Bài toán dóng hàng các mạng protein

Mục tiêu của luận án là tìm hiểu các dạng bài toán dóng hàng các mạng protein nêu trên và các thuật toán giải chúng đã được đề xuất trong thời gian gần đây; Tìm hiểu các kỹ thuật tính toán mềm để từ đó thấy rõ ưu và nhược điểm của từng phương pháp. Trên cơ sở đó, đề xuất các thuật toán mới với chất lượng lời giải tốt hơn các thuật toán hiện tại trong thời gian ngắn hơn cho các bài toán này.

27p viyeri2711 14-09-2021 25 4   Download

Luận văn nghiên cứu xây dựng được các mạng tương tác protein (Protein-Protein Interraction Network – PPI Network) tương đối đầy đủ cho nhiều loài sinh vật. Bài toán dóng hàng mạng PPI là một bài toán quan trọng trong phân tích mạng PPI nói chung. Phương pháp tối ưu đàn kiến (Ant Colony Optimization - ACO) là cách tiếp cận metaheuristic, được giới thiệu bởi Dorigo năm 1991 đang được nghiên cứu và ứng dụng rộng rãi cho các bài toán tối ưu tổ hợp khó.

62p heavysweetness 04-08-2021 28 3   Download

Bài viết này giới thiệu một thuật toán metaheuristics hiệu quả, ACOPPI, để dóng hàng mạng PPI. Thuật toán ứng dụng phương pháp tối ưu đàn kiến xây dựng dóng hàng và kết hợp tìm kiếm cục bộ. Thực nghiệm cho thấy thuật toán đề xuất có điểm dóng hàng tốt hơn so với các thuật toán SPINAL, FastNA đã công bố.

5p quenchua9 20-11-2020 37 2   Download

Mục tiêu của luận án: Tìm hiểu các dạng bài toán dóng hàng các mạng protein nêu trên và đánh giá ưu nhược điểm của các thuật toán giải cho các bài toán này đã được đề xuất trong thời gian gần đây. Bên cạnh đó là tìm hiểu các kỹ thuật tính toán mềm để thấy rõ ưu và nhược điểm của từng phương pháp. Trên cơ sở đó, đề xuất các thuật toán mới với chất lượng lời giải tốt hơn các thuật toán hiện tại trong thời gian ngắn hơn cho các bài toán này.

26p hanh_tv26 05-04-2019 28 2   Download

Luận án được tổ chức nội dung như sau: Chương 1 giới thiệu tổng quan về tin sinh học, hai bài toán dóng hàng đồng thời nhiều mạng các vị trí liên kết protein và dóng hàng mạng tương tác protein-protein cùng một số vấn đề liên quan. Chương 2 trình bày ba thuật toán dựa trên phương pháp tối ưu đàn kiến để giải bài toán dóng hàng đồng thời nhiều mạng các vị trí liên kết của protein. Chương 3 trình bày ba thuật toán đề xuất để giải bài toán dóng hàng toàn cục hai mạng tương tác protein-protein.

132p hanh_tv26 04-04-2019 51 9   Download

Trong bài báo này, đề xuất một phương pháp mới để ưu tiên ứng viên gen bệnh bằng cách kết hợp học tập củng cố với thuật toán PageRank và gán các mục sư cho gen bệnh đã biết. Đánh giá bằng thực nghiệm phương pháp đề xuất về tương tác protein của con người kết nối mạng và so sánh hiệu suất của nó với các phương pháp tiên tiến, cụ thể là PageRank với các linh mục, Đi bộ ngẫu nhiên với Khởi động lại và K-Step Markov.

13p mat_vang1 15-01-2019 43 1   Download

Bài viết Một thuật toán tối ưu đàn kiến dóng hàng toàn cục mạng tương tác protein giới thiệu một thuật toán dóng hàng toàn cục mạng tương tác protein dựa trên phương pháp tối ưu hoá đàn kiến. Các thực nghiệm cho thấy phương pháp đề xuất cho kết quả tốt hơn hẳn các phương pháp mới nhất hiện nay.

7p maiyeumaiyeu26 23-12-2016 77 4   Download