,9 154 28,2 194 23,8 Vàng đen 121 45,1 106 19,4 227 27,9 Trắng ngà 31 11,6 146 26,7 177 21,7 Đen 73 27,2 120 21,9 193 23,7 Màu khác 3 1,1 21 3,8 24 2,9 Màu da chân Vàng 114 42,5 255 46,6 369 45,3 Xanh 36 13,4 150 27,4 186 22,8 Chì 34 12,7 59 10,8 93 11,4 Vàng cam 16 6,0 11 2,0 27 3,3 Trắng 53 19,8 55 10,1 108 13,3 Màu khác 15 5,6 17 3,1 32 3,9 Kiểu mào* Trích 69 29,0 132 48,5 201 39,4 Dâu 85 35,7 37 13,6 122 23,9 Lá 74 31,1 26 9,6 100 19,6 Trà 10 4,2 4 1,5 14 2,7 Không mào 0 0,0 73 26,8 73 14,3 * Gà trống n=268; Gà mái n=547; Tổng cộng n=815 4.1.2 Đặc điểm khối lượng và các chiều đo của gà Nòi trưởng thành Từ kết quả ở Bảng 4.2 cho thấy số đo ở các chi như chiều dài cánh, chiều dài đùi, vòng đùi, chiều cao chân, vòng ống chân ở gà Nòi đều cao và ở gà Nòi trống cao hơn so với gà Nòi mái. Đáng lưu ý nhất là chiều dài cánh, dài đùi và vòng đùi ở gà Nòi trống lần lượt là 24,13cm, 8
16,33 cm và 15,53 cm có sự chênh lệch rõ rệt so với ở gà Nòi mái (20,86 cm, 13,66 cm và 11,55 cm). Đây là các bộ phận có giá trị kinh tế cao trong sản phẩm gia cầm, giúp định hướng việc chọn lọc giống gà hướng thịt. Bảng 4.2: Khối lượng và các chiều đo của gà Nòi trưởng thành (Mean ± SE) Chỉ tiêu Gà trống (n=32) Gà mái (n=272) Khối lượng (kg) 2,89 ± 0,30 1,77 ± 0,26 Cao đầu (cm) 4,00 ± 0,26 3,39 ± 0,18 Rộng đầu (cm) 3,70 ± 0,25 3,18 ± 0,20 Dài cổ (cm) 18,73 ± 1,59 16,27 ± 1,57 Vòng cổ (cm) 11,83 ± 0,93 8,65 ± 0,78 Dài thân (cm) 19,85 ± 1,67 17,83 ± 1,88 Dài lườn (cm) 14,11 ± 1,04 11,70 ± 1,12 Vòng ngực (cm) 34,67 ± 1,92 29,85 ± 1,93 Góc ngực (o) 65,41 ± 6,38 62,81 ± 7,03 Sâu ngực (cm) 12,77 ± 1,67 10,33 ± 1,26 Dài cánh (cm) 24,13 ± 1,82 20,86 ± 2,07 Dài đùi (cm) 16,33 ± 0,99 13,66 ± 1,47 Vòng đùi (cm) 15,53 ± 1,42 11,55 ± 1,22 Khoảng cách bụng (cm) 4,37 ± 1,13 5,68 ± 1,40 Khoảng cách xương háng (cm) 2,12 ± 1,17 4,07 ± 1,07 Cao chân (cm) 10,37 ± 0,60 8,20 ± 0,69 Vòng ống chân (cm) 5,30 ± 0,35 4,27 ± 0,31 4.1.3 Đánh giá đa dạng di truyền giữa các nhóm gà bằng chỉ thị microsatellite Kết quả ở Hình 4.2 cho thấy phần lớn các kích thước alen của 10 locus microsatellite được xác định trong nghiên cứu hiện tại trên quần thể gà Nòi nằm trong khoảng công bố của FAO (2011) và tương đồng với nghiên cứu của Tadano et al. (2007) trên 12 giống gà ở Nhật Bản, 9
Lê Thị Thúy (2010) trên một số giống gà bản địa của Việt Nam, Nguyễn Trọng Bình và ctv. (2008) trên gà Hà Giang. Hình 4.2. Khuếch đại ADN gà Nòi bằng 10 cặp mồi (gel agarose 5% và polyacrylamide 10%) 10
