intTypePromotion=1
zunia.vn Tuyển sinh 2024 dành cho Gen-Z zunia.vn zunia.vn
ADSENSE
 » 
 » 

Báo cáo: Phát hiện các chủng cường độc Gumboro nguồn gốc Âu - Mỹ tại Việt Nam bằng phương pháp sinh học phân tử phân tích gen VP2

Chia sẻ: Hậu Sinh | Ngày: | Loại File: PDF | Số trang:7

Thêm vào BST
Báo xấu
89
lượt xem 6
download
 
  Download Vui lòng tải xuống để xem tài liệu đầy đủ

Đặc tính di truyền của hệ gen virus Gumboro có xu hướng phân chia các chủng trên thế giới thành 2 nhóm: nhóm có nguồn gốc châu Á và nhóm có nguồn gốc Âu - Mỹ. Bằng phản ứng RT-PCR, tách dòng và giải trình trình tự, toàn bộ gen VP2 (1359 bp) của một số chủng virus Gumboro phân lập tại Việt Nam, ký hiệu BDG23 (Bình Dương)...

Chủ đề:

Bình luận(0) Đăng nhập để gửi bình luận!

Lưu

Nội dung Text: Báo cáo: Phát hiện các chủng cường độc Gumboro nguồn gốc Âu - Mỹ tại Việt Nam bằng phương pháp sinh học phân tử phân tích gen VP2

