intTypePromotion=1
zunia.vn Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z zunia.vn zunia.vn
ADSENSE
 » 
 » 

Xác định trình tự gen mã hóa Cytochrome B của hệ gen ty thể và mối quan hệ di truyền của loài cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866) vùng biển Kiên Giang, Việt Nam

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:8

Thêm vào BST
Báo xấu
34
lượt xem 3
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả sử dụng phương pháp sinh học phân tử giải trình tự gen Cytochrome b (cytb) và xác định mối quan hệ phả hệ của loài cá heo Ông Sư tại vùng biển Kiên Giang, Việt Nam.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Xác định trình tự gen mã hóa Cytochrome B của hệ gen ty thể và mối quan hệ di truyền của loài cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866) vùng biển Kiên Giang, Việt Nam

  1. Nghiên cứu khoa học công nghệ XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ GEN MÃ HÓA Cytochrome b CỦA HỆ GEN TY THỂ VÀ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA LOÀI CÁ HEO ÔNG SƯ (Orcaella brevirostris Gray, 1866) VÙNG BIỂN KIÊN GIANG, VIỆT NAM (1) (2) (3) CÙ NGUYÊN ĐỊNH , NGUYỄN THỊ BÍCH NGA , NGUYỄN THỊ NGA , (4) (5) TRẦN LINH THƯỚC , BÙI LAI 1. ĐẶT VẤN ĐỀ Cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866) còn có tên là cá heo Irrawaddy, cá nược Minh Hải là một loài động vật có vú thuộc họ cá heo Delphinidae. Đánh giá chung tình trạng của loài cá heo này theo Danh lục Đỏ IUCN, cá heo Ông Sư được xếp vào bậc sẽ nguy cấp (VU - Vulnerable) và loài này được bảo tồn ở Việt Nam theo Quyết định số 82/2008/QĐ-BNN của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn. Tuy nhiên, ở Việt Nam việc nghiên cứu về động vật biển nói chung trong đó có loài cá heo Ông Sư vẫn còn rất ít các nghiên cứu. Bên cạnh đó kết quả nghiên cứu về đặc điểm hình thái chưa đủ để định loại chính xác và đánh giá mối quan hệ di truyền giữa quần thể cá heo Ông Sư Việt Nam với các quần thể cá heo Ông Sư khác. Các tư liệu nghiên cứu di truyền loài cá heo này cũng không có nhiều [2]. Vì vậy, nghiên cứu về đặc điểm hình thái kết hợp với phương pháp giám định phân tử trong định loại và đánh giá mối quan hệ di truyền giữa quần thể cá heo Ông Sư Việt Nam với các quần thể cá heo Ông Sư khác là cần thiết và có ý nghĩa khoa học. Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả sử dụng phương pháp sinh học phân tử giải trình tự gen cytochrome b (cytb) và xác định mối quan hệ phả hệ của loài cá heo Ông Sư tại vùng biển Kiên Giang, Việt Nam. 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Đối tượng nghiên cứu Cá heo Ông Sư được nuôi dưỡng tại Câu lạc bộ cá heo Vinpearl - Nha Trang. Đây là loài cá heo thu nhận tại vùng biển Kiên Giang - Việt Nam đã được thuần dưỡng. Ký hiệu 02 mẫu cá heo là OBRE1-VN và OBRE2-VN. Phương pháp lấy mẫu: Lấy mẫu máu toàn phần của cá cho vào ống có chất chống đông, bảo quản trong hộp xốp có đá để vận chuyển về tách DNA tổng số. 2.2. Phương pháp tách chiết DNA tổng số DNA tổng số được tách theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Sử dụng bộ kit “Qiagen Genomic DNA Extraction Kit” của hãng QIAGEN Inc. (USA-Mỹ) để tách DNA tổng số. Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017 111
  2. Nghiên cứu khoa học công nghệ 2.3. Phương pháp PCR thu nhận vùng gen đích Gen cytochrome b của hệ gen ty thể cá heo Ông Sư được lựa chọn để thu nhận gen bằng phương pháp PCR và giải trình tự, sau đó sử dụng chuỗi nucleotide của gen cytochrome b đã được giải trình tự để phân tích và so sánh với các chuỗi gen đã công bố trên Ngân hàng gen (Gen Bank). Mồi thực hiện PCR được thiết kế dựa trên trình tự bảo tồn của gen cytochrome b. Cặp mồi được sử dụng có trình tự trong bảng 1. Bảng 1. Trình tự các mồi thu nhận gen cytochrome b TT Tên mồi (primer) Trình tự mồi thiết kế 1 OBREF 5’-CAC ATC CCA TAG CAC CAC CC-3’ 2 OBRER 5’-AAT GGG GTC CTC CTT TTC GG-3’ Gen cytochrome b có kích thước khoảng 1.200 nucleotide (base pair - bp). Thực hiện phản ứng PCR với DNA tổng số thu nhận làm khuôn, sử dụng cặp mồi OBREF - OBRER để nhân đoạn gen đích bằng bộ kit AccuPower®ProFi Taq PCR Premix do hãng BIONEER (Hàn Quốc) cung cấp. Thành phần phản ứng PCR gồm: Khuôn DNA tổng số: 2 μl; Mồi xuôi (10pmol/μl): 2 μl; Mồi ngược (10pmol/μl): 2 μl; DMSO: 2 μl; Nước tinh khiết: 42 μl. Tổng thể tích là 50 μl. Chu trình nhiệt thực hiện PCR gồm: 1 chu kỳ 94oC - 5 phút; 35 chu kỳ 94oC - 30 giây; 52oC - 30 giây; 68oC - 7 phút; giai đoạn tổng hợp chuỗi: 72oC - 10 phút; Sản phẩm được bảo quản ở 4oC cho đến khi sử dụng. Điện di trên thạch agarose 1% để kiểm tra sản phẩm PCR và tiến hành tinh sạch sản phẩm PCR để loại bỏ các thành phần phụ không mong muốn chỉ giữ lại DNA tinh khiết. Tinh sạch sản phẩm bằng bộ QIAquick PCR purification kit (Qiagen Inc.). Sản phẩm PCR sau khi tinh sạch sẽ được dòng hóa vào vector tách dòng pCR2.1TOPO (hãng Invitrogen - Mỹ) để thu nhận DNA tái tổ hợp và gửi đọc trình tự tại công ty Macrogen (Hàn Quốc). 