TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014<br />
<br />
MỘT SỐ THAY ĐỔI TRONG CẤU TRÚC DI TRUYỀN CỦA VIRUT SỞI<br />
LƢU HÀNH Ở MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2006 - 2013<br />
Nguyễn Thái Sơn*; Nguyễn Thị Hồng Ngọc**<br />
Mai Thị Huyền Sâm***; Diêm Đăng Thanh****<br />
TÓM TẮT<br />
Trong những năm gần đây, mặc dù vắc xin sởi đã được đưa vào chương trình tiêm chủng<br />
mở rộng, bệnh sởi vẫn bùng phát và diễn biến phức tạp ở một số địa phương. Ngoài lý do tiêm<br />
chủng không đầy đủ, việc tìm hiểu những thay đổi trong cấu trúc di truyền ở các chủng virut sởi<br />
đang lưu hành là cần thiết. Phân tích gen N đặc hiệu ở các chủng virut sởi phân lập được tại<br />
một số tỉnh miền Bắc Việt Nam trong giai đoạn 2006 - 2013 cho thấy các chủng virut sởi lưu<br />
hành tại Việt Nam có sự biến đổi về trình tự nucleotid, cũng như khác biệt về genotýp qua các<br />
giai đoạn và khu vực địa lý khác nhau.<br />
* Từ khóa: Virut sởi; Genotýp; Nucleotid.<br />
<br />
THE CHANGES OF GENETIC STRUCTURES GENOTYPE OF<br />
MEASLES VIRUS IN NORTHERN OF VIETNAM<br />
SUMMARY<br />
In recent years, there has been routine measles vaccination for children, but measles still<br />
breaks out and develops complicatedly in some regions. Apart from reasons not fully immunized,<br />
the detection of changes in the genetic structure of measles virus strains in circulation is necessary.<br />
Analysis of N-specific genes in strains of measles virus isolated in some provinces in northern<br />
Vietnam during the period 2006 - 2013 showed that measles virus strains circulating in Vietnam<br />
have variations in nucleotide sequence, as well as there are differences in the genotype through<br />
the stages and different geographical areas.<br />
* Key words: Measles virus; Genotype; Nucleotide.<br />
<br />
ĐẶT VẤN ĐỀ<br />
Sởi là một bệnh nhiễm trùng đường hô<br />
hấp do virut sởi gây ra, thường gặp ở trẻ<br />
em. Theo thống kê của Tổ chức Y tế Thế<br />
giới (WHO), tình trạng tử vong do bệnh<br />
sởi đã giảm 78% và vắc xin đã cứu sống<br />
<br />
4,3 triệu người trong thập kỷ qua. Tuy nhiên,<br />
số liệu công bố của WHO cho thấy trung<br />
bình 330 người chết mỗi ngày, 14 trẻ chết<br />
mỗi giờ vì căn bệnh này hiện vẫn là quá<br />
lớn đối với một bệnh hoàn toàn có thể<br />
phòng ngừa được [8].<br />
<br />
* Bệnh viện Quân y 103<br />
** Trường Cao đẳng Y tế Hà Nội<br />
*** Bệnh viện Quân y 110<br />
Người phản hồi (Corresponding): Nguyễn Thái Sơn (nts65@yahoo.com)<br />
Ngày nhận bài: 03/06/2014; Ngày phản biện đánh giá bài báo: 22/07/2014<br />
Ngày bài báo được đăng: 28/07/2014<br />
<br />
66<br />
<br />
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014<br />
<br />
Tại Việt Nam, trong những năm gần<br />
đây, dịch bệnh sởi lại bùng phát với diễn<br />