  1. Tạp chí Khoa học và Phát triển 2008: Tập VI, Số 5: 437-443 ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI PH¸T HIÖN C¸C CHñNG C¦êNG §éC GUMBORO NGUåN GèC ¢U-Mü T¹I VIÖT NAM B»NG PH¦¥NG PH¸P SINH HäC PH¢N Tö PH¢N TÝCH GEN VP2 Detection of Virulent Gumboro Isolates of Euro-American Sublineage in Vietnam by Molecular Analysis of Gene VP2 Lê Thị Kim Xuyến, Lê Thanh Hòa Viện Công nghệ Sinh học Việt Nam TÓM TẮT Đặc tính di truyền của hệ gen virus Gumboro có xu hướng phân chia các chủng trên thế giới thành 2 nhóm: nhóm có nguồn gốc châu Á và nhóm có nguồn gốc Âu - Mỹ. Bằng phản ứng RT-PCR, tách dòng và giải trình trình tự, toàn bộ gen VP2 (1359 bp) của một số chủng virus Gumboro phân lập tại Việt Nam, ký hiệu BDG23 (Bình Dương), GPT (Phúc Thọ) được thu nhận và phân tích thành phần gen so sánh với các chủng Gumboro khác của Việt Nam (GHUT1; GSG4; GT1ST; BDG) và thế giới, bao gồm các chủng cường độc SH92 (Hàn Quốc), HK46 (Hồng Kông), JD1 (Trung Quốc), OKYM (Nhật Bản), 52-70, D78 (Mỹ) và các chủng vacxin Gvx2512, GvxBL (Mỹ). Dựa trên qui luật biến đổi độc lực và kháng nguyên, chúng tôi phân tích các vị trí axít amin là epitope của protein VP2. Kết quả cho thấy, chủng GPT là một chủng cường độc mạnh cùng nhóm với các chủng khác của Việt Nam và châu Á. Trong khi đó chủng BDG23 là chủng có độc lực yếu và cùng với chủng GSG4 trước đây, đều có nguồn gốc châu Âu-Mỹ. Kết quả phân tích phả hệ cũng khẳng định tính hỗn hợp đa nguồn gốc của các chủng virus Gumboro phân lập tại Việt Nam. Từ khoá: Cường độc, độc lực, epitope, Gumboro, kháng nguyên, RT-PCR, phả hệ. SUMMARY Genetic properties of Gumboro virus tend to divide the strains into two different groups, ie Asian and Euro-American sublineages. Using RT-PCR, cloning and sequencing, the entire VP2 (1359 bp) for virulent Gumboro isolates recently collected in Vietnam, viz. BDG23 (Binh Dương) and GPT (Phuc Tho), were obtained and genetically characterized with other Vietnamese (GHUT1; GSG4; GT1ST; BDG) and foreign strains including SH92 (Korea), HK46 (Hong Kong), JD1 (China), OKYM (Japan), 52-70, D78, Gvx2512, GvxBL (USA). Based on the variation rule for antigen and virulence in the VP2 sequence, it was revealed that GPT was highly virulent, being grouped with other Vietnamese strains as members of the Asian sublineage. Meanwhile BDG23, analysed as a mild virulent strain, along with GSG4, belongs to the Euro-American sublineage. Phylogenetic analysis also confirmed the mixed, multi-lineaged origin of the Gumboro population in Vietnam. Key words: Antigen, epitope, gumboro, phylogeny, RT-PCR, virulence. 1. §ÆT VÊN ®Ò ®é dμi kho¶ng 2800 nucleotit, m· ho¸ cho protein enzyme VP1 (RNA-polymerase); Virus Gumboro hay virus g©y viªm tói ph©n ®o¹n A gåm kho¶ng 3200 nucleotit, Fabricius truyÒn nhiÔm cã hÖ gen chøa axÝt ngoμi gen VP5 lÖch khung, cßn chøa mét ribonucleic (RNA) hai sîi, ®ã lμ hai ph©n khung ®äc chung m· hãa cho 3 lo¹i protein ®o¹n riªng biÖt (Becht et al. 1988), gäi lμ lμ VP2-VP4-VP3, trong ®ã - protein kh¸ng ph©n ®o¹n A vμ ph©n ®o¹n B, ®Òu mang nguyªn VP2 cã vai trß quan träng trong g©y th«ng tin di truyÒn vμ cã nhiÖm vô sinh bÖnh vμ miÔn dÞch (Boot et al. 2000). Gen tæng hîp 5 lo¹i protein tõ VP1 ®Õn VP5 (VP VP2 cã ®é b¶o tån cao vÒ thμnh phÇn = viral protein) cÊu tróc nªn capside vμ nucleotit ë hai ®Çu 5’ vμ 3’, nh−ng mét ®o¹n nucleocapside cña virus. Ph©n ®o¹n B cã ë gi÷a kho¶ng 500 nucleotit cã møc ®é biÕn 437