2.4. Phương pháp giải trình tự Cặp mồi dùng để giải trình tự DNA plasmid tái tổ hợp gồm: - Mồi xuôi (M13F) : 5’-GTAAAACGACGGCCAG-3’ hoặc - Mồi ngược (M13R) : 5’-CAGGAAACAGCATTGAC-3’ Chuỗi DNA sản phẩm được xác định trình tự theo chiều 5’→ 3’ và dùng thuốc nhuộm huỳnh quang (fluorescent dye) để đánh dấu, sử dụng thạch polyacrylamide và quét tia lazer dọc theo chuỗi để đọc trình tự, phân tích tự động bằng máy với các chương trình phần mềm tin - sinh học. 112 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
  3. Nghiên cứu khoa học công nghệ 2.5. Phương pháp phân tích và xử lý số liệu Sau khi giải trình tự các chuỗi nucleotide được thu nhận và xử lý bằng các phần mềm Chromas LITE v2.01, so sánh đối chiếu và xử lý số liệu các chuỗi từ nghiên cứu và từ Ngân hàng gen (GenBank) bằng chương trình GENEDOC2.7 (http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/) [3]. Sử dụng chương trình MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) để xây dựng cây phả hệ. Các phân tích được thực hiện dựa trên tập hợp các trình tự gen cytochrome b trong hệ gen ty thể (mtDNA) của một số loài cá heo đã công bố trong Ngân hàng gen (GenBank). Phân tích được tiến hành dựa trên thuật toán Neightbour joining (NJ) bằng phần mềm MEGA6.06 [4]. 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1. Thu nhận gen cytochrome b của các mẫu nghiên cứu Thực hiện phản ứng PCR thu nhận đoạn DNA với cặp mồi đặc hiệu của gen cytochrome b có độ dài dự kiến khoảng 1,2 kb (hình 1). Hình 1. Hình ảnh điện di kiểm tra sản phẩm PCR gen cytochrome b của hai mẫu cá heo Ông Sư (ký hiệu OBRE1-VN và OBRE2-VN) trên thạch agarose 1%. Ghi chú: M: Marker Lamda cắt bằng enzyme HindIII; Đ/C(-): mẫu đối chứng âm. Kết quả ở hình 1 cho thấy hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN trong nghiên cứu đã được tách DNA tổng số, phản ứng PCR thu nhận gen cytochrome b đã được thực hiện thành công, sản phẩm PCR có độ dài khoảng 1,2 kb đúng với dự kiến. Sản phẩm đơn băng, rõ nét với thành phần phản ứng và chu trình nhiệt phù hợp. Các sản phẩm này được tinh sạch bằng bộ QIAquick purification (Mỹ). Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017 113
  4. Nghiên cứu khoa học công nghệ 3.2. Kết quả dòng hóa và giải trình tự Sản phẩm PCR của gen cytochrome b được dòng hóa (cloning) vào vector pCR2.1TOPO của hãng Invitrogen, sau đó được chuyển nạp vào tế bào khả biến E. coli chủng DH5α-T1. Sản phẩm sau chuyển nạp được nuôi cấy trên đĩa thạch LB- agar 1,5% có bổ sung X-gal (40 mg/ml) và Kanamycin (40 mg/ml), ủ ở 37oC trong 18 đến 20 giờ (hình 2). Chọn lọc các khuẩn lạc trắng (đây là những khuẩn lạc có thể mang gen cytochrome b được tái tổ hợp) nuôi cấy vào môi trường LB khoảng 20 giờ và tiến hành tách chiết DNA plasmid, cắt kiểm tra sản phẩm DNA tái tổ hợp bằng enzym giới hạn EcoRI và điện di kiểm tra trên thạch agarose 1%. Hình 2. Hình ảnh chuyển nạp sản phẩm PCR của mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN vào tế bào E. coli chủng DH5α-T1. Ghi chú: trên đĩa petri các khuẩn lạc dương tính có khả năng chứa đoạn chèn (insert) sản phẩm PCR của gen cytochrome b có màu trắng. Những khuẩn lạc không mang sản phẩm có màu xanh. Sản phẩm DNA plasmid tái tổ hợp sau khi tách dòng, được chọn các clone đại diện làm nguyên liệu giải trình tự. Các DNA tái tổ hợp được gửi đọc trình tự tại công ty Macrogen - Seoul, Hàn Quốc. 3.3. Kết quả giải trình tự và xây dựng cây phả hệ nguồn gốc Sau khi giải trình tự nucleotide, thu nhận chuỗi gen cytochrome b, tiến hành BLAST vào Ngân hàng gen để thu thập các chuỗi thuộc họ cá heo đã công bố so sánh với chuỗi gen của OBRE1-VN và OBRE2-VN trong nghiên cứu. Kết quả thu nhận chuỗi gen cytochrome b của hai mẫu nghiên cứu OBRE1- VN và OBRE2-VN sau khi giải trình tự có kích thước là 1.140 nucleotide. Gen cytochrome b mã hóa cho protein cytochrome b gồm 379 amino acid, khởi đầu là ATG mã hóa cho Methionin và kết thúc bằng bộ ba TGA (hình 3). 114 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
