intTypePromotion=1
zunia.vn Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z zunia.vn zunia.vn
ADSENSE
 » 
 » 

Nghiên cứu in silico cơ chế tác dụng của Vernonia amygdalina trong điều trị bệnh đái tháo đường týp 2

Chia sẻ: _ _ | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:12

Thêm vào BST
Báo xấu
10
lượt xem 3
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Bài viết trình bày việc khám phá cơ chế tác dụng của các chất trong cây lá đắng - Vernonia Amygdalina (VA) Asteraceae trên bệnh đái tháo đường týp 2 (ĐTĐ T2) ở cấp độ phân tử. Phương pháp nghiên cứu: Sử dụng kỹ thuật mô phỏng trên máy tính (in silico) gồm dược lý nối mạng (network pharmacology) và gắn kết phân tử (molecular docking) để dự đoán cơ chế thông qua xác định các đích tác động cho các chất của VA trên ĐTĐ T2.

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Nghiên cứu in silico cơ chế tác dụng của Vernonia amygdalina trong điều trị bệnh đái tháo đường týp 2

  1. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 NGHIÊN CӬU IN SILICO CѪ CHӂ TÁC DӨNG CӪA VERNONIA AMYGDALINA TRONG ĈIӄU TRӎ BӊNH ĈÁI THÁO ĈѬӠNG TÝP 2 Nguy͍n Thͭy Vi͏t Ph˱˯ng1*, H͛ Ng͕c Khánh Ph˱˯ng1 Tóm tҳt Mͭc tiêu: Khám phá cѫ chӃ tác dөng cӫa các chҩt trong cây lá ÿҳng - Vernonia Amygdalina (VA) Asteraceae trên bӋnh ÿái tháo ÿѭӡng týp 2 (ĈTĈ T2) ӣ cҩp ÿӝ phân tӱ. Ph˱˯ng pháp nghiên cͱu: Sӱ dөng kӻ thuұt mô phӓng trên máy tính (in silico) gӗm dѭӧc lý nӕi mҥng (network pharmacology) và gҳn kӃt phân tӱ (molecular docking) ÿӇ dӵ ÿoán cѫ chӃ thông qua xác ÿӏnh các ÿích tác ÿӝng cho các chҩt cӫa VA trên ĈTĈ T2. HӋ thӕng gӗm mҥng hӧp chҩt - ÿích tác ÿӝng, tѭѫng tác giӳa protein-protein, ÿích tác ÿӝng quan trӑng - con ÿѭӡng sinh hóa ÿѭӧc xây dӵng sӱ dөng Cytoscape 3.9.0. Gҳn kӃt phân tӱ (sӱ dөng Autodock Vina 1.1.2) xác ÿӏnh ÿѭӧc các ÿích tác ÿӝng và các chҩt tiӅm năng. K͇t qu̫: Cѫ chӃ tăng nhҥy cҧm vӟi insulin ÿѭӧc ÿӅ xuҩt là cѫ chӃ chính cӫa VA trên ĈTĈ T2. Các chҩt tiӅm năng ÿѭӧc xác ÿӏnh nhѭ P1 (luteolin), P5 (scutellarein), P15 (6,8-diprenylnaringenin), P16 (eriodictyol), P25 (ononin) và T20 (aglycon cӫa vernoniamyosid D) tác ÿӝng trên 5 mөc tiêu tiӅm năng (EP300, EGFR, MAPK8, SRC, TNFĮ). K͇t lu̵n: Thông qua dѭӧc lý nӕi mҥng và gҳn kӃt phân tӱ, cѫ chӃ tăng nhҥy cҧm vӟi insulin ÿѭӧc ÿӅ xuҩt là cѫ chӃ tác dөng chính cӫa VA trên ĈTĈ T2. Tӯ khóa: In silico; Vernonia amygdalina Asteraceae; Ĉái tháo ÿѭӡng tuýp 2; Dѭӧc lý nӕi mҥng; Gҳn kӃt phân tӱ; Cѫ chӃ phân tӱ. IN SILICO STUDY ON THE MECHANISM OF ACTION OF VERNONIA AMYGDALINA ASTERACEAE IN TREATING TYPE 2 DIABETES Abstract Objectives: To explore the mechanism of action of Vernonia Amygdalina (VA) Asteraceae at an atomic level. Methods: In silico techniques, including network 1 Ĉҥi hӑc Y Dѭӧc Thành phӕ Hӗ Chí Minh * Tác giҧ liên hӋ: NguyӉn Thөy ViӋt Phѭѫng (ntvphuong@ump.edu.vn) Ngày nhұn bài: 03/10/2023 Ngày ÿѭӧc chҩp nhұn ÿăng: 03/12/2023 http://doi.org/10.56535/jmpm.v49i1.543 5