4.1.4 Đa hình các locus microsatellite trên quần thể gà Nòi Xét trên từng locus microsatellite cho thấy hầu hết các locus đều thể hiện giá trị He cao hơn giá trị Ho, ngoại trừ hai locus MCW0016 và MCW0034. Kết quả phân tích ở Bảng 4.3 cho thấy tần số dị hợp tử quan sát thể hiện cao nhất ở locus MCW0034 (0,924) và thấp nhất là locus MCW0183 (0,146), trong khi đó ở tần số dị hợp tử mong đợi thể hiện cao nhất ở locus MCW0016 (0,846) và thấp nhất ở locus MCW0067 (0,400). Bảng 4.3 cũng cho thấy các locus MCW0016, ADL0268, MCW0081, MCW0216, ADL0112 và MCW0034 có mức độ dị hợp tử tồn tại trong quần thể cao. Bảng 4.3: Tần số dị hợp tử quan sát (Ho) và mong đợi (He), Fis của các microsatellite trên quần thể gà Nòi Số LocName Ho He Fis Fst P-value alen ADL0268 3 0,773 0,692 -0,117 0,023 0,930 MCW0081 5 0,692 0,755 0,084 0,000 0,122 MCW0183 3 0,146 0,431 0,661 0,036 0,002 MCW0067 2 0,257 0,400 0,357 0,16 0,014 MCW0330 5 0,381 0,421 0,094 0,027 0,310 MCW0069 3 0,499 0,720 0,307 0,039 0,002 MCW0034 3 0,924 0,698 -0,324 0,158 0,986 MCW0016 8 0,876 0,846 -0,035 -0,013 0,760 ADL0112 4 0,751 0,765 0,018 -0,029 0,420 MCW0216 2 0,582 0,651 0,106 0,064 0,158 Trung bình 3,8 0,588 0,643 0,085 0,044 0,006 Bên cạnh đó, hệ số cận huyết của mỗi locus có sự sai khác và dao động từ -0,324 đến 0,661 (Bảng 4.3). Xét trên từng vị trí microsatellite, giá trị Fis cao nhất trong quá trình khảo sát là tại locus MCW0183 với giá trị Fis là 0,661; tại locus MCW0067 giá trị Fis là 0,357; tại locus MCW0069 giá trị Fis là 0,307. Trong khi đó ở các locus còn lại giá trị Fis đều thấp hơn 0,2 (Bảng 4.3). Qua kết quả này cho thấy có sự cảnh báo về mức độ thiếu hụt dị hợp tử ở 3 locus MCW0183, MCW0067 và MCW0069. 11
4.1.5 Khoảng cách di truyền của gà Nòi ở sáu tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long Kết quả phân tích cho thấy, ở nhóm gà Nòi thuộc tỉnh Trà Vinh, Sóc Trăng, Bến Tre và Kiên Giang có khoảng cách di truyền dao động từ 18,42%-27,03%. Trong đó nhóm gà ở tỉnh Bến Tre và Kiên Giang thể hiện khoảng cách di truyền gần nhất 18,42% với giá trị tương đồng khoảng 81,56% và thể hiện tương đồng 81,15% so với nhóm gà ở Trà Vinh và Sóc Trăng. Xét về tổng thể các nhóm gà Nòi ở 6 tỉnh ĐBSCL thể hiện mức độ tương đồng về mặc di truyền cao (80,12%) (Bảng 4.4). Bảng 4.4:Khoảng cách di truyền giữa các nhóm gà Nòi ở ĐBSCL (%) Kiên Sóc Cần Đồng Trà Bến Giang Trăng Thơ Tháp Vinh Tre Kiên Giang * 18,92 27,03 24,32 18,92 18,42 Sóc Trăng * * 20,00 22,22 21,62 21,05 Cần Thơ * * * 15,15 34,21 24,32 Đồng Tháp * * * * 31,58 21,62 Trà Vinh * * * * * 21,05 Bến Tre * * * * * * Hình 4.3. Cây quan hệ di truyền của 6 nhóm gà Nòi dựa trên số liệu phân tích ADN với 10 chỉ thị microsatellte Cây phân loại di truyền của các nhóm gà Nòi thuộc 6 tỉnh ở ĐBSCL được xây dựng dựa trên khoảng cách di truyền bằng phần mềm Biodiversity Pro. Kết quả cho thấy, ở mức độ tương đồng di truyền 80,12%. Các nhóm gà trong nghiên cứu có thể chia làm hai dòng chính: dòng 1 gồm các nhóm gà ở Cần Thơ, Đồng Tháp và dòng 2 gồm các 12
