Tóm tắt Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Đánh giá đa dạng sinh học vi sinh vật liên kết với hải miên tại vùng biển Đà Nẵng Việt Nam thông qua nghiên cứu metagenomics bằng kỹ thuật 16s rRNA Miseq Sequencing

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN<br /> ---------------------<br /> <br /> NGUYỄN MẠNH HÙNG<br /> <br /> ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG SINH HỌC VI SINH VẬT LIÊN KẾT VỚI HẢI MIÊN TẠI<br /> VÙNG BIỂN ĐÀ NẴNG VIỆT NAM THÔNG QUA NGHIÊN CỨU METAGENOMICS<br /> BẰNG KỸ THUẬT 16S rRNA MISEQ SEQUENCING.<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC<br /> <br /> Hà Nội – Năm 2016<br /> <br /> ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI<br /> TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN<br /> ---------------------<br /> <br /> NGUYỄN MẠNH HÙNG<br /> <br /> ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG SINH HỌC VI SINH VẬT LIÊN KẾT VỚI HẢI MIÊN TẠI<br /> VÙNG BIỂN ĐÀ NẴNG VIỆT NAM THÔNG QUA NGHIÊN CỨU METAGENOMICS<br /> BẰNG KỸ THUẬT 16S rRNA MISEQ SEQUENCING.<br /> Chuyên ngành: Vi sinh vật học<br /> Mã số: 60420107<br /> <br /> LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC<br /> <br /> NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC:<br /> PGS.TS. NGUYỄN THỊ KIM CÚC<br /> TS. PHẠM ĐỨC NGỌC<br /> <br /> Hà Nội – Năm 2016<br /> <br /> Lời cam đoan.<br /> Tôi xin cam đoan kết quả thể hiện trong bản luận văn này là công trình nghiên cứu thực<br /> tế. Toàn bộ số liệu, kết quả nghiên cứu trong luận văn là hoàn toàn trung thực, khách<br /> quan, chƣa đƣợc công bố công khai bởi một ai khác.<br /> <br /> Lời cảm ơn.<br /> Đề tài này là kết quả của một quá trình học tập và nghiên cứu khoa học của bản thân,<br /> cùng với sự giúp sức của rất nhiều cá nhân và tập thể.<br /> Để có đƣợc thành công này, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc đến<br /> PGS.TS. Nguyễn Thị Kim Cúc, ngƣời đã giúp tôi rất nhiều bằng chính sự tâm huyết và<br /> đam mê với lĩnh vực nghiên cứu khoa học.<br /> Tôi cũng xin đƣợc tỏ lòng cảm ơn chân thành tới các cán bộ thuộc phòng Công nghệ<br /> sinh học, viện Hoá sinh biển; Viện nghiên cứu khoa học Miền Trung, Viện Hàn lâm<br /> khoa học Việt Nam đã có những hỗ trợ, đóng góp, tƣ vấn rất nhiệt tình giúp tôi hoàn<br /> thiện đề tài.<br /> Tôi thật sự rất biết ơn ngƣời thân, bạn bè và đồng nghiệp đã giành tình cảm, đặt niềm<br /> tin, hỗ trợ, động viên; đồng thời cũng là nguồn động lực to lớn góp phần giúp tôi hoàn<br /> thiện đề tài này. Với sự hỗ trợ về kiến thức; các nguồn dữ liệu bổ sung; các công trình<br /> nghiên cứu khoa học có liên quan ở trong nƣớc và trên thế giới-Tập thể các Thầy cô<br /> thuộc khoa sinh học; Bộ môn Vi sinh vật học và đặc biệt TS Phạm Đức Ngọc đã giúp<br /> tôi làm nên sự thành công của đề tài này.<br /> Tôi xin chân thành cảm ơn!<br /> Hà Nội, ngày 27 tháng 12 năm 2016.<br /> <br /> Nguyễn Mạnh Hùng<br /> <br /> MỤC LỤC<br /> MỞ ĐẦU .......................................................................................................................... 8<br /> CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN ............................................................................................ 9<br /> 1.1.<br /> <br /> Sơ lƣợc về hải miên ............................................................................................ 9<br /> <br /> 1.2.<br /> <br /> Vai trò và tầm quan trọng của vi sinh vật liên kết với hải miên....................... 12<br /> <br /> 1.3.<br /> <br /> Đa dạng sinh học vi sinh vật liên kết với hải miên........................................... 18<br /> <br /> 1.4.<br /> <br /> Sơ lƣợc về gen 16S rRNA ................................................................................ 23<br /> <br /> 1.5.<br /> <br /> Sơ lƣợc về MiSeq Sequencing.......................................................................... 24<br /> <br /> CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨUError! Bookmark not<br /> defined.<br /> 2.1 VẬT LIỆU ............................................................ Error! Bookmark not defined.<br /> 2.2. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ....................... Error! Bookmark not defined.<br /> 2.2.1 Tách DNA ...................................................... Error! Bookmark not defined.<br /> 2.2.2 Thiết kế thƣ viện 16S rRNA cho MiSeq ........ Error! Bookmark not defined.<br /> 2.2.3 Phân tích thƣ viện 16S rRNA ......................... Error! Bookmark not defined.<br /> CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ................ Error! Bookmark not defined.<br /> 3.1 KẾT QUẢ ............................................................. Error! Bookmark not defined.<br /> 3.1.1. Tách DNA metagenome của vi sinh vật liên kết hải miênError! Bookmark<br /> not defined.<br /> 3.1.2. Khuếch đại vùng siêu biến V4 của gen 16S rRNA và gắn barcodes .... Error!<br /> Bookmark not defined.<br /> 3.1.3. Đa dạng các cộng đồng vi sinh vật liên kết hải miên biển Đà Nẵng..... Error!<br /> Bookmark not defined.<br /> 3.2 THẢO LUẬN ....................................................... Error! Bookmark not defined.<br /> <br />