  2. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 pharmacology and molecular docking, were used to predict the molecular mechanism of VA by identifying potential therapeutic targets of VA in diabetes. The important network, consisting of the compound - target network, protein- protein interaction network, and hub target-pathway network, was developed using Cytoscape 3.9.0. Molecular docking using Autodock Vina 1.1.2 was conducted to identify the potential targets and compounds of VA related to the anti-diabetes bioactivity of VA. Results: Insulin resistance was explored as the main mechanism of anti-diabetes of VA. The potential compounds including P1 (luteolin), P5 (scutellarein), P15 (6.8-diprenylnaringenin), P16 (eriodictyol), P25 (ononin), T20 (aglycon cӫa vernoniamyosid D) and five molecular targets (EP300, EGFR, MAPK8, SRC, TNFĮ) were identified. Conclusion: Through network pharmacology and molecular docking, insulin sensitivity was considered the main molecular mechanism of VA against type 2 diabetes. Keywords: In silico; Vernonia amygdalina Asteraceae; Type 2 diabetes; Network pharmacology; Molecular docking; Molecular mechanism. ĈҺT VҨN Ĉӄ huyӃt trҫm trӑng [4]. Tuy nhiên, cѫ chӃ Cây lá ÿҳng Vernonia amygdalina tác dөng trên bӋnh ĈTĈ T2 cӫa VA Asteraceae ÿã ÿѭӧc chӭng minh là vүn chѭa ÿѭӧc ÿánh giá toàn diӋn và dѭӧc liӋu tiӅm năng trong ÿiӅu trӏ bӋnh hӋ thӕng ӣ cҩp ÿӝ phân tӱ. ĈTĈ T2. Các nghiên cӭu trên thӃ giӟi HiӇu rõ cѫ chӃ, tác ÿӝng hiӋp ÿӗng ÿã chӭng minh dӏch chiӃt nѭӟc VA có cӫa hӧp chҩt ÿӇ sӱ dөng hiӋu quҧ dѭӧc khҧ năng giҧm ÿѭӡng huyӃt lúc ÿói tӯ liӋu và bài thuӕc cә truyӅn có tҫm quan 520mg% còn 300mg% tѭѫng ÿѭѫng trӑng lӟn trong nghiên cӭu thuӕc mӟi vӟi tolbutamid [1]. Nghiên cӭu khác [6]. Trong ÿó, hai kӻ thuұt là phѭѫng cNJng cho kӃt quҧ dӏch chiӃt nѭӟc cӫa pháp dѭӧc lý nӕi mҥng và gҳn kӃt phân VA giҧm ÿáng kӇ ÿѭӡng huyӃt lúc ÿói tӱ ÿã trӣ thành giҧi pháp giúp ÿánh giá tӯ 520,00 ± 7,80 mg/dL còn 150,00 ± toàn diӋn mӕi liên quan cӫa dѭӧc liӋu 2,16 mg/dL, tѭѫng ÿѭѫng vӟi vӟi mөc tiêu trên nhӳng bӋnh ÿa cѫ glibenclamid [2]. Tҥi ViӋt Nam, thӱ chӃ thông qua thiӃt lұp mӝt mҥng lѭӟi nghiӋm in vitro cho thҩy cao ethanol “hӧp chҩt - protein/gen - bӋnh” [5]. Ví cӫa VA ӭc chӃ Į-glucosidase (IC50 = dө: Các nghiên cӭu liên quan nhѭ hҥt 480 ȝg/mL) [3]. Trên bӋnh nhân ĈTĈ chùm ngây (Moringa oleifera) ÿã T2, cao lӓng chiӃt nѭӟc tӯ lá VA giҧm phát hiӋn glycosidic isothiocyanate và ÿѭӡng huyӃt sau ăn (AUC giҧm 74,43 glycosidic benzylamine là nhӳng hӧp ± 109,52) nhѭng không gây hҥ ÿѭӡng chҩt chính giúp cҧi thiӋn kháng insulin 6