nhóm gà ở Trà Vinh, Sóc Trăng, Bến Tre và Kiên Giang. Khoảng cách di truyền của các nhóm gà dao động từ 15,15% đến 34,21%. 4.2. Đánh giá năng suất sinh sản ở gà Nòi thế hệ xuất phát và xác định đa hình gen ứng viên 4.2.1 Đánh giá năng suất sinh sản của gà Nòi thế hệ xuất phát Kết quả Bảng 4.5 cho thấy tổng số trứng qua 12 tháng đẻ của gà Nòi là 94,5 quả với khối lượng trứng trung bình 45,4 g, tỷ lệ có phôi đạt 83,3%, tỷ lệ nở/trứng có phôi là 85,3% và số gà con sinh ra là 61,1 con. Bảng 4.5: Năng suất sinh sản của gà Nòi qua 12 tháng đẻ Chỉ tiêu X±SE Tổng số trứng (quả) 94,5±2,24 Khối lượng trứng (g) 45,4±0,24 Dài trứng (mm) 5,3±0,02 Rộng trứng (mm) 4,0±0,01 Chỉ số hình dáng (%) 75,9±0,29 Tỷ lệ trứng có phôi (%) 83,3±0,75 Tỷ lệ trứng nở (%)/trứng có phôi 85,3±0,69 Số con sinh ra (con) 61,1±2,19 4.2.2 Tác động của các đa hình ở một số gen tiềm năng lên năng suất sinh sản của gà Nòi Hình 4.4 cho thấy kết quả điện di của các sản phẩm PCR được cắt bằng các enzyme chuyên biệt cho tùng đa hình. Các kiểu gen khác nhau cho kích thước các băng khác nhau trên gel. Kết quả nhận diện các đa hình trong nghiên cứu bằng kỹ thuật PCR PCR-RFLP được trình bày ở Hình 4.4 13
PRL/AluI - C2402T TT: 304 TT TT CC TT TT TC TC TT TT TT TT TT TC TT MK TC: 304/160/144/81/54 CC: 160/144/81/54 304 bp 160/144 bp 81 bp Đa hình PRL/AluI PRL/Csp6I - C2161G CC: 439 MK CG CG GG CG CG GG GG GG GG CG CG CG CG: 439/405/34 GG: 405/34 439 bp 405 bp PRL/Csp6I VIP/ApoI - G51389822T GG: 520 TG: 520/486 MK TG GG TG TT GG TG TG TG TT TT TG TT TT TG TT: 486 520 bp 486 bp VIP/ApoI BMPR-IB/HindIII MK AG GG GG GG AG AG GG GG AG GG AG GG GG GG GG MTRN1C/MboI - 294G>A AA: 372 AG: 372/333 GG: 333 372 bp 333 bp MTRN1C/MboI Hình 4.4. Nhận diện đa hình bằng PCR-RFLP GH/SacI MK: Thang chuẩn 100bp; TT, CT, CC, CG, GG, TG, AA, CA, AG, AB, ABC, BB, DD, ID, II: kiểu gen GH/MspI NPY/DraI 14
4.2.3 Tần số kiểu gen và tần số alen Việc phát hiện tần số alen và kiểu gen đóng một vai trò quan trọng trong việc lựa chọn giống vật nuôi. Dựa trên những tần số và mối liên quan của chúng với các đặc điểm kiểu hình sẽ hỗ trợ tạo ra các cá thể mới với kiểu gen và kiểu hình mong muốn. Các tần số của đa hình gen PRL, VIP, BMPR-IB, MTNR1C, GH, NPY được trình bày ở Bảng 4.6 Bảng 4.6: Tần số alen và kiểu gen của các đa hình Gen Quan sát Mong đợi HWE Kiểu gen Alen Kiểu gen PRL/AluI TT CT CC T C TT CT CC (n=218) 0,69 0,28 0,03 0,83 0,17 0,69 0,28 0,03 NS PRL/Csp6I CC CG GG G C CC CG GG (n=211) 0,10 0,45 0,45 0,67 0,33 0,11 0,44 0,45 NS VIP/ApoI TT GT GG T G TT GT GG (n=204) 0,50 0,38 0,11 0,56 0,44 0,49 0,19 0,32
4.2.4 Xác định mối liên quan giữa một số đa hình gen dự tuyển với năng suất sinh sản của gà Nòi nuôi tại ĐBSCL 4.2.4.1 Đa hình PRL Bảng 4.7 cho thấy Đa hình PRL/AluI không tác động đến tính trạng sinh sản ở gà Nòi thí nghiệm. Bảng 4.7. Tác động của đa hình PRL/AluI đến năng suất sinh sản Chỉ tiêu Kiểu gen P CC CT TT (n=5) (n=46) (n=123) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) 164,8±7,5 177,3±2,5 177,9±1,7 0,227 Khối lượng gà