  2. Lê Thị Kim Xuyến, Lê Thanh Hoà ®æi cao gi÷a c¸c chñng, gäi lμ vïng “siªu 2. VËT LIÖU Vμ PH¦¥NG PH¸P biÕn ®æi”, dÔ dμng thu nhËn b»ng ph−¬ng NGHI£N CøU ph¸p RT-PCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction) vμ t¸ch dßng 2.1. VËt liÖu s¶n phÈm ®Ó gi¶i tr×nh tr×nh tù (Lª Thanh MÉu bÖnh phÈm lμ tói Fabricius cña Hoμ, 2003; Lª ThÞ Kim XuyÕn vμ cs., 2006). gμ bÞ bÖnh Gumboro, qua kÕt qu¶ chÈn Vïng “siªu biÕn ®æi” nμy m· hãa cho ®o¸n l©m sμng vμ mæ kh¸m bÖnh tÝch, kho¶ng 120-150 axÝt amin, ë ®ã cã mét sè ®−îc ký hiÖu lμ BDG23 (B×nh D−¬ng), thu axÝt amin quan träng, lμm khung cÊu t¹o thËp n¨m 2005 t¹i mét tr¹i gμ nhiÔm nªn c¸c epitope kh¸ng nguyªn, hay cßn gäi Gumboro ë tØnh B×nh D−¬ng; vμ GPT lμ quyÕt ®Þnh kh¸ng nguyªn (antigenic (Phóc Thä), thu thËp n¨m 2002, t¹i huyÖn determinant) vμ lμ vÞ trÝ cÊu tróc trªn mét Phóc Thä, thμnh phè Hμ Néi. Tói cã thÓ ph¶n øng ®Æc hiÖu víi mét ph©n tö Fabricius ®−îc röa s¹ch b»ng n−íc muèi kh¸ng thÓ (Fahey et al. 1989; Jackwood sinh lý, b¶o qu¶n ë -20oC cho ®Õn khi sö and Sommer-Wagner, 2007). Nh÷ng nghiªn dông ®Ó t¸ch RNA tæng sè. cøu ë møc ®é ph©n tö vÒ virus Gumboro, ®Æc biÖt lμ nh÷ng nghiªn cøu vÒ gen quy Bé kit chuÈn RT-PCR (QIAGEN, Mü) ®Þnh cÊu tróc cña kh¸ng nguyªn VP2 cho ®−îc sö dông ®Ó nh©n toμn bé gen VP2. phÐp hiÓu biÕt s©u h¬n vÒ c¬ chÕ biÕn ®æi Vector t¸ch dßng lμ pCR2.1-TOPO, tÕ bμo cña cÊu tróc khung epitope kh¸ng nguyªn E. coli chñng DH-5T1 (Invitrogen) ®−îc sö VP2, mμ ®iÒu nμy liªn quan chÆt chÏ ®Õn dông ®Ó nh©n dßng. C¸c bé kit t¸ch DNA ph¶n øng miÔn dÞch, ®Õn sù kÕt hîp gi÷a cña plasmid t¸i tæ hîp vμ enzym h¹n chÕ kh¸ng nguyªn vμ kh¸ng thÓ trong miÔn EcoRI, ®−îc dïng ®Ó c¾t DNA plasmid kiÓm dÞch chèng virus Gumboro, tõ ®ã lùa chän, tra s¶n phÈm. s¶n xuÊt ®−îc vacxin thÝch hîp ®Ó phßng 2.2. T¸ch chiÕt RNA tæng sè chèng bÖnh truyÒn nhiÔm nμy mét c¸ch cã hiÖu qu¶ (Scherbacova et al. 1998; Lª MÉu bÖnh phÈm lμ tói Fabricius ®−îc Thanh Hoμ, 2004). nghiÒn trong nit¬ láng nh»m t¸ch c¸c tÕ bμo riªng biÖt. Thªm n−íc muèi sinh lý C¸c axÝt amin t¹o nªn epitope cã sù theo tû lÖ 1:1, ®«ng tan 3 lÇn ë -20oC vμ thay ®æi theo qui luËt khi ®éc lùc t¨ng nhiÖt ®é phßng (25oC), nh»m gi¶i phãng (c−êng ®éc ho¸) hoÆc gi¶m (nh−îc ®éc ho¸), virus khái tÕ bμo. Ly t©m 8000 vßng/phót do vËy ph©n tÝch thμnh phÇn VP2 cho trong 5 phót, thu dÞch næi phÝa trªn cã phÐp x¸c ®Þnh møc ®é ®éc lùc vμ kh¸ng nguyªn cña chñng virus nghiªn cøu (Lª chøa virus. Thanh Hoμ, 2003; 2004; Jackwood and Bé sinh phÈm sö dông ®Ó t¸ch RNA Sommer-Wagner 2007). Mét sè chñng tæng sè lμ QIAamp Viral Mini Kit Gumboro c−êng ®éc mμ chóng t«i nghiªn (QIAGEN), theo h−íng dÉn cña nhμ s¶n cøu tr−íc ®©y, thu thËp tõ c¸c ®Þa ph−¬ng xuÊt. Tãm t¾t c¸c b−íc nh− sau: LÊy 140μl kh¸c, hoμn toμn cã thμnh phÇn gen VP2 dÞch næi cho vμo èng Eppendorf, cho thªm theo ®óng qui luËt nμy (Lª ThÞ Kim XuyÕn 560 μl dung dÞch ®Öm AVL, tiÕp tôc thªm vμ cs. 2006). Trong bμi b¸o nμy chóng t«i 560 μl Ethanol (96 - 100%). Mét nöa thÓ tr×nh bμy qu¸ tr×nh thu nhËn gen VP2 cña tÝch huyÔn dÞch ®−îc chuyÓn sang cét läc c¸c mÉu virus Gumboro ký hiÖu BDG23 (QIAamp spin column) vμ ly t©m 8000 (ph©n lËp t¹i B×nh D−¬ng); GPT (ph©n lËp vßng/phót trong 1 phót. DÞch ly t©m ®−îc t¹i Phóc Thä, Hμ Néi) vμ so s¸nh biÕn ®æi lo¹i bá vμ lÆp l¹i nh− trªn víi thÓ tÝch thμnh phÇn gen víi mét sè chñng cña ViÖt huyÔn dÞch cßn l¹i. Sau ®ã cho 500 μl dung Nam vμ thÕ giíi nh»m x¸c ®Þnh nguån gèc dÞch ®Öm AW1 ®Ó röa cét, ly t©m 8000 cña c¸c chñng virus Gumboro míi ph©n vßng/phót trong 1 phót vμ lo¹i bá dÞch bªn lËp nμy. d−íi cã trong èng ly t©m. LÆp l¹i b−íc trªn 438
  3. Phát hiện các chủng cường độc Gumboro... víi dung dÞch ®Öm röa AW2. ChuyÓn cét cña plasmid t¸i tæ hîp ®−îc t¸ch chiÕt sang èng Eppendorf s¹ch, cho lªn mμng läc b»ng QiaPrep Spin Mini kit cña QIAGEN. cña cét 60 μl dung dÞch AVE, ®Ó nhiÖt ®é 2.5. Gi¶i tr×nh tr×nh tù vμ ph©n tÝch sè phßng 1 phót, ly t©m 8000 vßng/phót trong 1 phót. DÞch th«i ra trong èng ly t©m chÝnh liÖu lμ RNA tæng sè, trong ®ã cã RNA hÖ gen DNA cña VP2 cã trong vector pCR2.1- virus Gumboro, ®−îc b¶o qu¶n ë - 20oC. TOPO t¸i tæ hîp, ®−îc gi¶i tr×nh tr×nh tù 2.3. Chän måi vμ thùc hiÖn RT-PCR trªn m¸y ABI-3100 Avant Genetic Analyzer (Mü) cã t¹i ViÖn C«ng nghÖ sinh Ph−¬ng ph¸p sö dông ®Ó thu nhËn gen häc. Chuçi nucleotit ®−îc xö lý b»ng kh¸ng nguyªn VP2 lμ RT-PCR, víi cÆp måi ch−¬ng tr×nh SeqEd1.03, s¾p xÕp b»ng ®−îc sö dông, ®ã lμ: ch−¬ng tr×nh AsemblyLIGN1.9; xö lý b»ng Måi xu«i ký hiÖu: GKZF MacVector8.2 (Accelrys Inc.) trªn m¸y tÝnh (5’CCGGAATTCGCCGCCGCCATGAC Macintosh