biến phức tạp, bệnh gặp cả ở người lớn<br />
(18 - 40 tuổi) và trẻ em < 6 tháng tuổi,<br />
riêng từ cuối năm 2013 đến hết quý I/2014<br />
đã ghi nhận trên 5.000 trường hợp nghi<br />
bệnh sởi [1]. Ngoài việc tiêm phòng vắcxin,<br />
việc tìm hiểu đặc điểm di truyền của các<br />
chủng virut sởi đang lưu hành cũng cần<br />
thiết [9]. Vì vậy, đề tài này được tiến hành<br />
với mục tiêu: Tìm hiểu một số đặc điểm di<br />
truyền của virut sởi hiện đang lưu hành ở<br />
một số tỉnh miền Bắc Việt Nam giai đoạn<br />
2006 - 2013.<br />
ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP<br />
NGHIÊN CỨU<br />
1. Đối tƣợng nghiên cứu.<br />
- 46 chủng virut sởi thu được các vụ<br />
dịch sởi từ 2006 - 2013 tại một số tỉnh<br />
miền Bắc Việt Nam đang lưu giữ tại Khoa<br />
Virut, Viện Vệ sinh Dịch tễ TW được sử<br />
dụng để nghiên cứu đặc điểm phân tử.<br />
- Các chủng virut sởi phân lập từ 3 loại<br />
vắc xin sống giảm độc lực gồm: 6675/Rouvax<br />
Aventis Pasteur (Pháp); AIK-C Vero và<br />
MMR (Mỹ) được dùng như chủng chuẩn<br />
trong nghiên cứu virut sởi. Ngoài ra,<br />
nghiên cứu này còn dùng chủng virut sởi<br />
H1 là MVi/Hanam.VNM/6.09/9 (Genbank:<br />
JF824649) làm chủng đối chứng để so<br />
sánh và phân tích với các chủng phân lập<br />
(hoang dại) trong nghiên cứu.<br />
2. Phƣơng pháp nghiên cứu.<br />
ARN của các chủng virut sau khi tách<br />
chiết được khuếch đại đoạn gen N đặc<br />
hiệu tạo sản phẩm ADN có kích thước<br />
660 bp bằng phản ứng RT-PCR, sản<br />
phẩm này sau đó được giải trình tự gen<br />
trên máy giải trình tự ABI avant 3100, xử<br />
lý kết quả bằng phần mềm BioEdit và<br />
MEGA 4.0 [4, 5]. Phân tích, xác định<br />
<br />
67<br />
<br />
genotýp trình tự virut sởi để lập cây phát<br />
sinh chủng loại và tìm hiểu tỷ lệ sai khác<br />
so với chủng đối chứng H1 (Genbank:<br />
JF824649).<br />
<br />
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014<br />
<br />
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU<br />
1. Kết quả phân tích trình tự gen N của virut sởi.<br />
<br />
Hình 1: Kết quả giải trình tự một số chủng virut sởi trong nghiên cứu.<br />
Xử lý và phân tích trình tự gen N của các chủng virut sởi trong nghiên cứu bằng phần<br />
mềm BioEdit và MEGA 4.0 cho kết quả cây phát sinh chủng loại như sau:<br />
<br />
68<br />
<br />
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014<br />
MVi/BG.VN/58.09<br />
MVi/HN.VN/29.08<br />
MVi/NB.VN/4A.08<br />
MVi/NB.VN/8/09<br />
MVi/HN.VN/25.09<br />
MVi/BG.VN/17.09<br />
MVi/HN.VN/17.08<br />
MVi/HN.VN/25.08<br />
MVi/HN.VN/46.09<br />
MVi.HD.VN/13/09<br />
10<br />
<br />
MVi/BG.VN/43.09<br />
MVi/HN.VN/47.09<br />
MVi/NB.VN/3B.08<br />
JF824649.H1<br />
MVi/HB.VN/69.09<br />
<br />
10<br />
<br />
MVi/HD.VN/8.08<br />
MVi/NB.VN/3.08<br />