  3. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 bҵng cách tác ÿӝng lên SRC, PTPN1 nhҵm: Khám phá c˯ ch͇ tác dͭng cͯa và CASP3 [6]. Bài thuӕc LiuWei VA trên b͏nh ĈTĈ T2 ͧ c̭p ÿ͡ phân DiHuang vӟi 6 dѭӧc liӋu ÿã xác ÿӏnh t͵ thông qua mô ph͗ng máy tính. Các 10 hӧp chҩt có liên quan ÿӃn chӕng ÿích tác ÿӝng cӫa VA trên bӋnh ĈTĈ viêm, chӕng stress oxy hóa và giҧm T2 ÿѭӧc dӵ ÿoán. Các mҥng hӧp chҩt - tәn thѭѫng tӃ bào ȕ, thông qua con ÿích tác ÿӝng ÿiӅu trӏ ĈTĈ T2 cӫa VA ÿѭӡng tín hiӋu AGE - RAGE, con ÿѭӧc xây dӵng và thông qua gҳn kӃt ÿѭӡng tín hiӋu TNF và con ÿѭӡng tín cӫa hӧp chҩt và ÿích tác ÿӝng tiӅm hiӋu NF - kappa B [7]. năng ÿӇ xác ÿӏnh cѫ chӃ chính cNJng Do ÿó, nhҵm áp dөng các kӻ thuұt nhѭ các chҩt tiӅm năng trong VA có tác hiӋn ÿҥi này, mөc tiêu cӫa nghiên cӭu dөng trên bӋnh ĈTĈ T2. PHѬѪNG PHÁP NGHIÊN CӬU 1. ThiӃt kӃ nghiên cӭu Hình 1. Các giai ÿoҥn nghiên cӭu. * Ĉ͓a ÿi͋m nghiên cͱu: Nghiên cӭu ÿѭӧc thӵc hiӋn tҥi Khoa Dѭӧc, Ĉҥi hӑc Y Dѭӧc Thành phӕ Hӗ Chí Minh. 7
  4. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 2. Cѫ sӣ dӳ liӋu trӵc tuyӃn xây (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov), nӃu dӵng ÿích tác ÿӝng không tìm thҩy trên PubChem thì có Cѫ sӣ dӳ liӋu trӵc tuyӃn cho dӵ ÿoán thӇ vӁ bҵng ChemDraw 19.0 (98 cҩu ÿích tác ÿӝng cӫa hӧp chҩt là STITCH trúc) và sau ÿó loҥi trùng lһp. Công cө (http://stitch.embl.de), SwissTargetPrediction SwissADME (http://www.swissadme.ch/) (http://swisstargetprediction.ch), ÿѭӧc sӱ dөng ÿӇ chӑn các hӧp chҩt có PharmMapper (http://lilab-ecust.cn/ sinh khҧ dөng ÿѭӡng uӕng tӕt. pharmmapper). Dӵ ÿoán các ÿích tác Dӵ ÿoán ÿích tác ÿӝng cӫa VA trên ÿӝng liên quan ÿӃn bӋnh ĈTĈ T2 sӱ bӋnh ĈTĈ T2: Giҧn ÿӗ Venn dөng cѫ sӣ dӳ liӋu là GeneCard (http://bioinformatics.com.cn/static/oth (http://genecards.org), Therapeutic Target ers/jvenn) là các ÿích tác ÿӝng chung Database (http://db.idrblab.net/ttd), OMIM hoһc ÿích tác ÿӝng cӫa VA trên ĈTĈ (http://omim.org), và DrugBank T2 ÿѭӧc nhұn dҥng. (http://go.drugbank.com). Xây dӵng mҥng hӧp chҩt - ÿích 3. Dѭӧc lý nӕi mҥng tác ÿӝng: Dѭӧc lý nӕi mҥng bao gӗm các giai - Mҥng hӧp chҩt - ÿích tác ÿӝng: Sӱ ÿoҥn chính: Dӵ ÿoán ÿích tác ÿӝng; dөng Cytoscape 3.9.0 và Network xây dӵng mҥng hӧp chҩt - ÿích tác Analysis tích hӧp sҹn trong Cytoscape ÿӝng ÿӇ tìm chҩt và các ÿích tác ÿӝng giúp phân tích các thông sӕ mҥng. tiӅm năng. - Mҥng tѭѫng tác protein - protein: Dӵ ÿoán ÿích tác ÿӝng cӫa các hӧp Sӱ dөng STRING (http://string-db.org). chҩt có trong VA trên ĈTĈ T2: Các - Mҥng ÿích tác ÿӝng quan trӑng - chҩt chiӃt xuҩt trong lá VA ÿѭӧc thu con ÿѭӡng sinh hóa: Công cө DAVID thұp gӗm 70 triterpenoid, 67 polyphenol, (http://david.ncifcrf.gov) ÿѭӧc sӱ dөng 14 sesquiterpen lacton, 7 