mái vào đẻ (kg) 1,94±0,14 1,75±0,05 1,76±0,03 0,462 Khối lượng trứng (g) 47,2±1,6 45,3±0,5 45,6±0,3 0,431 Chỉ số hình dáng trứng (%) 76,2±1,8 76,4±0,6 76,4±0,4 0,994 Tổng số trứng (quả) 94,2±13,8 97,6±4,5 100,1±2,7 0,835 Tỷ lệ trứng có phôi (%) 84,8±4,2 87,2±1,4 84,9±0,9 0,385 Tỷ lệ nở/trứng có phôi (%) 89,7±4,4 88,6±1,4 86,2±0,9 0,289 Số gà con nở ra (con) 73,2±12,2 76,1±4,0 74,0±2,5 0,906 ab những chữ trên cùng một hàng giống nhau thì khác biệt không có ý nghĩa thống kê (P>0,05) Đối với đa hình PRL/Csp6I cho thấy, những cá thể mang kiểu gen CC có tuổi đẻ quả trứng đầu thấp hơn hai kiểu gen còn lại nhưng thể hiện khối lượng gà mái vào đẻ (1,97 kg) và khối lượng trứng (47,4 g) cao hơn và khác biệt có ý nghĩa so với những cá thể mang kiểu gen GG (1,71 kg và 44,9 g). Vì vậy những cá thể mang kiểu gen CC có thể được xem như là marker di truyền trong việc nâng cao năng suất trứng của nhóm gà Nòi thí nghiệm. 16
Bảng 4.8. Tác động của đa hình PRL/Csp6Iđến năng suất sinh sản Chỉ tiêu Kiểu gen P CC (n=17) CG (n=75) GG (n=78) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) 170,4b±3,9 174,9b±3,7 181,9a±4,1 0,005 Khối lượng gà mái vào đẻ (kg) 1,97a±0,08 1,76b±0,04 1,71b±0,04 0,013 Khối lượng trứng (g) 47,4a±0,8 46,0ab±0,4 44,9b±0,4 0,012 Chỉ số hình dáng trứng (%) 76,3±0,9 75,9±0,5 76,9±0,5 0,314 Tổng số trứng (quả) 94,3±7,5 101,6±3,6 97,2±3,5 0,553 Tỷ lệ trứng có phôi (%) 87,5±2,3 86,5±1,1 84,2±1,1 0,204 Tỷ lệ nở/trứng có phôi (%) 91,1±2,4 87,3±1,2 85,5±1,1 0,089 Số gà con nở ra (con) 76,6±6,6 77,8±3,1 70,1±3,1 0,200 ab những chữ trên cùng một hàng giống nhau thì khác biệt không có ý nghĩa thống kê (P>0,05) 4.2.4.2 Đa hình VIP/ApoI Kết quả nghiên cứu đa hình VIP/ApoI ở gà Nòi thí nghiệm thể hiện qua Bảng 4.9, cho thấy đa hình này chỉ tác động gần có ý nghĩa thống kê (P=0,060) đến chỉ tiêu tổng số trứng qua 12 tháng đẻ, trong đó kiểu gen AG thể hiện năng suất cao nhất với 104,4 quả), không khác biệt so với kiểu gen GG (88,7 quả) và TT (94,8 quả). Bảng 4.9: Tác động của đa hình VIP/ApoI đến năng suất sinh sản Chỉ tiêu Kiểu gen P GG (n=16) GT (n=68) TT (n=82) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) 177,3±4,2 177,6±2,0 177,1±2,1 0,883 Khối lượng gà mái vào đẻ (kg) 1,87±0,08 1,77±0,04 1,73±0,04 0,306 Khối lượng trứng (g) 44,9±0,9 45,6±0,4 45,9±0,4 0,621 Chỉ số hình dáng trứng (%) 75,8±1,0 76,3±0,5 76,4±0,5 0,851 Tổng số trứng (quả) 88,7±7,4 104,4±3,6 94,8±3,3 0,060 Tỷ lệ trứng có phôi (%) 83,1±2,3 85,8±1,1 86,1±1,0 0,498 Tỷ lệ nở/trứng có phôi (%) 82,9±2,4 86,2±1,2 88,1±1,1 0,135 Số gà con nở ra (con) 62,2±6,6 78,0±3,2 72,4±2,9 0,080 ab những chữ trên cùng một hàng giống nhau thì khác biệt không có ý nghĩa thống kê (P>0,05) 4.2.4.3 Đa hình BMPR-IB/HindIII Nghiên cứu hiện tại cũng không tìm thấy sự tác động của đa hình gen BMPR-IB đến năng suất sinh sản của gà Nòi thí nghiệm. 17