  5. Nghiên cứu khoa học công nghệ * 20 * 40 * 60 * 80 OBRE1-VN-c : MTNIRKTHPLMKILNDAFIDLPTPSNISSWWNFGSLLGLCLITQILTGLFLAMHYTPDTSTAFSSVAHICRDVNYGWFIRYLHA : 84 OBRE2-VN-c : .................................................................................... : 84 OBRE-KG-VN : .................................................................................... : 84 OBRE-Laos- : .................................................................................... : 84 OBRE-SWFSC : .................................................................................... : 84 Ohei02-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84 Ohei06-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84 Ohei08-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84 Ohei22-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84 Ohei28-DK- : ...............N.........S................M......................................... : 84 Oorc-72-US : ...............N.................................L.................................. : 84 Oorc-96-US : ...............N.................................L.................................. : 84 Oorc-97-US : ...............N.................................L.................................. : 84 Oorc-111-U : ...............N.................................L.................................. : 84 Oorc-129-U : ...............N.................................L.................................. : 84 Oorc-ENAC2 : ...............N.................................L.................................. : 84 Satt-z0000 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0002 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0002 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0002 : ...............-..........................M......................................... : 83 Satt-z0011 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0011 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0012 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0016 : ...............-..........................M..-...................................... : 82 Satt-z0024 : ..........................................M......................................... : 84 Satt-z0038 : ..........................................M......................................... : 84 * 100 * 120 * 140 * 160 OBRE1-VN-c : NGASMFFICLYAHIGRGLYYGSYMFQETWNIGVLLLLTVMATAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTTLVEWIWGGF : 168 OBRE2-VN-c : .................................................................................... : 168 OBRE-KG-VN : .................................................................................... : 168 OBRE-Laos- : .................................................................................... : 168 OBRE-SWFSC : .................................................................................... : 168 Ohei02-DK- : .................................................................................... : 168 Ohei06-DK- : .................................................................................... : 168 Ohei08-DK- : .................................................................................... : 168 Ohei22-DK- : .................................................................................... : 168 Ohei28-DK- : .................................................................................... : 168 Oorc-72-US : ..............................V......A.............................................. : 168 Oorc-96-US : ..............................V......A.............................................. : 168 Oorc-97-US : ..............................V......A.............................................. : 168 Oorc-111-U : ..............................V......A.............................................. : 168 Oorc-129-U : ..............................V......A.............................................. : 168 Oorc-ENAC2 : ..............................V......A.............................................. : 168 Satt-z0000 : .................................................................................... : 168 Satt-z0002 : .................................................................................... : 168 Satt-z0002 : .................................................................................... : 168 Satt-z0002 : .................................................................................... : 167 Satt-z0011 : .................................................................................... : 168 Satt-z0011 : .................................................................................... : 168 Satt-z0012 : ..T................................................................................. : 168 Satt-z0016 : ...........................................................................