hӧp chҩt ÿӇ phân tích GO và KEGG chӭa mҥch carbon dài và 1 diterpen. (http://kegg.jp/kegg/pathway.html). Ĉӕi vӟi các chҩt có khung glycosid, các aglycon cNJng ÿѭӧc thêm vào cѫ sӣ 4. Gҳn kӃt phân tӱ dӳ liӋu vì ӣ ÿѭӡng tiêu hóa, các Gҳn kӃt phân tӱ ÿѭӧc thӵc hiӋn glycosid bӏ thӫy phân thành aglycon bҵng phҫn mӅm Autodock Vina 1.1.2 và hҩp thu vào máu. Cҩu trúc cӫa [8]. Ĉích tác ÿӝng tiӅm năng ӣ dҥng các chҩt ÿѭӧc tìm trên PubChem phӭc hӧp ÿѭӧc tìm kiӃm sӱ dөng mã 8
  5. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 Uniprot trên ngân hàng dӳ liӋu PDB chҩt có trong VA qua sàng lӑc, kӃt quҧ (http://www.rcsb.org). Protein và thu ÿѭӧc 91 hӧp chҩt có sinh khҧ dөng ligand ÿӗng kӃt tinh ÿѭӧc tách riêng sӱ ÿѭӡng uӕng tӕt. Dӵa vào tѭѫng ÿӗng dөng Discovery Studio 2016 (file pdb): cҩu trúc, 91 hӧp chҩt ÿѭӧc phân thành Protein ÿѭӧc thêm hydro (file pdbqt) 4 nhóm chính là nhóm P, T, S và C: bҵng AutoDock tool 1.5.6; ligand ÿѭӧc Nhóm P gӗm 36 polyphenol, trong ÿó tҧi tӯ PubChem hoһc vӁ và tӕi thiӇu có 2 coumarin, 5 acid phenolic, 29 hóa năng lѭӧng bҵng phҫn mӅm flavonoid (9 flavon, 5 flavonol, 7 Chem3D 19.0 (file pdb). Dùng isoflavon, 7 flavanon, 1 chalcon); AutodockTools 1.5.6 ÿӇ chuyӇn thành nhóm T gӗm 34 hӧp chҩt là phҫn tұp .pdbqt. Thông sӕ gҳn kӃt (file txt) aglycon cӫa các hӧp chҩt nhóm cҩu bao gӗm tӑa ÿӝ khoang gҳn kӃt (grid trúc saponin trong VA, trong ÿó có 33 box) vӟi khoҧng cách không gian là steroid, 1 hӧp chҩt triterpenoid; nhóm 1Å, sӕ cҩu dҥng tӕi ÿa là 8. KӃt quҧ S gӗm 15 hӧp chҩt vӟi 14 sesquiterpen ÿánh giá dӵa trên khҧ năng gҳn, ái lӵc lacton và 1 diterpen; nhóm C gӗm 6 gҳn (kcal.mol-1) và tѭѫng tác vӟi các hӧp chҩt vӟi cҩu trúc chӭa các mҥch acid amin quan trӑng trong khoang. Ĉӗng thӡi, giá trӏ ÿӝ lӋch RMSD (root- carbon dài. mean-square-deviation) cӫa phӕi tӱ Dӵ ÿoán ÿích tác ÿӝng cӫa VA: Tӯ trѭӟc và sau quá trình gҳn ÿѭӧc dùng 91 hӧp chҩt dӵ ÿoán ÿѭӧc 1.207 ÿích ÿӇ ÿánh giá tính tѭѫng thích và sӵ phù tác ÿӝng. hӧp cӫa phҫn mӅm sau quá trình tái Tìm kiӃm ÿích tác ÿӝng ÿiӅu trӏ gҳn kӃt: NӃu RMSD ” 2Å thì phҫn ĈTĈ T2: Ĉích tác ÿӝng ÿiӅu trӏ ĈTĈ mӅm sӱ dөng là phù hӧp. T2 ÿѭӧc tìm kiӃm trên 4 cѫ sӣ dӳ liӋu, sau khi loҥi trùng lһp, thu ÿѭӧc 1.095 KӂT QUҦ NGHIÊN CӬU ÿích tác ÿӝng. 1. Dӵ ÿoán ÿích tác ÿӝng cӫa các Ĉích tác ÿӝng cӫa VA trên bӋnh hӧp chҩt trong VA trên ĈTĈ T2 ĈTĈ T2: Bҵng giҧn ÿӗ Venn, 339 ÿích Vì dҥng thuӕc ÿѭӡng uӕng tiӋn lӧi, tác ÿӝng chung ÿѭӧc xác ÿӏnh ӣ phҫn dӉ sӱ dөng và an toàn; do ÿó, nghiên giao nhau cӫa hai tұp dӳ liӋu là ÿích cӭu ÿã thӵc hiӋn sàng lӑc các chҩt sӱ tác ÿӝng cӫa các hӧp chҩt trong VA dөng theo ÿѭӡng uӕng. Tӯ 159 hӧp trên ĈTĈ T2. 9
  6. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 2. Mҥng dѭӧc lý hӧp chҩt - ÿích tác ÿӝng Mҥng hӧp chҩt - ÿích tác ÿӝng cӫa VA trên ĈTĈ T2 ÿѭӧc xây dӵng vӟi 91 hӧp chҩt và 339 ÿích tác ÿӝng chung (Hình 2). Hình 2. Mҥng hӧp chҩt - ÿích tác ÿӝng cӫa VA trên ĈTĈ T2. Trong ÿó, các hӧp chҩt (hình tròn) ÿѭӡng sinh hóa giҧi thích cѫ chӃ tác có kích thѭӟc lӟn dҫn theo mӭc ÿӝ dөng cӫa VA trên ĈTĈ T2. Trong ÿó, tăng dҫn, liên quan ÿӃn càng nhiӅu 22 ÿích tác ÿӝng tiӅm năng ÿѭӧc xác ÿích tác ÿӝng. Ĉích tác ÿӝng (hình chӳ ÿӏnh, gӗm PIK3R1, AKT1, PIK3CA, nhұt) có màu ÿұm dҫn theo mӭc ÿӝ MAPK1, RELA, NFKB1, STAT3, tăng dҫn, liên quan ÿӃn càng nhiӅu MTOR, IL6, MAPK8, EGFR, NFKBIA, hӧp chҩt. TP53, RPS6KB1, SRC, STAT1, VEGFA, Tӯ 339 ÿích tác ÿӝng trên, qua quá TNFĮ, FOXO1, EP300, IGF1, RHOA. trình phân tích cҩu trúc mҥng tѭѫng tác Ĉӗng thӡi, 5 con ÿѭӡng sinh hóa liên protein - protein ÿã tìm ra ÿѭӧc nhӳng quan ÿӃn ĈTĈ T2 là ÿӅ kháng insulin, mөc tiêu tiӅm năng cӫa VA trên ĈTĈ béo phì - xѫ vӳa, con ÿѭӡng tín hiӋu T2 (Hình 3) dӵa trên các tiêu chí ÿánh PIK3 - AKT, con ÿѭӡng tín hiӋu AGE- giá. KӃt quҧ ÿã xác ÿӏnh ÿѭӧc 32 hӧp RAGE trong biӃn chӭng ĈTĈ, con chҩt, 22 ÿích tác ÿӝng tiӅm năng, 5 con ÿѭӡng tín hiӋu HIF-1. 10
  7. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 Hình 3. KӃt quҧ tìm kiӃm mөc tiêu tiӅm năng tӯ 339 ÿích tác ÿӝng cӫa VA trên ĈTĈ T2. Mӭc ÿӝ (MĈ), ÿӝ trung gian (ĈTG), ÿӝ gҫn (ĈG). Dӵa trên phân tích KEGG, ÿӅ kháng (GSK3), glucose transporter 4 (GLUT4) insulin có thӇ là cѫ chӃ tác dөng chính ÿӇ chuyӇn hóa glucose, trong khi FOXO1 cӫa VA trên ĈTĈ T2 vì có giá trӏ p là yӃu tӕ phiên mã ӣ tӃ bào ȕ tөy, liên thҩp nhҩt (5,97.10-28). Trong ÿó, AKT1, quan ÿӃn tăng biӇu hiӋn enzyme tәng FOXO1, IL6, MAPK8, MTOR, NFKB1, hӧp glucose [9]. Viêm là mӝt trong NFKBIA, PIK3CA, PIK3R1, RELA, nhӳng nguyên nhân dүn ÿӃn ÿӅ kháng RPS6KB1, STAT3, TNFĮ là nhӳng insulin thông qua tăng phosphoryl hóa ÿích tác ÿӝng liên quan ÿӃn con ÿѭӡng serin. Nuclear factor kappa B (NFKB) tăng nhҥy cҧm vӟi insulin (Hình 4). là yӃu tӕ chính liên quan ÿӃn các con Ĉӕi chiӃu vӟi các nghiên cӭu trѭӟc ÿó ÿѭӡng truyӅn tín hiӋu viêm, cNJng nhѭ cho thҩy VA làm giҧm sҧn xuҩt glucose ÿóng vai trò quan trӑng trong viӋc kích thông qua ӭc chӃ hai enzym PIK3 và hoҥt và ÿiӅu chӍnh các yӃu tӕ gây FOXO1 [9]. PIK3 giúp hoҥt hóa AKT viêm. Nhѭ vұy, tác ÿӝng cӫa các mөc có thӇ tăng tәng hӧp glycogen thông qua tiêu trên có thӇ góp phҫn giҧi thích cho ÿiӅu chӍnh glycogen synthase kinase 3 viӋc ÿӅ xuҩt VA có thӇ làm tăng nhҥy 11
  8. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 cҧm vӟi insulin. Mӝt sӕ con ÿѭӡng kích hoҥt các thành viên cӫa protein sinh hóa khác cNJng liên quan ÿӃn ÿӅ kinase C trong gan, dүn ÿӃn ӭc chӃ quá kháng insulin nhѭ con ÿѭӡng PIK3 - trình truyӅn tín hiӋu insulin, gây ra ÿӅ AKT liên quan ÿӃn ÿiӅu hòa ÿѭӡng kháng insulin; hoҥt hóa EP300 dүn ÿӃn huyӃt cӫa insulin, béo phì và xѫ vӳa khҧ năng aceyl hóa IRS, giҧm liên kӃt liên quan ÿӃn tích tө lipid làm tăng cӫa thө thӇ insulin vӟi tiӇu ÿѫn vӏ ȕ mӭc diacylglycerol trong mô, dүn ÿӃn làm gián ÿoҥn tín hiӋu insulin. Hình 4. Mô tҧ cѫ chӃ tác dөng cӫa cây lá ÿҳng VA theo các ÿích tác dөng trong cѫ chӃ ÿӅ kháng insulin. 3. Gҳn kӃt phân tӱ (PDB: 7JRA), TP53 (PDB: 5AB9). Nghiên cӭu ÿã thӵc hiӋn gҳn kӃt Quá trình tái gҳn kӃt cho thҩy tính phân tӱ cho 91 hӧp chҩt và 14 ÿích tác tѭѫng thích và sӵ phù hӧp cӫa phҫn ÿӝng bao gӗm AKT1 (PDB: 4GV1), mӅm sau quá trình gҳn vӟi cҩu trúc các EGFR (PDB: 3W33), EP300 (PDB: ÿích tác ÿӝng (các ligand ÿӗng kӃt tinh 7LJE), IL6 (PDB: 1ALU), MAPK1 có ái lӵc gҳn tӯ khá ÿӃn rҩt tӕt (-6,6 (PDB: 6SLG), MAPK8 (PDB: 4LF7), kcal.mol-1 ÿӃn -13,9 kcal.mol-1) vӟi giá MTOR (PDB: 4JSX), PIK3CA (PDB: trӏ RMSD ” 2Å). 4JPS), RHOA (PDB: 5JHH), KӃt quҧ gҳn kӃt phân tӱ cho thҩy 91 RPS6KB1 (PDB: 4L46), SRC (PDB: hӧp chҩt có trong VA ÿӅu gҳn ÿѭӧc 2H8H), STAT3 (PDB: 6NUQ), TNFĮ vào khoang gҳn kӃt cӫa 14 ÿích tác 12
  9. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 ÿӝng vӟi ái lӵc gҳn tӯ -11,5 kcal.mol-1 Mӝt sӕ phӭc hӧp ligand - protein ÿӃn -2,5 kcal.mol-1. Quá trình gҳn kӃt tiӅm năng tҥo ÿѭӧc nhӳng liên kӃt ÿã giúp xác minh và cҧi thiӋn sӵ chính hydro, liên kӃt kӷ nѭӟc quan trӑng ÿӇ xác cӫa dѭӧc lý nӕi mҥng thông qua quyӃt ÿӏnh hoҥt tính, nhѭ P15 - EP300 loҥi bӓ nhӳng hӧp chҩt có giá trӏ mӭc (-10,6 kcal.mol-1), P1 - EGFR (-8,7 ÿӝ cao nhѭng không có khҧ năng gҳn kcal.mol-1), P25 - MAPK8 (-9,9 kӃt vӟi ÿích tác ÿӝng tiӅm năng trong kcal.mol-1), P1 - SRC (-8,8 kcal.mol-1), mҥng hӧp chҩt - ÿích tác ÿӝng. P15 - TNFĮ (-11,5 kcal.mol-1) (Hình 5). Hình 5. Nhӳng phӭc hӧp protein - ligand có ái lӵc gҳn tӕt: (A) EP300 - P15, (B) EGFR - P1, (C) MAPK8 - P25, (D) SRC - P1, (E) TNFĮ - P15. (Nét xanh lá: Liên kӃt hydro, nét tím: Liên kӃt ʌ-ı, nét hӗng ÿұm: Liên kӃt ʌ-ʌ, nét hӗng nhҥt: Liên kӃt alkyl, ʌ-alkyl, nét cam ÿұm: Liên kӃt ʌ-cation, nét cam nhҥt: Liên kӃt ʌ-sulfur). 13
  10. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 Trong ÿó, P1, P5, P15, P16, P25, 32 hӧp chҩt, 22 ÿích tác ÿӝng tiӅm T20 là nhӳng chҩt ái lӵc cao trên nhiӅu năng và 5 con ÿѭӡng sinh hóa liên ÿích tác ÿӝng nhҩt (10/14 ÿích tác quan giӳa VA và ĈTĈ T2. Trong ÿó, ÿӝng). Các chҩt trong nhóm P ÿӅu có tăng nhҥy cҧm vӟi insulin có thӇ là cѫ khung flavonoid (vӟi cҩu trúc C6-C3- chӃ tác dөng chính cӫa VA trên ĈTĈ C6) dài hѫn so vӟi cҩu trúc C6-C3 T2, bên cҥnh các cѫ chӃ khác nhѭ con trong coumarin và acid phenolic nên ÿѭӡng tín hiӋu PIK3 - AKT, HIF-1, flavonoid có thӇ tiӃp cұn ÿѭӧc các acid béo phì - xѫ vӳa, AGE-RAGE trong amin quan trӑng ÿӇ hình thành liên kӃt biӃn chӭng ĈTĈ. hydro và liên kӃt kӷ nѭӟc, tӯ ÿó gҳn Nghiên cӭu cNJng ÿã sӱ dөng kӻ tӕt hѫn các coumarin và acid phenolic. thuұt mô phӓng viӋc gҳn kӃt và tѭѫng Trong các ÿích tác ÿӝng tiӅm năng, tác là phѭѫng pháp ÿѭӧc sӱ dөng phә EP300 là ÿích tác ÿӝng nәi bұt vì cho biӃn hiӋn nay ÿӇ xác ÿӏnh các cҩu trúc khҧ năng gҳn kӃt vӟi ÿa sӕ hӧp chҩt ÿѭӧc cho là có hoҥt tính sinh hӑc cao. (73/91 hӧp chҩt, chiӃm 80% chҩt gҳn KӃt quҧ ÿã giúp nhұn dҥng P1, P5, tӕ vӟi ái lӵc ” -8,0 kcal.mol- 1). P15, P16, P25, T20 là nhӳng chҩt có BÀN LUҰN khҧ năng gҳn kӃt cao vӟi 10/14 ÿích tác ÿӝng. KӃt hӧp dѭӧc lý nӕi mҥng và ViӋc xác ÿӏnh cѫ chӃ phân tӱ ÿӇ tìm gҳn kӃt phân tӱ ÿã xác nhұn các hӧp hiӇu và nghiên cӭu tìm kiӃm các chҩt chҩt này, ÿһc biӋt là các flavonoid là tiӅm năng tӯ hiӋu quҧ cӫa cây lá ÿҳng nhӳng hӧp chҩt chính cӫa VA cho tác VA trong ÿiӅu trӏ ĈTĈ T2 là rҩt cҫn thiӃt, mӣ ra các nghiên cӭu sâu hѫn vӅ dөng cҧi thiӋn ĈTĈ T2. ĈiӅu này gӧi ý các hӧp chҩt có trong VA nhҵm tăng flavonoid là các chҩt tiӅm năng lӟn cho hoҥt tính sinh hӑc, giҧm ÿӝc tính, tăng tác dөng trên bӋnh ĈTĈ. Ĉӕi chiӃu vӟi các tính chҩt dѭӧc ÿӝng hӑc cӫa các các nghiên cӭu ÿã công bӕ cho thҩy thuӕc có sӱ dөng thành phҫn dѭӧc liӋu trên mô hình in vivo, các dӏch chiӃt này. Phѭѫng pháp dѭӧc lý nӕi mҥng là giàu flavonoid có khҧ năng giҧm mӝt kӻ thuұt máy tính hiӋn ÿҥi, trong ÿѭӡng huyӃt tӕt, hiӋu quҧ tѭѫng ÿѭѫng ÿó, các yӃu tӕ liên quan ÿӃn bӋnh ĈTĈ hay có thӇ tӕt hѫn so vӟi insulin [10]. T2 và các hӧp chҩt trong VA ÿѭӧc Nhѭ vұy, nghiên cӭu ÿã xác ÿӏnh P1 quan tâm. KӃt quҧ xác ÿӏnh ÿѭӧc tӯ (luteolin), P5 (scutellarein), P15 (6,8- 339 ÿích tác ÿӝng và 91 chҩt, thu ÿѭӧc diprenyl naringenin), P16 (eriodictyol), 14
  11. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 P25 (ononin), T20 (aglycon cӫa TÀI LIӊU THAM KHҦO vernoniamyosid D) là nhӳng hӧp chҩt 1. Akah P, Okafor C. Blood sugar chính cӫa VA cho tác dөng cҧi thiӋn lowering effect of Vernonia amygdalina ĈTĈ T2 thông qua tác ÿӝng lên 5 mөc Del, in an experimental rabbit model. tiêu tiӅm năng (EP300, EGFR, MAPK8, Phytotherapy research. 1992; 6(3):171- SRC, TNFĮ). Nghiên cӭu này là tiӅn 173. DOI:10.1002/ptr.2650060318 ÿӅ cho các nghiên cӭu tiӃp theo nhѭ tiӅn 2. Aba PE, Udechukwu IR. lâm sàng và lâm sàng bӋnh ĈTĈ T2. Comparative hypoglycemic potentials and phytochemical profiles of 12 common KӂT LUҰN leafy culinary vegetables consumed in Nghiên cӭu ÿã sӱ dөng kӻ thuұt in Nsukka, Southeastern Nigeria. Journal of Basic and Clinical Physiology and silico là dѭӧc lý nӕi mҥng và gҳn kӃt Pharmacology. 2018; 29(4):313-320. phân tӱ ÿӇ dӵ ÿoán ÿѭӧc 32 hӧp chҩt, DOI:10.1515/jbcpp-2017-0134 22 ÿích tác ÿӝng tiӅm năng và 5 con 3. NguyӉn Thӏ Chi, Phҥm ViӋt Trang, ÿѭӡng sinh hóa cӫa VA liên quan ÿӃn Lê Xuân TiӃn, NguyӉn Văn Thanh. tác dөng ÿiӅu trӏ ĈTĈ T2. Trong ÿó, Nghiên cӭu khҧ năng kháng oxy hóa và các hӧp chҩt chính cӫa VA ÿѭӧc xác ӭc chӃ enzym Į-glucosidase cӫa cao ÿӏnh cho tác dөng cҧi thiӋn ĈTĈ T2 chiӃt tӯ lá cây lá ÿҳng (Vernonia thông qua cѫ chӃ ÿӅ xuҩt là tăng nhҥy amygdalina Del.), hӑ Cúc (Asteraceae). cҧm vӟi insulin bao gӗm P1 (luteolin), T̩p chí D˱ͫc h͕c. 2018; 507:25-29. P5 (scutellarein), P15 (6,8-diprenyl 4. NguyӉn Văn Ĉàn, NguyӉn Thӏ naringenin), P16 (eriodictyol), Nguyên Sinh, Bùi Chí Bҧo, Trӏnh Thӏ P25 (ononin), T20 (aglycon cӫa DiӋu Thѭӡng. Bѭӟc ÿҫu ÿánh giá hiӋu vernoniamyosid D) tác ÿӝng lên 5 mөc quҧ giҧm ÿѭӡng huyӃt sau ăn trên ngѭӡi tiêu tiӅm năng (EP300, EGFR, bӋnh ÿái tháo ÿѭӡng týp 2 cӫa bài thuӕc MAPK8, SRC, TNFĮ). nam sѭu tҫm trên ÿӏa bàn tӍnh Sóc Trăng. T̩p chí Y h͕c Thành ph͙ H͛ Chí Minh. Lӡi cҧm ѫn: Nghiên cӭu ÿѭӧc thӵc 2018; 22(3):417. hiӋn dѭӟi sӵ hӛ trӧ cӫa Bӝ môn Công 5. Zhang R, Zhu X, Bai H, Ning K. nghӋ thông tin Dѭӧc, Khoa Dѭӧc, Ĉҥi Network pharmacology databases for hӑc Y Dѭӧc Thành phӕ Hӗ Chí Minh. traditional Chinese medicine: Review and Chúng tôi xin cam kӃt không có xung assessment. Frontiers in Pharmacology. ÿӝt lӧi ích trong nghiên cӭu. 2019; 10:123. DOI:10.3389/fphar.201 15
  12. TҤP CHÍ Y DѬӦC HӐC QUÂN SӴ SӔ 1 - 2024 6. Huang Q, Liu R, Liu J, et al. efficient optimization, and multithreading. Integrated network pharmacology analysis Journal of Computational Chemistry. 2010; and experimental validation to reveal the 31(2):455-461. DOI:10.1002/jcc.21334 mechanism of anti-insulin resistance 9. Wu X-m, Ren T, Liu J-F, et al. effects of Moringa oleifera seeds. Drug Vernonia amygdalina Delile extract Design, Development and Therapy. 2020; inhibits the hepatic gluconeogenesis 14:4069. DOI:10.2147/DDDT.S265198 through the activation of adenosine- 5’monophosph kinase. Biomedicine and 7. He D, Huang J-H, Zhang Z-Y, et al. Pharmacotherapy. 2018;103:1384-1391. A network pharmacology-based strategy DOI:10.1016/j.biopha.2018.04.135 for predicting active ingredients and 10. Ugoanyanwu FO, Mgbeje BI, potential targets of LiuWei DiHuang pill Igile GO, Ebong PE. The flavonoid-rich in treating type 2 diabetes mellitus. Drug fraction of Vernonia amygdalina leaf Design, Development and Therapy. 2019; extract reversed diabetes-induced 13:3989. DOI:10.2147/DDDT.S216644 hyperglycemia and pancreatic beta cell 8. Trott O, Olson AJ. AutoDock damage in albino wistar rats. World J Vina: Improving the speed and accuracy Pharm Pharm Sci [Internet]. 2015; of docking with a new scoring function, 4(10):1788-802. 16
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

THÔNG TIN
TRỢ GIÚP
HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG
Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.

 

Đồng bộ tài khoản
7=>1