MVi/HN.VN/24.09<br />
MVi/HN.VN/50.09<br />
<br />
10<br />
<br />
MVi/HN.VN/52.09<br />
MVi/HN.VN/28.08<br />
MVi/Nghean.VN/106.09<br />
<br />
8<br />
64<br />
10<br />
<br />
MVi/TH.VN/18.08<br />
MVi/TH.VN/19.08<br />
MVi/TH.VN/21.08<br />
MVi/HN.VN/16.08<br />
<br />
21<br />
32<br />
<br />
MVi/HN.VN/15.08<br />
<br />
59<br />
<br />
MVi/HN.VN/42.08<br />
MVi/Nghean.VN/2L3.10<br />
<br />
76<br />
<br />
MVi/Nghean.VN/21.10<br />
49<br />
<br />
MVi/HN.VN/12.08<br />
MVs/Laichau.VN/198.13<br />
<br />
29<br />
<br />
MVs/Laichau.VN/197.13<br />
<br />
68<br />
<br />
MVi/Laichau.VN/1.06<br />
MVi/DB.VN/5/06<br />
99<br />
<br />
MVi/TN.VN/16.06<br />
<br />
47<br />
54<br />
46<br />
<br />
99<br />
<br />
MVi/TB.VN/4.06<br />
MVi/HD.VN/8.06<br />
MVi/TN.VN/15.06<br />
Hunan.CHN/93/7 H1<br />
MVs/Nghean.VN/11/10<br />
Beijing.CHN/94/1 H2<br />
Maryland.USA/77 C2<br />
<br />
98<br />
<br />
Erlangen.DEU/90 C2<br />
Amsterdam.NET/49.97 G2<br />
<br />
99<br />
65<br />
<br />
MVs/Victoria.AUS/24.99 G3<br />
Berkeley.USA/83 B2<br />
<br />
76<br />
<br />
Palau.BLA/93 D5<br />
<br />
80<br />
33<br />
<br />
Bangkoj.THA/93/1 D5<br />
<br />
16<br />
<br />
Illinois.USA/89/1 D3<br />
<br />
16<br />
20<br />
<br />
Victoria.AUS/16.85 D7<br />
<br />
29<br />
<br />
Montreal.CAN/89 D4<br />
<br />
19<br />
<br />
Manchester.UNK/30.94 D8<br />
<br />
8<br />
<br />
Illinois.USA/50.99 D7<br />
New Jersey.USA/94/1 D6<br />
MVs/Madrid.SPA/94 F<br />
<br />
11<br />
<br />
New York.USA/94 B3<br />
<br />
52<br />
90<br />
<br />
Yaounde.CAE/12.83 B1<br />
<br />
14<br />
<br />
Ibandan.NIE/97/1 B3<br />
Libreville.GAB/84 B2<br />
<br />
12<br />
<br />
Goettingen.DEU/71Braxator E<br />
<br />
41<br />
10<br />
<br />
Tokyo.JPN/84/K C1<br />
Johannesburg.SOA/88/1 D2<br />
<br />
12<br />
73<br />
32<br />
100<br />
73<br />
<br />
0.04<br />
<br />
0.03<br />
<br />
0.02<br />
<br />
0.01<br />
<br />
Edmonston-wt.USA/54 A<br />
VACJAIK Vero<br />
Vaccine MMR<br />
Vaccine Phap<br />
<br />
0.00<br />
<br />
Hình 2: Cây phát sinh chủng loại một số chủng virut sởi phân lập được ở<br />
miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2006 - 2013.<br />
<br />
Kết quả phân tích trình tự và lập cây phát sinh chủng loại chủng virut sởi phân lập được<br />
tại Việt Nam trong giai đoạn 2006 - 2013 cho thấy các chủng này đều thuộc genotýp H1.<br />
Trình tự nucleotid giữa các chủng phân lập được đã thay đổi ở một vài vị trí nucleotid so với<br />
chủng đối chứng H1 (Genbank: JF824649).<br />
2. Kết quả phân tích trình tự nucleotide virut sởi phân lập đƣợc theo năm.<br />
<br />
69<br />
<br />
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014<br />
<br />
Bảng 1: Tỷ lệ sai khác trong trình tự giữa các chủng virut sởi phân lập được so với chủng<br />
đối chứng H1_JF824649.<br />
<br />