-........ : 165 Satt-z0024 : .................................................................................... : 168 Satt-z0038 : .................................................................................... : 168 * 180 * 200 * 220 * 240 * OBRE1-VN-c : SVDKATLTRFFAFYFILPFIITALVIVHLLFLHETGSNNPTGIPSNMDMIPFHPYHTFKDILGALLLILVLLTLTLFTPDLLGD : 252 OBRE2-VN-c : .............H...................................................................... : 252 OBRE-KG-VN : .............H...................................................................... : 252 OBRE-Laos- : .............H...................................................................... : 252 OBRE-SWFSC : .............H...................................................................... : 252 Ohei02-DK- : .............H...........T.......................................................... : 252 Ohei06-DK- : .............H...........T.......................................................... : 252 Ohei08-DK- : .............H...........T..............................................M........... : 252 Ohei22-DK- : .............H...........T..............................................M........... : 252 Ohei28-DK- : .............H...........T..............................................M........... : 252 Oorc-72-US : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252 Oorc-96-US : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252 Oorc-97-US : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252 Oorc-111-U : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252 Oorc-129-U : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252 Oorc-ENAC2 : .............H..........TA...............................I..T........T..A....A...... : 252 Satt-z0000 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0002 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0002 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0002 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 251 Satt-z0011 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0011 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0012 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0016 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 249 Satt-z0024 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 Satt-z0038 : .............H..........AA.............................Y.I...........T..A........... : 252 260 * 280 * 300 * 320 * OBRE1-VN-c : PDNYTPANPLSTPAHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALLLSILILIFIPMLQTSKQRSMMFRPFSQLLFWTLIADLLTLT : 336 OBRE2-VN-c : .................................................................................... : 336 OBRE-KG-VN : .................................................................................... : 336 OBRE-Laos- : .................................................................................... : 336 OBRE-SWFSC : .................................................................................... : 336 Ohei02-DK- : .................................................................................... : 336 Ohei06-DK- : .................................................................................... : 336 Ohei08-DK- : .................................................................................... : 336 Ohei22-DK- : .................................................................................... : 336 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017 115
  6. Nghiên cứu khoa học công nghệ Ohei28-DK- : .................................................................................... : 336 Oorc-72-US : ...............................V.................................................... : 336 Oorc-96-US : ...............................V.................................................... : 336 Oorc-97-US : ...............................V.................................................... : 336 Oorc-111-U : ...............................V.................................................... : 336 Oorc-129-U : ...............................V.................................................... : 336 Oorc-ENAC2 : ...............................V.................................................... : 336 Satt-z0000 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0002 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0002 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0002 : ...............................................V.................................... : 335 Satt-z0011 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0011 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0012 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0016 : ...............................................V.................................... : 333 Satt-z0024 : ...............................................V.................................... : 336 Satt-z0038 : ...............................................V.................................... : 336 340 * 360 * 380 OBRE1-VN-c : WIGGQPVEHPYIIVGQLASILYFLLILVLMPTVSLIENKLLKW- : 379 OBRE2-VN-c : ...........................................- : 379 OBRE-KG-VN : ...........................................- : 379 OBRE-Laos- : ...S.......................................- : 379 OBRE-SWFSC : ...........................................- : 379 Ohei02-DK- : ...........................................- : 379 Ohei06-DK- : ...........................................- : 379 Ohei08-DK- : ...........................................- : 379 Ohei22-DK- : ...........................................- : 379 Ohei28-DK- : ...........................................- : 379 Oorc-72-US : ................................I..........- : 379 Oorc-96-US : ................................I..........- : 379 Oorc-97-US : ................................I..........- : 379 Oorc-111-U : ................................I..........- : 379 Oorc-129-U : ................................I..........- : 379 Oorc-ENAC2 : ................................I..........- : 379 Satt-z0000 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0002 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0002 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0002 : ................................AG.........- : 378 Satt-z0011 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0011 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0012 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0016 : ................................AG.....-...- : 375 Satt-z0024 : ................................AG.........- : 379 Satt-z0038 : ................................AG.........- : 379 Hình 3. Trình tự amino acid suy diễn gen cytochrome b của OBRE1-VN và OBRE2-VN so sánh với các chuỗi đăng ký trong Ngân hàng gen. Ký hiệu (.) là biểu thị các trình tự amino acid giống nhau. Các sai khác được thể hiện bằng các chữ cái. Kết quả ở hình 3 cho thấy chuỗi gen amino acid cytochrome b trong 2 mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN có sự tương đồng rất cao (99%) so với các chuỗi gen cytochrome b đã công bố trong Ngân hàng gen là OBRE-KG-VN (số đăng ký: JQ814471), mẫu của Indonesia OBRE-SWFSC-74697-ID (số đăng ký: JF289177) và mẫu của Lào là OBRE-Laos (số đăng ký: AF084062). Đặc biệt trong hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN phát hiện có sự sai khác tại vị trí amino acid Y182H (Y = Tyrosine; H = Histidine). Trong đó, Tyrorine là một acid amin không cần thiết có thể tổng hợp được trong cơ thể mà khi thiếu chúng thì cơ thể có thể bù trừ sự thiếu hụt đó nhờ các quá trình tổng hợp bên trong. Còn Histidine là một acid amin cần thiết không thể thay thế được vì chúng không thể tự tổng hợp trong cơ thể hoặc tổng hợp với tốc độ không thể đáp ứng được nhu cầu của cơ thể mà chúng phải được đưa vào đầy đủ trong đạm thức ăn. Về vấn đề này rất lý thú cần có thêm những nghiên cứu sâu hơn về bản chất của các amino acid và vai trò dinh dưỡng của chúng và với số lượng cỡ mẫu trong nghiên cứu cũng nhiều hơn. Trong nghiên cứu này, nhóm tác giả còn thu thập thêm một số chuỗi của loài Orcaella heinsohni (Ohei), Orcinus orca (Oorc) và Stenella attenuata (Satt) đăng ký trong GenBank thuộc họ cá heo để tham khảo trong so sánh và phân tích trình tự nucleotide và amino acid suy diễn. Kết quả xây dựng cây phả hệ dựa trên trình tự nucleotide chuỗi cytochrome b 116 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
  7. Nghiên cứu khoa học công nghệ của 26 mẫu (bao gồm cả hai mẫu trong nghiên cứu) được trình bày ở hình 4. Kết quả cây phả hệ cho thấy hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN nằm trong cùng nhóm cá heo Ông Sư của Việt Nam (OBRE-KG-VN), Indonesia (OBRE-SWFSC-74697-ID) và Lào (OBRE-Laos). Như vậy, hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN đã được xác định chính xác thuộc loài cá heo Ông Sư (Orcaella brevirostris Gray, 1866). OBRE1-VN-cytB(1140bp) 92 OBRE-KG-VN-JQ814471 OBRE2-VN-cytB(1140bp) 100 OBRE-SWFSC-74697-ID-JF289177 75 OBRE-Laos-AF084062 Ohei02-JF339980 Ohei06-JF339981 100 Ohei08-JF339978 89 Ohei22-JF339979 Ohei28-JF339977 Oorc-96-KR180365 Oorc-97-KR180366 Oorc-72-KR180342 100 Oorc-111-KR180312 Oorc-129-KR180326 Oorc-ENAC2-Spain-HQ405752 100 Satt-z0011921-KX857288 Satt-z0012046-KX857298 Satt-z0016255-KX857317 100 Satt-z0024848-KX857334 76 Satt-z0000973-KX857266 Satt-z0038287-KX857341 Satt-z0002879-KX857280 Satt-z0002173-KX857273 Satt-z0002203-KX857279 Satt-z0011361-KX857281 0.005 Hình 4. Cây phả hệ của OBRE1-VN và OBRE2-VN và các loài trong họ cá heo đã được đăng ký trong Ngân hàng gen dựa trên phân tích chuỗi nucleotide gen cytochrome b. Ký hiệu (♦) là các mẫu trong nghiên cứu này. 4. KẾT LUẬN 1. Sử dụng phương pháp sinh học phân tử so sánh, phân tích chuỗi nucleotide và amino acid suy diễn của gen cytochrome b. 2. Xây dựng cây phả hệ cho thấy hai mẫu OBRE1-VN và OBRE2-VN đã được xác định thuộc về loài cá heo Ông Sư có tên khoa học là Orcaella brevirostris Gray, 1866. 3. Các mẫu trong nghiên cứu có mối quan hệ phả hệ nguồn gốc gần với một số mẫu đã công bố trong Ngân hàng gen của Việt Nam, Indonesia và Lào. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Danh mục các loài thuỷ sinh quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng ở Việt Nam cần được bảo vệ, phục hồi và phát triển, Quyết định số 82/2008/QĐ-BNN, 2008. 2. LeDuc R.G., Perrin W.F., Dizon A.E., Phylogenetic relationships among the Delphinid cetaceans based on full cytochrome b sequences. Mar Mamm Sci 1999, 15:619-648. Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017 117
  8. Nghiên cứu khoa học công nghệ 3. Nicholas K.B., Nicholas H.B., GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence aglignments, Distributed by authors, 1997. 4. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S., MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0, Mol Biol Evol, 2013, 30:2725-2729. 5. The IUCN Red List of Threatened Species. Version 2016.3. http://www.iucnredlist.org/details/15419/0. Truy cập 5/4/2017. SUMMARY DETERMINING THE MITOCHONDRIAL Cytochrome b GENE SEQUENCE AND THE HEREDITARY RELATIONSHIP OF IRRAWADDY DOLPHINS (Orcaella brevirostris Gray, 1866) IN KIEN GIANG WATERS, VIETNAM In this study, two samples of Irrawaddy dolphins (Orcaella brevirostris Gray, 1866) in Kien Giang waters, Vietnam were collected. The phylogenetic tree showed that Irrawaddy dolphins in Vietnam had a close genetic relationship to Irrawaddy dolphins in Indonesia and Laos which have been registered in the Gene Bank. This is the latest research in Vietnam about determining the mitochondrial cytochrome b gene sequence and the hereditary relationship of Irrawaddy dolphin (Orcaella brevirostris Gray, 1866) in Kien Giang waters. This results contributed to the conservative research and development of this valuable and rare marine mammal species. Từ khóa: Cá heo Ông Sư, phả hệ, phát sinh loài, ty thể, Orcaella brevirostris, cytochrome b, Irrawaddy dolphin, family tree, phylogenetic, mitochondria. Nhận bài ngày 24 tháng 8 năm 2017 Hoàn thiện ngày 12 tháng 10 năm 2017 (1) Chi nhánh Phía Nam, Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga (2) Viện Công nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam (3) Đại học Quốc tế Hồng Bàng (4) Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG.HCM (5) Viện Sinh học Nhiệt đới, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam 118 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 14, 11 - 2017
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN
TRỢ GIÚP
HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG
Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2