vμ so s¸nh ®èi chiÕu c¸c chuçi AAACCTGCAAGAT3’) (cã ®iÓm c¾t EcoRI) nucleotit vμ axÝt amin b»ng ch−¬ng tr×nh Måi ng−îc ký hiÖu: SALGR (5’ GENEDOC 2.5 (Nicholas and Nicholas, CCGGTCGACTACRGGATTCTGGGGCAC 1997) vμ x©y dùng ph¶ hÖ b»ng ch−¬ng CTG 3’) (cã ®iÓm c¾t SalI). tr×nh Mega4.0 (Tamura et al. 2007). Thμnh Toμn bé gen kh¸ng nguyªn VP2 ®−îc phÇn axÝt amin ®−îc thu nhËn b»ng c¸ch nh©n lªn b»ng RT-PCR tõ nguån khu«n sö dông bé m· cña vi sinh vËt bËc thÊp (vi RNA tæng sè, víi chu tr×nh nhiÖt: 50oC/30 khuÈn) trong Ng©n hμng gen th«ng qua phót, 95oC/15 phót, 35 chu kú [94oC/15 ch−¬ng tr×nh GENEDOC 2.5. gi©y, 65oC/35 gi©y, 72oC/90 gi©y], 72oC/8 phót. S¶n phÈm cuèi cïng lμ toμn bé VP2 3. KÕT QU¶ Vμ TH¶O LUËN cã ®é dμi kho¶ng 1,35 kb. 3.1. KÕt qu¶ t¸ch RNA tæng sè, thu 2.4. Tinh s¹ch vμ t¸ch dßng s¶n phÈm nhËn gen kh¸ng nguyªn VP2 vμ S¶n phÈm RT-PCR ®−îc tinh s¹ch t¸ch dßng s¶n phÈm b»ng QIAquick Purification kit (QIAGEN). RNA tæng sè cña mÉu bÖnh phÈm ®−îc V¾n t¾t nh− sau: Bæ sung 5 lÇn thÓ tÝch t¸ch chiÕt theo qui tr×nh ®· tr×nh bμy, ®−îc dung dÞch PB vμo s¶n phÈm PCR, trén ®iÖn di trªn th¹ch agarose 0,8% (H×nh 1A). ®Òu, råi chuyÓn sang cét läc, ly t©m 13000 Trªn th¹ch agarose, RNA tæng sè hiÓn thÞ vßng/phót trong 1 phót. ChuyÓn cét sang lμ mét vÖt tr¾ng s¸ng, víi hμm l−îng t−¬ng èng ly t©m míi, bæ sung 750 μl ®Öm PE, ly ®èi cao ®Ó lμm khu«n cho ph¶n øng RT- t©m 13000 vßng/phót trong 1 phót, bá dÞch PCR. Sö cÆp måi GKZF-SALGR, ®o¹n DNA bªn d−íi, ly t©m l¹i lÇn n÷a. ChuyÓn cét cña toμn bé gen kh¸ng nguyªn VP2 cã ®é sang èng Eppendorf s¹ch, cho 30 μl dung dμi kho¶ng 1,35 kp ®· ®−îc thu nhËn (H×nh dÞch EB lªn mμng cña cét läc, ®Ó ë nhiÖt ®é 1B). §o¹n gen kh¸ng nguyªn VP2 sau khi phßng 5 phót, ly t©m 13000 vßng/phót nh©n lªn, ®−îc g¾n vμo vector t¸ch dßng trong 2 phót. DÞch bªn d−íi lμ DNA cña pCR2.1-TOPO ®Ó t¹o plasmid t¸i tæ hîp. s¶n phÈm RT-PCR ®· ®−îc tinh s¹ch, b¶o C¸c plasmid t¸i tæ hîp nμy ®−îc biÕn n¹p qu¶n ë - 20oC. vμo tÕ bμo E. coli chñng DH-5αT1. C¸c S¶n phÈm RT-PCR cña VP2 (kho¶ng khuÈn l¹c tr¾ng cã kh¶ n¨ng chøa plasmid 1,35 kb) ®−îc dßng ho¸ vμo plasmid vector t¸i tæ hîp cña chñng GPT; BDG23 ®−îc pCR2.1-TOPO (Invitrogen Inc.) vμ chuyÓn chän läc vμ nu«i cÊy ®Ó t¸ch DNA plasmid. n¹p vμo tÕ bμo E. coli chñng DH-5T1. Sau khi tinh s¹ch c¸c plasmid ®−îc c¾t Plasmid t¸i tæ hîp ®−îc chän läc theo qui b»ng enzym giíi h¹n EcoRI ®Ó kiÓm tra tr×nh (Sambrook and Russell, 2001). DNA ®o¹n chÌn VP2 (H×nh 1C). 439
  4. Lê Thị Kim Xuyến, Lê Thanh Hoà M 1 2 M 1 2 M 1 2 3 4 5 6 4,4 kb 2,3 kb 4,4 kb 2,0 kb 3,9 kb 1,35 kb 2,3 kb 2,0 kb 0,54 kb 1,35 kb 0,54 kb A B C H×nh 1. §iÖn di RNA tæng sè (A), s¶n phÈm RT-PCR cña toμn bé gen VP2 (B) vμ DNA plasmid t¸i tæ hîp (C) M: Chỉ thị phân tử (DNA của thực khuẩn thể được cắt bằng HindIII); A: RNA tổng số tách từ mẫu bệnh phẩm thu nhận tại Phúc Thọ (Hà Nội) (1) và tỉnh Bình Dương (2); B: sản phẩm RT-PCR gen VP2 (1,35 kb) của mẫu GPT (1), BDG23 (2); C: DNA plasmid tái tổ hợp của các khuẩn lạc chủng GPT (1, 2, 3), chủng BDG23 (4, 5, 6) sau khi cắt bằng enzym giới hạn EcoRI.. 3.2. KÕt qu¶ gi¶i tr×nh tr×nh tù gen c¸c axÝt amin lμ P - V - Q - V - D - A - I - N kh¸ng nguyªn VP2 - A, thuéc m«tÝp P - V - Q - V - D - A - L -N Toμn bé chuçi nucleotit VP2 cña c¸c - R ®©y lμ lo¹i m«tÝp cña virus Gumboro chñng BDG23 vμ GPT ®−îc chuyÓn ®æi ®ang chuyÓn ®æi nh−îc ®éc hãa (theo chiÒu sang thμnh phÇn axÝt amin vμ ph©n tÝch yÕu dÇn) (Lª Thanh Hßa, 2003) ë d¹ng biÕn ®æi t¹i c¸c vÞ trÝ 222, 242, 253, 256, trung gian, chøng tá chñng BDG23 lμ mét 279, 284, 294, 299, vμ 329 víi c¸c chñng chñng cã ®éc lùc yÕu. Chñng GPT ë vÞ trÝ ViÖt Nam vμ thÕ giíi, ®èi chiÕu víi qui luËt t−¬ng øng nμy lμ A - I - Q - I - D - A - I - S - biÕn ®æi m« t¶ t¹i Lª Thanh Hßa (2003) vμ A, chØ kh¸c duy nhÊt mét axÝt amin ë vÞ trÝ Jackwood and Sommer - Wagner (2007). 279 (D - I), chøng tá GPT lμ mét chñng Chñng BDG23 t¹i c¸c vÞ trÝ t−¬ng øng 222, c−êng ®éc (Jackwood and Sommer- 242, 253, 256, 279, 284, 294, 299, vμ 329 cã Wagner, 2007) (B¶ng 1). B¶ng 1. BiÕn ®æi axÝt amin cña c¸c chñng nghiªn cøu t¹i c¸c vÞ trÝ epitope trong VP2 Vị trí epitope có biến đổi axít amin Các chủng so sánh 222 242 253 256 279 284 294 299 329 BDG23 P V Q V D A I N A GPT A V Q I D A I S A BDG A V Q I D A I S A GHUT1 A V Q I D A I S A GT1ST A V Q I D A I S A GSG4 P V Q V D A I N A 52-70 P V Q V D A L N A D78 P V H V D T L N A Gvx2512 P V Q V D A I N A GvxBL P V Q V D A I N A HK46 A V Q I D A I S A SH92 A V Q I D A I S A JD1 P V H V D T L N A OKYM A V Q I D A I S A Cường độc A I Q I D A I S A Độc lực yếu P/T V Q V D/N A L N R Vacxin P V H V N T L N R Ghi chú: Các vị trí 222, 242, 256, 299 có tầm quan trọng đặc biệt trong xác định độc lực và kháng nguyên Quy luËt biÕn ®æi axÝt amin khung lμ x¶y ra ë 9 vÞ trÝ bao gåm vÞ trÝ 222, 242, ®−îc c¸c c«ng tr×nh nghiªn cøu chøng minh 253, 256, 279, 284, 294, 299 vμ 329 cña 440
  5. Phát hiện các chủng cường độc Gumboro... protein VP2; vμ sù thay ®æi axÝt amin ë c¸c Quèc), OKYM (NhËt B¶n) cã ®Õn 7 axÝt vÞ trÝ nμy cã ¶nh h−ëng ®Õn tÝnh kh¸ng amin sai kh¸c trong ®ã cã hai vÞ trÝ khung nguyªn vμ ®Æc tÝnh g©y bÖnh cña mét sè epitope 222 vμ 229. chñng virus Gumboro. Mét chñng Gumboro - So víi c¸c chñng c−êng ®éc cña Mü ®−îc gäi lμ c−êng ®éc cã møc ®é ®éc lùc cao (52/70, D78), cã 4 vμ 7 axÝt amin cña mçi ph¶i lμ chñng cã thμnh phÇn axÝt amin lμm chñng. khung ë c¸c vÞ trÝ 222, 242, 253, 256, 279, - Khi so s¸nh víi c¸c chñng vacxin cña 284, 294, 299, vμ 329 t−¬ng øng lμ A-I-Q-I- Mü (®ã lμ: Gvx2512, GvxBL), chØ sai kh¸c I-A-I-S-A (Lª Thanh Hßa, 2003; Jackwood 1 vμ 2 axÝt amin cña mçi chñng. and Sommer-Wagner, 2007). - §èi víi chñng GSG4 (ViÖt Nam), cã sai kh¸c 6 axÝt amin. 3.3. KÕt qu¶ so s¸nh thμnh phÇn amino acid gen kh¸ng nguyªn VP2 cña Nh− vËy chñng BDG23 ®· cã sù sai chñng BDG23 vμ chñng GPT víi mét kh¸c vÒ thμnh phÇn khung epitope kh¸ng sè chñng cña ViÖt Nam vμ thÕ giíi nguyªn so víi c¸c chñng ch©u ¸ bao gåm c¸c chñng GPT, BDG, GHUT1, GT1ST Chuçi axÝt amin cña c¸c chñng BDG23 cña ViÖt Nam vμ c¸c chñng HK46 (Hång vμ GPT ®−îc so s¸nh víi c¸c chñng cña K«ng), SH92 (Hμn Quèc), JD1 (Trung ViÖt Nam vμ thÕ giíi, kÕt qu¶ so s¸nh ®−îc Quèc), OKYM (NhËt B¶n), chøng tá tr×nh bμy ë H×nh 2. Qua so s¸nh chóng t«i chñng nμy kh«ng gièng víi c¸c chñng cã thÊy chñng BDG23: nguån gèc ch©u ¸. Trong khi ®ã, cïng víi - Khi so s¸nh víi chñng GPT (ViÖt mét chñng kh¸c ph©n lËp t¹i ViÖt Nam Nam) cã 11 axÝt amin sai kh¸c gi÷a 2 (chñng GSG4), BDG23 kh«ng cã sù sai chñng, trong ®ã cã hai vÞ trÝ khung epitope kh¸c vÒ thμnh phÇn khung epitope khi so 222 vμ 229. s¸nh víi c¸c chñng c−êng ®éc vμ vacxin - Khi so s¸nh víi c¸c chñng BDG, cña Mü (52/70, D78, Gvx2512, GvxBL) GHUT1, GT1ST, sai kh¸c 6 axÝt amin (B¶ng 1; H×nh 2). §iÒu nμy x¸c ®Þnh, c¸c trong ®ã cã hai vÞ trÝ khung epitope 222 vμ chñng BDG23 vμ GSG4, mÆc dï ph©n lËp 229 (B¶ng 1). t¹i ViÖt Nam nh−ng cã nguån gèc bªn - So s¸nh víi c¸c chñng HK46 (Hång ngoμi, rÊt cã thÓ lμ c¸c chñng ®−îc ®−a K«ng), SH92 (Hμn Quèc), JD1 (Trung vμo n−íc ta. AMINO ACID VP2 * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * BDG23 : MTNLQDQTQQIVPFIRSLLMPTTGPAPIPDDTLEKHTLRSETSTYNLTVGDTGSGLIVFSPGFPGSIVGAHYTLQSNGNYKFDQMLLTAQNLPASYNYCRLVSRSLTVRSSTLPG : 115 GPT : ..........................S................................F..........................P............G............... : 115 BDG : ..........................S................................F....................................................... : 115 GHUT1 : ..........................S................................F....................................................... : 115 GT1ST : ..........................S................................F....................................................... : 115 GSG4 : ..........................S................................F.........................................A.....A....... : 115 52-70 : ..........................S................................F....................................................... : 115 D78 : ..........................S................................F....................................................... : 115 Gvx2512 : ...........................................................F....................................................... : 115 GvxBL : ..........................S................................F....................................................... : 115 HK46 : .............S............S................................F....................................................... : 115 SH92 : ..........................S................................F....................................................... : 115 JD1 : ..........................S................................F....................................................... : 115 OKYM : ..........................S................................F....................................................... : 115 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * BDG23 : GVYALNGTINAVTFQGSLSELTDVSYNGLMSATANINDKIGNVLVGEGVTVLSLPTSYDLGYVRLGDPIPAIGLDPKMVATCDSSDRPRIYTITAADDYQFLSQYQPGGVTITLF : 230 GPT : ........................................................................E............................S....A........ : 230 BDG : .....................................................................................................S....A........ : 230 GHUT1 : .....................................................................................................S....A........ : 230 GT1ST : .....................................................................................................S....A........ : 230 GSG4 : .................................................................S.............V................................... : 230 52-70 : .....................................................................................................S............. : 230 D78 : .....................................................................................................S............. : 230 Gvx2512 : ................................................................................................................... : 230 GvxBL : ................................................................................................................... : 230 HK46 : .....................................................................................................S....A........ : 230 SH92 : .....................................................................................................S....A........ : 230 JD1 : .....................................................................................................S............. : 230 OKYM : .....................................................................................................S....A........ : 230 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 BDG23 : SANIDAITSLSVGGELVFQTSVQGLVLGATIYLIGFDGTTVITRAVAADNGLTAGTDNLMPFNIVIPTNEITQPITSIKLEIVTSKSGGQAGDQMSWSASGSLAVTIHGGNYPGA : 345 GPT : .......................................A............................S.............................................. : 345 BDG : .......................................A............................S.............................................. : 345 GHUT1 : .......................................A............................S.............................................. : 345 GT1ST : .......................................A............................S.............................................. : 345 GSG4 : ................................................................................................................... : 345 52-70 : .......................................A........................................................................... : 345 D78 : ......................H................A.............T.............................................R............... : 345 Gvx2512 : ................................................................................................................... : 345 GvxBL : ................................................................................................................... : 345 HK46 : .......................................A............................S.............................................. : 345 SH92 : .......................................A............................S.............................................. : 345 JD1 : ......................H................A.............T.............................................R............... : 345 OKYM : .......................................A............................S.............................................. : 345 * 360 * 380 * 400 * 420 * 440 * BDG23 : LRPVTLVAYERVATGSVVTVAGVSNFELIPNPELAKNLITEYGRFDPGAMNYTKLILSERDRLGIKTVWPTREYTDFREYFMEVADLNSPLKIAGAFGFKDIIRALRR : 453 GPT : ...................................................C........................L............................... : 453 BDG : ............................................................................................................ : 453 GHUT1 : ............................................................................................................ : 453 GT1ST : ............................................................................................................ : 453 GSG4 : ............................................................................................................ : 453 52-70 : ............................................................................................................ : 453 D78 : ............................................................................................................ : 453 Gvx2512 : ............................................................................................................ : 453 GvxBL : ............................................................................................................ : 453 HK46 : ............................................................................................................ : 453 SH92 : ............................................................................................................ : 453 JD1 : ............................................................................................................ : 453 OKYM : ............................................................................................................ : 453 H×nh 2. So s¸nh thμnh phÇn axÝt amin gen VP2 cña chñng BDG23, GPT víi mét sè chñng cña ViÖt Nam vμ thÕ giíi. DÊu (.) biÓu thÞ gièng víi tr×nh tù axÝt amin cña chñng ë hμng ®Çu tiªn. Sai kh¸c vÒ axÝt amin biÓu thÞ b»ng c¸c ch÷ c¸i ký hiÖu cña chóng. C¸c vÞ trÝ epitope liÖt kª ë b¶ng 1, bao gåm c¸c axÝt amin vÞ trÝ 222, 242, 253, 256, 279, 284, 294, 299 vμ 329, ®−îc ®ãng khung theo chiÒu däc 441
  6. Lê Thị Kim Xuyến, Lê Thanh Hoà 3.4. KÕt qu¶ ph©n tÝch nguån gèc ph¶ hÖ nhau cña virus Gumboro t¹i ViÖt Nam. Chuçi nucleotit vμ axÝt amin cña chñng Nh÷ng chñng cã nguån gèc ngo¹i lai, rÊt cã BDG23 vμ GPT cïng víi tÊt c¶ c¸c chuçi thÓ lμ c¸c chñng ®−îc ®−a tõ bªn ngoμi vμo chóng t«i dïng ®Ó so s¸nh (gåm 14 chñng) n−íc ta b»ng nhiÒu con ®−êng kh¸c nhau. ®−îc s¾p xÕp b»ng GENEDOC2.5 (Nicholas Sù ph©n nhãm ¸ vμ ¢u - Mü dùa trªn and Nicholas, 1997) vμ ®−a vμo ph©n tÝch thμnh phÇn gen cña c¸c chñng Gumboro t¹i ph¶ hÖ b»ng ch−¬ng tr×nh MEGA4.0 ViÖt Nam, ®−a ra mét vÊn ®Ò vÒ sù hçn hîp (Tamura et al. 2007). KÕt qu¶ ®−îc tr×nh nhiÒu chñng/dßng virus Gumboro g©y bÖnh bμy ë h×nh 3 cho thÊy, c¸c chñng ph©n chia ®· ®−îc ph¸t hiÖn nhiÒu n¬i trªn thÕ giíi thμnh 2 nhãm râ rÖt, trong ®ã, chñng GPT (Jackwood and Sommer - Wagner, 2007). (ViÖt Nam) cïng nhãm víi c¸c chñng ch©u Do vËy, nghiªn cøu dÞch tÔ häc bÖnh ¸, chñng BDG23 vμ chñng SGS4 (ViÖt Gumboro ®Ó t×m hiÓu ®Æc tÝnh cña virus Nam) cïng nhãm víi c¸c chñng ch©u ¢u- g©y bÖnh, ®ång thêi t×m kiÕm ®óng lo¹i Mü, kÓ c¶ ph©n tÝch thμnh phÇn nucleotit vacccine vμ ®¸nh gi¸ hiÖu lùc øng dông cña còng nh− axÝt amin. KÕt qu¶ ph©n tÝch ph¶ vacxin Gumboro phï hîp trong phßng hÖ vμ nguån gèc mét lÇn n÷a kh¼ng ®Þnh sù chèng bÖnh nμy ë n−íc ta lμ hÕt søc cÇn hçn hîp c¸c dßng/chñng cã nguån gèc kh¸c thiÕt. GSG4 NUCLEOTIDE AMINO ACID 100 BDG23 99 GvxBL 99 Gvx2512 100 Gvx2512 100 GSG4 99 BDG23 CHÂU MỸ 100 GvxBL CHÂU MỸ 99 D78 52-70 99 100 JD1 D78 52-70 JD1 SH92 HK46 100 OKYM 100 OKYM HK46 100 SH92 99 BDG 99 BDG CHÂU Á 100 GT1ST CHÂU Á GT1ST 100 GPT 100 GPT GHUT1 GHUT1 0.002 0.005 H×nh 3. Mèi quan hÖ ph¶ hÖ vμ nguån gèc gi÷a c¸c chñng BDG23, GPT vμ c¸c chñng ch©u ¸, ch©u Mü (sö dông ch−¬ng tr×nh MEGA4.0, 1000 bootstrap) GSG4 cïng nhãm víi c¸c chñng ch©u ¢u - 4. KÕT LUËN Mü khi ph©n tÝch t−¬ng ®ång thμnh phÇn nucleotit vμ axÝt amin còng nh− ph©n tÝch Nghiªn cøu ®· ph©n lËp ®−îc hai ph¶ hÖ nguån gèc. chñng virus Gumboro ký hiÖu BDG23 vμ GPT t¹i ViÖt Nam vμ thu nhËn toμn bé Lêi c¶m ¬n gen VP2 cña 2 chñng nμy, bao gåm 1359 nucleotit t−¬ng øng víi 453 axÝt amin. C«ng tr×nh nghiªn cøu nμy ®−îc thùc KÕt qu¶ ph©n tÝch t−¬ng ®ång thμnh hiÖn nhê tμi trî kinh phÝ cña Bé Khoa häc phÇn nucleotit vμ axÝt amin cho thÊy, vμ C«ng nghÖ cho ®Ò tμi KC.04.29 do chñng BDG23 cã thÓ lμ mét chñng thuéc PGS.TS Lª Thanh Hoμ chñ nhiÖm. nhãm cã ®éc lùc yÕu, trong khi ®ã chñng GPT cã thÓ lμ chñng c−êng ®éc. Tμi liÖu tham kh¶o Chñng GPT cïng nhãm víi c¸c chñng Becht H., H. Miller and K. Muller (1988). ch©u ¸, trong khi ®ã chñng BDG23 vμ Comparative studies on structural and 442
  7. Phát hiện các chủng cường độc Gumboro... antigenic properties of two serotypes of Lª ThÞ Kim XuyÕn, Vâ C«ng Hu©n, §oμn infectious bursal disease virus. J. Gen. ThÞ Thanh H−¬ng vμ Lª Thanh Hßa Virol., 69, p. 631-640 (2006). T¸ch dßng vμ ph©n tÝch biÕn ®æi Boot H.J., A.H. Ter Huurne and B.P. thμnh phÇn chuçi gen VP2-4-3 (ph©n Peeters (2000). Generation of full-length ®o¹n A) cña virus c−êng ®éc Gumboro cDNA of the two genomic dsRNA chñng GHUT-12 cña ViÖt Nam. T¹p chÝ segments of infectious bursal disease C«ng nghÖ Sinh häc, Sè 4, TËp 2, tr. virus. J. Virol. Methods, 84, p. 49-58. 171-178. Fahey K.J.., K. Erny and J. Crooks (1989). Nicholas K.B. and H.B. Nicholas (1997). A conformational immunogen on VP2 of Genedoc: a tool for editing and infectious bursal disease virus that annotating multiple sequence induces virus-neutralizing antibodies alignments. Distributed by the author. that passively protect chickens. Journal Sambrook J. and D.W. Russell (2001). of General Virology, 70, p. 1473-1481. Molecular Cloning. A Laboratory Jackwood D.J. and S. Sommer-Wagner Manual. 3rd Edition, Cold Spring (2007). Genetic characteristics of infectious Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, bursal disease viruses from four NY. continents. Virology, 365, p. 369-375. Scherbacova L.O., A.L. Lomakin, A.V. Lª Thanh Hoμ (2003). Sinh häc ph©n tö Borisov, V.V. Drygin and A.A. Gusev virus Gumboro: nghiªn cøu øng dông (1998). Comparative analysis of VP2 t¹i ViÖt Nam. Nhμ xuÊt b¶n N«ng gene variable region of infectious bursal nghiÖp, Hμ Néi, ViÖt Nam (340 trang). disease virus. Mol. Gen. Microbiol. Lª Thanh Hoμ (2004). BiÕn ®æi ph©n tö Virol., 1, p. 35-40. epitope cña gen kh¸ng nguyªn VP2 ë mét Tamura K., J. Dudley, M. Nei and S. sè chñng virus c−êng ®éc Gumboro ph©n Kumar (2007). MEGA4: Molecular lËp t¹i ViÖt Nam. T¹p chÝ Khoa häc Kü Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) thuËt Thó y, Sè 9, TËp 4, tr. 6-13. software version 4.0. ., 24, p. 1596-1599. 443
ADSENSE

CÓ THỂ BẠN MUỐN DOWNLOAD

LV.11: Bộ Luận Văn Tốt Nghiệp Chuyên Ngành Tài Chính Ngân Hàng
172 tài liệu
829 lượt tải
THÔNG TIN
TRỢ GIÚP
HỖ TRỢ KHÁCH HÀNG
Theo dõi chúng tôi

Chịu trách nhiệm nội dung:

Nguyễn Công Hà - Giám đốc Công ty TNHH TÀI LIỆU TRỰC TUYẾN VI NA

LIÊN HỆ

Địa chỉ: P402, 54A Nơ Trang Long, Phường 14, Q.Bình Thạnh, TP.HCM

Hotline: 093 303 0098

Email: support@tailieu.vn

Giấy phép Mạng Xã Hội số: 670/GP-BTTTT cấp ngày 30/11/2015 Copyright © 2022-2032 TaiLieu.VN. All rights reserved.

 

Đồng bộ tài khoản
2=>2