2006<br />
<br />
1,6 - 2,0<br />
<br />
0 - 0,6<br />
<br />
2008<br />
<br />
0 - 0,6<br />
<br />
0 - 0,8<br />
<br />
2009<br />
<br />
0 - 0,4<br />
<br />
0 - 0,6<br />
<br />
2010<br />
<br />
0,2 - 1,6<br />
<br />
0,6 - 1,6<br />
<br />
2013<br />
<br />
1,2 - 1,6<br />
<br />
0,4<br />
<br />
Kết quả phân tích cho thấy, trình tự nucleotid trên đoạn gen nghiên cứu giữa các chủng<br />
virut sởi trong từng năm có tỷ lệ sai khác > 1% xảy ra vào năm 2006, giảm dần, nhưng sự<br />
sai khác lại có xu hướng tăng từ 2010 - 2013.<br />
Bảng 2: Tỷ lệ sai khác trong trình tự nucleotid các chủng virut sởi phân lập được đối chiếu<br />
theo từng năm.<br />
2006<br />
<br />
2008<br />
<br />
2009<br />
<br />
2010<br />
<br />
2013<br />
<br />
H1 JF824649<br />
<br />
1,6 - 2,0<br />
<br />
0 - 0,6<br />
<br />
0 - 0,4<br />
<br />
0,2 - 1,6<br />
<br />
1,2 - 1,6<br />
<br />
2006<br />
<br />
0<br />
<br />
1,6 - 2,4<br />
<br />
1,6 - 2,3<br />
<br />
1,6 - 2,6<br />
<br />
2,1 - 2,6<br />
<br />
2008<br />
<br />
1,6 - 2,4<br />
<br />
0<br />
<br />
0 - 0,9<br />
<br />
0,2 - 1,6<br />
<br />
1,2 - 2,1<br />
<br />
2009<br />
<br />
1,6 - 2,3<br />
<br />
0 - 0,9<br />
<br />
0<br />
<br />
0,2 - 1,8<br />
<br />
1,2 - 1,8<br />
<br />
2010<br />
<br />
1,6 - 2,6<br />
<br />
0,2 - 1,6<br />
<br />
0,2 - 1,8<br />
<br />
0<br />
<br />
1,6 - 2,4<br />
<br />
2013<br />
<br />
2,1 - 2,6<br />
<br />
1,2 - 2,1<br />
<br />
1,2 - 1,8<br />
<br />
1,6 - 2,4<br />
<br />
0<br />
<br />
Trình tự nucleotid các chủng năm 2013 có sự sai khác lớn so với những năm khác, số<br />
nucleotid sai khác trong khoảng từ 7 - 15 nucleotid, tương ứng với tỷ lệ 1,2 - 2,6%.<br />
BÀN LUẬN<br />
Theo nhiều nghiên cứu công bố trước<br />
đây cho thấy từ năm 1998 - 2003 các<br />
chủng virut sởi lưu hành ở cả ba miền Việt<br />
Nam thuộc nhánh H với hai genotýp là H1<br />
<br />
đoạn cuối gen N và 1,1% đối với gen H<br />
[7]. Nghiên cứu của Jacques R. Kremer,<br />
Giang H. Nguyen [5]: các chủng sởi phân<br />
lập tại Hà Nội năm 2003 thuộc về genotýp<br />
H2.<br />
<br />
và H2. Theo Liffick, Nguyễn Thị Thường và<br />
<br />
Các nghiên cứu tiếp theo ở giai đoạn<br />
<br />
CS, các chủng virut sởi lưu hành tại một<br />
<br />
2003 - 2005 thấy có cả hai loại genotýp<br />
<br />
số tỉnh như Hà Tây (cũ), Hòa Bình trong<br />
<br />
H1 và H2 của virut sởi cùng lưu hành. Gần<br />
<br />
những năm 1998, 1999 đều thuộc genotýp<br />
<br />
đây, những nghiên cứu về genotýp virut<br />
<br />
H2. Sự sai khác trong trình tự nucleotid<br />
<br />
sởi tại miền Bắc Việt Nam thấy chỉ có H1<br />
<br />
giữa các chủng này khoảng 1,8% đối với<br />
<br />
lưu hành như công bố của Nguyễn Hạnh<br />
<br />
70<br />
<br />
Thêm vào BST
Báo xấu
Download
Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ
